04012020 bioinformatics
研究手法について
細胞の分子生物学概要だったのと知っていることが多かったので流し読み
03012020 bioinformatics
02012020 bioinformatics
細胞の分子生物学 第6章
転写、翻訳、そして分解
昔からTBPってよくわからんわと思っていたのだけど、構造見たらなるほどねーと思った。それにしてもTATAだからベンドするのだろうか？
それからエクソンってオーソログ間でかなり保存されていて(だから、配列アライメントでエクソンイントロン境界を決定するのが簡単)、昔はヒトのcDNAからマウスのオーソログをデータベースから探してきてプライマー設計、KOマウス作成のしごとをよく手伝っていたんだけど、あれって文字列操作ばっかりで、なんとなくリアリティがなかったのだけど、snRNPの構造結構解かれていておもしろそう。あとで論文追いかけてみよう。
01012020 life
年賀状について
ここ5年以上自分から年賀状は送らずに、届いた年賀状のみに返信していましたが、今年からfacebookかlinkedin、instagramを検索して、見つかったらコネクトしてメッセージを送ることにしました。
ただし、どちらでも探せなかったら放置します。
あれはpingみたいなもんであろう。
01012020 life
Made in Abyss
この動画をなにげに眺めていたらMade in Abyssを見なくてはいけない気分になったので、一気に見てしまった。
これはよいですね。二期も楽しみ
メイドインアビス Blu-ray BOX 上巻01012020 bioinformatics
細胞の分子生物学 第5章
DNA修復
TOPIIは私が初めて関わったSBDDプロジェクトなので興味深い対象だ。そして生物学の描像って結構物理学とか無視したいい加減なもんなんだなーと思った最初のターゲットである。
以下はその当時のTOPIIのメカニズムの説明として全く同じものであるが、「こんなハサミみたいにパカパカ開くメカニズムだったらヒンジの部分固くないといけないしエネルギーももっといるし無駄遣いやん」と思っていた。
その当時は1BGWしか知られていなかったのと、割と単純な対象な阻害剤と変異株の実験から同定された作用部位（ヒンジのとこ）から構造的なメカニズムを調べるということをやっていた。
あーでもないこーでもないと悩んだ結果ねじれる感じで切断するんではという結論に至った。それなら阻害剤がワークする理由もきちんと説明できるし。
が、SARがスティープ過ぎてちょっと置換基入れると阻害活性消失するという状態で、プロジェクトはまもなく中止になったのだけど、そのあとDNAとの複合体が解かれて、「私の予想で合ってるじゃん」と嬉しくなったのであった。
01012020 life
Looking Back 2019
今年を振り返ってみる（下書き時はまだ20191231）。エントリアップロード数は去年同様100弱であった。
仕事関連
SBDDのチームは全員依頼講演がくるくらいには認知度が上がったので良かったなと。一方で、海外での認知度挙げないとトップラボとのコネクションもつくれないよねーってことでそのあたりをどうするのかが来年の課題だろうなというのは認識しています。あとはオープンソースのプロジェクトにも積極的に貢献していけるといいなと。
それから、今年からバイオインフォマティクスのグループを兼務するようになって、最初は（インフォマティクス側の）お手伝い要員くらいに軽い気持ちでジョインしたんだけど、だんだんそうも言ってられなくなったというかちょっと真面目にやらんといけなくなったので、後半はちょっと真剣に取り組むようにしたつもりです。来年はなにかいい成果をだして学会発表に持っていけるようにしたいですね。
来年あたりは構造バイオインフォマティクス的なアプローチで新しいMoAとかKey-Lockシステムを超えた機序での薬剤探索にチャレンジできれば嬉しい。
仕事以外
今年はあまりコードが書けなかったので、来年はもう少し書きたい。あとはちょっと地域のコミュニティに顔を出す頻度を高めたい。それから海外のPyConでなにか発表してみたいかな。来年のPyCon APACはコタキナバルですよ。
PyCon APAC 2020 will be held in Kota Kinabalu, Sabah, Malaysia! See you on 19th-20th September 2020.
— PyCon MY (@pyconmy) December 17, 2019
31122019 bioinformatics
30122019 bioinformatics
細胞の分子生物学 第3章
タンパク質の章
生物学の説明一般に言えるんだけど、抽象的すぎてよくわからんことが多い。
例えばリン酸基についても2章で述べられているように水溶液中ではイオン結合や水素結合力って急激に減衰するはずなのに、リン酸基が溶媒側の残基に付加することでコンフォメーション変化が起こるとかそういう説明に持っていくのに違和感がある。「リン酸基は2価の陰イオンだから違うんやで」っていう理屈でもいいんだけど、その場合はどのくらいのエネルギー変化が期待できるとかそういう説明ほしかった。
あとちょっとの変化がとか書いてあるけど、ダイナミズムに対してどうなんかな？という疑問はつきまとってしまう。
LYSとメチル化が相性いいのはここで理解したからいいけど、アセチル化ってどういうエネルギー成分が支配的になってくるのか興味がある。
構造探すか。
29122019 bioinformatics
細胞の分子生物学 第2章
生物はどれも化学反応系にすぎない
化学反応の章だったのでほぼ理解していた。さくさく読み進んだ。
これの出典が知りたかったがわからなかった。FMOのES項をどれくらい補正すればいいのか知りたかったのだが
