MacBookにBLAST+をいれた

今日は子守で会社を休んでいるのでPRMLのサンプリングの章でもじっくり読んでやるかという有意義そうな予定を組んでいたのだけど、なぜかmacbookにblast入れたりしていた。

しかもportで入れたblastが古くてあれやなぁと。調べたら今時はBLAST+(ブラプラって読むの?)らしくて、Biopythonのほうも対応しているらしいのでこっち入れなあかんやろと、何が目的だっけ?そもそもblast入れる目的なんだっけ的なよくあるパターンに。

NCBIのダウンロードサイトからMac OSX用のをダウンロードすればよい。

/usr/loca/ncbi/binにインストールされるのでパスを切っておく。

コマンドは引数も含めていろいろ変更されていて、blastallのpオプションで指定していたのがそのままコマンドになっている。formatdbがmakeblastdbになっていたりとか。

引数も短縮形じゃなくて、意味がわかるようなものに変更されている。

blastp -query test.fasta -db pdbaa

あと、ホームディレクトリでblast実行すると以下のエラーが出るんだけど、最初どこに問題があるんだかわからなかった。

terminate called after throwing an instance of 'ncbi::CSeqDBException'
  what():  NCBI C++ Exception:
    "/am/ncbiapdata/release/blast/src/2.2.23/IntelMAC-universal/c++/GCC401-
ReleaseMT--IntelMAC-universal/../src/objtools/blast/seqdb_reader
/seqdbimpl.cpp", line 412: Error: OID not found

Abort trap

で、dbのファイルを絶対パスで指定してやると解決した。

blastp -query test.fasta -db /Users/kzfm/blast/db/pdbaa

ただしデータベースが見つからないときのエラーは

BLAST Database error: No alias or index file found for protein database

こんなんだからなぁ。

なんなんだろうね。バグ?

ProductName Bioinformatics Programming Using Python
Mitchell L. Model
Oreilly & Associates Inc / ¥ 5,915 ()
在庫あり。

本が出てた

ドッキングシミュレーション関係の本だろうか。

ProductName タンパク質計算科学 ―基礎と創薬への応用― [CD-ROM付]
神谷 成敏,肥後 順一,福西 快文,中村 春木
共立出版 / ¥ 5,040 ()
近日発売 予約可

あとGaussian

Gaussianは使ってないのでこっちはあまり興味をそそられないが。

macbookでpymol

trunk(Rev: 3829)をDLしてきてコンパイル

svn co https://pymol.svn.sourceforge.net/svnroot/pymol/trunk pymol

freetypeがらみのヘッダーがないとかいうエラーがでてきたので

cd /usr/X11R6/include
sudo ln -s freetype2/freetype freetype

とsymbolic link張って解決

ProductName Bioinformatics Programming With Python
Mitchell Model,James Tisdall
Oreilly & Associates Inc / ¥ 6,131 ()
近日発売 予約可

fpocket

コマンドラインでタンパク質のポケットを探索してくれる。

fpocket

論文によるとVoronoi tesselationをつかってalpha sphere detectionをやるみたい。

1R39に対して試してみた。

実行は

fpocket -f 1R39.pdb

と叩けば、ディレクトリが出来てPyMol,VMD用のファイルが出力される。

1r39

macbookにEMBOSSとncbi_tools

意外に家でBLASTかけないなぁ。 でもmacbookにも入れておこうと思った。そうすることでATGCの管理もできる?

sudo port install ncbi_tools
sudo port install EMBOSS

ProductName Structural Bioinformatics

Wiley–Blackwell / ¥ 10,215 ()
通常9~12日以内に発送

ProductName オープンソースで学ぶバイオインフォマティクス

東京電機大学出版局 / ¥ 4,095 ()
在庫あり。

オライリーからはやっぱケモインフォマティクスの本も出して欲しいと思う

バイオインフォだけだと片手落ちの気がする。表紙はケクレ構造にちなんで亀でお願いしたい。

ProductName バイオインフォマティクスのためのPerl入門
水島 洋
オライリー・ジャパン / ¥ 5,040 ()


ProductName 実践 バイオインフォマティクス -ゲノム研究のためのコンピュータスキル-
Cynthia Gibas,Per Jambeck
オライリー・ジャパン / ¥ 4,410 ()


今のCPUとかmemoryの状況でLLで量子化学とか、かなりアリだと思うんだけどなぁ。pyquanteとかやばいでしょう。

GitHub

Chemistry::RECAPをGitHubに置けばいいんじゃないか、なんて思いユーザー登録した。

macbookで作業していて、

$ ssh git@github.com
Hi kzfm! You've successfully authenticated, but GitHub does not provide shell access.

と出るのだけど、実際にpushしてみると

$ git push origin master
Repository not found. If you've just created it, please try again in a few seconds.
fatal: The remote end hung up unexpectedly

と言われて全然先にすすまない。あーだこーだと2時間くらい格闘していて、いい加減嫌になってきた。

試しにfedora8の入ったlinuxからだとgit pushがあっさり通った。あーなにがいけないんだろうか?macbookからpushできないと困るなぁ。

あと、bioperlのMoose版プロジェクトを発見。bioperlのwikiにもあった。

あとでチェックする。

オープンソースで始めるゲノム・プロテオーム・メタボローム解析

perl,python,Rでオームな解析をするための本。ツールやデータベースの説明が主なので、ハウツーな感じではなくて、インフォマティクス側からみたバイオロジーとかケミストリーのサービスとかツールのレビューに近い感じかも。

個人的には5章のケモインフォのとこと、9章のRの章が面白かった。

オープンソースで始めるゲノム・プロテオーム・メタボローム解析

献本していただいた。

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Building Bioinformatics Solutions: With Perl, R and Mysql

これも欲しいかも

ProductName Building Bioinformatics Solutions: With Perl, R and Mysql
Conrad Bessant,Ian Shadforth,Darren Oakly
Oxford Univ Pr (Txt) / ¥ 5,173 ()
近日発売 予約可

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