ドッキングシミュレーション関係の本だろうか。

タンパク質計算科学 ―基礎と創薬への応用― [CD-ROM付]
神谷 成敏,肥後 順一,福西 快文,中村 春木
共立出版 / ￥ 5,040 ()
近日発売　予約可

あとGaussian

Gaussianプログラムによる量子化学計算マニュアル 計算入力法から実験値との比較まで

丸善 / ￥ 3,675 ()
在庫あり。

Gaussianは使ってないのでこっちはあまり興味をそそられないが。

trunk(Rev: 3829)をDLしてきてコンパイル

svn co https://pymol.svn.sourceforge.net/svnroot/pymol/trunk pymol

freetypeがらみのヘッダーがないとかいうエラーがでてきたので

cd /usr/X11R6/include
sudo ln -s freetype2/freetype freetype

とsymbolic link張って解決

Bioinformatics Programming With Python
Mitchell Model,James Tisdall
Oreilly & Associates Inc / ￥ 6,131 ()
近日発売　予約可

コマンドラインでタンパク質のポケットを探索してくれる。

fpocket

論文によるとVoronoi tesselationをつかってalpha sphere detectionをやるみたい。

1R39に対して試してみた。

実行は

fpocket -f 1R39.pdb

と叩けば、ディレクトリが出来てPyMol,VMD用のファイルが出力される。

意外に家でBLASTかけないなぁ。 でもmacbookにも入れておこうと思った。そうすることでATGCの管理もできる？

sudo port install ncbi_tools
sudo port install EMBOSS

Structural Bioinformatics

Wiley–Blackwell / ￥ 10,215 ()
通常9～12日以内に発送

オープンソースで学ぶバイオインフォマティクス

東京電機大学出版局 / ￥ 4,095 ()
在庫あり。

バイオインフォだけだと片手落ちの気がする。表紙はケクレ構造にちなんで亀でお願いしたい。

バイオインフォマティクスのためのPerl入門
水島 洋
オライリー・ジャパン / ￥ 5,040 ()

実践 バイオインフォマティクス -ゲノム研究のためのコンピュータスキル-
Cynthia Gibas,Per Jambeck
オライリー・ジャパン / ￥ 4,410 ()

今のCPUとかmemoryの状況でLLで量子化学とか、かなりアリだと思うんだけどなぁ。pyquanteとかやばいでしょう。

Chemistry::RECAPをGitHubに置けばいいんじゃないか、なんて思いユーザー登録した。

macbookで作業していて、

$ ssh git@github.com
Hi kzfm! You've successfully authenticated, but GitHub does not provide shell access.

と出るのだけど、実際にpushしてみると

$ git push origin master
Repository not found. If you've just created it, please try again in a few seconds.
fatal: The remote end hung up unexpectedly

と言われて全然先にすすまない。あーだこーだと2時間くらい格闘していて、いい加減嫌になってきた。

試しにfedora8の入ったlinuxからだとgit pushがあっさり通った。あーなにがいけないんだろうか？macbookからpushできないと困るなぁ。

あと、bioperlのMoose版プロジェクトを発見。bioperlのwikiにもあった。

あとでチェックする。

perl,python,Rでオームな解析をするための本。ツールやデータベースの説明が主なので、ハウツーな感じではなくて、インフォマティクス側からみたバイオロジーとかケミストリーのサービスとかツールのレビューに近い感じかも。

オープンソースで始めるゲノム・プロテオーム・メタボローム解析
樋口 千洋
オーム社 / ￥ 6,090 ()
在庫あり。

個人的には5章のケモインフォのとこと、9章のRの章が面白かった。

献本していただいた。

これも欲しいかも

Building Bioinformatics Solutions: With Perl, R and Mysql
Conrad Bessant,Ian Shadforth,Darren Oakly
Oxford Univ Pr (Txt) / ￥ 5,173 ()
近日発売　予約可

プログラムとして実行できるfasta形式のプログラミング言語を作ってみた。いちおうチューリング完全(なはず)。

>HELLO_WORLD
ccggaccgcg gggcaccgcc ggcggaccgc cgccggaccg cccggcgacc gccgccccac
cgcccgccca ccgcggggga ccgccgcccc accgccgccg gaccgccgcc ggaccgccgg
cgcaccgcgg cgggaaccga cacatccata ccacagaacc caaaa

これはatgcというコマンドで解釈して実行します。

$ bin/atgc hello_world.fasta 
Hello world!

ゲノム的にGCリッチなほうがいいだろうということで0と1にg,cをそれぞれ割り当てて数字を表現するようにしてる。exitコマンドには終止コドンを割り当てようかとも思ったが、なんとなくaaaにしてみた(polyA)。

しかも（というか当たり前だけど）blastでホモロジーサーチがかけられるし、multifastaにしておけばソース管理もできるうえに、データベース化してインデックスはっておけば、NCBIのツール群でコマンド一発で取り出せる。

ただ今回作ったHELLO_WORLDの配列はblastnだといい感じにヒットしなくて悲しかったので、blastxかけたらブラックコットンウッドからなんかひっかかった。

>gb|ABK94795.1|  unknown [Populus trichocarpa]
Length=229

 Score = 33.5 bits (75),  Expect = 5.9
 Identities = 14/21 (66%), Positives = 15/21 (71%), Gaps = 0/21 (0%)
 Frame = +1

Query  100  GPPPDRRRTAAGTDTSIPQNP  162
            GPPPDRRRT  GT  S P +P
Sbjct  209  GPPPDRRRTRQGTTKSEPASP  229

コンパイラ側のソースはこんな感じでほとんどWhitespaceだ。

VMとかは特にいじってないのでEsotericの本を参照のこと。

Rubyで作る奇妙なプログラミング言語 ~Esoteric Language~
原 悠
毎日コミュニケーションズ / ￥ 2,814 ()
在庫あり。

VMを使った中間言語方式の強力さを理解した。