Drkcore

MacBookにBLAST+をいれた

今日は子守で会社を休んでいるのでPRMLのサンプリングの章でもじっくり読んでやるかという有意義そうな予定を組んでいたのだけど、なぜかmacbookにblast入れたりしていた。

しかもportで入れたblastが古くてあれやなぁと。調べたら今時はBLAST+(ブラプラって読むの？)らしくて、Biopythonのほうも対応しているらしいのでこっち入れなあかんやろと、何が目的だっけ？そもそもblast入れる目的なんだっけ的なよくあるパターンに。

NCBIのダウンロードサイトからMac OSX用のをダウンロードすればよい。

/usr/loca/ncbi/binにインストールされるのでパスを切っておく。

コマンドは引数も含めていろいろ変更されていて、blastallのpオプションで指定していたのがそのままコマンドになっている。formatdbがmakeblastdbになっていたりとか。

引数も短縮形じゃなくて、意味がわかるようなものに変更されている。

blastp -query test.fasta -db pdbaa

あと、ホームディレクトリでblast実行すると以下のエラーが出るんだけど、最初どこに問題があるんだかわからなかった。

terminate called after throwing an instance of 'ncbi::CSeqDBException'
  what():  NCBI C++ Exception:
    "/am/ncbiapdata/release/blast/src/2.2.23/IntelMAC-universal/c++/GCC401-
ReleaseMT--IntelMAC-universal/../src/objtools/blast/seqdb_reader
/seqdbimpl.cpp", line 412: Error: OID not found

Abort trap

で、dbのファイルを絶対パスで指定してやると解決した。

blastp -query test.fasta -db /Users/kzfm/blast/db/pdbaa

ただしデータベースが見つからないときのエラーは

BLAST Database error: No alias or index file found for protein database

こんなんだからなぁ。

なんなんだろうね。バグ？

Bioinformatics Programming Using Python
Mitchell L. Model
Oreilly & Associates Inc / ￥ 5,915 ()
在庫あり。

2010-04-22T15:10:16

本が出てた

ドッキングシミュレーション関係の本だろうか。

タンパク質計算科学 ―基礎と創薬への応用― [CD-ROM付]
神谷成敏,肥後順一,福西快文,中村春木
共立出版 / ￥ 5,040 ()
近日発売　予約可

あとGaussian

Gaussianプログラムによる量子化学計算マニュアル計算入力法から実験値との比較まで

丸善 / ￥ 3,675 ()
在庫あり。

Gaussianは使ってないのでこっちはあまり興味をそそられないが。

2009-08-18T20:19:53

macbookでpymol

trunk(Rev: 3829)をDLしてきてコンパイル

svn co https://pymol.svn.sourceforge.net/svnroot/pymol/trunk pymol

freetypeがらみのヘッダーがないとかいうエラーがでてきたので

cd /usr/X11R6/include
sudo ln -s freetype2/freetype freetype

とsymbolic link張って解決

Bioinformatics Programming With Python
Mitchell Model,James Tisdall
Oreilly & Associates Inc / ￥ 6,131 ()
近日発売　予約可

2009-07-20T08:01:23

fpocket

コマンドラインでタンパク質のポケットを探索してくれる。

fpocket

論文によるとVoronoi tesselationをつかってalpha sphere detectionをやるみたい。

1R39に対して試してみた。

実行は

fpocket -f 1R39.pdb

と叩けば、ディレクトリが出来てPyMol,VMD用のファイルが出力される。

1r39

2009-07-18T19:19:56

macbookにEMBOSSとncbi_tools

意外に家でBLASTかけないなぁ。でもmacbookにも入れておこうと思った。そうすることでATGCの管理もできる？

sudo port install ncbi_tools
sudo port install EMBOSS

Structural Bioinformatics

Wiley–Blackwell / ￥ 10,215 ()
通常9～12日以内に発送

オープンソースで学ぶバイオインフォマティクス

東京電機大学出版局 / ￥ 4,095 ()
在庫あり。

2009-05-26T20:47:39

オライリーからはやっぱケモインフォマティクスの本も出して欲しいと思う

バイオインフォだけだと片手落ちの気がする。表紙はケクレ構造にちなんで亀でお願いしたい。

バイオインフォマティクスのためのPerl入門
水島洋
オライリー・ジャパン / ￥ 5,040 ()

実践バイオインフォマティクス -ゲノム研究のためのコンピュータスキル-
Cynthia Gibas,Per Jambeck
オライリー・ジャパン / ￥ 4,410 ()

今のCPUとかmemoryの状況でLLで量子化学とか、かなりアリだと思うんだけどなぁ。pyquanteとかやばいでしょう。

2010-01-12T10:35:03

GitHub

Chemistry::RECAPをGitHubに置けばいいんじゃないか、なんて思いユーザー登録した。

macbookで作業していて、

$ ssh git@github.com
Hi kzfm! You've successfully authenticated, but GitHub does not provide shell access.

と出るのだけど、実際にpushしてみると

$ git push origin master
Repository not found. If you've just created it, please try again in a few seconds.
fatal: The remote end hung up unexpectedly

と言われて全然先にすすまない。あーだこーだと2時間くらい格闘していて、いい加減嫌になってきた。

試しにfedora8の入ったlinuxからだとgit pushがあっさり通った。あーなにがいけないんだろうか？macbookからpushできないと困るなぁ。

あと、bioperlのMoose版プロジェクトを発見。bioperlのwikiにもあった。

あとでチェックする。

2009-03-24T00:14:13