今週のワタシ(2026/06/01-06/07)

今週はやたら忙しいというか、進捗のない虚しい忙しさだった気がする(良くない)。

さて、少し前に、会社のチームメンバーから無印良品のせいろが良いという話を聞かされて、株主のワタシとしては試さざるを得なかったわけで。

結論:良い(多分)

いつもの八百屋のおっちゃんがとうもろこしをおすすめしたので、買って茹でてみた。

あとは肉じゃがを作りたいという動機でせいろを買ったので、豚バラブロックとじゃがいもを茹でました。 茹で終わったら、片栗粉か葛粉でとろみをつけた餡を回しかければ出来上がりというちょっと変わった肉じゃが(豚)です。

これはずいぶん昔に青柳の料理本を見て感銘を受けたレシピです。材料ではなく料理の枠組みそのものに工夫を凝らしているところが気に入っており、サイエンスもこうじゃなきゃなーと思いながら過ごしている次第です。

Mishima.syk #23やります

おまたせしました。一年ぶりくらいにMishima.sykをやります。

今回は各方面からの強い要望を受けての新大阪開催となります。

美味しくて楽しい懇親会場を探すために、最近はKNIMEST+αと下見を頑張っております。

前回と比較すると、vibe codingとかpaper2codeなんかが一気に実用化された気がします。それによって何が変わりそうなのかとか、すでに変わっているのかとかそれを踏まえたキャリアプランなんかも変わってくると考えていて、そういった話は某学会の講演会で企画しているので、もっとディープな議論ができればいいなぁと思っています。

あとはこのあたり

私の質問:

inductive bioのopen ADMETのコンテストで一位を取ったfoundation modelやboltz-2は結局generarizeっていうよりは memorizeしているだけだと思うのだけど、汎用的なモデルであるという反証ってあるのでしょうか?

Claudeのお答え:

非常に鋭い指摘で、これは今まさに議論の的になっています。結論から言うと、memorizeしているという批判は実験的にも支持されており、generalizeの反証は現時点では弱いです。


Boltz-2のケース:memorization artifact

Shekharらのvirtual knockout実験が直接的な証拠です。

  • Binding siteをAlanine scanning、Phe置換(立体障害)、電荷逆転などで意図的に破壊してもBoltz-2のenrichmentはほぼ変わらない
  • 同条件でdockingなどの物理ベース手法はenrichmentが崩壊する
  • つまりBoltz-2は「タンパク質-リガンド相互作用の物理的理解」ではなく「既知の結合サイトの記憶」に依存している可能性が高い

さらにdata leakageの問題:

  • sequence similarity cutoffが高すぎてpocket levelでのtrain-test leakageが起きている可能性
  • scaffold splitではなくTanimoto splitを使っている点も批判されている
  • Recursionの社内targetではbenchmark性能より大幅に落ちた報告あり

Open ADMETのケース

Inductive BioのBeaconモデルは「blind challenge」に勝ったという主張だが: - blind testでもtraining dataと化学空間が重なれば実質memorization - scaffold/cluster splitでの評価が十分かは非公開部分が多く検証困難

generalizeの「反証」として出てくる主張と限界

| 主張 | 限界 | |------|------| | 少量データ(~50化合物)でfine-tuningが効く | novel scaffoldでの検証が不十分 | | blind challengeで1位 | chemical spaceが訓練データと重複の可能性 | | 複数のendpointで汎用的 | 各endpointでleakageが独立に起きうる |

結論

現状、「真にgeneralizeしている」という強い反証はなく、memorization寄りの解釈を否定できていないのが実態です。これはBoltz-2だけでなくADMET/物性予測のfoundation model全般に言える課題で、proper temporal splitやout-of-distribution化合物での厳密評価が求められています。

Sources:

冒険する組織のつくりかた

冒険する組織のつくりかた

  • 選択と集中に変わる戦略が分散と修繕
  • 余白のある疑問文の形に落とし込む
  • ズレの察知、前提の違いを理解、目線を合わせ共創
  • 土壌を耕す
  • 「らしさ」を育む
  • 「知の進化」と「知の探索」つまりT字型の成長
  • ALIVE: ADAPTIVE , LEARNINGFUL, INTERESTING, VISIONARY, EXPERIMENTAL
  • 危機感を煽るアプローチは根本的に通用しなくなっている

いまの職場にはKPTがないなと改めて思った。

今月のワタシ

ゴールデンウィークが終わってから仕事->寝るの無限ループに陥っていた(良くない)。

新しい皿に盛り付けたビリヤニ。やはり青は良い。

週末は2か月ぶりに静岡に帰っており、本日はマイナンバーカード再申請のために市役所へいかねばならず年休。 3か月前に郵送で申請したのだけど一向に音沙汰なくて、申請何処かで止まっていたら再申請すればいいやと市役所に赴いたら

できてますよ

と。通知カードもちょうど今日送る予定だったそうで。もやもや感マックスではあったが、マイナンバーカードの問題は解決したので良しとする。

最近色々と思うところがあったり、考えたりするのだけど、寝たり放置していたりすると忘れてしまうので、もう少し頻度高くブログを書いて自分の考えをまとめるようにしないと、どんどんアホになっていくなぁと思う今日このごろ。

ゴールデンウィークは即過ぎ去った

4/29-5/2

4/29-5/6までという長期間の休みだったのですが、やすいフライトチケットもないことだし、家で大人しく読書でもして過ごそうと考えていたら、まさかの初日(前日夜?)の寒暖差のクリティカルをくらって前半の4日間は風邪で寝てました。

買い物に出る気も起きないし、家にあるものでなんか作ろうとして棚をゴソゴソしたら、業務スーパーで買った業務用のマルタイラーメン(1kgで450円くらい!)が出てきました。 ついでに、比内地鶏の鶏ガラ買って冷凍庫に放り込んだままだったのを思い出し、おもむろにラーメンをつくることにしたのだけど悲しいことに私の部屋にはIHのコンロが一つしかないのでこちらはスープ作りに占拠させて、蒸し器代わりにちょうどいいと買ったもののこれまた放置していた電子レンジ専用鍋で麺茹でをすることにしてみました。

この戦略が割といい感じでハマりまして、無事にラーメンが完成したのだけど、鶏ガラ出汁の、低温とりむね肉だったので、なんかフォーみたいな味わいになってしまったという感じ。

5/3

体調はなんともないのだけど、咳が止まらないので今日もおとなしくしておくかと、せっせとポークカレー作り。 だがしかし、私の嗅覚が変わったのかなんなのか知らんが、近所のスーパーで買った肉が臭くて気になりすぎ問題が発生。実は前回買った鶏肉もちょっと臭くて食べきれなかったので、これからは高く付くが精肉店で買ったものを冷凍してストックしておくことにしました。(米も買ってから精米してくれる米屋さんからしか買ってないのだが、、)

5/4

本当は初日に予定していた(が風邪で延期した)、信楽の作家市に行ってきました。

カレーが映える青い皿が目当てだっただが、ついつい茶碗も買ってしまった。

5/5,6

特に何もなく読書をして過ごす。北川先生が勧められていた「役に立たない科学が役に立つ」などを読んでおりました。

ここ数週間のワタシ

4月上旬

娘のsushingしたいというリクエストを受けて、星付きのお店に行ってみました。

その後、WVBに寄った。

火曜日くらい

同僚と高槻の隣の駅近くのビールヤに行ってきました。いつも飲みに行っている立ち飲み屋でたまたま飲みに来ていたスタッフにお会いしたのが去年の夏くらいなので、なかなか行けなかったのですが初訪問。

木曜日

遅い時間のタフな会議で疲れたので、ちょっと飲みに行くかと駅前第二ビルのさしす。

スタッフにベトナム人が多かったですね。彼らは勤勉なのでベトナムに投資しておくのもアリなんじゃないかなーと思った。ハノイのgrabで乗ったvin fastとか良かったしね。宗教的な相性も結構重要なんじゃないのーとは思っている。お酒を飲みにくい国は辛いしねw。

オプション投資をちょっと理解した

ブラックショールズモデルをわかりやすく説明していて、グリースの意味を結構理解した。

とはいえ、ファープットで保険として使うくらいかなぁ

「間違った課題を達成すること」についてと「成果とチャレンジのグラデーション」

先日受けたストレングスファインダーの結果をコーチングされたのですが、一つ参考になることがありました。 自分の10の強みの中に達成欲が入っていて(何度か受けたけど必ず入ってる)、「あんまり達成欲強い方ではないはずなんだけどなー」と不思議だったのですが、コーチの人が「戦略性が強みに入っている人は達成欲が出てくることが多い」と。私の場合は「自分の立てた戦略が正しいことを確認するための達成欲だ」ということを理解して大変納得した次第。

さて、間違った課題を達成することは、何もやらないこととほぼ同義だと思っていて、課題の方向性が正しいことと、概ね正しい戦略を設定することに一番気を使います。そのあたりきちんと考えない人って多いっすねーって思う今日この頃。

もう一点、ストレッチした目標を設定してかつそれを達成することに関してです。もしあなたが経営のトップだとしてストレッチした目標を達成することは必須だと思います。「頑張ったから目標達成しなくてもいい」というようなエクスキューズは株主には許容されないと思います。逆に新入社員だったら頑張ったこと自体が評価されるかと思います。というわけで一般てきに我々会社員はそのグラデーションのどこかに位置づけられるわけで、ポジションが上がれば上がるほど成果にコミットすることを求められるわけですね。昔に多様なことを書いたなーとおもったら書いてた

この2つをちょっと書こうと思ったのは「頑張りそれ自体を評価すべき」と主張する人がいて、まぁそれでもいいけど、こう考えたほうが成長すんじゃないのかねーと思ったからですね。

London Elektricity - The Plan That Cannot Fail

螺旋階段を登り続けよう

ホーチミンが楽しすぎて更新をする気が起きなかったのですが、最近思うことがあり記しておこうと思います。

会社の組織文化を変えようとボトムアップでもがく場合、違う人が時を変え手を変え品を変え何度も同じことにチャレンジすると思います。組織文化ってそんなにコロッと変わらないので、見続けている人にとってはデジャブっぽく映るかもしれませんが、少しずつ前進はしていると思うのです。

そう、ゆったりとした螺旋階段を登るように。なので、登り続けることは無意味ではないと思っていますがカルチャー変えられないと心折れるよねっていうのは同意します。

あと、トップダウンだとコロッと変わる場合も多いので、まあそんなもんかという風にも達観していたりします。

先日strength finderを受けたら運命思考がトップ10の下位の方に出ていたので「なにこれー」と思ったのですが、こういうあたりを受け入れるようになったとかそういうことじゃないかなぁと内省してみました。

帰国後の次の次の日くらい

広島大学のB教授のセミナーの講演に呼ばれて行ってきました。前職から行く行く詐欺で全然行けてなかったので呼んでいただき大変光栄でした。日本酒もたいへん美味しかったです。

3/21 土曜日

会社の同僚と第二ビル昼飲み祭りをしました。ちるちるにびるというジャックとマチルダ系列の立ち飲みに行きたかったので誘ってもらえてよかった感満載でした。

3/28 土曜日

コゴミ、ふきのとう、タラの芽の天ぷらのコンボを決めてきた。春を感じたマジ。

3/29 本日

今シーズン最後であろうおでんを煮ながらブログを書いている。卵とコンニャク忘れたのだけど主役は練り物なので特に問題はない気がする。

ホーチミン4日目

朝はソイガーっていうカオマンガイ的なものを。レストラン名はソイガーナンバーワン。

winmartでお土産を買ったら小腹が空いたので、rice rollの店へ。滑らかなワンタンみたいで美味しかった。

2日目からお腹の調子の悪い同行者がフォーをご所望であったため、com-phoなるローカル感満載の店へ。

すこぶる美味かった。

夕飯は小洒落たところでもいこうと。

最後はクラフトビールを飲んだ。

ホテルから空港まで30分弱だったので3時間前にホテルを出れば間に合うだろうと余裕を持ったつもりが、チェックイン、セキュリティ、保安検査と全てが長蛇の列で、結局ボーディングタイムギリギリになってしまった。

次回は気をつけたい。

今回の旅の教訓

アレな人が列に存在すると大幅にロットが乱れる