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15092018 life

人形の国の3巻がでてた

早速ポチった。これから東京に行くので新幹線の中で読もうっと

人形の国（３） (シリウスコミックス)
弐瓶勉
講談社 / ?円 ( 2018-09-07 )

15092018 PythonRDKitPsi4

Psikit as a Electronic-Structure Informatics library

Now pen and I are planning to develop a library for a Electronic-Structure Informatics named Psikit (Psi4 + RDKit).

Which coding style do you like?

The repository is here.

psikit as a wrapper library?

import psikit
import numpy as np
from rdkit import Chem

psikit.core.set_output_file("out.dat", True)
psikit.set_memory('4 GB')
psikit.set_num_threads(4)

mol = Chem.MolFromSmiles("c1ccccc1")
benz = psikit.geometry(mol)
scf_e, scf_wfn = psikit.energy("B3LYP/cc-pVDZ", return_wfn=True)
HOMO = psikit.get_homo(scf_wfn)
LUMO = psikit.get_lumo(scf_wfn)
print(HOMO, LUMO, scf_e)

or psikit as a set of util functions library?

import psi4
from psikit import mol2xyz, get_homo, get_lumo
import numpy as np
from rdkit import Chem
psi4.core.set_output_file("out.dat", True)
mol = Chem.MolFromSmiles("c1ccccc1")
xyz, mol = mol2xyz(mol)
psi4.set_memory('4 GB')
psi4.set_num_threads(4)
benz = psi4.geometry(xyz)
scf_e, scf_wfn = psi4.energy("B3LYP/cc-pVDZ", return_wfn=True)
HOMO = get_homo(scf_wfn)
LUMO = get_lumo(scf_wfn)
print(HOMO, LUMO, scf_e)

08092018 chemoinformaticsqchempsi4

Psi4 install error

I got a this error. Conda always irritates me ;-)

>>> import psi4
Traceback (most recent call last):
  File "/Users/kzfm/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/psi4/__init__.py", line 55, in <module>
    from . import core
ImportError: dlopen(/Users/kzfm/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/psi4/core.so, 2): Library not loaded: @rpath/libiomp5.dylib
  Referenced from: /Users/kzfm/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/psi4/core.so
  Reason: image not found

During handling of the above exception, another exception occurred:

Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
  File "/Users/kzfm/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/psi4/__init__.py", line 60, in <module>
    raise ImportError("{0}".format(err))
ImportError: dlopen(/Users/kzfm/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/psi4/core.so, 2): Library not loaded: @rpath/libiomp5.dylib
  Referenced from: /Users/kzfm/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/psi4/core.so
  Reason: image not found

@rpathという変数がMacでは何らかの理由により正しく設定されないらしい

朝からイラツキすぎてまともに解決する気力もないので、当面放置するかも。これから買い物いかないといけないし。それにしてもCondaよくわからんエラー多すぎるわ。RDKitもそうだったしさー。あんまよくないんじゃないの？職場では使ってないしー

forum見たけど報告されてないっぽいし、あとで気力が戻ったら投げておきます（未定）。

追記 0800くらい

エントリ書いて朝ごはん食べたら冷製になったのでなおした。

$ install_name_tool -change @rpath/libiomp5.dylib /Users/kzfm/anaconda3/pkgs/intel-openmp-2018.0.0-h8158457_8/lib/libiomp5.dylib /Users/kzfm/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/psi4/core.so

26082018 沼津snorkering

久しぶりの大瀬崎

久しぶりに大瀬崎に行ってきた。コンディションはここ数年で一番良かったのでかなり潜っていた気がする。超楽しかった。

風は若干強めだったけどよく晴れたいた。

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透明度はこんな感じ。

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キンギョハナダイとスズメダイ

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ふぐとたい

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知らん魚とタカッパ

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岩の間にカサゴが隠れていたのと、チョウチョウウオ。カサゴは美味しそうなサイズだった（刺したかったｗ）

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今回は満足の大瀬崎だった。

22082018 Python

Shizuoka.py #7やります

前回からかなり時間が経ってしまいましたが、Shizuoka.py #7やります

皆さまの参加をお待ちしています( ･`ω･´)

20082018 life

カオマンガイ作った

クックパッドを見ると鳥とご飯を一緒に炊くレシピばかりなのですが、鳥を茹でてからそのスープを使いタイ米を炊くのが正しいそうなのでその方法に倣ってつくってみた。鳥は沸騰したら弱火で7,8分煮てしっとり柔らかく仕上げるのがコツだそうです。沸騰した湯に鳥を入れて火をとめる、冷めたら鳥を取り出し再度沸騰させて鳥を再投入して火をとめるという手間のかかったレシピも発見したので今度余裕があるときに作ってみよう。

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余ったタイ米は次の日にカレーにして食べた。

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なお、カオマンガイとシンガポールライスって何が違うの？ってことで調べてみたんだけど、ソースの他に取りにどういうテクスチャを求めるのかで色々バリエーションがあるみたい

4か国のチキンライスの違い

小洒落たプレート欲しいなぁ、どこかの火まつりでも行ってくるかな。

20082018 life

浅間神社にFPM来た

謎のドラえもん神社として一部では有名な富知六所浅間神社に、これまた一部では有名なFPMがDJに来るということなのでウキウキしながら行ってきた。

FPM知らんのなんてあれじゃねーかとか思うんだけど、一般人は知らないらしいですね（会社で調べてみたけどみんな知らんかった）。神社のDJタイムにも「あの人って有名なの？」とかいう会話が聞こえてきたし、先頭陣取って楽しそうに踊っている人と、後ろのほうで突っ立っているクラブ知らんのかな？っていう層で割とくっきり別れていたように見えて、朝霧JAMって地元少なめ？なんて思ってしまったがどうなんだろうね。

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