Drkcore

MacBook Airを購入してデータ移行に失敗した

タイトルの通りMacBook Airを購入した。息子に「minecraftをPCでやりたいからお下がりくれ」って言われたのでまぁいいタイミングかなと新調したわけだが、データ移行にトラブった結果過去の資産をほぼ全て失ってしまった。

もとのMacBook Airが2015 earlyかなんかだったので、デーたの移行はWifiかケーブルなんだけどWifiはおそすぎるから却下ということで、Thunderbolt 3->2 変換コネクタとThunderboltケーブルを9000円くらいで購入した挙げ句、データ移行に失敗したので、このもう使い道のないケーブルどうしようかなぁと。まぁ、あと一台移行しないといけないMacBook Airあるからその時使うことになるからいいけどさ、、、

というわけで、新しいMacBook Airは過去のしがらみを断ち切れていてかなり快適だ。SSDにも余裕があるし、レガシーなソフトも入っていない。

実際、必要なデータはGoogle Driveに入れておけば毎回データ移行しないで使ったほうが快適かもしれない。slack,yorufukurou,vscode入れれば環境的にはまぁOKだしね。

11072020 bioinformatics

なぜ「顧客が必要としないもの」を提供しようとするのか？

顧客の要件をきちんと理解することの続き。

結局、なんでこんなことになっているのかを考えてみるに、

顧客が説明した要件
プロジェクトリーダーの理解（おそらくこっち）

に問題があるんだろうなーと。プロジェクトリーダーがきちんと理解してないから適切に現場のタスクにブレークダウンされていなくて、私が現場の月次ミーティングでそれに対して物申しているのだろう。というわけで、ミーティングで文句言うくらいだったら、最初から打ち合わせできちんと調整したほうがよろしいんかなぁと思い始めている。

トヨタ生産方式
ダイヤモンド社 / ￥1,109 (2012-09-14)

23062020 bioinformatics

免疫ペディア〜101のイラストで免疫学・臨床免疫学に強くなる!

買った。Kindleだと読みづらいので紙版にした。持ち歩くことも特にないだろうし。

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羊土社 / ￥6,270 (2017-06-07)

21062020 chemoinformatics bioinformatics

Deep Learning To Impute Heterogeneous Drug Discovery Data

久しぶりに面白い論文を読んだ。極めてインフォマティクスらしいアプローチでとても素晴らしいと思った。能動学習と組み合わせても面白いんではないかと思ったので後で試してみる。

Practical Applications of Deep Learning To Impute Heterogeneous Drug Discovery DataというJ.C.I.Mのペーパーだけど、research gateからも読めるみたい。

個人的にはマルチタスク学習も転移学習もDrug Discoveryのデータの予測にはあんまり有効じゃないんだろうなーと思っていて、特にマルチタスクなんて共通な特徴量抽出だろうから、それって結局脱溶媒に帰着してハンシュフジタのlogPに無事着陸帰還とというか、「1mmも前進してないじゃないか？美しくないなオイ」くらいに思っている。

Significant improvements over “conventional” machine learning are generally only seen in large data sets or in the case of multitask learning where there are strong correlations between the endpoints.

本論文ではインピュテーションを採用している。特に特徴量学習とかのそもそも化合物表現を攻めずに、与えられたデータから尤もらしい測定値を推定するアプローチをとっているのがインフォマティクスらしくて良いと思った。これにより、特に細胞系のアッセイでの予測精度の向上が大きいが、その理由を次のように考察している。

In particular, we can see that the project A cell 2 (cell proliferation) results cannot be predicted with conventional QSAR methods; a negative R2 indicates a performance that is worse than random (i.e., shuffling the test labels). This is likely because cell activity depends not only on target protein activity but also on the compound reaching the target which will be strongly influenced by physicochemical and ADME properties.

細胞系のアッセイだと、膜透過もパラメータとして取り込んだほうがいいから物性の結果(予測、実験値)ともに特徴量として放り込むこと多いだろうから、inputationで欠損値を埋めるアプローチって上手いよなぁと感心した。

このあたりをもう少し丁寧に読んでおくべきだろう。

測定系同士に関連性がある場合に精度が向上するってあれじゃン、発現データじゃんとおもってバイオインフォマティクス関連の文献調べたらDeepImpute: an accurate, fast, and scalable deep neural network method to impute single-cell RNA-seq dataってのを見つけた。

これとimmunedeconvを組み合わせて、任意の免疫系細胞で着目している遺伝子の発現量を推定できないかな？

14062020 bioinformatics

顧客の要件をきちんと理解すること

顧客が本当に必要だったものという風刺画はだれでも一度は目にしたことがあるだろう。

顧客はそもそも自分が欲しい物をきちんと理解していないことが多いため、自分の理解の範囲で要望を伝えることに問題があるし、それを字面通りに受け取るプロジェクトリーダーが要求の本質を理解していないということも同様に問題かと思う。解析という仕事においても同じことはあてはまる。特にケモインフォやバイオインフォの解析において、顧客はメディシナルケミストだったり、薬理の研究者だったりするわけだが、かれらの要求（知りたいこと）を彼ら自身がきちんと認識していないことは往々にしてある。

もし、こうい解析タスクが割り当てられて、その評価に労働時間が考慮されているのであれば、間違ったことを繰り返すことになんの問題もない、むしろ沢山の間違いを繰り返して、顧客から労働対価をぶんどるのは正しい戦略かと思う。社内においても「依頼されたタスク」を遂行する、そしてその時間の多寡が評価されるのであれば、特段問題ないと思う。

ただ、既にWFHが当たり前になりつつ状況で労働時間そのものを評価の指標にすることは減ることはあれど、増えることはないと思う。つまり「顧客が本当に必要だったもの」をいかに早く少ない労力で提供するかが評価指標にシフトしていくんだろうなぁと思っている。

最近、いくつかのミーティングに出ていて、 「それそのまま鵜呑みにして実行したら、そりゃそういう話に持っていかれるだろうな」 と思うことがいくつか重なったのでメモがてら書いてみた。

コンサルタントの秘密―技術アドバイスの人間学
共立出版 / ￥1,156 (1990-12-01)

08062020 work life

前置詞の使い方とTeXの使い方

たまに前置詞の使い分けで混乱するのでなんかいい本ないかなーと買ったのがこれ。まぁイマイチだったら娘に譲ればいいやと思ったけど重宝している。

改訂合本ネイティブの感覚で前置詞が使える
ベレ出版 / ￥2,640 (2010-11-22)

前置詞って日本語で言う助詞の代わりみたいなもんだからノンネイティブには細かいニュアンスがわからんよねっていう。

あとは、TeXの本を再度買いました。前回5版を買ったんだけど、まったく読まずに、、、でした。最近文書を書くことが増えてTeXの手ほどきを受けたらpdf作るなら断然TeXだなと思うようになった。あと、そろそろ本を出したい。

[改訂第7版]LaTeX2ε美文書作成入門
技術評論社 / ￥3,520 (2017-01-24)

GitHubでHTMLとPDFを共存させるならasciidocがいいと思っている。

26052020 life

竹岡式ラーメンを作った

ろたすのチャンネルで竹岡式ラーメンの作り方がアップされていたので試してみた。

麺は西友に唯一売っている、乾麺の棒のやつ

ネギは細めのネギなので大量に投入。チャーシューの色がいい感じになっているが、実際いい感じ。

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玉ねぎが良い感じ。スープにコクがないのが嫌だったので、気持ち鶏ガラスープ顆粒を投入した。

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かなり満足の出来上がりとなった。

あとは乾麺にこだわるかどうかだけど、個人的にはストレートでもう少し太い麺が良いかなと。

それからもうちょい小洒落たラーメンどんぶりがほしい。器は重要だよなー、秋にどこか火祭り行くかな。

25052020 chemoinformatics bioinformatics

今月の分子で興味をひかれたもの

PDBjの今月の分子を眺めて興味が湧いたもののメモ

tRNA

下の図は、PDBエントリー 4tna のフェニルアラニン運搬RNAの構造で、３つの塩基の相互作用を示している。シトシンとグアニンは、DNAでも見られる典型的な塩基対を形成するが、２つ目のグアニンはメチル基（右端中央の灰色の球）が付加されており、通常見られない相互作用を塩基対と形成する。

FMO案件

シャペロン

シャペロンも改めて考えてみるとよくわからん。フォールディングしやすく空間を与えるのか、熱変性しにくくする空間を与えるのか？HSPの名前の由来であれば後者の気もするけど。

多くのシャペロンタンパク質は「熱ショックタンパク質」（heat shock protein）と呼ばれ、HSP-60のように名付けられている。こう呼ばれるのは細胞が熱にさらされた時大量に作られるからである。一般的に熱はタンパク質を不安定化させ、誤った折りたたみをより起きやすくしてしまう。だから本当に熱くなった時、細胞はこれらシャペロンの追加支援を必要とするのである。

Gタンパク質

G蛋白質をあまり丁寧にみたことはなかった。

βサブユニットを見ることにも時間を費やして欲しい。ペプチド鎖を主鎖表現やリボン表現で表示すると、鎖がきれいなプロペラ型の構造をとっているのが分かるだろう

主要組織適合性複合体（Major Histocompatibility Complex）

FMOかけよ

MHCタンパク質は、黄色い星印で示したチロシン（tyrosine）の各末端でペプチドをつかんでいる。２つの構造でこの３つの位置が似ていることに注目して欲しい。ペプチドはこの場所でMHCにつながれているが、他のアミノ酸は外側に伸びてタンパク質から外れている。

オーキシンとTIR1ユビキチンリガーゼ

正しくないフォールディングってのは物性的にわかりやすい駄目な指標があるってことかな？免疫系の抗原提示みたいなことが蛋白質レベルで行われているってことかな?

オーキシンがユビキチンに結合した構造によって別の驚くべきことが分かった。オーキシンは、Aux/IAAタンパク質がリガーゼに結合するのを促してそれらの破壊を導くが、タンパク質の形を変えることでこの仕事を行っている訳ではない。そうではなく、２つの分子の間に架橋する分子のりとして働くのである。オーキシンはユビキチンリガーゼの深い窪みの中に結合して穴を埋め、Aux/IAAタンパク質に完全に合致した表面を作り出す。

低酸素誘導因子

虚血も興味がある。

酸素が不足した細胞は、多くの赤血球を生み出しより多くの血管をつくるよう身体に伝える信号を送り出す。また、代謝のしくみを変えて、あまり多くの酸素を必要としないエネルギー代謝経路を使うようにする。

スプライソソーム

わからん

23052020 life

ケチャップをめぐる冒険

ここではケチャップを説明したいと思う。なぜそんなことをするのか、それは僕にもまったくわからない。しかしだからこそ、やってみるべきだという気もする。

羊をめぐる冒険(上) (講談社文庫)
講談社 / ￥616 (2004-11-15)

羊をめぐる冒険(下) (講談社文庫)
講談社 / ￥616 (2004-11-16)

I thought that ketchup was a sour and sweet condiment made from tomatoes, but my conception of it was completely wrong.There are many kinds of ketchup made from ingredients other than tomato, like banana, mushroom, and fish.

I couldn't imagine the taste of ketchup made from fish. After searching for fish ketchup, I found that the name "ketchup" comes from the fish sauce of China or East Asian countries.

It was a really interesting story that the origin of soy sauce and tomato ketchup is the same. We should call soy sauce as "soy ketchup" instead of "shou-yu" :-)

https://en.wikipedia.org/wiki/Ketchup

というわけで、インドネシアのケチャップマニスは鹿児島あたりの甘い醤油の近縁なのではなかろうかということが推測される。