05072026 life
月曜日
クラムチャウダー
Aの本社らしい
火曜日
ウェイモに乗った。乗ってみて、「人はもう運転しなくてよいのではないか？」と強く感じた。
カリフォルニア最古のレストランで夕食
水曜日
昼はタコス。食べきれないほどの量だった。
土曜日
帰国して食べたいものはやはりラーメン。ニボニボ感溢れるラーメンを頂いた。
飲み屋にお邪魔したら山椒の実をいただいたので、酔っ払いながら処理した。何に使おうか悩む
日曜日
サバ缶のなめろう。日本酒に合うと思うので、今度作ってみよう。
05072026 bioinformatics
プロジェクトで生成AIを利用した貢献（コード・PR・コミュニケーション）をどう扱うべきかを巡る議論
BiopythonのMLに非常に興味深いスレッドが立っていました。
今まではコミュニティへのコントリビューターは段階を踏んで育成されてきたからメンテナとコントリビューターのバランスが取れていたが、生成AIのせいでそのバランスが崩れ、且つ、開発ポリシーを理解しているのかしてないのかわからないPRが大量に来ると、メンテナ側からみたらそれはスパムと変わらんなぁと思います。
生成AIはOSSコミュニティの在り方にも影響を与えるのか！と大変興味深い問題提起かなと思いました。
以下ChatGPTによるサマライズ。
このメールスレッドは、Biopythonプロジェクトで生成AIを利用した貢献（コード・PR・コミュニケーション）をどう扱うべきかを巡る議論です。
要点をまとめると次のようになります。
1. Peter Cock（メンテナー）の問題提起
Peterは、AI生成のPRが増え、
- レビュー負荷が大きい
- コードよりもAI生成の長文説明が疲れる
- 人を育てるOSS文化が失われる
という理由から、原則として生成AIを禁止する方向を提案しています。
例外として認めてもよいものは
- 機械翻訳
- スペルチェック・文法チェック
程度に留めるべきという考えです。
2. Andrew Dalke の意見（かなり強硬）
Andrewはさらに踏み込んで、
- AIは単なる便利ツールではなく社会的コストが非常に大きい
- OSSメンテナーの燃え尽きを加速させる
- Biopythonは教育・メンタリングの場でもある
- AI利用者は「責任を持つ」と言っても長期保守は結局メンテナーが担う
と述べています。
また、
「コードを理解している」
だけでは不十分で、
「将来保守できる品質で書かれている」
ことが重要だと主張しています。
3. Hilmar Lapp（今回の最新メール）
Hilmarは唯一、AI全面禁止に慎重な立場です。
要点は、
- 将来は企業も大学もAI利用が標準になる
- 自分が関わる大学の開発チームでも既にAI利用が必須
-
BiopythonだけAI禁止にすると、
-
開発環境だけ特殊になる
- 新規参加者が減る可能性がある
-
その結果、
-
プロジェクトの持続可能性
- コミュニティの成長
に悪影響が出るかもしれない
という懸念を述べています。
最後に
「AI禁止ポリシーがOSSの持続性にどう影響するかは興味深い実験になる」
と締めています。
現状の議論の構図
AI禁止派（多数）
- Peter Cock
- Andrew Dalke
- Markus Piotrowski（ほぼ同意）
主張
- レビュー負荷増加
- AIスロップ問題
- メンテナー保護
- 人間同士のコミュニケーション重視
慎重派（少数）
- Hilmar Lapp
主張
- AIは今後の標準ツールになる
- 完全禁止は参加者減少を招く
- 長期的にはプロジェクトの持続性が心配
現時点の流れ
メールの流れを見る限りでは、
Biopythonはかなり高い確率で「生成AI禁止」またはそれに非常に近いポリシーを採用する方向に進んでいます。
Hilmarは反対というより、
「禁止した場合の長期的な影響も考えたほうがいい」
という現実的な懸念を提示している立場です。
全体としては、メンテナーのレビュー負荷やコミュニティ文化の維持を優先し、AI利用を厳しく制限する方向性が優勢な議論になっています。
今週のワタシ(2026/06/22-06/28)
水曜日
会議があったので別サイトに行きました。お昼はラーメン
懇親会では隠れフォロワー多すぎだろっていう感じで盛り上がり、なかなか楽しかったです。学会ではたまに話しかけてくれる人がいるのだけど、会社の飲み会でカミングアウトされたのは新鮮でした。
懇親会で会議で厳しかったというご意見をいくらかいただいたのだけど、「皆さんサイエンスの面でスポイルされていない？」ってちょっと感じていて、私が楽しくサイエンスの議論をするために少し突っ込まさせてもらいました。SOTAから離れたところの頑張りを聞いてもあれだし、もうちょっと「わからせてやる」感あふれるメッセージがあってもいいのかなぁと思いますがどうなんでしょう。SOTA越えようともがいているかどうかは重要だと思うんだけどなぁ。
もっと外に出て、自分たちの立ち位置を客観的に見られると良いようにも思うし、それは現場だけの責任じゃないんですけどねーと思うところではありますが。難しいですね。
土曜日
焼き鳥が食べたくなり、箕面ビールの置いてある焼き鳥屋に行ってきました。
やげん軟骨が肉が多くて大変美味。あと全般的に焼き鳥の塩加減が強すぎず私の好みでした。また行く
日曜日
水曜日の懇親会で、カレー多すぎと突っ込まれたが、明日から不在にするので冷蔵庫のナスを処理するためにタイカレー
今週のワタシ(2026/06/15-06/21)
水曜日
突然同僚に誘われてグランフロントの上階にあるお好み焼き屋に行ってきました。そういえば転職してからたこ焼きもお好み焼きも食べてないので、関西初です。
なかなか美味しかった。
金曜日
前職の同僚と馬焼肉へ。違う会社で頑張っている方々の話を聞いたり情報交換したりするのはモチベーションを上げる意味でも大変良いです。皆さん何度か転職を経験しているので、社風の比較とか結構盛り上がる。ちなみに現在の会社はあまり飲み会がないし、飲みに行くのも同僚が多くてほぼ割り勘なので懐事情は大変良いです（前職は、部下の人とちょいちょい飲みに行っていたので結構浪費していた気がする）。
韓国初の2日酔い止めゼリーを頂きました。ドンキに売っているそうです。美味しくておすすめ。
土曜日
娘を連れて、天満のご馳走音ねにお邪魔しました。
天ぷらがたいへん軽く美味しく、かつ卵水の扱い方が独特だなぁとながめていました。特に鮎の天ぷらが絶品でした。甘鯛も非常に良かった。
娘とはラボの話等色々していたのだけど、私のカバーしている範囲に興味を持っているらしくちょっとびっくりした。私は量子化学から入ってケミストリーからバイオロジーの方に上がっていったのだけどねぇ。
日曜日
金土と外食したので、家で大人しく。やっと晴れたので洗濯をしながらどろろを見ていました。
夜は冷蔵庫に放置されている野菜を蒸して質素に。多めに蒸したので数日は蒸し野菜かな。
来週も飲みとか多そうだけど、楽しく乗り切たいところ。
今週のワタシ(2026/06/08-06/14)
今週も平日は忙しく働いていました。
金曜日
Mishima.sykの懇親会会場探しに行こうと誘われて南方へ。お目当ての居酒屋は満席だったので、近所のホルモン系の店に。
その後、花笠で沖縄感を満喫して、最後につけ麺で締め。
投資の話をしたり、海外旅行の話をしたり、リタイア後の生き方について話したりと、おなじくらいの年代との話も楽しいですね。
土曜日
前職の同僚が大阪にくるというのでP社の同窓会に混ぜてもらって参加してきました。研究所移転で大変そうな様子でした。みなさん運動したり釣行ったりと週末はアクティブに活動してるのに、私の週末は家でダラダラするのがデフォになってしまって良くない。そろそろ山でも登り始めるかと思い始めている。またはもうちょい早起きして走ろうか。
今週のワタシ(2026/06/01-06/07)
今週はやたら忙しいというか、進捗のない虚しい忙しさだった気がする（良くない）。
さて、少し前に、会社のチームメンバーから無印良品のせいろが良いという話を聞かされて、株主のワタシとしては試さざるを得なかったわけで。
結論：良い（多分）
いつもの八百屋のおっちゃんがとうもろこしをおすすめしたので、買って蒸してみた。
あとは肉じゃがを作りたいという動機でせいろを買ったので、豚バラブロックとじゃがいもを茹でました。 茹で終わったら、片栗粉か葛粉でとろみをつけた餡を回しかければ出来上がりというちょっと変わった肉じゃが（豚）です。
これはずいぶん昔に青柳の料理本を見て感銘を受けたレシピです。材料ではなく料理の枠組みそのものに工夫を凝らしているところが気に入っており、サイエンスもこうじゃなきゃなーと思いながら過ごしている次第です。
Mishima.syk #23やります
おまたせしました。一年ぶりくらいにMishima.sykをやります。
今回は各方面からの強い要望を受けての新大阪開催となります。
美味しくて楽しい懇親会場を探すために、最近はKNIMEST+αと下見を頑張っております。
前回と比較すると、vibe codingとかpaper2codeなんかが一気に実用化された気がします。それによって何が変わりそうなのかとか、すでに変わっているのかとかそれを踏まえたキャリアプランなんかも変わってくると考えていて、そういった話は某学会の講演会で企画しているので、もっとディープな議論ができればいいなぁと思っています。
あとはこのあたり
私の質問:
inductive bioのopen ADMETのコンテストで一位を取ったfoundation modelやboltz-2は結局generarizeっていうよりは memorizeしているだけだと思うのだけど、汎用的なモデルであるという反証ってあるのでしょうか？
Claudeのお答え:
非常に鋭い指摘で、これは今まさに議論の的になっています。結論から言うと、memorizeしているという批判は実験的にも支持されており、generalizeの反証は現時点では弱いです。
Boltz-2のケース：memorization artifact
Shekharらのvirtual knockout実験が直接的な証拠です。
- Binding siteをAlanine scanning、Phe置換（立体障害）、電荷逆転などで意図的に破壊してもBoltz-2のenrichmentはほぼ変わらない
- 同条件でdockingなどの物理ベース手法はenrichmentが崩壊する
- つまりBoltz-2は「タンパク質-リガンド相互作用の物理的理解」ではなく「既知の結合サイトの記憶」に依存している可能性が高い
さらにdata leakageの問題：
- sequence similarity cutoffが高すぎてpocket levelでのtrain-test leakageが起きている可能性
- scaffold splitではなくTanimoto splitを使っている点も批判されている
- Recursionの社内targetではbenchmark性能より大幅に落ちた報告あり
Open ADMETのケース
Inductive BioのBeaconモデルは「blind challenge」に勝ったという主張だが： - blind testでもtraining dataと化学空間が重なれば実質memorization - scaffold/cluster splitでの評価が十分かは非公開部分が多く検証困難
generalizeの「反証」として出てくる主張と限界
| 主張 | 限界 | |------|------| | 少量データ（~50化合物）でfine-tuningが効く | novel scaffoldでの検証が不十分 | | blind challengeで1位 | chemical spaceが訓練データと重複の可能性 | | 複数のendpointで汎用的 | 各endpointでleakageが独立に起きうる |
結論
現状、「真にgeneralizeしている」という強い反証はなく、memorization寄りの解釈を否定できていないのが実態です。これはBoltz-2だけでなくADMET/物性予測のfoundation model全般に言える課題で、proper temporal splitやout-of-distribution化合物での厳密評価が求められています。
Sources:
冒険する組織のつくりかた
- 選択と集中に変わる戦略が分散と修繕
- 余白のある疑問文の形に落とし込む
- ズレの察知、前提の違いを理解、目線を合わせ共創
- 土壌を耕す
- 「らしさ」を育む
- 「知の進化」と「知の探索」つまりT字型の成長
- ALIVE: ADAPTIVE , LEARNINGFUL, INTERESTING, VISIONARY, EXPERIMENTAL
- 危機感を煽るアプローチは根本的に通用しなくなっている
いまの職場にはKPTがないなと改めて思った。
25052026 life
今月のワタシ
ゴールデンウィークが終わってから仕事->寝るの無限ループに陥っていた（良くない）。
新しい皿に盛り付けたビリヤニ。やはり青は良い。
週末は2か月ぶりに静岡に帰っており、本日はマイナンバーカード再申請のために市役所へいかねばならず年休。 3か月前に郵送で申請したのだけど一向に音沙汰なくて、申請何処かで止まっていたら再申請すればいいやと市役所に赴いたら
できてますよ
と。通知カードもちょうど今日送る予定だったそうで。もやもや感マックスではあったが、マイナンバーカードの問題は解決したので良しとする。
最近色々と思うところがあったり、考えたりするのだけど、寝たり放置していたりすると忘れてしまうので、もう少し頻度高くブログを書いて自分の考えをまとめるようにしないと、どんどんアホになっていくなぁと思う今日このごろ。
06052026 life
ゴールデンウィークは即過ぎ去った
4/29-5/2
4/29-5/6までという長期間の休みだったのですが、やすいフライトチケットもないことだし、家で大人しく読書でもして過ごそうと考えていたら、まさかの初日（前日夜？）の寒暖差のクリティカルをくらって前半の４日間は風邪で寝てました。
買い物に出る気も起きないし、家にあるものでなんか作ろうとして棚をゴソゴソしたら、業務スーパーで買った業務用のマルタイラーメン(1kgで450円くらい！)が出てきました。 ついでに、比内地鶏の鶏ガラ買って冷凍庫に放り込んだままだったのを思い出し、おもむろにラーメンをつくることにしたのだけど悲しいことに私の部屋にはIHのコンロが一つしかないのでこちらはスープ作りに占拠させて、蒸し器代わりにちょうどいいと買ったもののこれまた放置していた電子レンジ専用鍋で麺茹でをすることにしてみました。
この戦略が割といい感じでハマりまして、無事にラーメンが完成したのだけど、鶏ガラ出汁の、低温とりむね肉だったので、なんかフォーみたいな味わいになってしまったという感じ。
5/3
体調はなんともないのだけど、咳が止まらないので今日もおとなしくしておくかと、せっせとポークカレー作り。 だがしかし、私の嗅覚が変わったのかなんなのか知らんが、近所のスーパーで買った肉が臭くて気になりすぎ問題が発生。実は前回買った鶏肉もちょっと臭くて食べきれなかったので、これからは高く付くが精肉店で買ったものを冷凍してストックしておくことにしました。（米も買ってから精米してくれる米屋さんからしか買ってないのだが、、）
5/4
本当は初日に予定していた（が風邪で延期した）、信楽の作家市に行ってきました。
カレーが映える青い皿が目当てだっただが、ついつい茶碗も買ってしまった。
5/5,6
特に何もなく読書をして過ごす。北川先生が勧められていた「役に立たない科学が役に立つ」などを読んでおりました。