26052020 life
ろたすのチャンネルで竹岡式ラーメンの作り方がアップされていたので試してみた。
麺は西友に唯一売っている、乾麺の棒のやつ
ネギは細めのネギなので大量に投入。チャーシューの色がいい感じになっているが、実際いい感じ。
玉ねぎが良い感じ。スープにコクがないのが嫌だったので、気持ち鶏ガラスープ顆粒を投入した。
かなり満足の出来上がりとなった。
あとは乾麺にこだわるかどうかだけど、個人的にはストレートでもう少し太い麺が良いかなと。
それからもうちょい小洒落たラーメンどんぶりがほしい。器は重要だよなー、秋にどこか火祭り行くかな。
25052020 chemoinformatics bioinformatics
PDBjの今月の分子を眺めて興味が湧いたもののメモ
下の図は、PDBエントリー 4tna のフェニルアラニン運搬RNAの構造で、３つの塩基の相互作用を示している。シトシンとグアニンは、DNAでも見られる典型的な塩基対を形成するが、２つ目のグアニンはメチル基（右端中央の灰色の球）が付加されており、通常見られない相互作用を塩基対と形成する。
FMO案件
シャペロンも改めて考えてみるとよくわからん。フォールディングしやすく空間を与えるのか、熱変性しにくくする空間を与えるのか？HSPの名前の由来であれば後者の気もするけど。
多くのシャペロンタンパク質は「熱ショックタンパク質」（heat shock protein）と呼ばれ、HSP-60のように名付けられている。こう呼ばれるのは細胞が熱にさらされた時大量に作られるからである。一般的に熱はタンパク質を不安定化させ、誤った折りたたみをより起きやすくしてしまう。だから本当に熱くなった時、細胞はこれらシャペロンの追加支援を必要とするのである。
G蛋白質をあまり丁寧にみたことはなかった。
βサブユニットを見ることにも時間を費やして欲しい。ペプチド鎖を主鎖表現やリボン表現で表示すると、鎖がきれいなプロペラ型の構造をとっているのが分かるだろう
FMOかけよ
MHCタンパク質は、黄色い星印で示したチロシン（tyrosine）の各末端でペプチドをつかんでいる。２つの構造でこの３つの位置が似ていることに注目して欲しい。ペプチドはこの場所でMHCにつながれているが、他のアミノ酸は外側に伸びてタンパク質から外れている。
正しくないフォールディングってのは物性的にわかりやすい駄目な指標があるってことかな？免疫系の抗原提示みたいなことが蛋白質レベルで行われているってことかな?
オーキシンがユビキチンに結合した構造によって別の驚くべきことが分かった。オーキシンは、Aux/IAAタンパク質がリガーゼに結合するのを促してそれらの破壊を導くが、タンパク質の形を変えることでこの仕事を行っている訳ではない。そうではなく、２つの分子の間に架橋する分子のりとして働くのである。オーキシンはユビキチンリガーゼの深い窪みの中に結合して穴を埋め、Aux/IAAタンパク質に完全に合致した表面を作り出す。
虚血も興味がある。
酸素が不足した細胞は、多くの赤血球を生み出しより多くの血管をつくるよう身体に伝える信号を送り出す。また、代謝のしくみを変えて、あまり多くの酸素を必要としないエネルギー代謝経路を使うようにする。
わからん
23052020 life
ここではケチャップを説明したいと思う。なぜそんなことをするのか、それは僕にもまったくわからない。しかしだからこそ、やってみるべきだという気もする。
I thought that ketchup was a sour and sweet condiment made from tomatoes, but my conception of it was completely wrong.There are many kinds of ketchup made from ingredients other than tomato, like banana, mushroom, and fish.
I couldn't imagine the taste of ketchup made from fish. After searching for fish ketchup, I found that the name "ketchup" comes from the fish sauce of China or East Asian countries.
It was a really interesting story that the origin of soy sauce and tomato ketchup is the same. We should call soy sauce as "soy ketchup" instead of "shou-yu" :-)
https://en.wikipedia.org/wiki/Ketchup
というわけで、インドネシアのケチャップマニスは鹿児島あたりの甘い醤油の近縁なのではなかろうかということが推測される。
フィリピンもバナナケチャップにそろえて、patisをフィッシュケチャップと呼べばいいのに。
ケチャップについて調べた結果、また東南アジアに遊びに行きたい欲が高まった。
次は何を食べようか、、、
19052020 bioinformatics
ちょっと色々調べないといけなかったのだが、知らんことが多すぎたので週末は細胞の分子生物学の「細胞の内部構造」のパートを精読していた。
15052020 life
在宅していると料理ばかり作っているので色々欲しくなってしまう。
東南アジア系の屋台ユーチューブ動画をみているとだれも中華おたまを使ってないので、「時代はヘラやな！」ということでポチッとした
じゃがいもを蒸していたら、「あーマッシャーでぐしゃっと潰したいなー」と衝動的にポチった。
どこかでコンビーフでも買ってきてマッシャーで潰したポテトとあえてサンドイッチにでもする予定だったのだが、じゃがいもをちょうど切らしてしまって、ぐしゃっとできてない。
ジェイミー・オリバーかなんかのお料理動画を見ていたら、「やっぱじゃがいもと人参は波型カットがよろしいおますな」と物欲がそそられたので、購入。
ひよこ豆のポタージュをつくってみたけど、家にあるザルではうまくこせなかったのでなめらかなポタージュという目標を達成するために買ってしまった。
14052020 life
コロナのせいで学校が休校になってそろそろ三ヶ月に差し掛かろうとしているが、私のいる市立の小中学校ではオンライン授業に移行する気配がまったくない。
そもそも、休校になってすぐのタイミングで、家庭にネットワーク回線がひかれているかとか、子供が使えるタブレットとかPCはあるかというアンケートが来ていたので、当初はその方向で動こうとしていたのであろうが、おそらく、ネット回線とかタブレットのない家庭が学校で負担しろとごねたり、一部の公平厨の教師職の人が揉めたり、ネットに疎い世代の方々の強い抵抗にあったんだろうなーと容易に想像できるので、まぁそれは公立あるあるということで。
というわけで、YouTubeを探してそれっぽい動画を探して息子に見せて、そのあと適当に買ったZ会の問題集をやらせてみているが、なかなか良い。
とある男が授業をしてみたの算数の動画とかめちゃくちゃわかりやすい。
自分がこの時代に生まれていたら多分学校行かなかったかもｗ
あとは、ブックオフで100円コーナーの小説で息子が読めそうな乙一とか道尾秀介とか買って読ませている。
小学生6年生向けに登録しておくとよいチャンネルとかあれば教えてもらえると嬉しい。ちなみにヒカキンは小3くらいで卒業したw
03052020 bioinformatics
30042020 bioinformatics
29042020 bioinformatics
27042020 bioinformatics
半年以上前に購入した分子細胞免疫学をやっと読み終えた
補体のあたりから苦行すぎてちょっと投げ出してた。だって、蛋白質のメカニズム（物理化学的な）やつにあてはめると疑問符が付きまくる事象を覚えないといけないなんて、まるで、歴史とか地理の暗記してるみたいだし、、、
で、以下の本を副読本として読んだら、分子細胞免疫学の内容も理解しやすくなった。素晴らしい。
これであと2周くらいは読める。次は、気になった蛋白質をPDBで検索しながら読むことになると思う。
昔、CD14とかTLRの立体構造予測をしていたことがあってLRR(ロイシンリッチリピート)っていうなんかダンゴムシみたいな構造キモいなと思っていたんだけど、今回勉強し直して、あのドメインは自然免疫系としては実に理にかなった構造ではないか！と感動したのであった。
羊をめぐる冒険(上) (講談社文庫)
羊をめぐる冒険(下) (講談社文庫)
ＡＢＣ ケチャップマニス
LORINS PATIS パティス 1000ml フィリピン産魚醤油
細胞の分子生物学
工房アイザワ ステン 中華返し 70313
新越ワークス マッシャー 18-8ステンレス 日本製 31976
下村工業 (断面をなみなみにカット)フルベジ なみじゃがナイフ
下村企販 スープこし つぶしてこせる こし器 ステンレス 日本製 39905
Z会グレードアップ問題集 小学6年 算数 計算・図形 改訂版
ゲノム系計算科学 ―バイオインフォマティクスを越え,ゲノムの実像に迫るアプローチ― (計算科学講座 7)
ゲノムデータ解析 (統計学One Point 1)
遺伝統計学入門 (岩波オンデマンドブックス)
ゲノム医学のための遺伝統計学 (クロスセクショナル統計シリーズ 3)
分子細胞免疫学 原著第9版 アバス–リックマン–ピレ
好きになる免疫学 第2版 (KS好きになるシリーズ)