Weighted Gene Co-expression Network Analysis (WGCNA)

WGCNAを調べていてβの決め方がわからなかったので、理論に関して解説してあるペーパーを読んだ。

今までネットワークを結合している/していないという点でしか捉えていなかったけど0/1の次数を持つ完全グラフと考えると色々幅が広がるということに気付かされた。

シグナム関数をハードな閾値(連続値をバイナリに切り捨ててしまう)とするのに対し、ソフトな閾値としてaij = sij ** βという重みで次数を調整する。

調整の仕方はスケールフリー性を持つようにβの重みを調整する。これはチュートリアルのStep-by-step network construction and module detectionのpdfを読めば良い。

そもそも教師なし学習でのクラスタリング結果が生物学的に同等な意味を持つような遺伝子が固まるようにするためにスケールフリー性を持たすってのがいまいちピンとこないところではあるが、GTOM2で生物学的に意味の有りそうなのが固まっているのを考えるとなんかあるんだろうなとは思う。論文

それからハブとなる遺伝子は、細胞としての機能を保つためにはおそらく重要な因子にはなるんだろうけど、疾患の状態に関してはあまり意味がなさそうな感じ。例えばがんとかだったらハブ遺伝子に着目するべきなんだろうけど、painとか精神疾患のような細胞そのものに起因するような状態でなければハブに着目するというよりはその周りの何かを特徴づける少数の因子のほうが重要なんだろうなーと。または共発現ではなく別のネットワークのスケールフリー性に着目するとか。

久々に静岡に行った

静岡に行ってきた。@bonohuの送別会です、鮪です。たのしみ。2週間くらい経ってブログを書いてるけど、今の状況考えるとあのタイミングで送別会がやれてよかったです。私の海外出張は2つとも潰れるんちゃうか?とガクブルしている。ちなみに台湾とバンコクは航空会社の方からキャンセルの連絡来たw

富士駅に謎の顔ハメができていた。

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ちょっと早くついたので、AOEビールで0次会。 体力でも回復させるかとエリクサー(左)を飲んだけどステータス全回復しなかった。 一杯飲んでもまだ時間があったので、お茶でも飲むかとお茶エール、お茶の香りがちょっとした。

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送別会場はみなみ。鮪の旨さは写真を見ればわかるでしょう。日本酒ではなくワインを飲んだ。それがみなみスタイル。

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@oec014におすすめされて寄ったラーメン。微妙な汁なしだった。油そばと違い油っぽくなくてよかった。

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さらにバーでビールを飲んだ。銘柄忘れた。

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そのあと、日本酒が飲みたくなって呑み屋に行ってちょっとだけ飲んだ。満足。

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次の日はイッポウという蕎麦屋で蕎麦を食べて帰った。富士にも美味しい蕎麦屋が欲しい。

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まぁ色々あるけど、頑張っていきましょう。

銀の匙15

最終巻が出ているのに気づいた。

最後バタバタっとまとめちゃった感じになった気がするけど、良かった。

分子細胞免疫学読んでる

分子レベルで色々わかるのでこの本は楽しい。

ProductName 分子細胞免疫学 原著第9版
Abul K. Abbas
Elsevier Japan / ?円 ( 2018-03-10 )


前職の新入社員教育で覚えされられたのはただの暗記の授業でまったく身につかなかったが、この本はなるほどなるほどと思いながら読めている。

が、難しい。免疫系の研究者はすごいなーと思う。

自己免疫疾患のデータでこれをやってみたいんよ。そのためには背景知識をぶっこまないといけないからね、、、

lechon liempoを作った

Roasted Pork Belly (Lechon Liempo)を作ったが難易度高かった。

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豚バラを丸めてオーブンに入れて放置するだけの料理なんだが、皮付きの豚バラが必要だというところが日本でこれを作るときの障害となっている。

肉屋に行けば皮付きの豚バラなんて手に入るだろうという軽い気持ちで注文しに行き判明したことは、日本では(皮を食べるという文化ではないため)基本的に機械で自動的に皮剥いじゃうらしくて、そもそも手に入らないということだ。唯一沖縄県だけがラフテーとかの皮付きの豚肉を食べる習慣があるそうなので、そこから入手すればいいらしい(それ以外は海外産)。

というわけで沖縄産豚バラを冷凍の状態で購入して作ってみたところ、大変美味しかった。

やはり本場のものを食べないとということで、余ったマイルを使って今度行こうと思う。

あつまれどうぶつの森とSwitch liteのセット欲しい

欲しいんだけど、遊ぶ暇がない。

なぜこんなに時間が足りないのか、、、

Mishima.syk #15 の開催を見合わせます

COVID-19で色々と大変な状況になったので、開催を中止することにしました。

かなC

ProductName パブロンマスク365 3枚入

大正製薬 / ?円 ( 2009-08-07 )



日程決まりました。3/28(sat)です。

参加登録は以下からどうぞ

演題も募集中です。

PyCon mini Shizuokaでオンライン登壇しなかった

PyCon mini Shizuokaお疲れさまでした。特にスタッフの方は急遽オンラインに切り替えたりして相当バタバタしたことと思いますので、本当にお疲れさまでしたとお気持ちを表明したい。

Blogに書くまでがカンファレンスだそうなので、なんか書いておきます。

さて私は表記の通りオンラインになったタイミングで発表を取り下げました。理由は単純でブロードキャストしたくないスライドがいくつかあったからですね。次回あればもちろんまた応募します(今度はネタ全開にしようかな)。

当日はyoutubeでオンラインでちょっと観戦しつつ、締切の迫っているPythonの洋書を翻訳していた。

そんな感じです。

Pycon MYに行ってきたとか静岡アドベントカレンダーでも触れたんだけど、ローカルコミュニティは貴重なのでこれからも頑張って欲しいです。ただ、初心者の人とかの対応とか結構消耗していて、運営から離れちゃってる人を何人も見ているので、そのあたりもうまくやれたらいいですねーとは思います。

おまけ(駄文なので何も求めていない)

私は初めて「PyCon2019はいいやー」ってスキップした(それまでは海外出張がぶつかったのを除いて参加してる)。結局あの規模だとまぁそうならざるを得ないよねーくらいの感想で、レベルが低いというよりは参加者の満足度を優先したのだろうと考えていますし、それはそれで問題ないよねーと思う。レベルの高いトークももちろんあるし、パッケージ関連の話は毎回聞いていて勉強になっている。

ただ、私は今年もアジア圏のPyCon行くのを優先してもし都合が合えばJP行くかなーって感じ。でもローカルコミュニティとしてPyConJPに参加するのは面白いよなーとは思っている。2018のPyConJPで一番面白かったのはポスターだったしね。

PyConJPだって規模を小さくしてガチのヒトを濃縮すればトークのレベルは必然的に上がるけどPyConJPはそういう方向目指しているわけじゃないんじゃないかなーと思っているし、それでいいんじゃないかなーというのが私の見解。

Ho Chi Minhに行ってきた

有言実行してきました。私の濁りに濁りまくったソウルジェムもバインミーのおかげで純白の白さを取り戻しました。ホーチミン楽しすぎ、また行くw

ちなみにホーチミンは観光するところではなかったですね。ひたすら食べて癒やされる、食事療法の実践。

それから、今回はちょいちょいトラブルを経験したので最後にまとめておきます。日本の紙幣の信頼度は高いなと思いました。

Day 1

ベトジェットエアーも遅延激しいって聞いてたので、早い便をとったのに1時間のディレイ。ビール飲んだ。

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タンソンニャット空港に到着。流石に喉が乾いたのでココナッツコーヒーを飲んだ。70000ドン(300円)くらい、お高め

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hotel

ホテルの部屋は広かった、快適。あとスタッフの人たちも親切だった。

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ホテルに着いたらすぐに日が沈んだ。適当に周りを取った。

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chi hoa

夕飯はchi hoaという店に行った。パパイヤの芽のサラダが美味しかった、日本の食材だとウドに近いかな。 あとはソフトシェルクラブを食べた。ソースが果物ベースで甘いやつだったが美味しかったが、すこぶる美味しいというほどのものではない。

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むしろ、こちらのナマズの揚げ物のほうが美味しかった。ビールはタイガービール。

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支払いの際に50万ドン(2500円)札を出したら華麗に拒否されました(後述)。

Day 2

hotel

ホテルの朝ごはんは美味しかったですね。特にカリカリベーコンがヨーロッパで食べた感じの美味しいベーコンだったので嬉しかった。あとはカリカリベーコンの塩気でお粥を食べる、これ最高でした。

お粥に乗せているのは肉髭みたいなやつと胡椒。お粥美味すぎた。

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その後ちょっと外まででかけていってBanh Mi BA LACにbanh mi買いに行った。ここのbanh miは軽くて美味しかった。

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お昼はドンコイ通りにあったpho 24っていうチェーン店でフォーを食べた。喉が乾いたのでコーラのセット。 マクドナルドのセットみたいなノリなんですかね?コーラにフォー

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フォーは美味しかったけど、コーラは甘すぎて飽きた。

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その後郵便局に行ってお土産を物色した。

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郵便局なのにお土産スポットでした、謎。

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Ba Them

お土産を買ったらBa ThemにBun Thit Nuongを食べにいった。お昼時なので座ったら注文も取らずにそのまま食事が出てきた。ランチセットみたいなやつなのかな?

調味料をかけて混ぜ混ぜして食べます。美味しい。

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会計したら50000ドンだった。ちょっと値上がりしたのか?

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夜はちょっと店名のはっきりしない店に行ってみた。

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肉った。

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ホテルに帰ってビール飲んでまったり。ちなみにビールは15000ドン(80円)くらいなので最高です。

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Day 3

ホテルで朝食

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その後また、Banh Mi BA LACにbanh mi買いに行った。

今回は中身に迫ってみた。

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最終日はちょっとホーチミン慣れしてきたので、バスを使ってあちこち行ってみることにした。バスの乗り方は最後に乗せておきますが、移動手段としては優秀。grabもありだとは思うんだけど今回は使わなかった。

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大体、Mark Wiensのチャンネルは欠かさず見ているので、お店の参考にしている。で、行ってみたかった店の一つがバインセオっていうお好み焼きみたいな食べ物の店に行ってみた。

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カリカリのサクサクでエビの殻の味わいが良いアクセントになっています。そして葉っぱをこれでもカーとのせて巻いて食べます。

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ドクダミみたいな味わいの葉っぱを生で食べたり、パクチーみたいな味のするパクチーじゃない葉っぱがあったりして、謎葉っぱお食事タイムでした。カリカリお好み焼きをアクセントに葉っぱを食べまくる料理でした。激旨でしたね。

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バス停の向かいにピンクの教会があったので撮った。

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high lands coffee

ちょっとポケモンGOしながら公園のジムを制圧してみたりしたけど、暑すぎたので コーヒー休憩

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マレーシアで激甘で苦いコーヒーは経験していたので、美味しく飲んだ。それにしてもこの糖分で糖尿病にならんのかな?

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banh mi huynh hoa

そこからまたバスで移動してベンタイン市場をぶらぶらしつつホーチミンで一番美味しいと言われるバインミー屋にいってみた。店名でググれば色々出てくるので参考にしてください。外国人ばかりというわけではなく、地元の人もバイクで乗り付けてきてまとめ買いしてましたね。

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バインミーの具が詰まっていて美味しいです。が、腹にたまり過ぎる。 BA LACのbanh miが25000ドンでここのは47000ドンだったのでかなり強気な値段設定だし、その分具沢山で美味しいんだけど、これで一食分になってしまった。

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Heart of Darkness

結局、これ以降何も食べることができなくなり、ホテルに荷物を取りに行ったけど、まったくお腹が空かなかったのでクラフトビールの店を探したところ見つけたのがここ。というか前日の肉料理の隣の店。

お店はメタル感満載の雰囲気でしたが、店員さんは大変親切で、お腹いっぱいだからビールしか頼まないんだけどええかね?って聞いたら。「持ち歓迎やぞ!」って言われたんでビールだけ飲んできた。

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最初に飲んだIPAの名前は忘れたけど、二杯目はSacred Fire Golden Aleでした。

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そのまま、バスに乗って空港まで行って、飛行機に乗って帰ってきました。満足。

色々

VetJet Air

ベトジェットエアーは定期的に100円セールをやっているので安いチケットが出ている場合は狙い目ですね。ただし、実際には100円プラスなんか航空チケットみたいな感じなので最安でも8000くらいはかかっていたので、すごくお得かといわれるとあまりそんなことはなかったです。

予約時に氏名を正しく入力したにも関わらず(キャッシュで確認した)、氏名が逆になって登録されていたのでそれを修正してもらうメールのやり取りが発生しました。こちらのミスではないのにシステムどうなってんのや?っていう不信感はちょっと湧いた。

それから、遅延は普通のこととして受け入れないといけないようです。流石に早朝便は遅延しないだろーと思っていたのだけど、普通に一時間遅れでしたね。帰りのフライトももちろん遅延したw

というわけで色々トラブルがあって次回はベトジェット使わんかなという雰囲気になっていたんだけど、帰りにちょっとしたトラブルに遭遇したときに乗務員の方々が非常に親切で神対応だったので、結論として次もベトジェットでいいわって事になりました。良くも悪くもゆるい感じの対応で、そのあたりが許容できる(楽しめる)ならコスパは非常にいいです。

紙幣について

ベトナムは硬貨がないようですべて紙幣のやり取りでした。この点は非常に良かったです。硬貨のジャリジャリは不快なのと、無駄に溜まっていくので旅行の際はストレスになりますしね。

あとは、高額紙幣に欠けがある場合には支払いを拒否されます。特に50万ドン(2500円紙幣)はだめでした。空港の両替では汚い紙幣とか端が欠けた紙幣は交換してもらうようにしたほうがよいでしょう。ベトナムは紙幣への信頼度が低いというか紙幣への信頼度というのがあるんだーと感心した出来事でした。ちなみにそういう紙幣は銀行に行けば交換してもらえます。空港で両替するよりも銀行で両替するほうがレートもいいし、危ない紙幣を掴まされる可能性も減るんではないでしょうか?

移動手段について

Grabが使えますが、今回利用しなかったので特に説明しません。それよりもバスが結構ちゃんとしています。BusMapというアプリが良くできていて、これを使えば大抵の場所に移動できます。料金も5Kドン(25円)くらいなのでよくわからなくて払いすぎちゃったとしてもOKです。

バスには運転手と車掌さんがセットでいるので、席に座ると車掌さんが勝手に料金を徴収しにきます。そのときにBusMapで出ていた料金を出せばきっぷを切ってくれます。降りるときに回収されるとかそういうことはないみたいなんで勝手におりればいいようです。

空港と市街は20000ドン(100円くらい)でした。109っていう路線に乗って行き来したけど、降りるタイミングがわからず他の乗客の降りるタイミング一緒に降りましたね。色々みていると車掌さんに次に降りたいんやっていう意思表示すれば停まるらしいです。

1月下旬の出来事

忙しすぎて時系列が曖昧。

だるま市にだるまを買いに行った。

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リパブリューでビールを飲んだ

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神田の大松でつみれ鍋とくわいの素揚げを食べた。

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ついでになめろうと、なんかのカマの焼いたのを食べた。

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バンゲラスキッチンでターリを食べてリパブリューでビールを飲んだ

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ログは大切