23012022 bioinformatics

Immune System Category of PDB

IMMUNE SYSTEMカテゴリの7500弱の構造のうち興味を持ったものをリストアップしていく。NGSとかオミクスの試験計画を立てるにしても、ある程度仮設を立ててからじゃないと意義のある試験なんてできないよなぁと最近また強く感じたのであった。構造情報はそういった仮設構築の際にたいへん役立つのである。

CADD従事者でもバイオインフォマティシャンでも解析者であることは間違いないので、同じ情報でもいろんな観点から眺められるのがよい解析結果を出してよりよい次の仮設につなげるコツですよねぇと思いつつ。

とはいえ、この曲はよいですな。前職でちょっと変態気味なウェブサービス作ったときにMefjusにちなんだ名前をつけたのを思い出した。

1-1000

1001-2000

2001-3000

3001-4000

4001-5000

5001-6000

6001-7000

7001-7500

19012022 bioinformatics

TLRのリガンド認識

その昔CD14の立体構造予測をやっていたことがあって、ロイシンリッチリピート(LRR)って変な形だなあと思ったのと、あの半ドーナツ形状の内側で基質認識するのかなぁと思っていたら違った。

さらに、「TLR9によるDNAリガンドの認識には、DNaseIIによるDNAの分解が必要である」という報告をみて、改めてこの結晶構造に納得した。

ついでにIMMUNE SYSTEMっていう分類の構造はすべて目を通しておかないといけないなと思った。

で、昔の実験医学を読み直していたら、アプタマー関連でいくつかの気づきを得たので、ちょっと試してみることにした。

ProductName 実験医学 2019年1月号 Vol.37 No.1 なぜ、いま核酸医薬なのか
羊土社 / ￥2,090 (2020-12-18)

10012022 chemoinformatics

核酸医薬

よくまとまっていて大変面白く読めました。まぁ、自分は20年くらい前に入社してから半年くらいASOのオリゴマーをひたすら作らされて、「ASOって難しいなぁ」という感想しかありませんでしたが。

生物学的な発見としては面白いし、夢が広がりングなんだろうけど、工学（医薬品）としてコントロールしていくところにまだまだ課題があるんだなぁと改めて思いました。

ProductName 実験医学増刊 Vol.39 No.17 核酸医薬 本領を発揮する創薬モダリティ〜新たな作用機序を生む核酸のサイエンスから、新薬・ワクチン承認をもたらした核酸修飾・DDS技術、難治性疾患治療への挑戦まで
羊土社 / ￥5,940 (2021-10-22)

読んでいて素朴に感じた疑問

  • 1.2 図4. オフターゲット効果を回避するためにシード領域の塩基結合力を弱めるとあるのだけど、それはオンターゲット効果も弱めるのではなかろうか？

アプタマーと、PDPSのような環状ペプチドのPros/Cons

  • ペプチドとアプタマーはどちらがフォールディングの自由度が高いのだろうか？
  • 核酸とアミノ酸の相互作用は限定的なのではないだろうか？(核酸側がメチル化したりしないとCh-πみたいな相互作用は獲得できないですよね？)
  • アプタマーはなにのalternativeになるのだろうか？　低分子それとも抗体？

というような疑問が浮かびましたが久々にサイエンティフィックな問題をゆっくり考えられて良い時間を過ごせました。

09012022 chemoinformatics bioinformatics

Looking Back on 2021 and New Year Resolution

ちょっと時間が経ってしまいましたがあけましておめでとうございます。

去年を振り返ってみると、マネジメントに忙殺されないと誓ったにも関わらずほぼマネジメントばかりでしたが、ちょっとおもしろそうなフィンガープリントの作り方を思いついたので、今年はそれを形にできればなぁと思っています。

また、コーチングを受ける側からコーチする側になったことで、色々と心境の変化があったように思います。特に年末年始は自分のマネジメントスタイルについて、ひとり大反省会をしていました。

私はジム・コリンズのビジョナリー・カンパニー2にある「誰にバスをのせるか」に強く影響をうけていて、バスの運転の仕方（チームの方向性を決める）とバスをどう形作るか（チームの仕事の範囲とか）に全振りしていて、あまり乗客が快適に過ごせているかどうかに気を配ることを怠っていたので今年はそのあたり丁寧に対応していきたいと思いました。

ProductName ビジョナリー・カンパニー 2 - 飛躍の法則
日経BP / ￥2,420 (2001-12-18)

それから今年はCADD/SBDDのチームとバイオインフォのチームがシナジーを出せるような方向でいろいろと挑戦していければいいなぁと思っています。もう少しターゲットファインディングに力を入れたいなぁと考えているのと、低分子以外のモダリティでもなにかおもしろい仕事ができればなぁと思っています。

ところで、先週コーチングをしているときにあるステークホルダーの方から、「どうやってチームメンバーにチャレンジを促しているのですか？」と聞かれて思い浮かんだのがこの言葉でした。

十分に発達した仕事は遊びと区別できない

やっぱり、SOTAを理解して、最先端の部分でワチャワチャと議論できて試行錯誤することを楽しめるようなチームが理想だし、そういう状況に身をおけるのがチャレンジしがいのあるチームなのだと信じています。

10年前の本ですが、一読の価値はあると思います。

ProductName 小飼弾の 「仕組み」進化論
日本実業出版社 / ￥1,880 (2009-03-19)

というわけで今年もよろしくおねがいします。

01112021 bioinformatics

今の会社6年目に突入

今の会社に転職して今日から6年目です。ちなみにバイオインフォのチームを引き継いで1年くらい経ちました。

先日社内の大きな会議でバイオインフォの成果発表をしたのですが、1年半前に前任者がかかげた「知のめぐりのよいファーマを目指して」というスローガンをうまく引き継いだ成果を幾つも出せたかなと思ってます。まぁ資料作るのに非常に難儀して、土日を2度ほどぶっ潰してしまったのだけど、良いtakeawayが残せたと満足しています。余談ですが、社長も聞いてるプレゼンでアニメ（スラムダンク）ネタをぶっこんだのは私くらいのものでしょう( ｰ`дｰ´)ｷﾘｯ

その反動もあって先週末は抜け殻と化していたのですが、東富士山荘でキノコ鍋を食べることは忘れずに実行しました。ちなみに、上にのっている白いのは松茸スライスです。今年は11/3に小屋を閉めるそうなのでギリギリセーフでした。

振り返ってみると、1年前にバイオインフォチームを引き受けたときには、「重いわー」と思ったのですが、この一年の成果としては十分なものが出せたかなと。あとは人に恵まれているなぁとは改めて感じました。

最後に「知のめぐり〜」の元ネタは@bonohuなのですが、知とひとのつながりはめぐっていくものなんだなぁと最近強く感じるようになりました（意味深）。

今年も頑張っていい成果を出せるといいなぁ。

06102021 bioinformatics

個別化医療を目指した臨床開発

ドンピシャでした。

コンパニオン診断薬は思ったより難しくて、これ初期探索側からのアプローチでなんとかなるの？リバーストランスレーショナルリサーチをうまく組み合わせないといけないのかなぁと、お悩みが更に増えたのであった。

ProductName 個別化医療を目指した臨床開発 -革新的新薬の臨床試験デザインと最新事例- (医薬品レギュラトリーサイエンスシリーズ)
薬事日報社 / ￥4,070 (2015-05-15)

06102021 chemoinformatics bioinformatics

AF2に関する現在の私見

このあたりは読んでおくべし

結局のところ、モデラ―（職人）が丹精込めて編み出したホモロジーモデルと比べてどうよっていうか、リガンド結合サイト周りは人が丁寧につくったほうが高品質じゃないか？という。ホモロジーモデリングがよくわかってない人にとっては、簡単に予測構造が入手できるという利点はあるようだけど、立体構造予測に昔からまじめに取り組んできた人にとっては手間がほんの少しだけ削減されるだけの気がします。

End-to-endの技術はすごそうに見えるけど、それはその結果を応用してこそかなぁとちょっと思っています。AF2は物理化学的な知見は何も入れてないからPDBに登録されそうな構造を高品質に予測するだけっていう（ここはちょっと自分の認識が間違っているかもしれないが、ペーパーざっと見たところそう感じた）。

このあたりは化合物ジェネレータと一緒で，一つのツールとしてどう活用できるかを考えるのが重要で、化合物ジェネレータが「なぜその化合物を提案したのか？」と考えるのは無意味です。GANによる画像生成もまったく同じで、画像生成モデルでは静止画は高品質なものが生成できるのだけど、あの仕組みで動画を生成させるとダメダメなノイズになるとPFNの人が何年か前のIBISで基調講演してました。そういう意味ではああいうのに意味を求めてはいけないのかもしれません。

12092021 work life

バスの雇われ運転手なのかそれとも所有者なのかという話

最近ちょっとコーチングとかやらされていて、そういえば自分もコーチングを受けてバスの雇われ運転手からバスのオーナーに意識が変化したなぁと思い出したのでそのあたりのことを書いてみる。一応断っておくと、意識とか行動の変容には特にコーチングは必要ないのだけど、自分の場合はそれがきっかけだったということです。

これから小さなチームを持ちそうな人は、バスに誰をのせるかとかいうビジョナリー・カンパニー2のジム・コリンズの名言やスタートアップをうまくやるにはどうしたらいいかというような知識があるほうがよいと思うので、もし馴染みがなければこの2冊を読んでおくといいです。読書のコスパはよいですからね。

ProductName ビジョナリー・カンパニー２　飛躍の法則
日経BP / ￥1,210 (2014-08-29)

ProductName 小さなチーム、大きな仕事――働き方の新スタンダード (ハヤカワ・ノンフィクション文庫)
早川書房 / ￥704 (2016-12-08)

例えばスタートアップとかだと、誰をバスに乗せるかはチームのリーダーが決めやすいけど、そこそこ大きい日本の企業だとそのあたりが曖昧で、チームのマネジャーはあまり雇用に対する裁量は大きくなくて、与えられた人的資源をいかにうまく活用するかを求められがちになると思います。それはつまり、雇われ運転手といった表現に近いのかなぁと。 しかし、チームの成功を考えた場合には、「だれをチームに加えるか」つまり「だれをバスに乗せるか」というのはとても重要だし、その裁量はバスの責任者つまり運転手に任せられるべきだと思うんですよね。というわけで、自分は「だれをバスに乗せるか」ということに対して人任せにしないで自分で選択する方向にしましたという話でした。

終身雇用を前提とした（大きな）組織の考え方だと、いまある人的リソースが最大限に活用されるように配置をうまく行うことが求められるし、それが当たり前のものとして受け入れられています。しかし、終身雇用を前提としなければ、チームのマネジメントとしては、「必要な人材を内外問わず探し出してきてバスに乗せる」ことが最良の選択となり、学会（発表）や論文, twitter,linkedin,GitHubは優秀な人材を探すための手段となるでしょう。つまりこれからのマネジメントには強連結ネットワークも弱い紐帯の強さも大いに活用することが求められてくるのかなぁと思っています。

さて、コーチングの話に戻ると、コーチングは相手の行動変容を起こさせるような気づきを与えることだそうです。コンサルが「今ある問題の解決提案」を行うのに対して、コーチが問題への解決案の提案をせず、解決の主体はあくまでも相手に答えを見いださせることを主目的にしているようです。

ProductName 主体的に動く アカウンタビリティ・マネジメント
ディスカヴァー・トゥエンティワン / ￥1,980 (2009-09-09)

となるとコーチングが有効に働く対象は限られるわけで、しらべたら見つかりました。

従来の終身雇用のアプローチだとその時点の社員の能力にあった配置を会社が行い、ひとりひとりの社員が定年までイキイキと働ける職場配置を考えてくれるので、コーチングなどはあまり重要視されないのだろうけれど、これが企業に求められてくるということは、社員の成長を前提とした組織づくりが行われていくわけで、裁量もどんどん下の方に委ねられていくんだろうなぁと思います。

そのうち誰をバスに乗せるかもチームに任せられることになるんでしょうね。というか早くそうなってほしいですね。

08092021 bioinformatics

そうだったのか!臨床試験のしくみと実務

なんとなく買ってみたけど、初学者向けのわかりやすい本だった。

ProductName そうだったのか!臨床試験のしくみと実務
南山堂 / ￥2,750 (2020-07-29)

このあたりが知りたかったのでちょっと物足りなかった。

今後シングルセル解析がある程度進むと、患者さんの層別化のバイオマーカーとか出てくると思うのだけど、実際の臨床でどう活かすかとか臨床開発への組み込み方とかそのあたりの具体例とかが知りたかったんですよね。

Reviewでもいいのでなんか良さげな読み物があったら教えてもらえると助かります。

28082021 静岡 登山

富士登山

今月の初旬に初めて富士山に登ってきた。近くに住んで10年以上経つのに初めてなのは、登山が嫌いというわけではなく

  • 森林限界を超えた岩と砂だらけの登山道、なにが楽しいんだかわからん
  • 夜になると家から見えるあのヘッドライトの長いラインというか行列だるそう

という理由で避けていたのだけど、今年はコロナの影響で登山客が少ないと聞いていたので一度くらいは登っておこうかなと。

体力がないことを痛感したのと、色々と登山装備を新調したので、またちょいちょい登山でもしようかなぁ。