コンソとかキャリアとか

分かる人にだけ分かればいい話というか駄文です。ちょっとそれ系の話が続いたので、実際転職して今の会社に入って感じたことをメモっておきます。

コンソの意義は何か?

前の会社も、今の会社も普通にコンソーシアムに入ります。ではコンソーシアムの参加意義は何なのでしょう?

たいてい、「先端技術の導入、プレコンペティティブな知識の共有」といったような如何にもなセンテンスが出てきますが実際は違うと思います。

「周回遅れを避ける」

これに尽きると思います。その技術を持っているのであれば「教えて君」的な人達の相手をする暇なんてありません。独自に進んでいくか、先端を走っている同士で共同研究すればいいので船頭は増やす必要はないです。

なので、新規参入でコンソを利用するのはありだけど、それは先頭を走っているというよりはサイエンティストとしては二流の位置にいるということを強く感じたほうがいいでしょう。

キャリア?

キャリアはキャリアブルスキルの略です、意外に認識されていないことが多いですが。つまり、他社に移ってもそのまま使えるスキルのことだと考えて良いでしょう。

他社に移っても使えるかどうかは、他社の現場のヒトに判断されることが多いと思います(当たり前ですが)

なので、外部発表の機会があれば積極的に発表しておくほうが良いと思います。その会社にマッチするかどうかの判断に使うことも出来ますし、何が出来て何が出来ないか明確になるので先方からどういう技術で来て欲しいというような具体的な話にすぐなるのでわかりやすいです。

外部発表しないで自分を認知してもらうというのは結構ハードル高いと思います。論文出すとかはもちろんありますが、なにかあった時に誘ってくれるのはそういうコネクションなので、そこら辺は若いうちから意識しておいたほうがいいと思います。

なにより、他社の優秀な人達とディスカッションするのは楽しいし、刺激になりますしね☆

なので、興味のある人は観光がてら遊びに来るといいと思います。

その昔ゲノム創薬バブルというものがありまして…

ググってもあんま出てこないのでメモっておきます。蛋白質核酸酵素のバックナンバーの2000年あたりの総説を眺めればその当時の状況が少しわかるかもしれません。

私が前の会社に入社したころ、ちょうどヒトゲノムが解読終了するってあたりで、バイオインフォ等のIT技術に対する期待感の高まりというのが凄かったわけです。バイオインフォの部署もポコポコ出来たし、そのあたりへの投資も凄かったように思う。だってセレラ・ジェノミクスのヒトゲノムデータアクセス費用ってビビる額だったのに中小企業のファーマでもアクセスするための投資をすべきかって本気で考えてたくらい。

冷静に考えるとみんな頭湧いてたな…w

あとゲノムデータとか使うからストレージサーバーの増強とか普通にやってたよね。クラスタくんだり、グリッド・コンピューティングもあったな。

その当時にゲノム創薬に期待されていたのは

  • 新薬開発期間の短縮(ITとかも駆使して)
  • 創薬ターゲットの増大(ITとかも駆使して)

あたりが、すっごい言われてたと思うんだけど(たんぱく3000プロジェクトもあったし)、

  • なんで現在、創薬ターゲットの枯渇とか言われてんの?
  • 新薬開発期間が短縮しましたっていうレポート出てないのはなんで?
  • 企業のバイオインフォ部署が縮小されたり消滅した会社も結構あると思うんだけど

各社あの頃の投資に対してどういう評価をしたんだろう?そのうえでどういうスタンス、期待感で今の機械学習ブームに乗っかっていくのか非常に興味があるんですよねー。

Ingress復活

先々週くらいに突然、二年前に申請したポータルが受理されてちょっと遊んでいたら、COMMでお久しぶりですなどと歓迎感満載の挨拶をいただいたりしてIngress熱が復活した。

ちょうど1年くらい前にlevel 14到達して、その後にPokemon GOやり始めたり、転職で交通手段とか生活のタイミングとかが変わったりして位置ゲーからはずっと離れていたんだけど、Ingressはやっぱり面白いですね。

Adoboと吉原祇園祭と北山

前回の出張で北山に行った。

ちょっとつまんで飲んだ。サイコー

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漬物うまし

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シュトウクリームチーズという謎のツマミ

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先週末は吉原祇園祭だけど、今時のキッズは携帯ゲームメインですw

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日曜はadoboを作った。日本語に訳すと豚の酢醤油煮といったところですね。冷蔵庫に大根が余っていたのでじゃがいもと一緒に投入した。

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月桂樹と胡椒がいい感じですね。日本風だとこれらの代わりに味醂とか日本酒とか砂糖になるんだろうけど。

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フィリピン料理だとお酒とか入れるんだろうか?

深層生成モデルを創薬に適用できるかどうか?

深層生成モデルとかでSMILESをいじってそれっぽい構造を発生させるのが流行っているようですが。

そもそも構造を自動生成しようとする試みは、かなり昔からあって、SBDD的なアプローチ(レイチェルだっけ?開発者が娘の名前を付けたって言ってたのは覚えているが)したり、生物学的等価性やSMARTSを使った方法とか、ちょっと前だとMMPを使った置換ルールを自動アプライする方法とかまぁ普通にあるわけです。特にMMPを使った方法は自社のデータベースから置換ルールを抽出してくるのでメドケム知識の再利用としても意味があると思う。

しかし、これらの方法論は

  • 明らかに合成できない構造を提示してくる
  • ドラッグライクでない構造が多すぎて、マニュアルフィルタリングが大変すぎる

という問題があることが知られている。深層生成モデルとかでSMILESをいじる方法もおそらく一緒で、じゃぁ何が優れているんだ?という疑問から今までスルーしていた。画像生成は夢があるけど、SMILES生成は「ふーん、で?」っていう気持ち。あとはSMILESいじりはケミストリー的な文脈を読まないのでマジックメチル等の構造変化要因みたいな部分を全く考慮できないから、メディシナルケミストの代わりになんかなれないなと思っている。

それから、そもそも提案した化合物をどうやって作るんだ?という大きな問題がある。分子設計やっていて一番めんどくさいのがこの部分だからね。逆に言うとこの部分なんとかなるなら生成モデルはちょっと魅力はあると思っている。

というわけで、次回のMishima.sykでは「SMILES生成モデルを使ってみた」的な発表をしてみようかなと思っているけど、MBAでトレーニングしたら唸りをあげる割には全然学習が進まないので凹んでいる。

ChEMBL23導入備忘録

ChEMBL 23がリリースされたのでMBAに入れておこうかなとしたら、psqlがreadline絡みのエラーで壊れていたのでpostgresを再インストールした。それからchemblのダンプファイルのrestoreのやり方がちょっと変更になっていたので備忘録

postgresqlをbrewで入れ直す

最後の三行は適当。--forceで警告が出たから打ってみた。

brew uninstall postgres
brew install postgres
brew link postgres --force
brew unlink postgresql
brew link --overwrite postgresql

ChEMBL23をpostgresに入れる

ダンプファイルをダウンロードしたら解凍して

createdb chembl_23
psql -l
pg_restore -d chembl_23 chembl_23_postgresql.dmp

こんな感じで更新できた。

ProductName We Are Virtual
Xilent
Audioporn Records / ?円 ( 2015-10-16 )


Mishima.syk #10やります

次回の日程は7/8(sat)に決定しました。参加登録は以下からお願いします。

2回程ハンズオンが続いたので、今回は発表メインでいこうかと思います。思う存分ネタをぶっ込んで下さい。

僕はpymol関連の話かpygamessをRDKitに対応させた話とかそんなのを出来ればいいなと思っているけど、どっちもまだ実装途中なんだよなぁ。

Splatoon2予約した

やるかどうかはわからんけど。ターゲットユーザーは息子と娘ですw

ProductName Splatoon 2 (スプラトゥーン2)

任天堂 / 6458円 ( 2017-07-21 )


microSDも用意しておいたほうがいいんだろうか

Amazonのサイト見てたのでついでに機械学習の本もポチってしまった

redmine.tokyoに参加してきました

最近自分でやっている勉強会にしか参加してなかったので、久しぶり。

そしてなにげにredmine.tokyoは初めてでした。

色々参考になったけど、個人的に気になったのは

  • mroongaで検索するってことはチケットに知識が溜まっているからだと思うんだけど、それってstack overflowクローンみたいなシステムに落とさないのかな?
  • backlogsプラグイン使っているとチケットにコメント入れないと思うんだけどそういう場合どこに知識を貯めるんだろうか?

ってあたりでした。redmineってあんまりスクラム開発には向いてないよねーって思いました。

次の日はカーンケバブビリヤニですよ。ビリヤニの美味しさはわかっているので今回ニハリにしてみた。

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レモンの酸味は慣れが必要だと思った。あと量が多いので今回はちょっと油断した。

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次回はビリヤニを堪能する予定。

なお、グミマロのブランドが終了していた。

やごみで打ち合わせ

久々にやごみで。

真鯛とホタルイカ

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ネギトロ

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尚、次回の勉強会は7/8(sat)の予定です。会場押さえてconpassの用意が出来たらまたアナウンスします。 今回はテーマは特に決まってないので好きなことを喋る会になるかもしれません。