実験医学増刊 Vol.32 No.20 今日から使える! データベース・ウェブツール 達人になるための実践ガイド100

実験医学の増刊号です、meso本を見て知った。只今絶賛予約受付中です☆

ナニゲに実験医学に記事を載せるのは二度目だったりする。

前回の記事はバイオインフォマティクス的な話題で、ゲノムの配列から、以下に創薬ターゲット(キナーゼとかプロテアーゼとか)の遺伝子を探すかという話だったと思う。そういえばこの前もそういうイメージを保たれていたので、筋金入りの社内ニートというイメージを定着させたい。

十数年ぶりに前の職場時代の先輩と飲んだ

御殿場でシンポジウムがあったので、久しぶりにその当時の研究所の面々で飲むことになった(ノリというか流れというかw)。

三島駅の北口のフレンチのお店。

牡蠣のなんか。これはとても美味しかった。

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鴨のコンフィも美味しかったのだけど自分の体調的にちょっと重かった。食べる気満々で頼んだのに… 

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デザートはタルトタタンにした。メニュー見た瞬間にあんぽ柿に決めたのだけど、終わっていて残念。

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あとは、小布施ワイナリーのワインがやたらと美味くて感動した。ワインは自分で選ばずにヒトに選んでもらうに限るw

その後、香香飯店に移って、ちょっと飲んで終電ギリギリで帰宅。楽しかったので泊まればよかったかなーとw

いろんな話が聞けてとても良かった。ここ数年社内ニート気味だったけど、頑張ろうかなっていう気持ちにさせられた。

ホストのサーバーを起動したらゲストの仮想マシンが自動起動してそれに乗っかっているサービスも起動するようにする

最近はホストのサーバーに仮想マシン(KVM)を複数たてて、それぞれnginx+supervisord+gunirocrn+Flaskとかnginx+unicorn+RoRみたいなウェブアプリを動かすパターンが多い。というかそれが全部。

面倒くさいのだけど、(自動化するための手間をかけるほうがよりめんどくさかったので)サービスの起動まで手でやっていたのだが、ちょっと同僚に立ち上げをお願いしなきゃいけなくなって、作業手順を繰り返してもらうのもなんか悪いなーと思ったのでサーバー立ち上げればウェブアプリが動くところまで自動で進むようにすることにした。

まぁ、今更感満載だけどね…(僕はインフラエンジニアじゃないのでそっち方面詳しくないのでそういうところまでやろうとするとコストが半端無いからなぁ)と想いつつもで今どきのウェブアプリ書く人は基本として知らなあかんのかなぁとも思うとしんどいですね。

手順としては

  1. ホストサーバー起動
  2. ifupでブリッジとイーサをアクティブにする
  3. GUIのVMマネージャで仮想マシンを立ち上げ
  4. それぞれの仮想マシンにsshで入ってサービス立ち上げ(supervisordとかを起動)

なんだけど、書き出してみるとやっぱり面倒臭い。よく手動で起動していたもんだw

2. ifupでブリッジとイーサをアクティブにする

onboot=yesをつけておく。以前試したんだけど何故かうまくいかなくて放置してたけど、これを見ながらきちんと設定したら動いた。

chkconfig NetworkManager off
chkconfig network on
service NetworkManager stop
service network start

このあたりかな。あとfedora19だとこのあたりをいじるとsystemctlとcheckconfigが混在しててややこしい

3. GUIのVMマネージャで仮想マシンを立ち上げ

GUIのアプリを使って仮想マシンを起動してたんだけど、virsh便利。

sudo virsh autostart [vm_name]

で自動起動できるので、最初からそうしておけばよかった。すでにGUIは使っていない。

4. それぞれの仮想マシンにsshで入ってサービス立ち上げ(supervisordとかを起動)

unicorn+RoRな構成のよくあるRailsアプリだとRedmineをCentOS 7上で動かすーUnicornとNginx編を参考にsystemd用の定義ファイルを用意すればよいです。

supervisord+gunirocrn+Flaskが目下悩み中なのだけど/etc/init.dに書く方法しか見つからなかった。どうせだったらsystemctlコマンドで制御したいので引き続き調べる。

今日の負け将棋(20141119)

今日っていうか昨日だけど。

5八金型っていうのか。

ProductName 楽しく勝つ!! 力戦振り飛車 (マイコミ将棋BOOKS)
戸辺 誠
毎日コミュニケーションズ / ?円 ( 2008-08-26 )


3五歩ついて5四飛に浮けばいいらしいけど、相手が先に3六歩を突いたからなぁ。あと穴熊は無理があった。

Numpyのas_strided

移動平均を効率よく計算する方法を調べていてNumpyのas_stridedというのが出てきたのだが、ぱっと見てよくわからなかったので調べてみた。

とりあえずアレイを作る

import numpy as np
from numpy.lib.stride_tricks import as_strided

x = np.arange(10)

Int型なので8byte

print x.strides
# (8,)

最初のタプルは作成する配列の次元。 次のタプルがよくわからなかったので調べたら、最初がrowのstrideで次がcolumnのstrideだった。

as_strided(x, (5, 6), (8, 8))

# array([[0, 1, 2, 3, 4, 5],
#        [1, 2, 3, 4, 5, 6],
#        [2, 3, 4, 5, 6, 7],
#        [3, 4, 5, 6, 7, 8],
#        [4, 5, 6, 7, 8, 9]])

100 numpy exercisesでもやっておいたほうがいいような気がしてきた。

それから、12/6にShizuoka.pyをやります。12/20にはShizuoka.goがあります。

Shizuoka.pyでは発表者絶賛募集中です☆

他人に質問するということ

最近質問と答えが離れていてイライラさせられるという出来事があったのでよく考えてみた。

会話の流れとしてはこれがなんとなく近いかな、または教えて君というタイプなんだろうなぁと思う。仮にOさんとしておこう。

自分がなんであれほどイライラしたのか(重要)と、相手は何を期待していたのかという分析をしてみたかったので、週末考えていた。

自分は質問された時、「ある程度自分で調べてそれでも解決出来なかったら、解決の糸口を一緒に探して欲しい、またはそのためのポインタを示して欲しい」と受け取るので、「コマンド叩いたけど動かなかった」という質問に対して「エラーの内容はなにかとか、聞くまでに検討したこと」を情報として一緒に考えるのが質問された時に取る態度だと考えている。

なので、Oさんの「そんなことはどうでもいいから、どうすれば動くのか教えてよ」っていう言い方にかなりイライラさせられ、ちょっと言い合いっぽくなったわけだが、その過程でOさんのマインドもちょっと理解した。

Oさんとしては「自分の知らないことは聞いたことが早い、以前プログラムを動かしたことのある僕なら聞けばすぐに答えられるはず」というのが正しい質問だと考えているらしく、すぐに回答出来ない僕に対して「知っているならもったいぶらずに教えてくれればいいのに…(けちくさいな(意訳))」という感情をもっているらしかった。

まぁ、3年前に実行したコードなんて覚えてないですけど、トラブっているから一緒に解決してあげようと思ったんだけどね。いろいろ考えて、Oさんの満足する答えは「昔のことなんで全然覚えてません、すいません☆」なのかなーと。

それにそういうマインドだと、毎度毎度同じような質問をすることになって、質問される方はだんだん飽き飽きしてくると思う。僕も同じような質問をされたせいもあって相当苛ついたのかなと(今となっては)。

自分の知らないことを聞くのはいいけど、それは相手の時間を奪っているということに考えが至らないのかなと思うんだけど、どうなんだろうね?

教えて君的なマインドだと驚くほど周辺知識量が少なくなるね。知識の積み重ねっていうのは複利だからなんだろうな。

今日の負け将棋(20141117)

ゴキ中しか指してない。そして今日はいまいちだった。

むしろなにが駄目だったかわかるようになったので上達したと前向きに捉えるべきか…

60手目は5八飛だったよな。優勢だと思ったのに勝てなかった。

59手目は8六金で取られないようにしておくべきだった。結局取られた金を守り駒にされたせいで攻めきれなくなってしまった。相手が持ち駒がないのを見越して丁寧に指すべきだった。

終盤になると攻めを急いでしまう…

いきなり手順を間違って5二飛と回れなくなってしまった。全くわからなくて60手目からの5手が棋神。70手目は自分で打ったけど負け将棋だった。

週末はふじのくにアートクラフトフェアに行ってきた

これです。

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ベアードのウェストコーストウィートワインを見つけていきなり飲み始めたけど、飲んだのはこれだけ…

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ひと通り見たけど、そそるものがなかったので、さつまいもの詰め放題をして帰ってきた。

あとはピクルス漬けたり

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さんまの炊き込みごはんを作ったり

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最近日が落ちるのがはやいですね。

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最近中飛車ばかり指している

ここのところ角交換四間飛車ばかり指していたのだけど、ちょっと気分転換をしたくなって、石田流とかゴキ中の本を読んでいたら、ひと目の中飛車が凄くわかりやすくて面白そうだったので最近はゴキ中ばかり指している。

ProductName ひと目の中飛車
長岡 裕也
マイナビ / ?円 ( 2014-02-26 )


3切れだと定跡しらないとあっという間に負けるけど10切れだと考える時間があるので楽しいね。

この本はある程度分かっているヒト向けな感じもするけど、2,3,4,5どこに振るかにこだわらなければ結構楽しく読めた。でも僕は三間飛車はちょっと苦手かなと(差し回しが)

ProductName 楽しく勝つ!! 力戦振り飛車 (マイコミ将棋BOOKS)
戸辺 誠
毎日コミュニケーションズ / ?円 ( 2008-08-26 )


これも読み始めている

ProductName 戸辺流現代振り飛車手筋集
戸辺 誠
マイナビ / ?円 ( 2011-06-24 )


乾物な気分

ちょっと乾物を捌きたかったので戻しまくっていたw

ひよこ豆はいつも豆カレーにしてしまうので別の活用を模索していたのだが、大豆の代わりにつかってもいいことがわかり色々と応用が効きそうな感じ

ひよこ豆と玉ねぎと切干大根と木耳

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高野豆腐と干ししいたけの含め煮

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お酒に合う。