14102024 chemoinformatics

CBIハンズオン(chemoinformatics)のリハをおこないました

CBI年会の初日のチュートリアルセッション(TS03 ケモインフォマティクスハンズオン)のリハをおこないました。

今回は去年のように最終調整を兼ねたリハ兼ビールでも飲んで楽しむというゆるいものではなく、課題の洗い出し兼あと二週間で潰すべきタスクのリストアップに近いような作業でした。なので結構疲れたけど、このタイミングでやっておいて本当に良かったと思いました（やらんかったら、相当グダグダなセッションになっているはず）。

わたしもmac担当として、REINVENT4きちんとインストールできるように試行錯誤したり、maizeがmacでも動くようにプルリク出したりと久々に働きました。

ハンズオンの流れとしては

  1. REINVENT4の転移学習を使ってEGFR阻害剤を生成するような生成モデルを作成
  2. 生成モデルに仮想化合物群を生成させ、Gypsum-DLでSBVSの前処理をおこなう
  3. AutoDock VinaでEGFRのキナーゼドメインに対しSBVSを実行し、結果をpymolで確認する
  4. (前処理とSBVSはmaizeというflow based programmingツールを使ってワークフロー化します)

という中級以上向けの攻めた内容になっていると思います。ちなみに、チュートリアルセッションは定員に達したそうで参加したい方はキャンセル待ちになるのではないでしょうか？

終了後にビールを飲みました（お約束）が、やはり来年以降はRDKitUGMJPの資金を調達しながら、ボランティアでやっているモデレーターにとってもwin-winになるような仕組みを考えたいなーと思いました。

14102024 chemoinformatics

Running REINVENT4 on the M3 chip

As it could not be installed with the original requirements, I modified it and uploaded it to the Mishima-syk repository.

$ git clone https://github.com/Mishima-syk/REINVENT4.git
$ cd REINVENT4
$ conda create --name reinvent4 python=3.11
$ conda activate reinvent4
$ pip install -r requirements-macOS.lock
$ pip install --no-deps .

Now, you can set mps (Metal Performance Shaders) in the device parameter

# mps_sampling.toml
# REINVENT4 TOML input example for sampling
run_type = "sampling"
device = "mps"  # M3 GPU
json_out_config = "_sampling.json"  # write this TOML to JSON

[parameters]

## Reinvent: de novo sampling
model_file = "priors/reinvent.prior"
output_file = 'sampling.csv'  # sampled SMILES and NLL in CSV format
num_smiles = 157  # number of SMILES to be sampled, 1 per input SMILES
unique_molecules = true  # if true remove all duplicatesd canonicalize smiles
randomize_smiles = true # if true shuffle atoms in SMILES randomly

Running the reinvent4 program

$ reinvent -l sampling.log mps_sampling.toml

12102024 work life

JASPUG2024に参加しました

今年もJASPUGに参加しました。相変わらず盛況で古参と新参のバランスも取れていていい感じに新陳代謝をしているように思いました。

私の方も古くからの参加者と意見交換したり親交を深めたりできて大変刺激をうけました。あとは、転職した元メンバーの人達と再開しても相変わらず楽しく話せるのは今の会社のカルチャーでもあるのかなぁと思いました。

ちなみにステッカーが溜まっているので最近新調したMBAにペタペタしないといけないです。

その他メモ

私のゼンマイがバカになっているような気がする

懇親会で知り合いにfmkzさんは現状の不満をバネに先に進むタイプですよねーとか言われて、確かにそうだなーと思ったのですが、最近ゼンマイの効きが弱くなっているのではなかろうかと帰りの新幹線で自問自答していました。確かにマネジメントにのめり込みすぎてこのままでいいのか？と思うようなことはあります。

やっぱ多様性の尊重は感謝の正拳突きで表現するべきなのだろうか？

同僚、上司、部下、知り合いは尊重してなんぼですね

仕事では色々あったり立場上難しい関係になったりするけど、やっぱり他社に別れても楽しく話せるのは一緒に厳しい状況を生き抜いた同僚たちだったりするので、常に尊重は欠かせないですねぇ。製薬業界もライフサイエンス業界も一つの系みたいなものですねぇと感じることが最近特に増えています。

コード書くのは楽しすぎ

pen先生と一緒に、ちょっとハンズオンのコンテンツのバグ取りとかポリッシュをスキマ時間にやっておりましたが、やっぱ楽しいですねぇと思いました。CBIのハンズオンに向けて完成度を高めていきます。去年、今年は無料でやりますが、来年はちゃんとお金を取ってRDKitの作者の旅費に使えればいいんじゃないかなぁと思っています。そろそろRDKitUGMJPやってもいいでしょ。

07102024 work life

Mishima.syk 21やりました。

参加していただいた方、発表していただいた方ありがとうございました。

今回LLM関連の深い話題が多く大変楽しかったです。

今回は、ちょっと日程が合わずに1年ぶりになってしまいましたが、次回は半年後くらいを目標に企画したい。

今月終わりにはCBI年会の初日にケモインフォマティクスのハンズオンもありますので、機会があればそちらも参加していただければと思います。

Pythonを使用したFlow-based Programming(FBP)のハンズオンセミナーを開催いたします。生成モデルの利用、 Docking Study、スコアリングといった一連の流れをFBPで実装する工程を学びます。本ハンズオンは、精度よりも 全体の流れを理解することを目的としています。

27092024 work life Spain Barcelona

EuroQSAR 24thを振り返って

サイエンスの話

  • S先生たちと「もっとプレゼンスをあげんとあかんのじゃないかねぇ」みたいな話は出ました。企業もアカデミアももっと頑張りたいなぁと思いました。ぶっちゃけポスターの内容とかC◯Iとか負けとらんからねぇ。
  • 座長にもオーラルにも日本の方はいなかったので、オーラル目指して頑張りましょう。
  • 面白い演題が多くあったというよりは、今後どうあるべきかについて深く考えさせられる機会ではありました。
  • C◯Iももっと海外の学会とジョイントしても良いのかもしれませんねぇ。

食べ物の話

  • チチャロンとかレチョンとかフィリピン発祥だと思っていたけど完全にスペイン料理がルーツなのね。よく考えたらそりゃそうだわ。
  • TEMPRAのタパスもやたらあって？となったのだけどポルトガルから伝わったらしい。食べてみるとフリッターぽかったです。
  • あとtataki(bonito)もあったのだけど、これはオリジナリティがわからんかった。
  • アンチョビは日本で売られているような保存が効くような塩辛いやつではなく、程よい塩気と酢でマリネされていて大変美味しかったのでもっと食べておけばよかったと後悔
  • ビールが安くて毎晩がぶ飲みタイムでした。★のやつとかはどこでも飲める、むしろ水。

27092024 work life Spain Barcelona

バルセロナ6日目

学会も無事に終わりました。次は再来年にAssisiだそうです。

最後くらいはアンチョビでもと。

トマトとにんにくの塗られたバゲットにのせて食べると美味しい。

あとはフレンチフライの上にハムがたくさん乗ったやつ

当然、Las Palmeras

私の泊まっているホテルからだと、カタルーニャ広場の方とか地下鉄で乗り換えないとならんし、乗り換えもやたら不便なのであまりそっちの方にはいかなかったです。

26092024 work life Spain Barcelona

バルセロナ5日目

そろそろお土産でもと近所のカルフールを物色。パエリアのシーズニングが（日本で言うところの鍋スープみたいに）液体ばかりで、持って帰るべきものなのか小一時間悩んだ。あとはお菓子とか（どれがスペイン産なのか）よくわからん感じでした。

というわけで、今日もLas Palmeras

codfish(タラ)のフリット。タラの身が入っているとおもったんだけど、タラの身を細かくして小麦粉と混ぜてあるのか揚げたドーナツみたいな食べ物であった。スナック感強め

Suckling pigにアリオリソースを添えたもの。焼いた豚だけど下味がついていていてアリオリソースにつけて食べると美味しい。

25092024 work life Spain Barcelona

バルセロナ4日目

Las Palmerasという大変美味しいお店を見つけました。

豚耳ガリシア風

揚げたナスにはちみつをかけたもの

24092024 work life Spain Barcelona

バルセロナ3日目

バルセロナの朝は遅く、7時を過ぎても外は暗い。それなのに9時からセッションが始まるためジョギングなどする暇はなかったというオチでした（モントリオールとは全然違った）。現地の人たちは9時前から走り始める人が多いように感じました。

セッションが終わって、Paellaでも行くかってことになり。

で二種類頼んだのですが、一つはなんか違う。

こちらはPaella、そう皆様想像の通りコメのやつです。

でこちらはFideuaというコメの代わりにショートパスタを使ったものだそうです。

というわけで、一つ勉強になりました。

そして月曜日だというのに人がいっぱいだった。

23092024 work life Spain Barcelona

バルセロナ1,2日目

羽田からミュンヘン経由でバルセロナ入りしたのだけど、ミュンヘンまで14時間かかり萎えた。 初日は時差ボケを引きずるのが嫌だったので、ホテルで大人しくしてた。

飲んでたビール

2日目は朝早起きして、サグラダ・ファミリアを見に行った。

夜に食べるところに難儀して、Tempura & Tapas に行ってみたのだけど、Patatas Bravasの量がやばかった。

  • 日の出が遅く(7時過ぎ)なので朝のジョギングはできなさそう。周りをみていると9時位に走っている人が多そうだった。
  • 日曜日はスーパーマーケットが閉まっていて、水とか欲しいものが買えずに不便を感じた。宿泊したホテルの周りになんもないのは辛い。