06072025 work life

週記(2025/06/30-7/6)

月曜日

ふるさと納税で送られてくるラムにあまりコクがなくビリヤニにするとイマイチだったのでカレーを作った。まぁさっぱり目。

火曜日

ちょっと疲れていたので酸っぱいものでもとシニガンスープを作ってみた。鍋がないのでフライパンで煮たら拭きこぼしてしまった。鍋買うかーとamazonで発注。スープとかラーメンに使える器もほしい。

シニガンはポークで、肩ロースにしてみたけどバラでもよかった。スープだけで満足するので夏の間は何度か作ることにしている。

木曜日

前日にポークシニガンを作ったときの豚肩ロースが余っていたので、ポークビンダルーにしてみた。赤みがいまいちでなかった(ビンダルーに見えない)のとポーク硬すぎたので手抜きせずに圧力鍋を使うべきだった。次回はシニガンと一緒で豚バラかなー

そういえばアドボもビンダルーも似たような調理法だなーと思って調べたら似たようなところから伝わった料理でした。

  • Vindaloo：ポルトガル語の「vinha d’alhos（酢とにんにく）」が語源。現地でスパイスが加わりインド風に進化。
  • Adobo：スペイン語の「adobar（漬け込む）」に由来し、酢と調味料で煮込む調理法。

土曜日

いつも同じ店にばかり行って新規開拓をしていなので、ちょっと中津まで。なかなか美味しかったです、また行く。

帰りにいつものお店で。鮎（九頭竜川産）

夕飯は、京式部っていう米と、鶏ハツの炒め物。先週家に帰って日本米を食べたら「やっぱうまいわ」ってことになって、まともな米屋を探して銘柄米（購入時に精米してくれる）を買ってきたのであった。ペットボトルに入れて冷蔵庫に保存してある。バスマティライス切らしちゃったから来週は日本米メインの献立を考えないといけない。

日曜日

朝五時半に起きて、滋賀の蓬莱山に登ってきました。大体7時間くらいのルートでしたが体力の無さを実感。来月の北岳登山に向けて鍛えないといけないことが判明。登山自体はなかなかハードで達成感がありました。

湖西線で人身事故があった影響で帰りの電車が遅れて19時過ぎに家についたので、作るのめんどいし外で食べるかなーと考えていたのだけど、シャワーを浴びたら外に出る気が薄れて、日本のカレーの作り方でミックススパイス入れた鳥ミンチのカレーと日本米にひたし豆のっけてたべた。そういえばこの辺はひたし豆おいてないから先週自宅に帰ったときに何袋か買っておいた。

ひたし豆は、「枝豆にスパイスかけたの美味しいんだからスパイス風味のひたし豆もおいしいだろう」という連想から、ちょっとスパイスの風味がして確かに美味しいです。

22062025 work life

馬を水辺に連れて行くことはできても

最近、全方位から「おとなしい」とか「思ったよりもあたりが弱い」みたいなことを言われてまして、「私ってそんなんにトゲトゲしていると思われてたの？」とか「カンフル剤？」みたいな今日この頃。先日の某フォーラムの懇親会で前職の同僚に「fmkzはよくバチバチしてた」とか言われてまぁそうだったよねーと。

じゃぁなんかめんどくさくなったのかとか言うと別にそういうわけでもないと思うんですよね、単に成長したからということで。確かにスパイスのマネジメントに夢中になっていて仕事の主張が弱めなことは否めないですが、前職の偉い人から教育されたりしたのでということでちょっとそのあたりをメモっておこうと思いました。ちなみにマネジメント関連の話を書くのは久しぶりですねー（意味深）。

まず、私のクリフストンストレングス（旧：ストレングスファインダー）のトップ10は一番上が個別化(青)で残りの8個が緑です(最後の一個はオレンジあたりにあったと思うけど忘れた)。前職の部全員でクリフストンストレングスを受けたのですが、単色で８個埋まるのは私と、別のマネージャー（オレンジx8）くらいでしたのでそこそこ尖ったプロファイルではあると思います。

で緑一色らしく、34の資質をフィンガープリントに見立ててPCAすればいいじゃんと思いついて早速実行したわけですが（橙一色のマネージャーからは物申されましたがｗ）、そのあたりの距離感とマネジメントの関連性を鑑みるに、自分の近傍のプロファイルの人は強めな意見を言っても受け止めてくれる一方、離れている人は言い方を考えないとなーみたいなことが多かったように思います。

というわけで、相手に自分の意見を受け止めてもらえることが重要だというふうに考えているので、まずは受けとめてもらえるような主張を最近は心がけているつもりです。あたりが弱いというのは私の脳内水見式が自分のプロファイルから遠いと告げているのではないでしょうか？w

もう一点は、「馬を水辺に連れて行くことはできても、水を飲ませることはできない」ということわざ通りで、マネジメントとしては部下に機会を与えることしかできないが、それを受け止めてもらって自分自身で成長したいと思ってもらわないといけないので、受け止めてもらうにはどうしたらいいかをよく考えないといけないなぁと。正論でぶっ叩いても受け止めないですよねー（自分と似たような考え方だったら違うのだろうけど）みたいな感じです。これは上下関係なく、お互いを尊重できる関係性にならないと率直な意見を言い合えないよねーということで、まぁそのあたりちょっと試行錯誤中なのかなぁと自己分析してます。

ちなみに、強みのトップが個別化（青）でわかるように、「チルドレンをつくる」とか「俺色に染める」みたいなマネジメントは大嫌いですｗ

21062025 work life

週記 (2025/06/16-21)

月曜日

知り合いに誘われ、天王寺のあべのハルカスの近くで飲み。あべのべあなるものの存在を知る。キャリアの話とかいろいろ話せて良かったです。

ちょっと料理談義多めで色々と新しい情報を仕入れる。特におうちシェフブレンダーの使い勝手を聞き、早速購入したかったのだが、

「2.5kgかー、置く場所ないじゃん」(キッチンの設備がショボい)

と買うかどうか週末まで悩んでいたが、結局キッチンテーブルを調達してその上に置くことに。電気ケトルとか炊飯器も毎回シンク下から出し入れしていたのでついでに解決できそうです。（私は牛乳を飲めないため）豆乳をいつも買っていたのでこれからは自作できるようになり色々と捗る気がする。特にカルディの鹹豆漿の素がちょっと酸っぱいのでもう少し自分好みのレシピを開発していきたい。

あと、豆の話になって、最近ひたし豆作ってないなーと青大豆を探しにスーパーにいったり市場にいったりしたのだけど見当たらなかった。関西ではあまりポピュラーではないみたい。簡単に作れて美味しいのにねー。実家に帰ったときにまとめ買いしておくか。

火曜日

テンパリング用のミルクパンを買ったのでアチャールを色々仕込んでいた。とりあえず玉ねぎとゆで卵のアチャールを作った。

水曜日

タイカレーを作る。先日のアチャールをどうしてものせたく、ゆで卵のアチャールをのせてみたけど率直に言って別に要らんかった。

金曜日

構造活性フォーラムで発表してきました。オーガナイザー、参加者の皆様どうもありがとうございました。大変有意義でした。発表もパネルディスカッションもちょっと主張強めだったかもしれませんが、皆様の役に立ったなら嬉しいですし、もし今後見かけたときにフィードバックもらえたり、DMでも送ってもらえると更に嬉しいです。

懇親会でも色々と話せて久しぶりに色々と考える機会になりました。私の発表は相変わらずメッセージ強めっすねーと言われたのですが、確かに私はTake Aways/Take Home Messageを必ず入れます。主張のないプレゼンテーションって塩入れないスープみたいなもんじゃんって思っているからでしょう。

あとは「なんかしらんけど、すごそうなものの技術の総称」をAIって呼ばれると議論しにくいよなーとちょっと思いました。ていうか、昔からずっと思っていたので今更なのだけど、、、

土曜日

羊肉でビリヤニを作りたいと羊肉の取り扱いのある店を探していたのだけど見つけられず諦めかけていたら、ふるさと納税で調達すればいいじゃないか！ということに気が付き早速定期便でゲット。毎回ラム串５本入りくらいのが５パックが冷凍で送られてくるのだけど解凍して串を外せばビリヤニ用の肉として使えるので便利。

アチャールもここぞとばかりに盛ってみましたｗ

25052025 work life

今週の私

今週は緑化も順調で、FMOkitもプロダクションレベルになったので、やっと計算をガンガン回せるとあれやこれやと計算したいものがてんこ盛りの状態です。

というかそろそろ某SARフォーラムの資料を完成させないといけないのだけど、話したいことを話してオーディエンスをポカーンの方向に持っていくかみんながハッピーうさちゃんまつりな無難な話をするかちょっと悩んでいます。オープンサイエンスはディープサイエンスに向かうのかそれともシャローなサイエンスで表層をスクラッチして和気あいあいするだけのいわゆるポピュリズム的なカタルシスをゴールにするのかよくわからん今日このごろ。

さて今週の食ですが、私はひよこ豆がかなり好きで週末ごとに圧力鍋（結局物欲に負けて購入した）にかけているのですが、豆カレーばかりでは飽きるのでそろそろフムスを作ろうと。

で、安いハンドブレンダーを買いました。あとは、スパイスはいつものスパイス屋で揃うのだけど、タヒニが業務スーパーで買えることを知り歓喜しました。インドとかヨーロッパのレモン汁も売っていたのでついでに購入。

金曜日は会社の方に誘われて、ベルギービールウィークエンドに参戦してきました。90弱のビールが飲めるらしいのだけど、4種類くらいしか飲めんかった。おすすめのchimay blueが美味しかった。ベルギービールは機会があったらもうちょっときちんと調べて飲んでみようと思いました。

土曜日は雨で外に出る気が起きなかったので、ゆったりと論文読んでました。あとはハリッサバの炊き込みご飯はいけるんじゃないかと試してみることにしました。

日本米は合わんやろなーとタイ米（ジャスミンライス）を使ってみた結果がこちら。

何やろねー。ちょっとベチャッとしてしまったので、むしろバスマティライスでもいいかもしれない。あと、ハリッサバ自体の味が濃いので、サバご飯の素を入れずにビリヤニのアプローチで肉の代わりにハリッサバでも良かったかもしれない。

次回再検討ですなぁ。

日曜はちょっと疲れていたので、朝雨が止んだあとに銭湯にお祓いにいってきて生き返った。午後はキョダイマックスカイリキーをとっ捕まえに梅田に遠征して、そのついでに天満のアジアスーパーに行くかーってなって行ったはいいが、向かいの天満酒蔵に吸い込まれたのであった。

安くて美味しくて最高でした。昼飲みしてアジアスーパーで買い物して買えるというルートが開拓された日であった。

20052025 work life

沼津で昼飲み

先週末は久しぶりに家に帰ったので、日曜はリパブリューで昼飲みしてきました。

前職の知り合いや、Pythonつながりの人と楽しくおしゃべりをしてリフレッシュしてきました。

27042025 chemoinformatics work life

Creating mmCIF file with hydrogen atom and partial charge appended

To create an input file for FMO calculations, we need both the structural information of the protein with hydrogen atoms included and the charge information for each fragment. However, since PDB files do not contain hydrogen atoms by default, we must add them using an external tool. Additionally, because the PDB format does not provide a field for storing partial charges, we repurposed the temperature factor field for this purpose.

Since the mmCIF format allows partial charge attributes to be added without unnecessary hacks, I wrote the code in openMM and gemmi.

from openmm.app import *
from openmm import *
from openmm.unit import *
from sys import stdout
import gemmi

pdb = PDBFile("1AKI.pdb")
forcefield = ForceField('amber14-all.xml', 'amber14/tip3pfb.xml')
modeller = Modeller(pdb.topology, pdb.positions)
residues=modeller.addHydrogens(forcefield)
system = forcefield.createSystem(
    modeller.topology, 
    nonbondedMethod=PME, 
    nonbondedCutoff=1.0*nanometer, 
    constraints=HBonds)

partial_charges = []
for force in system.getForces():
    if isinstance(force, openmm.NonbondedForce):
        for atom_index in range(force.getNumParticles()):
            charge, sigma, epsilon = force.getParticleParameters(atom_index)
            partial_charges.append(str(charge)[:-2])

with open('tmp.cif', 'w') as f:
    PDBxFile.writeFile(modeller.topology, modeller.positions, f)

doc = gemmi.cif.read('tmp.cif')
block = doc.sole_block()
loop = block.find_loop('_atom_site.type_symbol').get_loop()
loop.add_columns(['_atom_site.partial_charge'], value='?')
pcs = block.find_values('_atom_site.partial_charge')
for n, x in enumerate(pcs):
    pcs[n] = partial_charges[n]
doc.write_file('output.cif')

I’m getting tired of writing FMO input generators every time I change jobs, so I’ve decided to upload them to GitHub as open-source software.

19042025 work life

コミュニティよもやま話

私は市場とか好きすぎて日本でも海外でも市場巡りをするんですが、元豊中在住者に豊南市場情報を教えてもらっていたら、実は昔豊中のうどん屋で地域Rコミュニティの懇親会やったぞっていう補足情報をいただいて、急激に当時のことを思い出しました。

そういえばShiga.Rやったなー、しかも15年前にｗ。Blog書いておくとこういうときに記憶の補完になるので大変役立ちますね。

で、一個思い出したのは懇親会に参加していた立命の講師の方との会話で、

「ケモインフォとかIBISとかNeurIPSとかキャッチアップしといてケミストリーに転用すればいいから楽っちゃ楽ですよねー」

的なことを言ったら

「それってサイエンスティストとしていいんですかねーオリジナリティを出さないサイエンス楽しいですか？」

みたいな返しをされて、確かにそうだよなーと思い、なんとなく企業研究者だろうがオリジナリティの追求、SOTAを超える姿勢みたいなのを強く打ち出すようになった気がします。あとは前職の計算科学チームのレベルの高さにも恵まれてお互いプッシュし合って高みを目指すことも良かったように思います。

もう一点思い出したのは、「あの頃Rの地域コミュニティたくさんあったなー」ってことで始まりはTsukuba.Rだよなーと調べたら2008年くらいの話でした。Japan.Rも2010から続いているし、息が長いなぁと感心していました。

先週上司と1on1していて、「強いチームを作るためにどういうことをしていましたか？」って聞かれて

  • ストレッチした目標
  • オリジナリティの追求、SOTAを超える姿勢をもってもらう

ぐらいしか思い浮かばなかったのだけど、よい社外コミュニティで意見をぶつけ合うっていうのもそうなんかなぁと重た次第なのでメモっておきます。

31032025 work life

Installing GAMESS on an Apple M3 chip laptop

去年の夏くらいにインストールしようとしたら何故かインストールできなくてつらい思いをしたのだけど、今日再度インストールしたらうまく行ったのでメモ。

GAMESSのバージョンはJuly 15, 2024 R2 Patch 1です。これよりの前のバージョンではコンパイルがうまくいかなかった気がする。

基本的なインストール方法はこの通りです。

Configするときにgfortranのバージョンを聞かれますが、正直にバージョン(私のは14.2だった)を入力するとコケるので11.2とか古めの申告をしましょう。

あとはできたMakefileを弄ります。

  • 123行目のundefine GMS_TARGETをコメントします。
  • homebrewでインストールしたgsedを使うためにsedの記述を変えます。vimでやる場合は:1,$s/\ sed\ /\ \/opt\/homebrew\/bin\/gsed\ /g

これでインストールできるはず。

29032025 work life

Moving on to a New Opportunity

New Resolutionに書いた通り、来月から新しい環境で挑戦することにしました。

Try something new. Time is finite for everyone, and time wasted is time that will never come back. We have only one life to live, and it is our duty to live it happily and without regrets.

今月の初旬が最終出社日だったので、その後ははちょっと羽を伸ばしていました。急遽チェンマイに行くことにしたし、帰国後たくさんの送別会を開いていただいてありがたかったです。

現在の会社は8年いましたが、大変充実していたし、とても楽しく仕事ができました。ハイレベルなサイエンスに囲まれた環境のおかげもあって自分自身はすごく成長を実感できたし、たくさんの新しいことに挑戦して成果も残せたかなと。上司、部下、同僚の皆さんには大変感謝しております。

次の職場でもサイエンスをがっつり深めていきたいなーと思っています。

10032025 work life

オンサイトで運営委員会を開催した

学会の運営委員会を1年ぶりにオンサイトで行いました。

昼はうどんでスパイシー豆

すこぶる旨さ

会議も色々と盛り上がり、やはり直接会って話すのはいいなぁと思いました。

尚、これからタイに行ってコード書いてきます。