07022006 bioinformatics publosxom
ホモロジーモデリングをするとき、一番気を使うのはテンプレートとなる結晶構造の選択と、それへの配列のアライメントではないかと思う。
というわけで、テンプレートの選択と配列アライメントのためには、類縁の遺伝子の機能とかモチーフとか進化的な素因とかきちんと理解したり、さらには立体構造アライメントによる、類似構造の機能と構造の相関とか地道に押さえることがいいモデル作成の秘訣だったりするため、トライアンドエラーは当たり前。
PSI-BLASTとcd-hitを組み合わせたPSI-BLAST-ISSを使えばここら辺の作業の効率化と迅速化がはかれるっぽいので、これってイイかもなんて思ったりする
07022006 publosxom
読んだ論文は別のblosxomメモッとことか思ってたが、最近pubmed版のdel.icio.usみたいなほうが調子いいのかもなんて思ってる。
ブックマークレット+一行コメントでお手軽だしね
これはそのうち作ってみよう。
あとは、文献のエントリもタグくっつけておけば、すぐに検索できるし、こっちのblosxomで一緒に管理しても困らんかもとか思ったのでそうしよう。
07022006 catalyst
Catalystでものづくりな日々が続いてますが、モジュールとかのファイルを更新するたびに、Catalystのテストサーバ再起動すんの
キャッタリーーース
と、面倒くさがっていたら、
-r オプションつけて起動しとけば、自動的に再起動されるということを知った。
Lost-Season: CatalystのTestServerが自動再起動の機能を実装
catalyst.pl Demo で、プロジェクト作成 cd Demo script/demo_server.pl -rというように、-r オプションを付けると自動再起動モードになります。 一秒ごとにチェックして、編集されたファイルがあると テストサーバが再起動されます。
ナイス、Catalyst。 素敵デス。
06022006 perl designpattern
HeadFirstみても、なかなかperlでのデザインパターンが飲み込めないぁと悩んでいたら、結城 浩さんの本をいろんな言語で書いてるのを見つけた。 で、その中にPerlでデザインパターンも発見。はてなのえらいヒト?だよね。
というわけで、買ってみた。
AbstractFactoryくらいまで読んだが、名著の予感。
だって面白いんだもん
そして、perlのサンプル素敵、全部消化してから次のパターンに移ってる。で、もちろんjavaも書いて実行している(eclipseで)。
当分、この本の追っかけメモになるかも。本に関して一言いうならば、イタリック体はもうちょいイタリックっぽくして欲しかったね。いまんとこそれだけ。
06022006 静岡
三つ割り菊に蕎麦喰いにいったついでに、Foodiosに寄って酒でも眺めてたら、山が恋しくなって(?)日守山へ。
ほんとは、釣りに行くたびに通るので気になっていただけなんだけどね。
小汚いお兄ちゃんがリュックを背負って笑顔でお出迎え。
ちょっと上がるとアジサイが咲いてます。これからが見頃かも。道は整備されていて、階段がついてます。大体20分ぐらいで登りきれるが、頂上に長い滑り台がついていて、九分くらい登ったところに滑り台の降り口がアル。
まぁ、何がいいたいかというと、降り口付近に、ダンボールとかウレタンの敷物が置いてあって、滑り台を滑りたければそいつを持って登れということだ。
頂上で一休み。富士山の方を向いて撮ってみたが、生憎曇り。
帰りは、滑り台にチャレンジ。下が細かいローラーになっていて、 滑るとギュゴーーーズガｰｰｰｰビビーとか凄い音がする。抱えてたワンコがその音を聞いて大興奮して暴れるので、僕は滑り台よりもワンコを押さえつけるのに必死でそれはそれでスリルがあったゾ。
愛鷹水神社からワンコ（はな）を連れて池の平の展望台までハイキング。
途中、サワガニが道を横切って、それを追いかけるはなを撮ってみた。
池の平までは水神社の駐車場からは一時間くらい。
淡島から原の海岸がずっと見渡せます。というか、望遠鏡がついていて、それがまたよく見えるんで面白い。
僕はどっちかというとPukiWiki派で、Wikiはコレばっかしを使っています。さて先日、MOONGIFTで、WikiをWYSIWYG化というエントリを読んで、いっちょPukiWikiにいれたろかと思ったが、ちょっと調べてみるとKwikiなるWikiだとプラグインでwikiwygを簡単に入れられそうだということを突き止めた。
しかもperl -MCPANで入れるあたりが素敵！
というわけで、このKwikiを入れてみたというわけだ。
perl -MCPAN -e shell cpan> install Template cpan> force install Spiffy cpan> install I/IN/INGY/IO-All-0.33.tar.gz cpan> install Spoon cpan> install Kwiki
Kwikiを設置するディレクトリに移動して、kwikiコマンドを打つ。-updateはたぶん必要（そうしないとエラーを吐く）.htaccessは必要に応じて用意する。cgiなので普通は必要だと思うヨ。
kwiki -new kwiki -update
これで、一応Kwikiが動くことを確認。ごく普通のWikiですな。
さてここから、プラグインをガシガシ詰め込む。が、Wikiwygを入れるのが今回の目的なので、Kwiki::WikiwygをCPANからインストールして、プラグインをaddします。addするときはKwikiを設置するディレクトリに移動するのを忘れずに
perl -MCPAN -e 'install Kwiki::Wikiwyg' kwiki -add Kwiki::Wikiwyg
これで、KwikiでWikiwygがダブルクリックで起動するようになり、WYSIWYGなWIKI環境が出来上がりますゾ。他のプラグインも同じように入れればOK
エディタもいい感じに立ち上がりますぞ。ややこしい記法を覚えなくても、Wikiれるってのは、それだけで、とっつきにくさを解消するので、かなりいいかも。
あーでもIEだとWikiwyg立ち上がらないみたい
05022006 perl
去年最も多く世話になった本はこれ。いつも持ち歩いていた気がする。で、oopをなんとなくは理解できるようにはなった。そして、お気に入りのモジュール読み解いてくのも楽しい作業になったネ。
特に、
h2xs -AXn
で始めて、ある程度書いたら、subversionで管理する癖がついたのは、効率上素晴らしくよろしくなった。家からでも職場からでも同じようにco,ci出来るし。
と同時に足りないものもわかってきた。
それはテスト
テスト書くの苦手だニャぁ。で、無駄にはまることも多い（だめなのわかってるんだが）
今年はテスト周りをもうちょっとちゃんとするのと、できれば、なんかをCPANに登録してみたいなぁ(ささやかな野望ということで)
05022006 静岡
建物が若干古めかしい「京」に出撃。この日は前日までの小春日和と違って、いつもの冬の気温に逆戻り。道中、冷たい蕎麦にするか温かいの頼むかみんなかなり悩んでたゾ。
でも、僕は悩まない。
最初からせりざる頼むって決めてるからネ
というわけで、店に着いたら、さっさとせりざると天麩羅盛頼んだけど、すぐにチャレンジ気味だったかもと不安になった。だってメチャクチャ寒いんだもん。建物の造りが掘っ立て小屋風で(それはそれで味があるんだけど)、隙間風がやたら冷たい(痛い)外とか隙間からバッチリ見えるから、外の冷気が、、、、
寒気で換気？
サミーサミーといいながら、暖房の近くの席に座ったんだけど、全然暖かくない。しょうがないからポケットに手突っ込んで蕎麦出るの待ってた。
で、待つこと10分くらい。やっと出てきたせりざるはうまいねぇ。U隊長はあったかいせりそば頼んだのでちょっと頂いたが、温かい蕎麦はどうしてもヤワさが気になるので、せりざるにしといてよかった。喉越しがたまらん。あと天麩羅旨い。せりのシャキシャキ感とエグミが、蕎麦に合う。満足。
静岡の蕎麦好きなら必携の(?)そばをもう一枚の情報によると、山芋と卵がつなぎらしい、あの喉越しは単なる二八ではないと思っていたが、、、でも、あんま山芋臭くなかったな。御殿場IC近くの金太郎で食べたときには
うわ、山芋だ
とか思ったんだが。御殿場といい富士宮といい、富士山のまわりはつなぎに山芋を使うのか。となると平七もつなぎに山芋使ってんのかな?今度(来週?)行ってみよう。
「そばをもう一枚」は7年前に出たので、若干情報が古めだ。そろそろ、「そばをもう一枚モア」とかの改訂版が欲しいぞ。 あとせりざる食べたいんだったら、富士宮の浅間大社近くの喜八いけばいいんじゃないかな。いつも結構混んでるけど。
増補改訂版Java言語で学ぶデザインパターン入門
続・初めてのPerl - Perlオブジェクト、リファレンス、モジュール
そばをもう一枚