ホモロジーモデリングをするとき、一番気を使うのはテンプレートとなる結晶構造の選択と、それへの配列のアライメントではないかと思う。

というわけで、テンプレートの選択と配列アライメントのためには、類縁の遺伝子の機能とかモチーフとか進化的な素因とかきちんと理解したり、さらには立体構造アライメントによる、類似構造の機能と構造の相関とか地道に押さえることがいいモデル作成の秘訣だったりするため、トライアンドエラーは当たり前。

PSI-BLASTとcd-hitを組み合わせたPSI-BLAST-ISSを使えばここら辺の作業の効率化と迅速化がはかれるっぽいので、これってイイかもなんて思ったりする