Drkcore

02122012 twitter-bootstrap

Blogのデザインを変えた

RSSへのリンクが切れてたり、横長のアドセンスが邪魔だったので、ちょっとデザインを変更した。

Nexus7では快適に、iPhoneではまぁまぁ快適に読めるようになった。

1354413008

twitter bootsrapを使っていて分からなかったところがあったのでメモっておく

marginの設定が効かない(例えばプロフィール画像とか)ので、画像と文字がくっついてしまって困っている

01122012 chemoinformatics Python

ChEMBLのデータにアクセスしたくなったらSQLAlchemyを使うとよい

ローカルに構築したChEMBLにアクセスする場合には生のSQLじゃなくてSQLALchemyを使ったほうが楽だ。その場合にはMetaDataのrelflectをTrueで。

from sqlalchemy import create_engine, MetaData

db = create_engine('mysql://user:password@localhost/chembl_14?charset=utf8&use_unicode=0')
metadata = MetaData(bind=db, reflect=True)

table = metadata.tables['target_dictionary']
stmt = table.select(table.c['organism'] == 'Homo sapiens')

for r in stmt.execute():
    print r.chembl_id, r.pref_name

ChEMBLって、生物種を正規化してないのね。パフォーマンスの問題かな？

Bioinformatics Programming Using Python
Mitchell L. Model
Oreilly & Associates Inc / 5075円 ( 2009-12-23 )

30112012 Python javascript

Pythonとかのちょっとしたスクリプトをforeverでデーモン化する

pythonでちょっとしたクローラーを書いて終夜で流したい時に、夜中に落ちたりすると時間がもったいないので、死んでも生き返るようにしておきたいことがある。

追記121203

はてブで指摘された通り

forever start -c python crawler.py

で良かった。ドキュメントにちゃんと書いてあった。

node.jsで書いた場合にはforeverが使えて便利だが、他の言語で書いた場合にはchild_processで子プロセスにして呼び出せばいいので、javascriptをちょっと書いておけば、PythonでもPerlでもHaskellでもなんでも使える。

でもjavascriptを毎回書くのは(忘れるし)面倒なのでforever用のjavascriptを出力するスクリプトをpythonで書いてみた(foreverizeっていう名前)。

#!/usr/bin/env python

import sys

js_str = """var spawn = require('child_process').spawn;
var app   = spawn('{}', [{}]);
app.stdout.on('data', function(data) {{
  console.log('stdout: ' + data);
}});

app.stderr.on('data', function(data) {{
  console.log('stderr: ' + data);
}});

app.on('exit', function(code) {{
  console.log('exit code: ' + code);
}});
"""

if __name__ == '__main__':
    if len(sys.argv) < 2:
        print "Usage: {} [command]".format(sys.argv[0])
    else:
        command = sys.argv[1]
        options = ""
        if len(sys.argv) >= 2:
            options = ",".join(["'{}'".format(op) for op in sys.argv[2:]])
        print js_str.format(command, options)

使い方は簡単

foreverize python crawler.py > crawler.js
forever start crawler.js

これで、デーモン化されて夜でも安心。

30112012 iPhone Ti

Titanium Studioでドハマリ中 -> XCodeを使って一部解決

最近Alloy+Emacsで快適に開発していたのだが、ちょっと実機転送したいアプリがあったので久々にTitanium Studioを起動したら思いっきりハマっている。

run iOS deviceすると次の画面が出てきて何を直したらいいのかさっぱり分からん。

titanium studio

そもそも、App IDとプロビジョニングプロファイルをきちんと理解していないからなぁ。ドキュメントをきちんと読んでおかないとダメだな。

あと、そのうち東京のもくもく会にも行ってみたいなぁ。

追記121128

KitchenSinkでも同じようなことになった。

初回インポートしてApp IDを変更して実機転送したところ初回は

一般設定して

general

次にcertificatesの設定して

certificate

最後にプロビジョニングプロファイルを登録

provisioning

これで実機転送できる。

しかし二度目の実機転送を行おうとするとPlease add a provisioning profileという画面が出て先に進まなくなる。

TitaniumのQAで似たようなのを見つけた

Xcodeのコマンドラインツールを再インストールしたら直ったというコメントがあったので、ついでに4.4.1から4.5.2にあげてみたけど変わらず。他のヒトが試したようにTitanium Studioを再インストールしたり、titanium, alloyを最新版にあげてみたけどダメ。

あとは、コメントにあったとおりにpreview version入れてみるくらいだけど、時間切れなので帰ってきたらやる

121128追記

RC(3.0.0.201211271925)とNightlyBuild(3.1.0.201211271945)入れてみたけど変わらず。

ところで、

titanium build -p iphone -T device -P XXXXXX -V "XXX XXXX"

とやってみたけどシミュレータが立ち上がってしまうのはなんでなんだろ？オプションでなにか足りないものがあるのかなぁ、、、

XCodeを使ったらちょっと前進 (追記2012.11.30)

XCodeを使ってみることにした

titanium build -b -f -p iphone -T device -F iphone -P [UUID] -V [NAME]

でapp/build/[application].xcodeprojができているので、それをXCodeで開いて実機を選択してrunすればいい。

これで、KitchenSinkは実機に転送できた。

Alloyで作ったアプリも転送できるんだが、

couldn't find app.js

というエラーが出る。

29112012 Haskell javascript

fayを使えと心に直接呼びかけられた

(……きこえますか…きこえますか…JSerの…みなさん… 三島Ha…無名…会です… 今… あなたの…心に…直接… 呼びかけています…フロントエンドは…underscore.jsを…使う場合では…ありません…あなたが…使う…言語は… Clojure某でも…ありません…Haskellです…Haskellを…使うのです…fayでコンパイルするのです…)

fayはHaskellコードをjavascriptにコンパイルするツールで最近精力的に開発が進んでいるようで素晴らしいですね、心に呼びかけられるのも納得です。

import Language.Fay.Prelude

mylist :: [Int]
mylist = [1..10]

-- test
main :: Fay ()
main = print $ any (==2) mylist

fayコマンドでhaskellをjavascriptにコンパイルすればnode.jsで動かせるようになります。

$ fay test.hs 
$ node test.js 
true

underscore.jsに載ってた他の関数もこんな感じ。findなんかはMaybe型で返ってくるので値がなかった場合の処理も楽ちんです。

-- each
mapM_ print mylist

-- map
map (3*) mylist

-- reduce
foldl (+) 0 mylist

-- reduceRight
foldr (+) 0 mylist

-- find
find even mylist

-- filter
filter even mylist

-- reject
filter (not . even) mylist

-- all
all (>0) mylist

-- any
any (>5) mylist

-- contains
any (==2) mylist

すごいHaskellをKindleで読む時が来ましたね！これは内側からなぜか湧き上がる物欲ですが、、、、

すごいHaskellたのしく学ぼう！
Miran Lipovaca
オーム社 / ?円 ( 2012-09-21 )

Kindle Paperwhite

Amazon.co.jp / 7980円 ( 2012-11-19 )

三島Haskell無名関数の会は一緒にHaskellを学ぶお友達を絶賛募集中です。今度は三島でHaskell勉強してホルモン食べながらビールを飲みます。

28112012 Haskell

Haskellでマルコフ連鎖

Titanium Mobileがうまくいかないのだが、さすがに二三日で解決しないと気が滅入るので気分転換。

virthualenv 
source .virthualenv/bin/activate 
cabal install markov-chain

コードを書く。文章は魯山人（青空文庫）から。Kindle買ったら魯山人は全部入れておくといいですね。

import System.Random
import Data.MarkovChain

mytext = "かつおぶしはどういうふうに選択し、どういうふうにして削るか。まず、かつおぶしの良否の簡単な選択法をご披露しよう。よいかつおぶしは、かつおぶしとかつおぶしとをたたき合わすと、カンカンといってまるで拍子木か、ある種の石を鳴らすみたいな音がするもの。虫の入った木のように、ポトポトと音のするしめっぽいにおいのするものは悪いかつおぶし。本節と亀節ならば、亀節がよい。見た目に小さくとも、刺身にして味い大きいものがやはりかつおぶしにしても美味だ。見たところ、堂々としていても、本節は大味で、値も亀節の方が安く手に入る。次に削り方だが、まず切れ味のよいかんなを持つこと。切れ味の悪い鉋ではかつおぶしを削ることはむずかしい。あかさびになったり刃の鈍くなったもので、ゴリゴリとごつく削っていたのでは、かつおぶしがたとえ百円のものでも、五十円の値打ちすらないものになる。"

result = take 200 $ run 2 mytext 0 (mkStdGen 123)

main = putStr result

実行

かつおぶしは、かつおぶしの良否の簡単な選択し、どういうふうに、ポトと音のするものがやはりかつおぶしを削ること。切れ味の悪いかつおぶしを削ること。切れ味の悪いかつおぶしはどういうふうに、ポトポトポトポトと音のするしめっぽいにおいのするしめっぽいにおいのするしめっぽいにおいのするものは悪いかつおぶしを削るか。まず、かつおぶしの良否の簡単な選択し、どういうふうにして味い大きいものになった木のよう。よい。

日本語は形態素解析が必須だなと。

27112012 life