グラフ版数学ガール的な本。ただし、数式はほとんど出てこなく、さくさく読めてお薦め。

最短経路の本
R. ブランデンベルク
シュプリンガー・ジャパン株式会社 / ?円 ( 2007-12-13 )

「ダイクストラのアルゴリズム」に始まり、最小全域木と最短経路木の話があって、greedy algorithmとして「クルスカルのアルゴリズム」へ。

このあたりで、マトロイドが出てきたんだが、ここはいまいち理解できなかった。

さらに、オイラー小路、オイラー閉路の説明があって、「チュゴクの郵便配達員問題のアルゴリズム」でだんだん面白くなってきて、巡回セールスマン問題へ至る。

ここで、「1-木」とかいう話が出てきてちと悩む。「クリストファイズのアルゴリズム」やヒューリスティックな解放をいくつか通って、多面体組み合わせ論へ。ただし、これはイメージだけつかませるような内容になっていて、ここでこの本は終了。

GASTONとかgSpanに至には次にどんな本読めばいいんだろうかのう。とりあえずAmazonをみてたら面白そうなの見つけた。

Fragment-Based Drug Discovery: A Practical Approach

Wiley / 20323円 ( 2008-12-08 )

• an introduction to fragment based drug discovery, why using fragments is a more efficient process than predominant models, and what it means to have a successful FBDD effort.
• setting up an FBDD project
• library building and production
• NMR in fragment screening and follow up
• application of protein-ligand NOE matching to the rapid evaluation of fragment binding poses
• target immobilized NMR screening: validation and extension to membrane proteins
• in situ fragment-based medicinal chemistry: screening by mass spectrometry
• computational approaches to fragment and substructure discovery and evaluation
• virtual fragment scanning: current trends, applications and web based tools
• fragment-based lead discovery using covalent capture methods
• case study from industry: the identification of high affinity beta-secretase inhibitors using fragment-based lead generation

広く浅くな内容な気がするがちょっと気になる。

GASTONが分からなくてお悩み中。参考文献とかから読まないとやっぱダメな感じ。

TODO:ここから追いかける

そのながれで、最短経路の本も読んでおく

最短経路の本
R. ブランデンベルク,P. グリッツマン
シュプリンガー・ジャパン株式会社 / ￥ 3,675 ()
通常24時間以内に発送

当分日本酒も無しだなぁ、ということで、昨日吞みきった高砂で当分は家吞み断ちだ。

中国茶用の茶器出したら、U隊長に「珍しいねー(なんかあったの？)」なんて言われてしまった。

今の仕事で、data preparationのための効率的な仕組み(インタラクティブなサービス)が必要だろうなぁと感じているので、8章のサービスのデザインが参考になった。

インタラクションデザインの教科書 (DESIGN IT! BOOKS)
Dan Saffer
毎日コミュニケーションズ / ￥ 2,940 ()
通常24時間以内に発送

• テスラーの複雑性保存の法則
  • プロセスにはそれ以上単純化できない「臨界点」があり、それ以降は本来備わっている複雑性を移動できるだけだ
• フィードフォワード
  • ”フィードフォワード制御”は、”フィードバック制御”とは異なり信号の流れが閉ループになっていない
• サファーの法則
  • サービスの中にコンテンツをつくるよりもデジタルサービスの形を作るほうが簡単である
• スパイム
  • space + time
  • 状況認識し、セルフモニタリングしつつ自動的にドキュメント化

デザイニング・インターフェースも併せて読むとおもしろい。

デザイニング・インターフェース ―パターンによる実践的インタラクションデザイン
Jenifer Tidwell
オライリー・ジャパン / ￥ 3,990 ()
通常24時間以内に発送

pubchemはクラスタリングの結果をgml形式でダウンロードできるので、それをcytoscapeで読み込んで解析することができる。早速データをとってくる。benzothioleで検索すると大体3000件くらいヒットするのでこれをクラスタリングしたものをgmlでダウンロードして、cytoscapeで読み込んでみた。

適当に描かせて眺めてみる。なんかネットワークっぽくなってますの。

さらに、ズームしてみる。

うーん、クラスタリングの結果を見てもちょっと面白くない。むしろ部分構造(MCS：Maximum Common Substructure)から構築したネットワークのほうがわかりやすいだろうな。

あとは、合成の時系列でネットワークをつくればいいと思うが、その場合、元々参考にした化合物の構造への情報をケミストから聞かなきゃいけないのでちょっとめんどいなぁ。

ということはpatentか？あれは先行技術の特許番号ついてたはずだからあれでネットワーク構築すればいいのか。これだったら、描いてみておもしろそう。

TODO: 奇麗な絵が描けるようにcydocなどを参考にちょっと勉強しとく

Chemistry::Molでちょっとはまった。

Can't call method "symbol" on an undefined value

というエラーでつまづいた。

my $mol2 = $mol->clone;

Makes a copy of a molecule. Note that this is a deep copy; if your molecule has a pointer to the rest of the universe, the entire universe will be cloned! my $mol2 = $mol->safe_clone;

Like clone, it makes a deep copy of a molecule. The difference is that the copy is not "exact" in that new molecule and its atoms and bonds get assigned new IDs. This makes it safe to combine cloned molecules. For example, this is an error:

    # XXX don't try this at home!
    my $mol2 = Chemistry::Mol->combine($mol1, $mol1);
    # the atoms in $mol1 will clash

But this is ok:

    # the "safe clone" of $mol1 will have new IDs
    my $mol2 = Chemistry::Mol->combine($mol1, $mol1->safe_clone);

やるなchemaxon的なサービスが立ち上がったようです。

URLを与えると化合物を意味している単語を抽出して二次元構造をポップアップして表示できるようになる。

http://www.chemicalize.org/

IUPAC2MOLの性能をアピールするには良いサービスですな。

待望のopen accessのジャーナルだ。

Journal of Cheminformatics

• chemical information systems, software and databases, and molecular modelling
• chemical structure representations and their use in structure, substructure, and similarity searching of chemical substance and chemical reaction databases
• computer and molecular graphics, computer-aided molecular design, expert systems, QSAR, and data mining techniques

「サイエンス・ビジネスの挑戦 バイオ産業の失敗の本質を検証する」の読書メモをみたら気になったので読んだ。

サイエンス・ビジネスの挑戦 バイオ産業の失敗の本質を検証する
ゲイリー・P・ピサノ
日経BP社 / ￥ 2,310 ()
通常24時間以内に発送

• 人体を一つのシステム、医薬品をそのシステムを構成する部品と考えてみよう。人間の生物学的仕組みは、極めて複雑な上に、インテグラル型の性格が非常に強い。しかも、そのシステムはすべてあらかじめ決まっている。新薬開発に関わる科学者に、このシステムをモジュラー型に変える力はない。

• (コンビケムへの期待に対して)生理活性をもつ化合物の構造上の特性に関する化学者の知識が新薬開発のプロセスに欠かせないことが改めて明らかになった

情報の非対称性

情報の非対称性とは、売り手と買い手の間に情報量の格差が存在することである。このギャップが大きいほど知的財産の価値などについて双方が合意に達するのが難しい。

特に情報の非対称性に関してはレイヤーや業種に関わらず常につきまとう問題ですな。他には製薬が学際領域(且つビジネス)という業界なので現場にしか分からない感覚っていう部分において本書の主張とちょっと違うよなぁという部分があった。特にモジュラー、インテグラルに関していえば、技術はもっとインテグラルよりだ。つまり、技術は選択肢の一つに過ぎないし、やりたい実験に適合するかどうかで柔軟に選択しているので技術そのものに過度な期待をするわけではない（そこらはアナリストとは違ったところかと）

基底関数をあつめているBasis Set Exchangeが微妙に便利でにわかクオンタムケミストの僕などは軽く重宝している。

あと、SOAPのサービスがついていて、これは！と思ったんだけど、メソッドがややこしげで、結局どう使えばいいのかわからんまま今に至る。

最近、家に帰ると娘がyoutubeをせがむので、コードが書けない。あと部屋があちい。そんなわけで、寝転がって本を読んでいる事が多い。

今日も数年の間寝かせてあった、グラフィカルモデリングなどを読んで勉強中

グラフィカルモデリング (統計ライブラリー)
宮川 雅巳
朝倉書店 / ￥ 3,990 ()
通常24時間以内に発送

一通り読んだが、分からない事だらけ。数学ガールシリーズでパターン認識関連のやつをカバーしてくれれば楽しく読めるのになどと考えるのは暑いゆえの妄想か。

グラフィカルモデリングって遺伝子ネットワークみたいなのだけじゃなくて、活性構造相関みたいな研究でも役に立つとおもうんだけどなぁ。なんか適当なサンプルに適用して眺めてみたいところ。

あと、そろそろビショップ本読み始めないと。