18 11 2008 chemoinformatics Tweet
LeadOptimizationにおける合成戦略は基本的に新規な構造を追いかけるために、常にモデルを外れる傾向にある。だから精度が高すぎるQSARモデルはどうかなと思うことがあるし、あんまり最適構造にこだわんのもどうかな?なんて思ったりもする。また、あまりにも類似している構造が同じ様な活性を示すという情報は情報量的にあんまりだし、無駄に新規性を追求した結果、活性が残らなかったという状況もあれだ。
これってstrength of weak tiesに似ているんじゃないかと。つまり弱い紐帯のようなものをうまく探るのが、プロジェクトを先に進めるために必要なことのひとつであろうという仮説を立ててみた。
で、そういったネットワークを探索するのもなかなか楽しそうだ。
MCSを分解していってエッジを張って活性と類似度のバランスでエッジに重みをつけるっていうのはどうだろうか。構造は結構異なっているが適度に関連性があって活性があまり失われていないようなエッジはリードホッピングの道を指し示してはくれんじゃろか?