30042011 chemoinformatics work
コーディングの本ではなくて思想的な、というか美学を体系的に考えていくためのテキスト。普段あまり考えていなかったメタな部分について深く考える機会を与えてくれる良書。インスパイアされまくった。
コードには主に「伝達」「説明」「暗号」という3つの目的があるが本書では「一連の命令を表すコード」に注目している。
ソフトウェアは思考の道具でありソフトウェアを利用すれば大量の情報を活用する能力を高めるだけでなく、今までにない考え方もできるようになる。
で、この可能性のことをprocedual literacyというらしい。
前にも触れたが僕はドラッグデザインもアートだと考えている。特に薬剤そのもののかたちをどう表現するかは重要だし、形と特性の関係性の表現技法なんかもそうだようなぁと。
スリットスキャニングとトランスコーディングが興味深かった。サポートサイトにProcessingのコードが載っているので動かしてみると楽しい。
27042011 chemoinformatics
昼食をとりながら小町みてたらふと思いついたのでメモ。要するに心技体
目先の事ばっかり考えてないで、普段の心構えをどうするかと考えることも大切ですね。
高度な技術は真に必要とされるときにとっておく。全合成はアートだが工業デザインにとっては不要。簡単な合成を少ないステップで望む特性の化合物を作れたほうが偉い。KISS重要、常にシンプルで美しいデザインを心がける。
和食の真髄は引き算。つまりゴテゴテさせる修飾を繰り返すのは二流の証拠で、ぶっちゃけだれでもできる作業。
反応点をうまく導入できるのは巧みの技。巧拙結構はっきり出る感じがする。ここが下手だと時間と根性で合成するのがデフォルトになっていくので避けたほうがいいよね。
JITで試薬が調達出来ればライブラリなんていらないよね。すなわちライブラリは在庫マネージメントで本質ではないよな。作りたいと思いついたときに現実的な時間で試薬調達出来れば良い。そういうインフラを目指すべき
23042011 chemoinformatics DMPK
PBPKを一通り使えるようになってきたので、改めて薬物代謝を学んでいる。
全体を考えられるようになってくると、個々の代謝の実験系がどういう意味を持つのかとかin vivoとのギャップはなんだろうかという新たな発見があって楽しい。
この本は化学同人から出ているので反応機構がちょくちょく書いてあるので便利ですね。
というのは、代謝をブロックしたい時にケミストは安直にハロゲンを突っ込もうとするけど、それが活性とリンクするサイトの場合にはもうちょっと考えないといけないことが多いからだ。
触媒の分子機構を考えたり、SN1かなぁSN2かなぁなんて考えながら遷移状態を取りにくくするにはどこからどこに向けて置換基生やしたらいいかなぁなんてやるのは分子設計的なアプローチかと思うんだけど、そもそも代謝を化学反応として理解してないとそういう仕事できないからねぇ。そういうあたりをやるためにも早い段階にアクティブコンフォメーションを捕まえておく必要もあるし。
最近PBPKと構造の相関関係を見ながら合成の方針にフィードバックしたいと思っているのだけど、市販のPBPKソフトは動態向けっていうか構造に対するパラメータの設定が大雑把過ぎて、メカニズムで考えてんのかフィッティングしているのか困っちゃうんだけど、なんかいいソフトウェアないですかね？
みなさん自前で実装しているのかなぁ？誰か知っていたら教えてください。
08042011 chemoinformatics
目次見たけど概要をつかむにはよさげ。
Virtual Screening: Principles, Challenges, and Practical Guidelines (Health Care and Disease Management)ただ、スコア関数の方法論がもう限界ですからな。もっと丁寧なモデル化が望まれているような気はするし、そういったあたりのもっとイノベーティブなアプローチが議論されない限りはつまんないフィールドになっていっちゃうと思っている。
29032011 chemoinformatics work
僕はドラッグデザインにはアートの要素が沢山含まれていて楽しい仕事だと思っているし、工業デザインの範疇に入ると考えている。
例えば
これは、スキャフォールドのポテンシャルは決まっていて、リードオプティマイゼーションってのはスキャフォールドをできるだけ磨いて薬剤としての美しさを引き出す行為とも捉えることができるし
これはファーマコフォアをきちんと認識することの重要性ともろかぶりする
ドラッグデザインを工業デザインとして捉えるヒトはあんまり知らないけど、ケミストやケモインフォマティストが本書を読めば新たな視点が開けると思う
26012011 chemoinformatics
ケミストでもモデラーでも活性ちょっとでもあがると、オウムのように「スイソケツゴー！」って言うんだけど、水素結合の本質わかってんの？と思うことがあるわけだ。
ていうか、あんまスティックモデルに慣れすぎんのも、化学反応の本質というかオービタリスティクな精神の高みを目指すという気概を忘れるのであかんと思うね。
The Nature of the Hydrogen Bond: Outline of a Comprehensive Hydrogen Bond Theory (Iuc's Monographs on Crystallography)
The Weak Hydrogen Bond: In Structural Chemistry and Biology (International Union of Crystallography Monographs on Crystallography)ケミストリーはもっと偉大で量子論の思想に深く根ざしたものでなければならない。ヘンチクリンな棒とか球が近いと言っては喜ぶという愚行を繰り返してはいけない。
19012011 chemoinformatics R bioinformatics
献本ありがとうございます
内容はバイオインフォマティクスに限らずに割と広い内容をカバーした感じで、クックブックと逆引きの中間的なスタイルと言えば良いのだろうか？
Rのインストールから基本的な操作は（大体どの本にもあるように）載っていて
データマイニングとしては
がサンプルコードとともに簡潔に説明されている。
8章はバイオ系データの解析、チップとか。odesolveを利用したシミュレーションのサンプルもあって、SBMLRは面白そうだなぁと思った。メカニズムがどうなっているのかはモデルと実験系の不一致をよく突き詰めて考えることでしかきちんとした理解は得られないと思っている。
最後のほうの章は統合環境、データベースの連携、サーバー構築あたりの話。
あと、twitteRを使って生体組織名をつぶやくとその組織の図が返ってくるという例が載ってた。ちなみにRでもPitがあります。
16122010 chemoinformatics life math
ボロノイ図おもしろい。IBIS行ったときに、最近傍探索はボロノイ図を使えば効率的に求めることができると聞いて興味をもった(Blogopolisから学ぶ計算幾何にも載ってた)
本書は、実装が載っていないのが残念だけど、実例を交えて進んでいくので非常に分かりやすかった。
ケミカルスペース(PCA)に対してボロノイ図描かせてPCRすれば、ケミストにとって分かりやすい(既存のどの化合物に近いか一目でわかる)表現方法にならないだろうか？
09122010 chemoinformatics
これは購入しておく。
Free Energy Calculations in Rational Drug DesignFree energy calculations represent the most accurate computational method available for predicting enzyme inhibitor binding affinities. Advances in computer power in the 1990s enabled the practical application of these calculations in rationale drug design. This book represents the first comprehensive review of this growing area of research and covers the basic theory underlying the method, numerous state of the art strategies designed to improve throughput and dozen examples wherein free energy calculations were used to design and evaluate potential drug candidates.
うちの職場は古きよきというか（略）
量子化学計算のコストも下がったというか、小さい化合物だったら普通に待てる時間でレスポンス返せるのでWebインターフェースつくってある。配座の安定性調べたり、ソルベーションエナジー計算したりとか色々やれるので、合成力(how to make)よりも、何を合成するか(what to make)？つまり、どういう仮定を置くか、論理をどう組み立てるか？という化学反応の背景にある物理化学とか量子化学に対する理解を強めるのは重要でないのかなぁと思っているんだけど。
どうかな？
06112010 chemoinformatics openbabel GAMESS
量子化学計算できないケミストは、BLAST検索できない自称分子生物学者みたいなもんじゃねーの？
と常々思っている。
で、そういうヒトってなにに基づいてケミストリーしてんだろ？という素朴なギモンがあるのだが、ここではそういう部分は抜きにして、とりあえずBLASTのようにweb上から簡単に計算できるような量子化学計算サービスを用意すれば、リテラシーの問題で量子化学計算に手を出せなかった層に訴求できるんじゃないかな？といつも思っていたのだけど、所詮他人事なのでスルーしてきた。
でも、いろいろスルーできない状況になってきたので、余暇を利用して少しそこら辺も考えてみたというか、ハッカソンのテーマとして自分に課したら、結構はかどったので良かった、素晴らしい。
というわけで、ケモインフォクックブックを更新した。
次回はIzu.R #1として、発表付きのハッカソン形式としてやれればいいかなと思っている。
FORM+CODE -デザイン／アート／建築における、かたちとコード
「分とく山」野崎洋光が説く 美味しい方程式
薬物代謝学―医療薬学・毒性学の基礎として
デザインの骨格
Rによるバイオインフォマティクスデータ解析 第2版 －Bioconductorを用いたゲノムスケールのデータマイニング－
なわばりの数理モデル -ボロノイ図からの数理工学入門-