PBPKを一通り使えるようになってきたので、改めて薬物代謝を学んでいる。

全体を考えられるようになってくると、個々の代謝の実験系がどういう意味を持つのかとかin vivoとのギャップはなんだろうかという新たな発見があって楽しい。

代謝は結局化学反応として考える

薬物代謝学―医療薬学・毒性学の基礎として

東京化学同人 / ?円 ( 2000-10 )

この本は化学同人から出ているので反応機構がちょくちょく書いてあるので便利ですね。

というのは、代謝をブロックしたい時にケミストは安直にハロゲンを突っ込もうとするけど、それが活性とリンクするサイトの場合にはもうちょっと考えないといけないことが多いからだ。

触媒の分子機構を考えたり、SN1かなぁSN2かなぁなんて考えながら遷移状態を取りにくくするにはどこからどこに向けて置換基生やしたらいいかなぁなんてやるのは分子設計的なアプローチかと思うんだけど、そもそも代謝を化学反応として理解してないとそういう仕事できないからねぇ。そういうあたりをやるためにも早い段階にアクティブコンフォメーションを捕まえておく必要もあるし。

Quantitative Structure–PBPK Relationship

最近PBPKと構造の相関関係を見ながら合成の方針にフィードバックしたいと思っているのだけど、市販のPBPKソフトは動態向けっていうか構造に対するパラメータの設定が大雑把過ぎて、メカニズムで考えてんのかフィッティングしているのか困っちゃうんだけど、なんかいいソフトウェアないですかね？

みなさん自前で実装しているのかなぁ？誰か知っていたら教えてください。