個体差を考慮した統計モデル
生態学のデータ解析 - GLMM 参照からたどれる数学セミナー2007が非常にわかりやすかった。
> library(glmmML)
> d <- read.csv("http://hosho.ees.hokudai.ac.jp/~kubo/ce/memo/hierarchical2007/figSS/d.csv")
> glmmML(cbind(y,10-y) ~ 1, data=d, family=binomial, cluster=d$plant.ID)
Call: glmmML(formula = cbind(y, 10 - y) ~ 1, family = binomial, data = d, cluster = d$plant.ID)
coef se(coef) z Pr(>|z|)
(Intercept) -0.03582 0.1578 -0.2270 0.82
Scale parameter in mixing distribution: 1.373 gaussian
Std. Error: 0.1389
Residual deviance: 259.7 on 98 degrees of freedom AIC: 263.7
Mixed-Effects Models in S and S-PLUS (Statistics and Computing)José Pinheiro,Douglas Bates
Springer / ￥ 5,749 ()
在庫あり。
パターン認識と機械学習 下 - ベイズ理論による統計的予測
計算統計 2 マルコフ連鎖モンテカルロ法とその周辺 (統計科学のフロンティア)この本の5,6章も何度か読み直さないとイケナイ。
母集団薬物データの解析 (統計科学選書)
混合効果モデル
去年の夏に購入したまま積んであったMixed-Effects Models in S and S-PLUSを読んでいる。
Mixed-Effects Models in S and S-PLUS (Statistics and Computing)José Pinheiro,Douglas Bates
Springer / ￥ 5,749 ()
在庫あり。
Rのnlmeパッケージの使い方もほとんど一緒なので、手動かしながら読めていい。内容は結構ハードでなかなか読み進まないが。
読みながら色々調べてたら生態学のデータ解析 - ランダム効果とは?というページを見つけて、固定効果それともランダム効果?のガイドラインが便利そうだったのでチャートにしてみた。
最初pygraphvizで描こうと四苦八苦してたんだけど、unicodeはadd_nodeできんのにadd_edgeとかget_nodeとか出来なくてあきらめた(直接dot書いた)。
他にはMixed-Effects Models in S and S-PLUSは和訳がでるっていう情報も見つけた。これはちょっと凹む。まぁ、和訳の本は職場で入れてもらって、会社ではそっち読めばいいかな。
PK-PDの論文
Pharmacokinetic-Pharmacodynamic Modeling of Biomarker Response and Tumor Growth Inhibition to an Orally Available cMet Kinase Inhibitor in Human Tumor Xenograft Mouse Models という論文が良かった。というか、最近ボトムのあたりを這っていた僕のモチベーションがかなり上がった。
ケモインフォマティストとして、このレベルのPK-PD解析を出来るようにしたい。
この本の23,24章に最適化フェーズにおけるPK-PDモデリングとかPBPKモデリングの意義とかがあって、その内容が良い。
Preclinical Development Handbook: ADME and Biopharmaceutical Properties (Pharmaceutical Development Series)Wiley-Interscience / ￥ 18,701 ()
通常2～4週間以内に発送
そして、ケモインフォマティストなのでSASとかNONMEMではなくてRを使う。
「非線形混合モデルを理解するために」というpdfも見つけた。
DMPKの本
最近の僕の興味は探索フェーズで最も複雑な事象であろうPK/PDとかTK/TDのようなものに移ってしまっている。SBDDを量子化学計算の枠組みで解釈して行くのも楽しいんだけど、どうしても基礎研究寄り過ぎてしまうのと、成果主義的な主張をしづらい(理解されにくい)ので、時間に余裕のある時の知的欲求を満たすための余興的なあつかいになってしまっている。
上司に紹介してもらった本が素晴らしい。
Preclinical Development Handbook: ADME and Biopharmaceutical Properties (Pharmaceutical Development Series)Wiley-Interscience / ￥ 18,701 ()
通常2～4週間以内に発送
概論多めだけど、1200p超え。
この二冊も良かった。
Pharmacokinetic-Pharmacodynamic Modeling and SimulationPeter Bonate
Springer / ￥ 8,626 ()
通常1～3週間以内に発送
Pharmacometrics: The Science of Quantitative Pharmacology臨床系のための解析的な本は多いんだけど、それを探索段階のDMPK解析、コンピュテーショナルケミストまたはインフォマティストが使うための本があればいいなぁと。
実際、探索段階だと実験計画とかいい加減だったりとか、データポイントがやたら少なかったりして、ハードル高いうえに、そういう知見はノウハウ的なものなので外に出にくくなっているんだろうなぁと。そこが強いというのは、最終的な強さにつながるのかなぁと、最近強く思う。
ぶっちゃけSBDDなんておまけだよな。QSAR,QSPkR,QSTkRとか分析能力を如何に強くするかが重要なんじゃないかなぁと。
how to makeよりもwhat's to make
そういう気概で来年度は頑張る。
Evaluation of Drug Candidates for Preclinical Development
新しい本が出るらしい。
Evaluation of Drug Candidates for Preclinical Development: Pharmacokinetics, Metabolism, Pharmaceutics, and Toxicology (Wiley Series in Drug Discovery and Development)Wiley / ￥ 9,585 ()
近日発売 予約可
- Cover drug transporters, cytochrome P-450 and drug-drug interactions, plasma protein binding, stability, drug formulation, preclinical safety assessment, toxicology, and toxicokinetics
- Address developability issues that challenge pharma companies, moving beyond isolated experimental results
- Reveal connections between the key scientific areas that are critical for successful drug discovery and development
- Inspire forward-thinking strategies and decision-making processes in preclinical evaluation to maximize the potential of drug candidates to progress through development efficiently and meet the increasing demands of the marketplace
Evaluation of Drug Candidates for Preclinical Development serves as an introductory reference for those new to the pharmaceutical industry and drug discovery in particular. It is especially well suited for scientists and management teams in small- to mid-sized pharmaceutical companies, as well as academic researchers and graduate students concerned with the practical aspects related to the evaluation of drug developability.
Pharmacokinetic-Pharmacodynamic Modeling and Simulation 2章
今週は、chemoinformaticsとquantum chemistryとPKモデリングを並行して動かしてたら非常に疲れた。というか、今の僕に足りないのはDMPKの知識だな。
というわけで、簿記しながらPharmacokinetic-Pharmacodynamic Modeling and Simulation読むのも再開した。
Pharmacokinetic-Pharmacodynamic Modeling and Simulation2章は線形モデルで、3章は非線形モデル、4章はバリアンスモデルなので、さらっと読んで5章のケーススタディにとっとと進みたい。
あと、PKモデリングは僕の仕事なのか？みたいなことを言われたので、色々と考えてみたんだけど、QSPkRをやりたかったら、それは多分必須なので、触りくらいは覚えておかないといけないかなぁと思っている。
インフォマティクスも好きだけど、モデルを通して現実を理解しようとする行為もまた好きなので、そういう部分はあまり苦痛を感じないっちゅうのもあるかも。
逆に、ロジックを積み上げないというかディグダグみたいなプロジェクトは超苦手
Validity of the model
引き続きThe Art of Modelingという章から。
Validity of the modelとは
- Face-validity
- Credibility
- Internal validity
- External validity
- Pragmatic validity
からなる。
二番目のCredibilityはユーザーのモデルに対する信念みたいなもの。
Properties of useful model
いきなりThe Art of Modelingという章から入って、いいことたくさん書いてある。
有用なモデルの特性とは
- Ability characterize the observed data and to include the most important features of the data
- Makes accurate and precise predictions
- Increases understanding of the system
- The model is actually used
- The model is completed on time
- Logically consistent, plausible
- Validated by empirical observations
- Robust to small changes in the data
- Appropriate level of precision and detail
- As simple as possible
- Judged on what it is intended to do
- Has flexibility
- Is effective as a communication tool
- Serves many different purpose
- May allow for extrapolation outside the data range
LeadOptimizationのプロジェクトにおいては
- Ability characterize the observed data and to include the most important features of the data
- Is effective as a communication tool
の二つが特に重要なんだろうなぁと思う。自分でモデリングできるのであれば、前者だけを重要視するかもしれない。
DMPKとCの本
Clojureの本一通り読んだ(?)し、PK-PDも読まなあかんよなぁと。
でも、これ結構内容が濃くて、、、、、辛いっ。ていうか吞みながら読める本ではない。 ただ、いいこと書いてあるのでじっくり読まないと。
ちょうどUnix/Linuxプログラミングも届いた。
Unix/Linuxプログラミング理論と実践これもしっかり読む。
Drug-like Properties: Concepts, Structure Design and Methods: from ADME to Toxicity Optimization (Part 5)
Part 5はいままでのパートにはいらないけど、ケミストが知っておくべき事柄的な章の集まりかな。
Drug-like Properties: Concepts, Structure Design and Methods: from ADME to Toxicity OptimizationEdward Kerns,Li Di
Academic Press / ￥ 9,177 ()
在庫あり。
- Diagnosing and Improving Pharmacokinetic Performance
- Prodrugs
- Effects of Properties on Biological Assays
- Formulation
これで一通り読んだが、良書だった。