献本ありがとうございます

Rによるバイオインフォマティクスデータ解析　第2版 －Bioconductorを用いたゲノムスケールのデータマイニング－
樋口 千洋
共立出版 / 4830円 ( 2011-01-08 )

内容はバイオインフォマティクスに限らずに割と広い内容をカバーした感じで、クックブックと逆引きの中間的なスタイルと言えば良いのだろうか？

Rのインストールから基本的な操作は（大体どの本にもあるように）載っていて

データマイニングとしては

• PCA
• ICA
• PLS
• MDS
• SPE
• k-means,Fuzzy cmeans
• spectral clustering
• NMF
• SOM
• decision tree
• kNN
• SVM
• RF
• LASSO
• MARS

がサンプルコードとともに簡潔に説明されている。

8章はバイオ系データの解析、チップとか。odesolveを利用したシミュレーションのサンプルもあって、SBMLRは面白そうだなぁと思った。メカニズムがどうなっているのかはモデルと実験系の不一致をよく突き詰めて考えることでしかきちんとした理解は得られないと思っている。

最後のほうの章は統合環境、データベースの連携、サーバー構築あたりの話。

あと、twitteRを使って生体組織名をつぶやくとその組織の図が返ってくるという例が載ってた。ちなみにRでもPitがあります。