DBICのMLより

[Dbix-class] Difference between belongs_to and has_one

Belongs to is a child -> parent relationship Has one is a sibling <-> sibling relationship?

has_oneはちょっと違うんじゃないかと。

101号室より愛をこめてに詳しい解説があった。

家族の関係、核家族とか最近の4人家族のイメージだと

• has_one,has_many
• 親からみた子
• might_have
• 兄弟姉妹みたいな関係（いるかもしれんしいないかもしれん）
• belongs_to
• 子供からみた親の関係

ぐらいに捉えておけばいいのか。

最近、ANCOVAっておもろいじゃんって気付いた。こんなんは見つけたけど、もっとQSARの部分で使っている論文とかないのかな(コンビケム+ANCOVAみたいな)。
というわけで、統計も色々覚えないとなぁと統計学関連なんでもありなど眺めながら勉強してますが、やっぱメールで読むのは楽なのでCustomFeed::Config を使ってplagger+gmailで。

CustomFeed::ConfigはFilter::EntryFullTextみたいにYAMLを書けばいいので、便利ですな。で、初めてCustomFeed::Configをさわってみたのだけど、

• リンクを辿ってbody抽出はFilter::EntryFullText
• リンクを辿らないでbody抽出はCustomFeed::Config

こんな認識でいいのか？

CustomFeed::Config用のYAML

author: kzfm
match: http://aoki2.si.gunma-u.ac.jp/taygeta/statistics.cgi
extract: <table border=0 cellpadding=2><tr>.*?<b>(.*?)</b></font>.*?(\d+/\d+/\d+)
.*?<font color="#000000">No.(\d+)</font>.*?<font color="">(.*?)</font>
extract_capture: title date link body
extract_date_format: %y/%m/%d
extract_after_hook: $data->{title} =~ s/^Re: //;

Config YAML

plugins:
  - module: Subscription::Config
    config:
       feed:
         - url: http://aoki2.si.gunma-u.ac.jp/taygeta/statistics.cgi

  - module: CustomFeed::Config
  - module: Filter::BreakEntriesToFeed
    config:
      use_entry_title: 1

  - module: Filter::Rule
    rule:
      module: Fresh
      mtime:
        path: /tmp/toukeinanndemo.tmp
        autoupdate: 1

  - module: Publish::Gmail
    config:あとは一緒

これで、新着をgmailで読める。

ここ半年以上、pubmedに特化したdel.icio.usクローンをcatalystで作って運用している。個人的には重宝してるが、Catalyst覚えたての頃作ったので、コードが汚かったり、タギングのあたりに色々不満があったので最近また書き直してる。

書き直すモチベーション自体が、DBICを覚えたいという動機だったりするので、ほとんどスクラッチからっていう状態になってるが、pathinfoの再考できたりするのでこれはこれでいい感じ。

で、ナイスなタイミングでTags and search and DBIx::Classというエントリがでてたので、ちょっと参考にしようかと。

コメントで、Mysqlでの例が紹介されてたけど、 多分Tags: Database schemas のことでしょう。でも、これって単に正規化のレベルの話なんじゃ？

いま動いてるのはとりあえずブックマークサービスを用意したいという要求から始まっていたので、MySQLiciousみたいなタグをスペース区切りで一つのフィールドに押し込むようにしてたんだけど、やっぱ多対多っぽくちゃんと正規化(“Toxi” solutionみたいに)すべきかナァと。

でもこの場合、DBICって面倒じゃないんだろうか？deleteするときは一気に消せばいいだけだけど(cascadeってどうなるんだろうか?)、タグを消したり増やしたりする場合にはどういう感じに処理するんだろう？

MySQLicious みたいなテーブル構成だと何も考えずにアップデートすればいいだけだったのであんま考えなくて楽だったんだよね。まぁ、逆にタグの集計とか面倒なんだけど。

というわけで、そのうちちゃんと書いてみようと思った。

よく子供の頃、服にくっつけあいした謎の実はシロノセンダングサっていうらしい。まぁ、ど田舎だったからな。

はなと散歩していると、原っぱとか田んぼとか見ながら歩くので、子供の頃の記憶がふとよみがえったりする。

そしてあいつは無防備すぎる。そろそろ二歳だ。

最近テストファーストの楽チンさがわかってきた気がしてテストから書き始めるのが楽しい今日この頃。

Perl Testing: A Developer's Notebook (Developers Notebook)
Ian Langworth
Oreilly & Associates Inc / ?円 ( 2005-08 )

いつもh2xs -AXnでモジュールを作成してたけど、なんとなくmodule-starterに変えようかと。

module-starterはh2xsと違ってboilerplateのテストが組み込まれているので、最初のmake testはいきなり失敗する。なんで、全OKを出すために、最初にPodのボイラープレートつぶしするし。その際、synopsisちゃんと考えながら、メソッドとかインターフェースとかとりあえずの形を念頭におけるのがいい。

最近のTDDの話も追っかけてて参考になった。Test::Baseも使おうと思った。

まったくもってエクセルは使いづらい。ウェットからまわってきたピボットデータをRで処理するために、デピボットすんのにセルをマウスで移動しながら、、、、ペコペコペコペコ貼り付ける。

20分ぐらいは耐えたけど、イライラが閾値を超えたのでグーグルで調べたら、そういう機能はないけどもうちょっとマシなやり方はみつけた。

［Ｅｘｃｅｌ］横方向に入力したデータを縦方向に並びかえる操作

横方向に入力したデータを、直接縦方向に並び替える機能はありませんが、セルを横方向にコピーして別の場所に縦方向で貼りつけるという操作は可能です。

Ctrl-C, Alt-E,S,E, Ctrl-Mでキーボード操作。

元データは（できれば正規化して）スプレッドシートにまとめておいてくれれば、再利用性があがるのに～と思いながら潰した半日だったヨ。

昔作ったコードが気に入らなかったので書き直したら、そこそこ動くようになったので、Chemicho-0.01.tar.gzとしてダウンロードできるようにしておいた。これはPerlMolを使って実装された化合物にランダムに変異を入れていくツールで、例えば、H2Lでヒット化合物に修飾を軽く加えてみたりとかしてくれる、ケミストチックな小人さんに育つことを期待してるわけだ。

• AddCarbon(メチル基付加)
• Aromatize(ジエンを芳香環化)
• DeAromatize(芳香環をジエン化)
• DecreaseBondOrder(結合次数を減らす)
• GenerateRing(環化)
• Halogenize(メチルをハロゲンに)
• IncreaseBondOrder(結合次数を増やす)

設定はYAMLで。

Generationは世代数で、cycleは世代で生成される化合物の数。ちなみに第0世代は親。例えばcycle3で第三世代まで発生させると3^3で27化合物で4世代目には3^4で81化合物できる。ランダムな置換の頻度はweightで変えられるようになってる。

reactionはSMARTS使ってこんな感じで反応させてる。

いまんとこ、変異用のモジュールが少ないのでバリエーションが少ないのだけど、これから増やす予定。あと、cycle間で重複を許しているのでこの部分は改善する。

TODO

• コンバーター作成
• c1ccccc1 をc1cscc1に変える
• 極性基の導入、削除
• エステル化
• 芳香環に極性基の導入
• その他
• 重複チェック
• オブジェクトをsmilesにしてsqliteで管理する
• QSAR的なツールと絡めて、変異の頻度を自由に変えられるように。（例えばclogpがでかくなったら極性導入の頻度を高くしたり、MWTが大きくなりすぎたら、大胆に削るとか）
• wikiかなんかにちゃんとしたドキュメントとか書く。

AnnoCPAN

知らんかった。というかAnnoCPAN自体ちゃんとわかっていなかったので読んでみた。

なかなか面白そうなので、アカウントもとってみた。

Chemistry::File::SMARTS Version 0.22

基本的な事柄

implicit,explicit
implicit:明示的に指定されていないbondとか(水素)原子も含んだ完全な形で。
smiles記法では（明らかに省略できる）水素原子は省略するのでexplicit,implicitという区分けがある。MOLもそうだけど。

• http://cheminformatics.seesaa.net/article/23253094.html

などを参照するとイメージはわかるはず。

patern match check

パターンマッチの確認は以下のコードでおこなった。

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#!/usr/bin/perl

use warnings;
use strict;
use Chemistry::File::SMARTS;
use Chemistry::File::SMILES;
use Chemistry::Ring 'aromatize_mol';

my ($SMARTS,$SMILES) = @ARGV;
print "SMARTS: $SMARTS\n";
print "SMILES: $SMILES\n";

my $pattern = Chemistry::Pattern->parse($SMARTS, format => 'smarts');
my $react = Chemistry::Mol->parse($SMILES, format => 'smiles');
aromatize_mol($react);

my $count = 0;

while ($pattern->match($react)){
    $count++;
}

print $count,"\n";

Atomic Primitives

• *
  全ての原子にマッチ

• a,A
  Aromatic(a) or Aliphatic(A)。 PerlMolではChemistry::Ringでaromatize_molしとかないと認識しない。

• D<n>,X<n>,x<n>
  結合原子数(n)を有するAtomにマッチ。明示的(D)か、内在的(X)か。つまり、Dは明示的にHとの結合が指定されていない限りこれをカウントしない。xはリングのコネクティビティだが、PerlMolではサポートされてないっぽい。

• H<n>,h<n>
  明示的なHをカウントする(H)か内在的なものも含めるか(h)

• R<n>,r<n>
  n原子からなるSmallest Set of Smallest Rings (SSSR)のメンバーにマッチ(R)。PerlMolだとRかどうかだけしか判断していないので<n>は関係ないかも。リングサイズが最小のSSSRのメンバーにマッチ(r)。芳香環かそうでないかは判断せず、n員環のメンバーであればマッチ

こんな感じ

$ ./smartstest [r6] 'C1CCCCC1CCC' # 6
$ ./smartstest [r6] 'c1ccccc1CCC' # 6
$ ./smartstest [r6] 'c1cc1CCC'    # 0
$ ./smartstest [r3] 'c1cc1CCC'    # 3

• v<n> バレンス。いわゆる手を伸ばせる数(Nは3で、Cは4)

• <n>,+<n>,#n チャージの有無と原子番号

• @,@@,@<c><n>,@<c><n>? キラルはPerlMolではサポートされてない。

Bond Primitives

• -,=,#,: 一重結合(-)、二重結合(=)、三重結合(#)、芳香属性の結合(:) aromatizeしてるのに二重結合がカウントされるのがわからん。局在化した芳香環の二重結合だけ読んでるっぽいので、SMARTS書くとき注意

下の例

$ ./smartstest "c:c" 'c1ccccc1'
SMARTS: c:c
SMILES: c1ccccc1
6
$ ./smartstest "c=c" 'c1ccccc1'
SMARTS: c=c
SMILES: c1ccccc1
3
$ ./smartstest "c-c" 'c1ccccc1'
SMARTS: c-c
SMILES: c1ccccc1
0

• ~,@ ワイルドカード(~)、リング結合全て(@)

• /,,/?,? PerlMolでサポートされてるかどうか調べてない(とりあえず使わないので後回し)

Logical Operator

• !,&,,(commma),;

否定(!),論理積(&,; ただし、&は最初に評価される),論理和(,)

Component-level grouping

PerlMolではサポートされていない

こういうのをblogに突っ込むのは無理がある。素直にWiki+Markdown入れようと思ったヨ。

第3回オントロジー研究会の、ActiveRecord によるバイオデータベースモデリングという演題が気になるが、別のとこ行くのでちと出れない。

ActiveRecordってテーブル-モデルが一対一なんでしょ？だから、親子関係をシングルのテーブルにすんのめんどくさくないんじゃろかとかが知りたかったんだけど。

• http://d.hatena.ne.jp/nakao_mitsuteru/20060803/SP20thPoster
• http://bioruby.g.hatena.ne.jp/nakao_mitsuteru/20060711
• http://jp.rubyist.net/magazine/?0006-RubyOnRails
• http://www.thinkit.co.jp/free/article/0608/12/1/

あとで、トレースしよう。それからSwissknifeも使ってみる。