知らんかった。Zincの drug-likeのsmiを使ってみた。200万件くらいあるので、結構でかめ。

babel druglike.smi -ofs

でインデックス作成する（結構かかる、athron3000+mem512Mで2時間くらい）。 インデックスが作成できたら、SMARTSで検索してみる。

$ babel druglike.fs -osmi -s 'N#Cc1cccc(F)c1C#N'
2 candidates from fingerprint search phase
C(#N)c1c(c(c(c(c1C#N)F)F)F)F    ZINC00155214
C(#N)c1c(c(c(c(c1C#N)F)F)N)F    ZINC01507036
2 molecules converted

おお、7秒くらいで結果を返すので結構速い。
っていうか、babelのwikiみたら書いてあった。

babelはIDで検索はできないようだが、これはsmilesをsqliteにでも突っ込んでおけばいいので、Catalyst使えばお家いじり用のcompounds_dbが出来上がるな。