ちょっとスライドたくさん作らなきゃいけなくて、休日出勤したので帰りにリパブリューでIPA飲んできた。うまし

月曜は家で仕事してたら、電車に乗り遅れて昼が取れなかったのだけど、会議が予定より早く終わって七彩のラストオーダーに間に合ったので、初めての七彩。注文を受けてから麺を打つの斬新。

庫裏で日本酒ちょっとずつ。

週末は弟夫婦が来てたのでやきとりの王将にいった。

焼きうずらのたまごは殻ごと食べられて不思議な触感だった。

前回から一ヶ月でレベルアップ。早かったわｗ

年末年始に英語のポッドキャストを聴きながら、しあわせタマゴを使用してゴプラをポチポチしながら歩くという一石三鳥な取り組みを毎日やったのが効いた。

深層学習、強化学習関係の本を買ってみた。

速習強化学習は八重洲ブックセンターでパラパラめくったら良さそうだったので購入。あとAIっていうラノベだかファンタジーの新ジャンルが出来ていて花開いているなと感じた。

それから、深層学習、強化学習をCで実装するっていう漢だなと思える本があった。

速習 強化学習 ―基礎理論とアルゴリズム―
Csaba Szepesvari
共立出版 / 3240円 ( 2017-09-21 )

詳解ディープラーニングも読み物として良さそうだなと思ったんだけど、分厚かったので却下、家に帰ってポチるかとアマゾン開いたらKindleでも買えたのでそっちを購入、でもfire8だとちょっと文字が小さい。固定レイアウトはあんまりよくないよね。

詳解 ディープラーニング　TensorFlow・Kerasによる時系列データ処理
巣籠 悠輔
マイナビ出版 / ?円 ( 2017-05-30 )

昨日のこれをちゃんとコマンドライン化してmishima.sykのrepositoryにあげておいたので適当にいじってください。

まともに動くようになったらpypiにでもあげようかなと思いますがとりあえず動かしたい場合にはgit cloneしてから

python setup.py install

で、md2pptxというコマンドが使えるようになるのでmd2pptx --helpで使い方を確認してください。

もともとのmarkdownの記法ではクラス属性とか渡せないんだけど、Attribute_list を使うとよろしい感じだったのでそうしています。

• power pointのlayoutを指定する
• テキストボックスのareaの位置、大きさを指定する
• 画像の位置、スケールを指定する

あたりの情報はこれを使えばなんとかなるのではないかと。

カスエラを探しに浅草に行って、無事ゲットしたので鳥椿に寄ってきました。

ペプシのトリス割を飲んだ。

毎年、正月休みで食べすぎて体重が増えて困るので今年こそはと工夫してみた。

クリスマス-年越しイベントのせいか、近所の公園が常にルアーが炊かれているので、英語のポッドキャストを聴きながら、しあわせタマゴを使用してゴプラをポチポチしながら歩くという一石三鳥な取り組みを毎日やった。

TEDとかその他のポッドキャストもそうだけど、一回10分くらいの長さだから、3話聞くと、たまごの効果が切れてちょうど終了タイミングなのでよい。更に夜歩く時はコンビニでチューハイ買って飲みながら歩いていたので四鳥効果が得られてさらによろしかった。

ザングースも取れたし、モンボも800弱までたまった。

ただ、ゴプラポチポチも割と集中力が削がれるので、押しっぱなしのほうが良かったなぁと思う。

ホエルコを相棒にして2週間くらい。

年末年始はあまりどこにも出かけなかったので、料理したり、勉強したりして過ごしていた。

同僚と行った天鳳で年越し麻婆

色々と面白い話を聞けてよかった。

29から休んで、おせち作りに励んでいた（あとポケモン、後述）。いつもはごまめだけで作るオールドファッションなスタイルだったのだが、同僚から教えてもらったゆずジャムのレシピを参考にピーナッツとマーマレードで作ってみたらこっちのほうが子供受けが良かったので、次からはこっちで作ろう。

魚清で塩抜き数の子を買ったので、松前漬けにした。自分のお酒の肴として。 いつもはかなりの量を作って消費しきれなくて最後嫌になるので今回は少量サイズ（でも今年も今日までかかったｗ）

栗きんとんは今年は安納芋でつくってみたけど、安納芋は皮むくと直ぐに変色してどす黒くなるので、見た目がなかなか良くなかったけど、甘さはピカイチだった。来年は金時に戻すと思う。このあたりのお菓子的なレシピは娘が積極的に関与してくれるので、今年は楽だったｗ

息子と一緒に作った牛肉の八幡巻き。まぁ巻くだけなんだけど、美味しく出来て満足していたみたい。

黒豆は上手にできた。あといつもよりは柔らかめに炊いてみた。甘さ的には申し分ない。甘すぎる黒豆は食べ飽きるので このくらいでよいかな。

新年の富士山

今年は息子がカニを食べてみたいというので、ズワイを買ってみたけど、 来年はいいかなーって感じ。それよりも柵で買ったマグロのほうが喜ばれたので 次回はマグロ多めにするかと思う。

栗きんとんで余った安納芋で作ったりんごとさつまいものタルト。タルトは一日がかりだから めんどくさいんだけど、娘がせっせと作っていた。

ドライエージングビーフ。カニより肉だったｗ

トゥナパハとガラムマサラ。そろそろカレー作りたい。

フィンランドで買ったチリコンカンの素を使ってみたけど、これ美味しい。 あと一袋あるからまた今度作る。

風邪をひいたようです。自覚症状ないから気づかなかった。

python-pptxも良いけど、markdownで書いたのがPowerPointの任意のテンプレート上にさくっと反映できないかあ。邪道なのかな_(┐「ε:)_

— じょん (@no85j) 2018年1月5日

こんな感じで如何？handle_dataメソッドでタグの情報持てないから、ちょっと考えた。HTMLパーサーよりはXMLパーサーのほうがやりやすい気もする。

from markdown import Markdown
from html.parser import HTMLParser
from pptx import Presentation

class MyHTMLParser(HTMLParser):
    def __init__(self):
        super(MyHTMLParser, self).__init__()
        self.prs = Presentation()
        self.tags = []
        self.slide = ""

    def handle_starttag(self, tag, attrs):
        if tag == "h1":
            slide = self.prs.slides.add_slide(self.prs.slide_layouts[0])
            self.slide = slide
            self.tags.append(tag)
        elif tag == "h2":
            slide = self.prs.slides.add_slide(self.prs.slide_layouts[1])
            self.slide = slide
            self.tags.append(tag)
        elif tag == "h3":
            self.tags.append(tag)
        else:
            print("Encountered a start tag:", tag)

    def handle_endtag(self, tag):
        pass

    def handle_data(self, data):
        if len(self.tags) > 0:
            tag = self.tags.pop()
            if tag == "h1":
                self.slide.shapes.title.text = data
            elif tag == "h2":
                self.slide.shapes.title.text = data
            elif tag == "h3":
                p = self.slide.shapes.placeholders[1].text_frame.add_paragraph()
                p.text = data
            else:
                print("Encountered some data  :", data)

    def close(self):
        self.prs.save("sample.pptx")

def md2pptx(md_txt):
    md = Markdown()
    parser = MyHTMLParser()
    parser.feed(md.convert(md_txt))
    parser.close()

sample_md = '''
my sample slide
===============

title of a Content slide
------------------------

### this paragraph
### that paragraph
### the other paragraph

another title of a Content slide
------------------------

### this paragraph
### that paragraph
### the other paragraph

'''

if __name__ == '__main__':
    md2pptx(sample_md)

例えば

CHEMBL361227

でフッ素原子が文字列の最後尾に来るようなSMILESを得たいとする。

RDKitにはRenumberAtomsというメソッドが用意されているので、原子のインデックスを変更してからSMILESに出力すればうまくいくんじゃないかと思いついたのでやってみた。

from rdkit import Chem

mol = Chem.MolFromSmiles("Fc1ccc(Nc2[nH]cnc3ncnc23)cc1")
l = list(range(mol.GetNumAtoms()))
max = l.pop()
l.insert(0, max)

new_mol = Chem.RenumberAtoms(mol, l)
print Chem.MolToSmiles(new_mol, canonical=False)

出力結果

c1c(F)ccc(Nc2[nH]cnc3ncnc2-3)c1

うまくいかない

今回の場合はアルゴリズムの空気感を読んでリバースすれば上手くいった。

from rdkit import Chem

mol = Chem.MolFromSmiles("Fc1ccc(Nc2[nH]cnc3ncnc23)cc1")
l = list(range(mol.GetNumAtoms()))
#max = l.pop()
#l.insert(0, max)
l.reverse()

new_mol = Chem.RenumberAtoms(mol, l)
print Chem.MolToSmiles(new_mol, canonical=False)

結果

c1cc(Nc2c3ncnc-3nc[nH]2)ccc1F

やっぱりランダムにSMILESを生成してみて、お目当てのSMILESが出るまでトライする方法しかないんだろうかね

ChEMBLからフラグメントスクリーニングのアッセイ系を検索したいのですがやり方がわかりません。誰か知っていたら教えてもらえると助かります。

とりあえず、キナーゼのアッセイ系で、分子量250未満の化合物が20化合物以上登録されている系を抜き出してみました。