Gene symbolでpubmed検索をする

Gene symbolでpubmed検索をしたい場合には[sym]というオプションを付ければいいらしい。

あとはeutilに投げればXMLが返ってくるのでXPathでゴニョればいい。

例えばトポイソメラーゼIIでガン関連の文献がいくつあるかを調べたい場合にはこんな感じ。

import requests
from urllib import quote_plus
import xml.etree.ElementTree as ET

base_url = "http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi?db=pubmed&term="
query = "TOP2A[sym] AND Cancer"

url = "{0}{1}".format(base_url, quote_plus(query))
r = requests.get(url)

root = ET.fromstring(r.content)
print root.find("Count").text

ここで一句

田子の浦に うち出でてみれば ワンリキーの みなと公園に飴は降りつつ

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先週くらいから田子の浦みなと公園がワンリキーの巣になっていて、ワンリキー集めおじさん達が大挙して押し寄せていました(10人くらいだけどw)

朝の一時間くらいで10匹ぐらいはゲットできて飴も結構たまったので、暑くなる前に退散してカイリキーを少し揃えてみた。

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最近ハピナス、ラッキー増えたからこいつらでさくさく撃破していきたい、カビゴンも。

そして通勤経路のジムバッジを金にして、アイテム不足を解消したいw

kangkong = 空芯菜

kangkongって空芯菜だということ知らなかった。

よく考えれば空芯菜って亜熱帯の野菜だから使わないわけないのにね。

というわけでカンコンアドボを作ってみました。

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あと空芯菜ってお浸しにしても美味しいらしい…

最近色々と勉強になることが多い。

炒め物を盛り付ける洒落た大皿ほしいなぁ。

ポケモンGO(Lv34)

前回から二週間くらい。70000XP/dayといったあたり。去年の今頃どうだったかなとログをチェックしたらレベル25,6ってこんなにポケモン貧弱なのかと絶句したw

レイドで勝てないじゃん…

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ところで70000XP/dayはコンスタントだったわけじゃなく横浜イベントが大きかったかも。あとゴプラは偉大。押しっぱなしで放置するだけで通勤電車で5000XPくらい入るのは嬉しい。東京だともっと効率がいいんだろうなぁと思った。

ミュウツーの先鋒はカイロスにすると決めているwので楽しみ。バンギラスはCP3000超えを2体作ったけどもう一体作るのに400km歩かないと行けないのが辛い。

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個体値100%にはとぐろって名前をつけていて、愛でないといけないんだろうけどゴローニャは横浜レイドで幾つかとっちゃったので飴と砂を突っ込む余裕なんかない

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レベル35まであと125万XP

横浜にポケモン狩りに行きつつ、ビール飲んだりホルモン焼いたり

横浜のイベントに行ってきた。既に参加した方にボール足りるか聞いたところ、心もとないということだったのですごい傷薬を全部捨ててボールにしてから参加した。横浜に着いたときにはモンボは380個くらいあったけど、帰るまでに投げきった。

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リアルジムとリアルポケストップ

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一通り投げまくって馬車道のタップルームで昼食。料理のレベルは沼津のタップルームと違う…。正直今沼津で昼酒するならリパブリューでいいかなと思う。

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ピカチュウカーニバルとピカチュウ大音量発生機

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桜木町駅を超えて野毛へ

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野毛のホルモンセンターでホルモン焼きつつ、ボールを投げる

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ペラペラ焼きはなかなか。あとメガハイボールが90円と安い、ハッピーアワー最高。

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野毛もルアー炊かれていて、こっちのほうが快適かもしれない

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最終的に全部投げきって桜木町駅でポケモンに囲まれているのに投げるものがないという事態に。

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ゴローニャレイドを2回やってゴローニャは充実した。下田産ゴローニャほどの愛着はないがCPはある程度あげておくつもり。

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バリヤードは湧きまくっていた。ほとんど役に立たないので図鑑埋め。

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アンノーンはOとAがゲットできず無念の帰宅

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とても楽しかったので、またイベントがあれば積極的に参加したいところ。

手元のファイルをサーバーに送ってさらにサーバーでシンボリックリンクを張る(Pythonで)

Windowsの共有フォルダはCIFSを使ってLinuxにマウントすればいいということをちょっと前に知って、それ以来Windowsの共有フォルダを監視しつつ、ゴニョゴニョするようなサービスを幾つか作っている。メリット・デメリットはあるけど、ウェブブラウザのフォームを頑張るよりも楽なタスクも結構あるのではないかなと思う。

でクライアントのLinuxマシンから共有ディレクトリをマウントしておいて、適当なトリガーでフォルダの中身を漁って必要な情報をサーバーのデータベースに登録したり、ファイルをpushしたりするのはscp使えばなんとでもなって、pythonでやるんだったらparamiko使うのが普通だと思うんだが、送るファイル名に整合性がなくてシンボリックリンクを張ってキレイな別名をつけたくなった。

ま、sshからln -sっぽいことすればいいのかなと思ったら違った。sftp使うみたい

ssh = SSHClient()
ssh.set_missing_host_key_policy(AutoAddPolicy())
ssh.connect(host)
scp = SCPClient(ssh.get_transport())

scp.put(source, dest)
sftp = ssh.open_sftp()
sftp.symlink(dest, symlink)

最後の二行でシンボリックリンク張ってます。

ところで、最近コードのエントリあげてないなと思ったので調べたら、全然書いてないじゃないか…

BBQと今年初のスノーケリング

土曜日は知り合いの家族とBBQに行った。

ドラム缶様ピザ窯でピザった。

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日曜は今年はじめてのスノーケリング。途中でヤバイジムを見つけた。これは破壊するのに躊躇するわw

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井田は相変わらず綺麗でした。ウニだらけ注意報が発令されていたけどほんとにウニだらけだった。はじめて。

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ルリスズメダイときんぎょ

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きんぎょとよくわからん魚

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こっちもよくわからん

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チョウチョウウオも結構いて楽しめた。今年はじめてのスノーケリングだったので耳抜きに難儀したけどだんだん慣れてきた。今年はあと3回は行きたいところ。

ポケモンGO(Lv33)

レベルが上った。前回のレベルアップから10日くらい。

経験値二倍ボーナスが大きかった。それから伝説ポケモンレイドで勝つと10000XP手に入るのは大きい。でも次のレベルまでに必要な経験値100万って…

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集めたコインをしあわせタマゴに交換するか、プレミアムレイドパスにするのか悩ましい。

それからポケモンGO プラスを使いはじめてからモンスターボールが常に枯渇して困っている。 「げんきのかけら」と「ナナのみ」捨てまくってもアイテム900台でモンスターボールほぼゼロっていう状態。

通勤経路にポケストップ少ないのは辛い

天子の森でキャンプ

今年も天子の森でキャンプしてきた。

キングラーをゲット

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ベーコン仕込んだ、あとはゆで卵とタコ。チーズを買うのは忘れた。

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鶏もも肉はヨーグルト、カレー粉、塩で一晩漬けておいたもの。焼き鳥はチキンハウス産

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玉子の燻製と豚タン、とうもろこし

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夜の来客

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朝にカイロスをゲット。虫かごがないので干しかごが兼務。あとはナナフシも捕まえた

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夜中に雨が降ったせいで撤収が大変だったけど楽しく過ごせた。

ポケモンGO(Lv32)

先週末のTOEIC終了後建物を出たら人が群がっていたので何かなーと思ったら、ちょうどフリーザーが出現していて、レイドに混じったらあっさり捕獲出来た。

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この時に13000XP手に入って、残り1000XPくらいになったので適当にポッポ狩ったりしてたらレベルが上がった。

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しあわせタマゴ使わなくても3週間かからないで50万XP稼げたから以前よりはずっとXPたまりやすくなってるのかなーって感じはする。

それから、会社帰りに駅にルギアがいたけど流石に途中下車はする気が起きなかった。

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ちょうどいいタイミングでギフト券が届いたので、pokemon go plusをポチってしまった。