23 10 2017 bioinformatics Tweet
2000の手前くらいから2005のおしまいくらいまでbioinformaticsやっていて、次世代じゃないマイクロアレイとかDNA chipsいじってたくらいで、NGSはDRY本読んだりして押さえてあるけど実務では経験はしてないなーって感じだけど楽しく読みました。
これからバイオインフォマティクスやる人は買って読んでおくべき本かなと思いますね。あとはケモインフォマティクスの人もバイオインフォマティクスは知っておいたほうがいいので読んでおくといいです。両方できると確実に幅が広がるのでキャリア的に有利です。
Dr. Bonoの生命科学データ解析ざっとバイオインフォマティクスを知るには良い本だと思いました。個別の具体的な問題に答えるというよりは、それらの問題に取り掛かるために知っておかないといけない前提知識を手っ取り早く理解する本という位置づけなのかな。
章立てはこんな感じです。個人的には一章の歴史が面白かった（会社に入ってからバイオインフォマティクスに関与したので自分の関わっている年代の前後がどうだったかをよく知らなかったため）
- 第1章 生命科学データ解析の歴史
- 第2章 生命科学分野の公共データベース
- 第3章 データの形式とその取り扱い方
- 第4章 基本データ解析
- 第5章 実用データ解析
第4,5章をきちんと学びたかったらDRY本を読めばいいと思います。
以下、読んでいて付箋を貼ったあたりを。
p.6 表1.3
年表の1990, 1997,2002にBLAST論文の出来事が記述されているのだが、2002年のBLASTで何が起こったのかがわからなかった。読書会で 「マニアしか知らないBLASTの歴史」 みたいなLT希望w
p.15
いきなりsuffix arrayが出てきていたのでざっと知りたければ下の方の高速文字列解析の世界を読むことをオススメします。
p.64
蛋白質構造論文の話は知らなかったのであとでちゃんと把握する。
p.84
~~rsync懐かしかったが、scpにはrsync相当の機能はないのだろうかと思いました。というのは今時のOSだとrsync,rcpはデフォルトでは入らないし、オフになっているのでは（セキュリティの関係で）と思ったので。これに関してはちゃんと調べてないからわからん。rshはデフォルトではオフにはなっているはず~~
その他
最近の出来事なんだけど、同僚に「clustalw入れたら？」ってアドバイスしたら、「それってclustalomegaのことなんですね！」と言われて、調べたらそういうのがあって時代を感じたことがありました。本書にはそのあたりが触れてあってなるほどー！とおもいましたね。
読書会があるそうです。
静岡でやるみたいなので、ホテル取って次の日の旅行計画を立てつつ、バイオインフォマティクスやりにくるのがいいと思います。発表者も製薬企業の一線級の方々が熱い思いを語る感じなので楽しみだしね（ハードルあげdone w）
DRY本
僕は今では実務ではバイオインフォマティクスはやらんのだけど、新規ターゲット探索したりあれやこれやする時に公共データを自由に解析できる手段があると強いのでキャッチアップは出来る限りやっています。ハンズオンは経験値上がりますね。
もちろん読書もおすすめ
次世代シークエンサーDRY解析教本 (細胞工学別冊)高速文字列解析の世界
インフォマティクスはゲノムも蛋白質もヌクレオチドやアミノ酸を文字列として抽象化した後に、ゴニョゴニョ処理するので文字列関係のアルゴリズムにアンテナを張っておいたほうがお得です。
というわけでバイオインフォマティクスに関係なさそうなこんな本もきちんと読んで理解しておく必要があります。
高速文字列解析の世界――データ圧縮・全文検索・テキストマイニング (確率と情報の科学)