18112010 work
ITパスポートに受かると会社からお小遣いが出るのと、静岡でラーメンが食べたかったので静岡まで行ってうけてきた。
その日に採点したら9割くらいは取れていたので、そのまま合格を見越してTyphoonを買ってしまったが、今日の発表で確認できたのでちょっと安心。
ベスタクス DJコントローラーVestax TYPHOON「起業のファイナンス」を読んだ
先週のIBISに持って行って新幹線とホテルで読みきった。
IBIS開催中に起業して何期目かの学生時代の同窓と飲んだのだけど、この本とほとんど同じ主張をしてたのでおもろかった。会話のなかでビジネスモデルが大体どのくらい固まっていればいいのかが感触としてつかめたので有意義な飲みだったかな。あとはまぁ、今関わっているプロジェクトというかシガラミから同時に解放されそうなので、今後の人生を考えるに色々惹かれたという部分もあるけど。最近は意識的に会社とは疎な結合をしているというのもあるな。製薬業界どうなんだろうねぇ。イノベーティブな人材流れてきてないんじゃないかなぁ（特にIT）
さて、本の内容は「起業した人だったら当たり前に思うようなことを書いてある」のであろうと思うが、それを見落とさずに分かりやすく記述しているのがいいのだと思う。大体、会社がオープンイノベーションとか成果主義とかフラットな組織とかいって、組織を中央集権的なものとして機能するよりは個々人がセルとしてゆるくつながったものと捉えるような方向に進んでいるから、その目指すところは擬似起業だよね？と思うのであれば起業を考えてない人でも是非手に取るといいと思う。
起業のファイナンス ベンチャーにとって一番大切なこと- リターンが見込めない人に、お金がでるわけもないし、出してはいけない
- なぜ株式で資金調達するかというと、それはベンチャー企業のリスクが高いから
- 法人化するのは、まだ赤字か利益が出てない段階が望ましい
- イケてるベンチャー、イケてるソーシャルグラフ
- 事業計画書
- 経営は数字だけでは出来ないが、経営の結果は必ず数字
- 予言の自己成就
- DCF法
- クリフとべスティング
- 上場時の時価総額はどれくらい必要か
Locality-Sensitive Hashing (LSH)
IBIS2010に行ったら、LSHくらいは押さえておかないといけない雰囲気だったので、今日はずっとLSH関係を調べていた。
解説
- Locality Sensitive Hashing
- LSH Algorithm and Implementation
- Learning to Hash! 最新 Locality sensitive hashing 事情
- LSHまとめ(1)
実装
とりあえずコードを読むと数式の意味がわかることが多い。
この本どうやろか？
空間的データ構造とアルゴリズム05112010 work
「入門 自然言語処理」欲しい
仕事で使うかどうかわからんけど、欲しい
入門 自然言語処理「ボーナスでたらまとめて買う本」のリストにいれとこ。
31102010 work
ハイパーグラフのこと
ユーザー会お疲れ様でした。私の同僚の内容の思想的な部分はRESTful Webサービスのリソース指向アーキテクチャの章を読めばいいかなと。
RESTful WebサービスいまだとJSON返してjQueryとかで組み立てるような仕組みを採用するかなぁ。iPad対応とか（無駄に）してみたいし。
さて、自分の内容で「ハイパーグラフは使わんのか？」という質問があったのだが、ピンとこなかったので、帰ってきてから調べてみた。
グラフとは異なり、ハイパーグラフは紙上に図示するのが困難である。そのため、グラフ理論のような図解をされることは少なく、集合論の用語で表される傾向がある。
ハイパーグラフは他の数理科学分野では別の名前で知られていることも多い。たとえば協力ゲーム理論で「シンプルゲーム」(投票ゲーム) とよばれる概念がそれに該当し、社会選択理論の重要な問題を解くために応用されている。
あーこれだと複数のグラフをまとめて扱えますね。でも、薬理活性、ADME,in silicoのネットワークから、共通部分グラフを取り出したいだけだったら、別にHypergraphを使う必要ないからなぁ。実際に具体的な事例があるともうちょい理解度深まるかな。
- Rahnuma: hypergraph-based tool for metabolic pathway prediction and network comparison.
- Hypergraph-based anomaly detection of high-dimensional co-occurrences
- A topological approach to chemical organizations
- Hypergraph model of multi-residue interactions in proteins: sequentially-constrained partitioning algorithms for optimization of site-directed protein recombination
- A hypergraph-based method for unification of existing protein structure- and sequence-families
グラフ理論 (Springer‐Verlag GTMシリーズ)
社会ネットワーク分析の基礎―社会的関係資本論にむけて24102010 work
「これからの思考の教科書」を読んだ
これからの思考の教科書 ～論理、直感、統合ー現場に必要な３つの考え方～手放しで大絶賛する内容かと言われると疑問符が付くが、第三部の内容が言語化されていることが素晴らしい。第一部と第二部は今時の常識で、それを知らないヒトのために丁寧にベージを割いているといった感じ。でも、ラテラルシンキングは改めて読むといいことがたくさん書いてある。
特に
想像力だけで勝負できる場所などどこにも存在しないのであって、地道に積み上げたスキルの上に、そのスキルの文脈の範囲内においてのみ花咲くのが価値ある創造性
は、僕が普段「下からは見下ろせないよ」と表現するような感覚、つまりサイエンティフィックにより高いとこに登ってみて初めて見えてくる創造性の世界を言い表していて気に入った。結局、自分の能力の範囲を超えたセレンディピティなんか存在しないし、してはいけない（と強く思う）。
三部は、これからの思考というタイトルに関することなので垂直、水平思考を知っているヒトが読めばかなり面白いと思う。ただ、学びの場を企業内においているけど、実際は企業内で学ぶことよりも、それを離れた場所での学びの比重が増えてるからそういった部分は何かで補う必要があるかもしれない。
例えば、「ウェブで学ぶ」とか。
ウェブで学ぶ ――オープンエデュケーションと知の革命 (ちくま新書)垂直思考
- 事実、理由、提案以外の要素はビジネスの場において相手の理解を妨げるノイズ
- ロジカルシンキングは武器であり、防具でもある
- 念みたいなもの（バトルの基本）
- 問題の発見は、問題解決にとって最も難しいステップ
- 何がわからないかがわからないという状態を抜けるための力
水平思考
- ラテラルシンキングは、直接対決を避けて競争相手を出し抜くための思考法
- アブダクションこそ科学の諸概念や理論を生み出す唯一の論理操作
- アブダクション
- 驚くべき事実を見つけるための十分な知識
- 説明仮設を立てる時のヒラメキ
- シネティクス法
- TRIZ
- マンダラート
- SCAMPER法
- 意識的か否かにかかわらず、この世界には、それを求めている人にしか見えないことがたくさんある
- 想像力だけで勝負できる場所などどこにも存在しないのであって、地道に積み上げたスキルの上に、そのスキルの文脈の範囲内においてのみ花咲くのが価値ある創造性
インテグレーティブシンキング
- 洗い出された複数のアクションの「腹の底」に定着させて、それらの相反するアクションの良さを失わないままに、「融合」するような新たな解を産み出そうとする知的ステップ
- 学びのプロセスは現実には自己完結的ではなくて、むしろ組織における複雑なインテグレーションによって回転している
- 五感とは、実は人間が勝手に分けて考えているもので、本来これらは相互作用しながら一人の人間として統合されている
17102010 work
「Redmineによるタスクマネジメント実践技法」を読んだ
創薬研究というのは細かな作業が沢山あり、変化の激しいテスト工程なのに、そのインフラにはBTSとかITSとかないのが不自然だと思っていて、この前寄稿したときにちと触れといた。僕はソフトウェア業界にいるわけじゃないけど、問題解決の方法論としては似たような部分があるから参考になるんじゃないかと常々思っていたら、ズバリな本が出ることを知ってすぐに予約しといた。
で、一昨日届いたので今日の移動時に一気に読んだ。
Redmineによるタスクマネジメント実践技法チケット駆動開発的なアプローチは自分の仕事管理では既に取り入れていたのであった。自分では文書駆動開発だと思っていたけど本書を読んだら、これは明らかにチケット駆動開発のコンテクストだよなと。
個人的には第一部の技法は非常に勉強になった。第二部は実際にRedmineをどう使うかという話はソフトウェア開発としては色々面白かったが、自分ではRedmine使ったことがないので、ピンと来ない話も幾つかあった。実際に使って見ながら本書を読み直せば新たな発見があるのだろうと思うので、今度、創薬のプロジェクトで、Redmine使えないか検討してみようっと。そうすれば創薬向けのITSとかBTSみたいなものがみえてくるような気がするんだよな。アジャイル創薬とかそういう方法論は一部試され始めているのでその先はこういうツールの重要性が認識されるだろうと思うんだよね。
それにしても、「ツールでサポートすれば行動が変わる。行動が変われば考え方が変わる」というのはいい言葉ですな。うちのインフラやってるチームにも本書を薦めてみようっと。
以下、メモ。
- 紙の障害票は障害の歴史を残してもれなく対応するのが目的なのに対し、オープンソースのBTSは情報の共有を重視
- チケット駆動開発のメリット
- 開発メンバーの仕事が把握しやすくなる
- ソースコードのコミット単位が明確になる
- ソフトウェア開発プロジェクトには情報共有と見える化が必要
- 測定できなければ制御できない
- チケットの粒度
- ニコニコカレンダー
- MS Projectは顧客向けの進捗報告の視点、TracやRedmineは開発チーム内部の進捗管理の観点
- ウォーターフォールは前工程の品質の悪さをそのまま引き継いでしまいがち
- これは創薬でも一緒やな
- アジャイルテストの四象限
12102010 chemoinformatics work Python Mercurial Sphinx
Sphinx+Mercurialで原稿管理
SAR News No19に寄稿しました。この号はSVM,RFとかの統計手法を使ったSARから可視化とかグラフっぽい処理とか、ToolKitを使ったプログラミングとか、日本ではあまり見かけない内容なので面白いのではないでしょうか？
余談ですがハッカソンっぽい場もあるので、ちと書いてみるか（または飲んでみるか）という方がいれば連絡を下さい(まだ空きあります)。僕はOpenBabelを使ってGAMESSの量子化学計算で構造最適化をするラッパーを書く予定にしています。それかHaskellのchemoinformaticsライブラリのソース読んでます。
さて、今回の原稿を書くのにSphinxを使った。これ最高ですな、EPubも出力できるし、超便利。ただ、今回は原稿の提出がwordだったのでwordの行間調整したりとかよくわからない部分で難儀したけど(word嫌い)。でも履歴管理の仕組み（変更モードって言うの？）はメールでやり取りするときに便利だったけど。
あとバージョン管理はMercurialを使った。Gitに比べてwebアクセスが簡単に設定できたのでチョイス、あと文書管理だとそんなに複雑な操作しないし。
入門Mercurial Linux/Windows対応08102010 work
セマンティックWebプログラミング
写経無しの流し読み。論理プログラミングっぽいとこはOn LispでやったかPrologの本読んだか、なんとなく追うだけで理解できたので。
ネットで得た情報を一度自分の中で整理するという目的においては本書は良かった。
セマンティックWeb プログラミング- アプリケーションとアプリケーションが利用するデータは共進化する傾向があります
- データをモデル化するための新しい方法
- RDFはトリプルとして表現された文を使ってデータモデルを表現する言語
- オントロジー
- セマンティックデータはエンティティどうしの関係に焦点を当てている
- micoroformat,RDFa
- グラフデータをオブジェクトを結びつけるO/Rマッパーのようなもの
- W3Cが勧告しているかは重要
- コンテキストデータを保守するリソースはオーバーヘッド