デコンボリューション法が紹介されていたのできちんと理解しておきたいところ。
で、ちょっと調べたら古い論文がヒットした。
An algorithm and computer program for deconvolution in linear pharmacokinetics
fortranのコードが載っているのでpythonに移植すればいいやと軽く考えてたんだけど、go toで混乱している最中。if else 的なgo toは読みやすいんだけど、あっちいったりこっちいったりするのはちょっと辛い。
あとは式の内容ちゃんと理解してないのでコード追えないってのもあるが。 移植しながら論文の式の内容を理解していくつもりだったのだけどなかなか疲れる。
08062009 work
うちの職場のケミストで量子化学計算できるようなニンゲンは実はいないのであった。量子化学計算くらい教養だと思うんだけどな。こんな状況はなんだかなーとか思いつつ、そんな計算がらみで久々に長時間の残業をしてみたが、なんというか納得がいかん。
簡単な計算くらいできないケミストってサイエンティストとしての価値あるの？それはテックじゃろ、テック。
あと、二次元構造では重なって見えるんだけどなーとか言うのもヤメれ。ヒトとして恥ずかしいぞ。
と毒づいて寝ることにする。
二十日大根は筋撒きにしたのだけど、早い段階から間引きしないと、苗がひょろひょろ伸びてしまってよろしくないということを学習した。というか、密に種まき過ぎではなかろうかとU隊長と娘に申したいところ。
茄子は順調。でも加茂茄子。
トマトも一部微妙な苗はあるが育ちのいいヤツはぐんぐん育つ
ゴーヤも順調
06062009 富士
マンゴー、桃、珈琲
美味いのう。
そういえば、ビオファーム松木の講演みたいなのが来週あるらしい。
既にチケット完売してた。ちょっと気になるが残念。
クレモンティーヌも気になるが。
今日健康診断があって、血圧が一般ピーポー並みに落ちてたので、嬉しくなって今までの記録を見てみた。
記録つける前は180,120超えみたいな。僕の血圧はdrum'n'bassか？みたいなノリだったな。
まぁ、僕の場合は遺伝要因が大きいのかなと思うけど、普通の人も毎日血圧つけておくと、異常値とストレスっぷりが妙に相関していて、このピークの時にはこんなデスマが、、、とか対応づけられて、記憶的にも良いかと思った。
こういうライフログ系のアイテムもEye-Fiみたいな仕組みに対応すればいいのにとか思うね。
古いfortranのプログラムを読んでいたら
ファーマコキネティクス―演習による理解
すぐできる 量子化学計算ビギナーズマニュアル (KS化学専門書)
OMRON インテリセンス ファジィ オムロン自動血圧計 白 HEM-632 EPS = 1.0
10 EPS = EPS/2.0
S = 1.0 + EPS
IF (S .GT. 1.0) GO TO 10
というコードをみつけて？となったがすぐに限りなく小さいの求め方か！と気がついた。
pythonだとこんな感じ
eps = 1.0
while eps+1.0 > 1.0: eps = eps/2.0
# eps=1.1102230246251565e-16
うちの職場は全然スタートにも立ててないような気がするが、つまめるところはつまんでみたいと読んでみたのであった。
SMARTな目標
明確に計測できる目標を立てるということからはじめたい。
モーメント解析。AUCとAUMCをもとめるのにPKというライブラリを利用した。
アジャイルレトロスペクティブズ 強いチームを育てる「ふりかえり」の手引きlibrary(PK)
time <- c(0.25, 0.5, 1, 2, 4, 6, 8, 10, 12, 16)
l_po_sol <- c(25.92, 33.75, 42.08, 28.81, 11.26, 4.24, 1.76, 0.59, 0.22)
l_po_tab <- c(1.3, 4.2, 11.33, 20.35, 20.15, 13.17, 6.66, 4.57, 1.81, 0.67)
l_iv <- c(91.21, 76.53, 61.46, 32.36, 11.9, 4.67, 2.15, 0.67, 0.25)
u_po_sol <- c(25.95, 33.75, 42.08, 28.81, 11.26)
u_po_tab <- c(11.33, 20.35, 20.15, 13.17)
u_iv <- c(91.21, 76.53, 61.46, 32.36, 11.9)
auc(time[1:9],l_po_sol,n.tail=3)
Estimation for a serial sampling design
AUC AUMC
observed 113.8863 1209.474
interpolated NA NA
infinity 140.1590 3005.290
auc(time,l_po_tab,n.tail=3)
Estimation for a serial sampling design
AUC AUMC
observed 106.8875 953.0328
interpolated NA NA
infinity 125.3667 1499.8264
auc(time[1:9],l_iv,n.tail=3)
Estimation for a serial sampling design
AUC AUMC
observed 193.5675 4534.682
interpolated NA NA
infinity 198.9328 5139.201
クリアランスは投与量をAUCでわればよい。
#CLtot = DOSE / AUC
0.1 / 198.9328 * 1000000 # = 502.6823
#Fsol = AUCpo(sol) / AUCiv
140.1590 / 198.9328 # 0.7045545
#Ftab = AUCpo(tab) / AUCiv
125.3667 / 198.9328 # 0.6301962
MRTはAUMCをAUCでわればよいはずなのだが、何かおかしい。演習の答えとあわん。
#MRT = AUMC / AUC
#Vss = CL * MRT
デコンボリューションはまたあとで。