macbookにGAMESS

22 05 2009 macbook GAMESS Tweet

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DMPKブームがきた！とか思っていたのだけど、突然量子化学計算に引き戻された。

macbookにGAMESSを入れる。とりあえず64bitのを入れた。

溶媒効果を取り入れた計算がしたかったので、exampleを見てたらPCMのサンプルがあったので、これをながしてみる(exam31)

 $contrl scftyp=rhf runtyp=optimize nzvar=12 $end
 $system timlim=2 mwords=2 $end
 $pcm    solvnt=water $end
 $basis  gbasis=n31 ngauss=6 ndfunc=1 $end
 $guess  guess=huckel $end
 $zmat   izmat(1)=1,1,2,  1,2,3,  1,3,4,  1,3,5,  1,3,6,
            2,1,2,3,  2,2,3,4,  2,2,3,5,  2,2,3,6,
            3,1,2,3,4,  3,1,2,3,5,  3,1,2,3,6 $end
 $statpt opttol=1d-5 $end
 $data
Methanol in PCM water...starting at gas phase geom
Cs

H 1.0   -1.0616171503   0.8036449245   0.0000000000
O 8.0   -0.6870131482  -0.0653470836   0.0000000000
C 6.0    0.7093551399   0.0291827007   0.0000000000
H 1.0    1.0836641283   0.5408321444   0.8835398105
H 1.0    1.0975386849  -0.9797829903   0.0000000000
 $end

実行結果(抜粋)

FREE ENERGY IN SOLVENT       =      -72190.31 KCAL/MOL
INTERNAL ENERGY IN SOLVENT   =      -72185.33 KCAL/MOL
DELTA INTERNAL ENERGY        =           0.00 KCAL/MOL
ELECTROSTATIC INTERACTION    =          -4.97 KCAL/MOL
PIEROTTI CAVITATION ENERGY   =           0.00 KCAL/MOL
DISPERSION FREE ENERGY       =           0.00 KCAL/MOL
REPULSION FREE ENERGY        =           0.00 KCAL/MOL
TOTAL INTERACTION            =          -4.97 KCAL/MOL
TOTAL FREE ENERGY IN SOLVENT =      -72190.31 KCAL/MOL

さすがに一瞬で終わる。実用を考えるとPerlMolとかopenbabelのオブジェクトからインプットを吐き出して計算させてその結果をオブジェクトにして返すモジュールがあれば素晴らしいのだが。

すぐできる量子化学計算ビギナーズマニュアル (KS化学専門書)

講談社 / ￥ 3,360 ()
在庫あり。

量子化学専門のヒトは長いインプットから長いアウトプットを出して、それをなめまわす傾向はあるよな(偏見？)

普通のプログラムだとデバッグオプションとかverbose的な扱いの冗長ログが標準というか、、、、

丹念に見るって言うのかなぁ。「必要に応じて覗く」じゃなくて「常に完全に把握する」みたいな感じか。

Drkcore

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