プログラムとして実行できるfasta形式のプログラミング言語を作ってみた。いちおうチューリング完全(なはず)。

>HELLO_WORLD
ccggaccgcg gggcaccgcc ggcggaccgc cgccggaccg cccggcgacc gccgccccac
cgcccgccca ccgcggggga ccgccgcccc accgccgccg gaccgccgcc ggaccgccgg
cgcaccgcgg cgggaaccga cacatccata ccacagaacc caaaa

これはatgcというコマンドで解釈して実行します。

$ bin/atgc hello_world.fasta 
Hello world!

ゲノム的にGCリッチなほうがいいだろうということで0と1にg,cをそれぞれ割り当てて数字を表現するようにしてる。exitコマンドには終止コドンを割り当てようかとも思ったが、なんとなくaaaにしてみた(polyA)。

しかも（というか当たり前だけど）blastでホモロジーサーチがかけられるし、multifastaにしておけばソース管理もできるうえに、データベース化してインデックスはっておけば、NCBIのツール群でコマンド一発で取り出せる。

ただ今回作ったHELLO_WORLDの配列はblastnだといい感じにヒットしなくて悲しかったので、blastxかけたらブラックコットンウッドからなんかひっかかった。

>gb|ABK94795.1|  unknown [Populus trichocarpa]
Length=229

 Score = 33.5 bits (75),  Expect = 5.9
 Identities = 14/21 (66%), Positives = 15/21 (71%), Gaps = 0/21 (0%)
 Frame = +1

Query  100  GPPPDRRRTAAGTDTSIPQNP  162
            GPPPDRRRT  GT  S P +P
Sbjct  209  GPPPDRRRTRQGTTKSEPASP  229

コンパイラ側のソースはこんな感じでほとんどWhitespaceだ。

VMとかは特にいじってないのでEsotericの本を参照のこと。

Rubyで作る奇妙なプログラミング言語 ~Esoteric Language~
原 悠
毎日コミュニケーションズ / ￥ 2,814 ()
在庫あり。

VMを使った中間言語方式の強力さを理解した。