pubmedのidからdoiを調べたい。

BeautifulSoupでXMLをパースするのが良いのだが、ソース見たらげんなりした(preってなんやねん)。というわけで、MEDLINE形式のデータから正規表現でdoiを抜き出してます。

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#!/usr/bin/env python

import urllib2
import re,sys

def pmid2doi(pmid):
   url = "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/%s?dopt=MEDLINE" % pmid
   r = re.compile('AID - (10.\d+/.+?) \[doi\]')
   response = urllib2.urlopen(url)
   if response.code == 200:
       s = response.read()
       m = r.search(s)
       return m.group(1)
   else:
       return "error: %d" % response.code

if __name__ == '__main__':
   if len(sys.argv) == 2:
       print pmid2doi(sys.argv[1])
   else:
       print "usage: %s [pmid]" % sys.argv[0]

コマンドラインから使う場合には

$ pmid2doi.py 20053000
10.1021/ci900416a

Bioinformatics Programming Using Python
Mitchell L. Model
Oreilly & Associates Inc / 5119円 ( 2009-12-23 )

冷やし大坦麺が出る季節なので大山に。

僕は油そばが気になっていたのでそちらをチョイス

妻の頼んだ冷やし大坦麺は相変わらずの美味さ。右下の方に見える氷みたいなものは、ずばり氷です。

最近、子ども二人が食べまくるのでミニカレーも注文

そろそろラーメンをもう一つ頼んで二人で分けないとたりないかもしれん

ラーメンマップ静岡
高橋 秀人
幹書房 / 1050円 ( 2008-10-15 )

ラーメンマップ静岡2

幹書房 / 1050円 ( 2010-11-02 )

モチベーション3.0を読んであれば理解しやすい。本書では日本人のやる気がないのはモチベーションの認識がきちんとできてないことと、そういうマネジメントがきちんとできる管理者がいない（または質が低い）ことに問題があるとしている。

成果主義は「馬の目の前に人参をぶら下げる制度」だが、現実には、モノやお小遣いで動機づけられた子どもがやる気を出すケースは稀

ま、そういうマネジメントは年功序列で持ち上げられた管理者には難しいでしょうねー(棒読みな感じで)。さらに研究職系のだと技術もないからロールモデルにすらならんし。

そもそも部下の評価などあまりしてこなかった管理職が、ひとりひとりの部下に適切な目標を立てさせて、その達成を手助けし、さらにその達成度を適正に評価するのは並大抵のことではないはずです

世界でいちばんやる気がないのは日本人――成果主義が破壊した「ジャパン・アズ・No.1」 (講談社プラスアルファ新書)
可兒 鈴一郎
講談社 / 840円 ( 2008-06-20 )

• 日本人が極端にやる気をなくしたひとつの原因として「管理職の質の問題」が挙げられます
• いまや「成果主義はうまくいったのかどうか」ではなく、「いったい成果主義のどこに問題があるのか」に世間の関心は移ってきている
• デビルズアドボケイト
• 先進十カ国のなかでは、日本の管理職のレベルはかなり下。行動科学をしらないから。
• 日本人は何に対して給料を貰っているかという意識が希薄

会社の制度の話について知りたいのなら面白いけど、モチベーションをどうやってあげたらいいかなぁという話に関してはモチベーション3.0のほうがいいと思いますね。

モチベーション3．0　持続する「やる気！」をいかに引き出すか
ダニエル・ピンク
講談社 / 1890円 ( 2010-07-07 )

デビルズアドボケイトやると、結構怒り狂うヒトがいるのでロジカルじゃない研究者は結構困るというか逆にスクリーニングの手段として有効。そういうヒトはデスマりやすいので、普段から危険には近づかないように気をつける。

今、欲しい物はこういうモノです。

Real World Haskellのように、文書のパラグラフ毎にコメントが入れられるようなシステム。それをSphinxでやりたい。つまりSphinxで文書を書いてmake htmlをするとパラグラフ毎にtwitterのOAuthかGoogleの認証使ってコメントが入れられるようなHTMLが出力されるナイスなドキュメント

実際にReal World Haskellのソースを追いかけてみると、jQuery Form Pluginを使っていてAjax化が簡単にできそうなので、別の題材で試してみる。もちろんflaskr

• statisticsにjqueryとjquery.form.jsを配置
• show_entries.htmlのformにid属性をつける(id='flaskr_form'っていう属性をつけた)
• layout.htmlにjsの設定を追加

layout.html

<script type="text/javascript" src="{{ url_for('static', filename='jquery-1.6.min.js') }}"></script> 
<script type="text/javascript" src="{{ url_for('static', filename='jquery.form.js') }}"></script> 
<script type="text/javascript"> 
        // wait for the DOM to be loaded 
        $(document).ready(function() { 
            // bind 'myForm' and provide a simple callback function 
            $('#flaskr_form').ajaxForm(function() { 
            $(document.body).load("/");
                alert("Thank you for your comment!"); 
            }); 
        }); 
    </script>

これでsubmitしたときにアラート画面が出るようになります。今回書いたコードはここからダウンロードできます。

というわけで、flaskかGAEでパラグラフのidをクエリとしてコメントをjsonで返すサービスを用意しておいて、SphinxにjQuery埋め込んでコメントサービスと連携させれば望みのものはできそうな気がするんだけど、Sphinxのパラグラフに固有のIDを付加する方法がわからない。

どうやるのがいいのかなぁ

エキスパートPythonプログラミング
Tarek Ziade
アスキー・メディアワークス / 3780円 ( 2010-05-28 )

成長をあまり前提としない、一人でマネジメントしていくためのニッチ系ビジネス。

人を使うのも使われるのも嫌だというマインドが強いが、雇用をするというのは一種の社会貢献だと思うのでそれを目指さないというのは、ちと僕の目指す方向性とは違うかな。

ひとりビジネス―転身・独立で幸せをつかむ (平凡社新書)
大宮 知信
平凡社 / 798円 ( 2008-04 )

• 顔の見えないネットショップだからこそ売れるという商売
• 「ひとりビジネス」の最大のメリットは経費があまりかからないこと

True Romance,Lend Me Your Troublesあたりでちょっとダレた。

• Ocean Deep / B-Complex
• Believe Me / Blu Mar Ten
• Broken / Calibre
• Dont Want Your Love / Calibre
• Let Me Be Your Fantasy (J Majik & Wickaman Remix) / Baby D
• Spanish Sun (Bungle Remix) / Bachelors of Science
• One Year On (Instrumental) / BCee & Lomax
• True Romance / dBridge Feat. Vegas
• Sky / DJ Chap
• Chasing Dreams / Mutated Forms
• Lend Me Your Troubles / Well Being
• Moon Palace / Noisia & Teebee
• Vanity /Seba
• Sleepless (B-Complex remix) / New Zealand Shapeshifter
• Detroit Amen / Seba & Krazy

The system is a remix

Hospital Records / ?円 ( 2010-09-10 )

数日前に行った時もほとんど売り切れていたが、今朝またジャンボエンチョーに行ったけどトマトやゴーヤ等の主な苗は売り切れていて再入荷した形跡もなかったのでもう少し待つことにして、畑の畝立てのみ。

区画のプランニングもなにもしていないが、ゴーヤを植える位置だけ決めて支柱を立てた。

ジャガイモは種イモを深く植えすぎたようで、あまり茂ってないのに花だけ咲いているという、、、失敗かなぁと少々不安を感じている。

昼に大山でラーメンを食べて、そのついでにピアゴの花屋を除いたら野菜苗が少しあったので買っておいた。黒陽、ピーマン、ミニトマト。

手前のべランドのポット苗はマリーゴールド

グリーンピースは一環境団体、シー・シェパードは宗教的な団体。

シー・シェパードの正体 (扶桑社新書)
佐々木 正明
扶桑社 / 798円 ( 2010-06-01 )

シー・シェパードは地球防衛戦士の集団というキャラ設定らしい。

「人類こそが地球環境を壊す最大の張本人である。我々シー・シェパードが仕えるべきクライアントは、海洋生物たちであり人間ではない」

ところで青の6号ってどういうラストだったっけな？

青の6号 BD-BOX [Blu-ray]

バンダイビジュアル / 8055円 ( 2010-08-27 )

VPSだけじゃなくて節電に心がけたせいもあるんだろうけど、300kW超えでずっと推移していた家の電力消費量がGWウィーク中は家にいた（去年は出かけていた）にも関わらず245kWといままで見たことのない値を示した。

今の家は窓開けとけば風が入ってくるので冷房器具としてエアコンほとんど使わないし、暖房もガスの床暖房なのでこれからは年間通してこの程度の電力消費量ということですね。

CentOS5で作るネットワークサーバ構築ガイド (Network Server Construction Guide Series)
サーバ構築研究会
秀和システム / 4725円 ( 2010-07-27 )

それから固定電話を解約した。非常時に繋がらないし、光の勧誘ばっかりかかってきてウザい以外のナニモノでもないし。bフレッツなので116にかけるだけで解約できた。代わりにskypeを使い始めたが今のところ問題はない。受信専用端末が必要だったらskype inに入ってtecoの電話でも置いておこうと思っているが、今のところ必要な状況にはなっていない。

このまま妻がスマートフォンに買い換えたら必要ないでしょう。

Skype内蔵デスクトップフォン「TECO XS2008CA」

TECO / ?円 ( )

2004年の本。図書館で原発関連のコーナーがあったので借りてみた。ま、レポートみたいなもんでした。

日本の発電能力はやや不足と考える人が減るとともに、原子力発電への納得出来る賛成意見として石油資源の節約になる、をあげる人も減っている。

あと、

電力次自由化は原子力発電の今後に大きな影響を与える可能性がある。原子力発電は他の発電方法に比べて初期の設備投資が多額になり、その投資は長期間発電することによって回収することができるが、短期間の利益が追求されがちになる自由化にはなじみにくいと言われている

ってあるので、電力自由化を推し進めれば結果として脱原発の流れに向かうのかなぁ。あと、電力の不足を懸念とか言ってるけど、電力を消費するようにオール電化だとか推進した結果の今の電力需要だからなぁ。あれってどうなんだろうね？

データが語る原子力の世論

プレジデント社 / ?円 ( 2004-04 )

• 電力自由化を進める上での大きな課題は、競争原理を導入することと、電力の安定供給を両立させること
• 原子力の利用態度「やむを得ない」が六割以上