23042011 work
ブログ見て「おっ!」と思ってポチしたけど、結局時間を売っているだけだった。
仕組みをどうするかっていうのは数パターンしかなかったかな。
23042011 work
ブログ見て「おっ!」と思ってポチしたけど、結局時間を売っているだけだった。
仕組みをどうするかっていうのは数パターンしかなかったかな。
23042011 chemoinformatics DMPK
PBPKを一通り使えるようになってきたので、改めて薬物代謝を学んでいる。
全体を考えられるようになってくると、個々の代謝の実験系がどういう意味を持つのかとかin vivoとのギャップはなんだろうかという新たな発見があって楽しい。
この本は化学同人から出ているので反応機構がちょくちょく書いてあるので便利ですね。
というのは、代謝をブロックしたい時にケミストは安直にハロゲンを突っ込もうとするけど、それが活性とリンクするサイトの場合にはもうちょっと考えないといけないことが多いからだ。
触媒の分子機構を考えたり、SN1かなぁSN2かなぁなんて考えながら遷移状態を取りにくくするにはどこからどこに向けて置換基生やしたらいいかなぁなんてやるのは分子設計的なアプローチかと思うんだけど、そもそも代謝を化学反応として理解してないとそういう仕事できないからねぇ。そういうあたりをやるためにも早い段階にアクティブコンフォメーションを捕まえておく必要もあるし。
最近PBPKと構造の相関関係を見ながら合成の方針にフィードバックしたいと思っているのだけど、市販のPBPKソフトは動態向けっていうか構造に対するパラメータの設定が大雑把過ぎて、メカニズムで考えてんのかフィッティングしているのか困っちゃうんだけど、なんかいいソフトウェアないですかね?
みなさん自前で実装しているのかなぁ?誰か知っていたら教えてください。
22042011 jazz
今さらながらBlue Note Trip 5を聴いてる
22042011 life
先週末伊豆に遊びに行ったので、滞在中に読もうと近所の本屋で買った本。
今の大国はもう過去の大国になりつつあるから新興国に目を向けていけって話と、20世紀型の経済政策はあまり効果がないので、お金の流れに目を向けよう。あと民主党の経済感覚はダメすぎという話。基本的に民主党に厳しいですね。
後半読んでたら、原子力の話が出てきて、「海外に売り込め」「首都圏近郊に原子炉を作れ」とか書いてあった。
群を抜いて安全なはずの日本の原発がああなった以上、あのレベルのリスクを再度取れるかという議論が付いて回るでしょう。というわけで原子力に関しては「お金の流れがさらに変わった」ということで。
講義内容を配信する大学は増えている。研究職なんて常に学び続けなきゃいけないので、こういう機会に溢れているいまの状況はありがたい。そして我々を取り巻く状況が変わっているのに、一箇所に子供を集めて画一的な情報を与えるという義務教育の仕組みは適切なのかなぁ?と。自分自身は義務教育の必要性をあまり感じないので、学ぶ機会とか楽しみをどう与えるかは親の責任かなぁと思う派ですね。
21042011 javascript
ハイパフォーマンスJavaScriptはjavascriptの速度を上げてユーザービリティーを改善したい時に役立つ本。
Javascriptで綺麗なコードを書きたいならJavaScriptパターンのほうが良いかも。
macbookにHadoopを入れたのだけどきちんと起動してない。jpsで見てみるとNameNodeが起動していないことが原因のようだった。
ログを見てみると、設定ファイルに記述したlocalhostじゃなくてマシン名+".local"(hostnameで表示される文字列)で立ち上げようとしてた。理由は良くわからんがとりあえず設定ファイルをこちらの名前で書き直す。
さらに、パスワードなしsshアクセスできるように.ssh/authorized_keysに追加しておく。
これでうまくうごいたので、早速HadoopStreamingをやってみる。サンプルコードはHadoop Streaming - naoyaのはてなダイアリーから。
$ hadoop jar hadoop-0.20.2/contrib/streaming/hadoop-0.20.2-streaming.jar \ -input log.txt -output log.out -mapper map.pl -reducer reduce.pl ... 11/04/21 05:21:24 INFO streaming.StreamJob: map 100% reduce 0% 11/04/21 05:21:33 INFO streaming.StreamJob: map 100% reduce 100% 11/04/21 05:21:36 INFO streaming.StreamJob: Job complete: job_201104202054_0004 11/04/21 05:21:36 INFO streaming.StreamJob: Output: log.out
OKっぽいのでアウトプットを見てみる
$ hadoop fs -cat log.out/part-00000
403 3
304 3786
206 2
400 11
313 14
200 49190
302 48
301 223
404 2476
あとは擬似分散環境じゃなくてちゃんとした分散環境を構築すればいいですね。
バーチャルで化合物つくると組み合わせ爆発おこしてその先のハンドリングに難儀するのでchemoinformaticsでもMapReduceうまく使えないかなと思っているわけです。
参考
20042011 家庭菜園
スーパーの袋に無造作に投げ込んであったので多分知らずに捨ててしまったんだろう。
今年はちょっと違ったゴーヤでも探してみたところ、カックロールという苗をみつけた。
うーん、そそられるがちょっと高い。
結局白ゴーヤを種から育ててみるか
家族の合意を取ろうとしたら、オーソドックスなアバシも植えるべしとのこと。
うちのネットだとMAXで3苗だから二種類を種から育てるのは難しい。
結局エンチョーかカインズで苗を探すことにした。
昨日、偵察に行ったときにはナスとトマトの苗が大量に入荷してたので、ゴーヤもそろそろかなぁ。
19042011 life
世界の農産物輸出は「隠れた」輸出補助金に満ち満ちている。
ブッシュ前大統領が発言したように
「食料自給は国家安全保障の問題であり、それが常に保証されているアメリカはありがたい」
というように「食料による他国のコントロール」という国家政策的な側面や経済学的な観点から食料について考えていく
筆者は、こういった点を踏まえて日本の補助金制度を肯定するような投げかけで閉めているが?EUの高くても自国の野菜を買う例にあったようにそういうマインドを醸成するほうがいいんじゃないかなぁ。個人的には弱者救済のための農業補助金は反対だなぁ。だったらベーシック・インカムでいいじゃんと思うね。
食料自給率の定義からいうと、家畜の飼料が分母に乗ってきているので畜産やめると食料自給率があがるというあたりは考慮すべきというか、食料自給率ベースの議論というのは意味ないと思っている。他国に食料コントロールされないという自衛的な面から考えておけばいいんじゃないのかなぁ。
18042011 drum'n'bass
人気曲のコンピ
持っている曲が結構かぶっているのだけど、Let Me Be Your FantasyのJ Majik & Wickaman RMXが欲しくて買ってしまった
富士市民だと4章読むのが面白いかな。
コンパクトシティをぶった切っているが、まぁそうだよなぁとおもった。特に富士市はコンパクトシティ構想が持ち上がっている割には、公共交通網が貧弱なので実際やったら失敗すんじゃないのって思う。
脱クルマとセットか、まずは公共交通網の整備が先だろうなぁ。一家に一台持てるかどうかっていうくらいの高い税金を自家用車にかけちゃって、その分を公共交通網の補助にまわすとかどうかな。
参考サイト