05122019 chemoinformatics bioinformatics 博多
05122019 chemoinformatics bioinformatics 博多
04122019 chemoinformatics bioinformatics
この記事は、創薬 (dry) Advent Calendar 2019 の4日目の記事です。
分生に来ていますが図書コーナーのbono関連図書のモテ期襲来が圧巻でした。
chemoinformaticsなみなさんもこれを期に購入してbioinformaticsも勉強しましょう。これからは両方できてなんぼですよ。
ところで、標題の通り我々(@iwatobipenと私)はpy4chemoinformaticsを書きました。そのきっかけがちょうど去年の分生で、ある出版社の方につないでもらいchemoinformaticsの書籍を検討してもらう機会をいただいたのですがボツになってしまいました。その際に目次を書いて提出したのですが、まぁ折角章立てしたんだしGitHubに残そうぜってことになった次第です。
私としてはMishima.sykとしてなんとなく何かを残しておきたかったのと謝辞を書きたかったというのが主なモチベーションですが、そのために共著になってくれた@iwatobipenをはじめ表紙を飾ってくれた@souyakuchan、誤字脱字の訂正を丁寧にしていただいた@antiplastics, @bonohu, @ReLuTropy, @ski_nanko, @torusengoku, @yamasaKit_には大変感謝しております。もちろん、学会などでお会いしたときに直接フィードバットしていただいた方のコメントもとてもありがたく感じています。
ちなみに、GitHubで本を書くのは結構簡単です。知らないといけないのは基本的なGitHubの使い方とasciidocの記法だけです。なぜmarkdownでなくasciidocを使うのかは、こっちのほうが、注釈つけたりするや表を書くのが簡単だからです。HTMLのレンダリングはGitHubのほうでよろしくやってくれますし、pdf化もasciidoctor-pdfでサクッとできます。もし、章には入ってないけどこれが入っていたら初学者は喜ぶだろうなとか、もうちょい高度な内容を章として追加したいなと思ったら気軽にPRしてください。わたしも、そろそろなんか追加しようかなと考えています。
今回表紙が創薬ちゃんなので、急遽駄文をアドベントカレンダーにねじ込むことにしてみましたが、私からのtakeawayは 「自分の属するコミュニティを大切にしよう、そしてそれ以外のコミュニティも同じくらいリスペクトしよう」 です。弱い紐帯の強さは異分野をリスペクトしてこそです。特にDryでやる人は自分の活躍分野を広げるためには現在関与している分野に精通する一方で新たな応用分野を探索する必要があります。そして自分の知らないWetの分野はブルーオーシャンになある可能性があるということは忘れないようにするといいと思います。
それでは今日も食の祭典「分生」を楽しみマッスル。
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食の祭典「分生」に来ています。
前泊の夜はshinshinでラーメン。あまり調子が良くなかったので、そのまま就寝
朝は軽く粥をいただく。ほんと朝は毎日粥でいいわってくらい粥が好き。間違いない。
ランチョン並ぶのも嫌なので、タマゴの孵化も兼ねて、呉服町駅近くの「みやけうどん」まで歩く。 博多のうどんってやわやわなのね。なんか初めての体験。
ポスターをがっつりと見疲れて、休んでいたら@oec014と遭遇。水炊き気になるんだけどお一人さんはなぁみたいな話になり、じゃぁ行くかと。結果的に必然ｗ
とり田に行ってみた。
お通しの半熟卵に肉味噌が敷いてあるやつ。すこぶる美味いのでビールではなく最初から日本酒頼んでおけばよかった。
白濁したスープが運ばれてきて、まずはネギしゃぶから。肉は「骨付き」「むね」「もも」の三種類
ゴマサバの味噌がけ。これも日本酒だったな
続いてつみれ鍋にしてもらいます。これを食べているとかしわ天が運ばれてきた。
最後に雑炊にしてもらった。
あとはデザートにプリンだけどicloudの同期がまだなのでそのうちアップする。
24102019 chemoinformatics
参加された皆様お疲れさまでした。去年よりも参加者が100人以上増えたそうで、ポスターも展示できるほぼギリギリだったようです。そのせいで去年あった電源付きテーブルが撤去されてバッテリー難民がちらほら出たようですがｗ
私はツイッターでしかやり取りしたことのない人の何人かにお会いできて満足しました。あとは色々とディスカッションしていただいて大変刺激をうけましたので、酒ばっかり飲んでないでもっと色々頑張らなあかんなと思いました。
特にバイオインフォ頑張らねば。来年はバイオインフォのチームからもポスターくらい出せるようにしたいですね（煽っとく）。
個人的には強烈なアハ体験があったので非常に有意義でした。あとポケモン図鑑も一つ埋まって大変よかった。
会場ついて早々に、「このまえ薦めてた本めっちゃ良かったでー」って言われたので薦めてよかったです。名著なのでサイエンティストの皆さんは購入して読みましょう。
10連休で読む本を探しているなら「アブダクション」をおすすめしておきます。新入社員の早い段階で読んでいたら今の二倍は賢くなっていたと思うｗ https://t.co/Mdlv9VLnSl
— kzfm (@fmkz___) April 27, 2019
これもマテリアルとしては良いと褒められて嬉しかったです。もともと医学系の出版社に持ち込んでみたけど、販売網の違いで採用されなかったものの、まぁ書いとくかって感じで書きあげたものなので皆さんのお役に経ってよかったです。 あと、この界隈では著名な@yamasaKit_の丁寧な修正が入っているのでクオリティも担保されていると思います。
そろそろ章の追加をしようかなと思っているので、みなさんもケモインフォに対する熱い思いをぶつけてみたいなら新しく章を作ってPRお願いします。
Psikitはなかなかイケてると思うし、面白そうという意見を頂いたのだけど、これといった成果が出ていなくてもうちょっとちゃんとやらないといけないなーと思っています。自分では何をやれば成果が出るかはわかっているんだけど、量子化学に寄りすぎていて、具体的な事例を見せないとイメージできないだろうなと。
12月の構造活性シンポジウムでこのあたりの話をしようと思っています。
創薬のひろばでKnimeを広めたいって書いたと思うんだけど、実際にシェアして再利用する仕組みをインハウスに作っています。でこの前のMishima.sykでそのあたりの話をしたら、そういうの欲しいって言われたので再実装したものを公開しました。
16102019 chemoinformatics bioinformatics
ちょっと前までは低分子の分子設計ばっかりやっていて、その当時は出口戦略重要だよねそのための差別化はやっぱDMPKだよなってことで、PBPKとかPK-PDとかが重要になるんやろねと思っていた。
最近は創薬モダリティの流れで色々な分子設計やり始めていて、よい設計のためには分子生物学理解してないと駄目だよなぁと思うようになってきてる。
モダリティの四面体によると、創薬においては
の組み合わせが重要で、我々が分子設計するためにはモダリティは基本的になんでも扱えるけど、MoAを意識したデザインをするためには分子生物学を理解していないと、よいデザインはできないように思う。特にプロテアソーム系とかエピジェネまわりに触ったりするやつとかそれなりに確度高く設計できると嬉しいよなーとか。
というわけで細胞の分子生物学でも読み直すかという気分になっている。
新しいモダリティいじるの楽しいけど、それぞれ考え方変えていかないといけないのが手探りですよね
13102019 chemoinformatics bioinformatics
最初は長文のエントリを書いてみたのだけど生々しくなりすぎたので全部消し、結局2時間ぐらいを無駄した。
ちなみにこういう実装できそうにない抽象的なポンチ絵を書き始めると人々は焔ビト化するという設定になってる。
炎ハ魂の息吹……黒煙ハ魂ノ解放……灰ハ灰トシテ……其ノ魂ヨ……炎炎ノ炎ニ帰セ ラートム
22092019 chemoinformatics KNIME
参加者のみなさまお疲れさまでした。
一次会はリパブリューでクラフトビール飲みまくり。ついでに創薬ちゃんもいた。
二次会はうさぎの木でワインと肉
私の発表はKNIMEの学習環境を構築するっていう話とPyConMYに行ってきたという話でした。PyConは楽しいのでみなさんも参加されるといいと思います。
それから阪医python会の人達にCWLのステッカー配ってきました。IIBMP2019でもう少しもらっておけばよかったかなーと。
今回はKNIMEやCWL、airflowといったワークフロー関連の話が多かったので、KNIMEユーザーの方々の参加が多かったかなと思います。
私のKNIME社内コミュニティーをどう醸成していくかっっていう演題の質疑で、「社外コミュニティーどうするつもりなの？」っていう質問がきて、「うちでイニシアチブとれたらいいんじゃないかな？」って返しといたけど、懇親会で改めてKNIME日本ユーザーのコミュニティも欲しいよねーという話題が出ていたのでそのうちできるんじゃないのかなと思います。GitHubとGitHub Pages使えばサイトなんて簡単に作れるしね。
KNIMEはオープンソースだからそういうコミュニティがまずあって、そこにインフォコムとかのKNIME使って商売している会社がなんらかのサポートするっていうスタイルのほうが健全だし、ユーザーももっと増える気がします。
11092019 chemoinformatics work bioinformatics
great岡山の学会に参加してきた。
夜は大井町の鳥たかというお店に通った。うますぎ天国。
晩杯屋はうるさくなければいいけど、酔っぱらい学生とか来たら出る感じ。
お昼はラーメン。
CWLに入信したの図
たまごかけ大学行くのはYAPC以来やなぁとか言っていたけどそのあとIBISで参加していたことを後に思い出した。
ま、どうでもいい。
02082019 chemoinformatics KNIME
プログラミングまたは機械学習の高速道路は学習の高速道路に関しての話ですが、ライブラリとかツールキットでブースト問題ってのもあります。
ライブラリを使って出来る程度は高速道路を走るように解決出来ても、数学たち帰らないといけない問題になると、なかなか進まなくなるという感じでしょうか？
— Masakazu Sekijima (@m_sekijima) July 28, 2019
大体どの言語でもライブラリが充実していて、エコシステムを形成していて生産性が上がるんですが行き過ぎたプログラミング環境はどうなんかなーと思っていました。
つまりノンプログラマーのためのプログラミング環境(Pipeline Pilot/KNIME)とかRobot Process Automation(RPA)ってやつです。
ある程度の処理がコンポーネントという単位にまとめられていて、ユーザーはブロックを組み合わせる感覚でプログラミングができて、しかも処理が視覚的にわかりやすいというメリットがあります。さらに学習の初期コストが低いのでプログラミングの素養がなくてもすぐにある程度のことはできるようになります。
が、ちょっと複雑なことをしようとするととたんに複雑怪奇なワークフローになるのと、やりたいことをするためのコンポーネントがないと詰みます。
というわけで、ワークフローツールはどうなんかなーって思っていたのだけど、逆にノンプログラマーが利用して効率的に仕事をするのにはとてもよい選択肢だなと改めて思いました。
じゃぁなんワークフローツールをあんなに嫌っていたんだ？
「PPブーストはキャリアの役に立たないからやめとけ、オペレーターの未来しかないぞ」っていうエントリ書いたことある気がするんだけどいつ書いたのか何故書いたのか思い出せないので検索しても捕まえられない
— kzfm (@fmkz___) August 1, 2019
よくよく考えてたら、ツールに技術がロックされることに嫌悪感を抱いていたのでした。Pipeline Pilot年間使用料がそれなりに大きいのと、すごく使いやすくてこれでしか仕事ができないケモインフォマティストが増えてしまったという製薬業界の語られない闇があります。維持費だけでも馬鹿にならないし、転職先がPP使ってないとキャリアが生きないというねｗ それってキャリアブルスキルなのか？っていう。一方でPPができたから良いとこに転職できたという事例もないことはないので、それがいいことなのか悪いかは一概にいえないけどね。
で、RPAツールはまさにこのサービスロックを狙っている気がします。そもそもクラス3ちらみせしてRPAのクラス1のツールに年間何百万も払わせるなんてあれなんじゃないのかな。
話がそれたけど、ノンプラグラマーなのにバイオインフォにアサインされた人間のみで構成されているうちのチームはとりあえずKNIMEブーストかけておけばいいだろうっってことでそのための学習道路の整備を急遽していますが、これはこれで色々楽しいですね。既存のKNIMEノード組み合わせてもできない処理は僕がNode作ってやればいいだけだからね。
尚、昨日始めてKNIMEデビューしました。どんだけワークフローツール嫌っていたんだ？って話ｗ
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