みんなのpythonも読んだし、フレームワークでも試してみるかと、djangoとかTurbogearsに手をだしたら、火傷した。
djangoは一通りサンプル動作をさせることができたけど、Turbogearsはコントローラのあたりからさっぱりわからん。
いきなりフレームワークは無謀すぎたかなということで、Biopythonでも入れて、もう少しpython慣れすることに。
easy_install numpy
wget http://www.egenix.com/files/python/egenix-mx-base-2.0.6.tar.gz
python setup.py install
svn co http://www.reportlab.co.uk/svn/public/reportlab/trunk
python setup.py install
wget http://biopython.org/DIST/biopython-1.42.tar.gz
python setup.py install
easy_installはperlでいうところのcpanコマンドみたいで楽チンです（ちゃんと動けば）。動かないのは地味にダウンロード、展開、setup.pyを行なった。
さて、インストールも無事に終了したところで、bioperlと比べてみた。比較したのはpdbファイルの処理。というのは、FMO用のインプット作るときに使っているPDBパーザーつまりBio::Structure::IOがやたらと遅く、不満だったからというありがちな理由。
コードはこんな感じで、1fatっていうpdbファイル読み込んでCalphaを出力してみた。
python
from Bio.PDB.PDBParser import PDBParser
parser=PDBParser(PERMISSIVE=1)
structure=parser.get_structure("1fat", "1fat.pdb")
for model in structure.get_list():
for chain in model.get_list():
for residue in chain.get_list():
if residue.has_id("CA"):
ca_atom=residue["CA"]
print ca_atom.get_coord()
perl
use strict;
use Bio::Structure::IO;
my $pdb_file = "1fat.pdb";
my $structio = Bio::Structure::IO->new(-file => "$pdb_file",
-format => 'PDB');
my $struc = $structio->next_structure;
for my $chain ($struc->get_chains) {
for my $res ($struc->get_residues($chain)) {
for my $atom ($struc->get_atoms($res)) {
print join " ",$atom->xyz,"\n" if $atom->pdb_atomname eq " CA ";
}
}
}
で、ベンチマーク
$ time python test.py
real 0m1.161s
user 0m0.996s
sys 0m0.116s
$ time perl pdbtest.pl
real 0m3.183s
user 0m3.056s
sys 0m0.044s
平均とってないけど、何回か実行してみてもpythonのほうがbioperlよりも3倍くらい速かった。bioperlのコードってなんだかなと思うことがままある。pdb_atomnameなんかも4文字で前後にスペース入ってるし。というわけで、SBDD周りのプログラミングはbiopythonのほうが扱いやすい感じがしてる。
余談だが、Turbogears普通に触れる程度までpython覚えてやる（意地でも）とか思ったので、Dive Into Pythonも読み中。
みんなのPython