家にも、量子化学計算ソフトを入れといて、思いついたときに低分子の計算できるようにしておこう的ナことを”思いついて”gamessのサイトからWingamessをダウンロードしてきて、ダブルクリックでインストール。

GAMESS-US version 27th of July 2005 compiled with CygWin gcc 3.4.4.

さて、中身を見てみるとbatmakerなるバッチ作成ツールがついていて、インプットを指定するとうまい事バッチを作ってくれるので後は出来たバッチファイルをダブルクリックで実行すればよい。

また、Utilities/fmo/sampleにfragmentMO法のサンプルが入っていたので、Gly四量体のサンプル(gly-4.inp)を流してみたら3分くらいで終了。結構速いかも。

蛋白質のFMO計算はインプットファイルの作成が面倒なんだけど、fmoutilだとイマイチ小回りというか痒いところに手が届かないので、自前のperlモジュール使ってます。bioperlのパーザー使って、FMO用のオブジェクト作るようになっているので、アミノ酸ごとにチャージ変えられたり、リガンド好きなように分割できたりしてます。 特にSBDDのアプローチでFMOやる場合には水素生やす位置変えたりとか、チャージ割り当てたり結合情報保持出来ないとあかんよねってことで、実はbioperlのパーザーもperlmolのパーザーも気にいらなかったりする。

• bioperlのパーザーって結合情報parseしないし
• perlmolのパーザーって超分子の対応悪いよな

結局pdb形式を通ってFMOに行くのがそもそもあかん気がしてる。特にリガンドがね、おかしいことになるからな。じゃぁナニヨ？とか言われるとちょっとつらいが、、、、、、

ツールで地道に構造いじって、mol2からparseしてFMO用のインプット吐けばいいんじゃない

と思っているが、手動かす気力がない。