18 07 2006 bioinformatics publosxom Tweet
NARのWeb Server issueがでとったのでめぼしいものをピックアップ。
気になったのがREMUSというエピトープ探索サービス。
蛋白質が発現ちゃんとしてるかとか調べるためにモノクロが欲しくなる場面は結構あって、効率的にゲットするためにホモロジーモデリングの過程で得られるループの情報を使うことは意外に多い。
溶媒に露出しているループである程度の長さのもの、特に膜を貫通する場合は細胞表面に露出しているもの
ってな感じで選択してペプチド合成すると成功率はなかなか。ただ、いつももうちょっと確度を高めたいナァとは思っていて、この論文参考に出来るかなと思って、アルゴリズムまで遡ってみた。
Members of a protein family often have highly conserved sequences; most of these sequences carry identical biological functions and possess similar three-dimensional (3-D) structures. However, enzymes with high sequence identity may acquire differential functions other than the common catalytic ability. It is probable that each of their variable regions consists of a unique peptide motif (UPM), which selectively interacts with other cellular proteins, rendering additional biological activities. The ability to identify and localize such UPMs is paramount in recognizing the characteristic role of each member of a protein family.
んー、どうもファミリー間で相同性ナイっぽいとこ探してるだけっぽいなぁ。先のモデリングの流れで考えるとSCR(構造と配列の保存された領域)でピン止めさせると残りはわりと多様性の生じやすいループの部分がわかるんだけど、それを単にファミリーのアライメントから求めているだけなのか？
それだと結果論的にループとかにnique peptide motif (UPM)が現れるのは納得できたり。
普通に二次構造予測でへリックスとかシートの領域求めてそれ以外の領域を抽出するのと比べていい結果でるんだろうか？と思ったヨ。