Drkcore

26 08 2006 chemoinformatics R bioinformatics Tweet

RNews volume 6/3はオモシロげ

CRANでRNewsの最新版が読めるようになってた。今号はなかなか興味深い記事が多かった。全部読んでみたけど特に印象深かったのはこの3つ

Fitting dose-response curves from bioassays and toxicity testing

毒性試験との用量依存性曲線を描くためのコツというかそんな感じの内容。

酵素アッセイとかだと普通にシグモイド曲線のフィッティングをすればいいが、ED50なんかを求める系だと、hormesisがおきるので、特に低用量下でブランクよりも高い値がでる場合がある。そういう場合は linear-logistic modelを導入するとよいらしい。

The pls package

僕はよく使うので、multi-response modelsのとこと、varidation周りの話題が参考になった。

Generating, Using and Visualizing Molecular Information in R

RからCDKを使う話。SJavaをつかってRから記述子を抽出したりとか画像を表示したりとか。僕はRから他の言語を使おうとはあまり思わないほうなので参考になったという感じ。むしろ、jython+CDKとRpyを組み合わせて色々できると面白いナァと思う。

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