08 05 2006 perl bioinformatics Tweet
Algorithm::Clusterはちょっと面白そうかな。 まだちゃんといじってないからなんともいえんがexsample動かしてみた限りでは読みやすいし、出力もよさげな感じ。そして、Rを動かすよりも速い気がする。
発現プロファイルとかというよりは、文書中の単語の頻度プロファイルとか比べたりとか、タグを持っている文書群缶の距離を調べてそれを図にしたりとか。まぁそれってPCAでいいような気もするが。
SOMとかk-means clusteringが出来るのも嬉しいかも。あー試してみたい。
うーん。となると、データ収集のためのインフラが欲しいナァ。