Drkcore

19032010 music

kikUUiki / サカナクション

明日から

kikUUiki(初回限定盤)
サカナクション
ビクターエンタテインメント / ￥ 2,800 (2010-03-17)
在庫あり。

18032010 chemoinformatics Python

CouchDBにsdfを突っ込む

ほとんど化合物情報をTokyo Cabinetで管理してみると同じノリで出し入れできそう。

#!/usr/bin/env python
# -*- encoding:utf-8 -*-

import pybel
import couchdb

sdffile = "pc_sample.sdf"
couch = couchdb.Server()
db = couch.create('pubchem')

mols = pybel.readfile("mol",sdffile)

for mol in mols:
    title = mol.OBMol.GetTitle()
    molstring = mol.write("mol")
    db[title] = {"mol":molstring}

化合物情報みたいな、RDBで管理しやすいようなデータよりは、in vivoの薬理試験とか動態試験みたいな、プロトコル間で比較があまりなくて、かつ所見とかの文章データが重要なもののほうが向いているのかもしれんなぁと思った。PKデータなんてIDで探して、時点と個体のデータがJSONで引っ張ってこれるようにしとけばナイスすぎる！

javascriptからRの関数呼べんかな？そうすればJSONでデータ受け取ってPKfitとか使えんのにな。それかbrewとか

書籍もいくつか出てるけど、日本語ないなぁ。そのうち出るんかな？

CouchDB: The Definitive Guide
J. Chris Anderson
Oreilly & Associates Inc / 3390円 ( 2010-01-15 )

Beginning CouchDB
Joe Lennon
Apress / 3783円 ( 2009-12-30 )

Couchdb in Action
Christopher Chandler
Manning Pubns Co / 4180円 ( 2010-12-28 )

18032010 Python matplotlib machinelearning

Machine Learning: An Algorithmic Perspective 12章

遺伝アルゴリズム

Machine Learning: An Algorithmic Perspective (Chapman & Hall/Crc Machine Learning & Patrtern Recognition)
Stephen Marsland
Chapman & Hall / ￥ 6,529 ()
通常2～3週間以内に発送

Four Peaks Problemってのがあるらしい。目的関数が

最初のビットからの連続した1の長さか最後のビットから連続した０の長さの大きいほう
但し、両端の1,0の連続した数が10以上の場合は100ポイント獲得する。

目的関数はこんな感じ。

#!/usr/bin/env python
# -*- encoding:utf-8 -*-

from itertools import takewhile

def o(bits):
   return len(list(takewhile(lambda x: x == 1,bits)))

def z(bits):
       return len(list(takewhile(lambda x: x == 0,reversed(bits))))

def f(bits):
   reward = 100 if o(bits) > 10 and z(bits) > 10 else 0
   return max(o(bits),z(bits)) + reward


if __name__ == "__main__":
    bits1 = [1,1,1,1,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0]
    bits2 = [1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0]

    for bits in [bits1,bits2]:
        print "score: %d %s" % (f(bits),bits)

#score: 20  [1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
#score: 114 [1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]

要するに素直に探索していくとローカルミニマムに落ちるようになっていて、ピークの数が4つあるのでFour Peaks Problem

連続した1,0の長さでcontour plotを描いた。

4-peaks problem

#!/usr/bin/env python
# -*- encoding:utf-8 -*-

def sim_score():
    for x in range(100):
        for y in range(100):
            if x + y > 100:
                yield 0
            else:
                score = four_peak(x,y)
                yield score

def four_peak(x,y):
    reward = 100 if (x > 10 and y > 10) else 0
    score = max(x,y) + reward
    return score

if __name__ == "__main__":
    from pylab import *

    delta = 1
    x = arange(0, 100, delta)
    y = arange(0, 100, delta)
    X, Y = meshgrid(x, y)
    Z = array([z for z in sim_score()])
    Z.shape = 100,100

    im = imshow(Z,origin='lower' ,alpha=.9)
    colorbar(im)

    cset = contour(X,Y,Z)   
    clabel(cset,inline=1,fmt='%1.1f',fontsize=10)

    hot()
    savefig('4peaks.png')

17032010 java

Java言語で学ぶリファクタリング入門

二年近く積んであったが、最近javaで書いてるので読んでみたら想像以上に面白かった。厚さの割にスラスラ読めたので、二日程度で読み終わった。

良書

Java言語で学ぶリファクタリング入門
結城浩
ソフトバンククリエイティブ / ￥ 3,360 ()
在庫あり。

enumでシンボリック定数を表現
名前重要
双方向リンクは避ける
タイプコードを表す新しいクラスを作る
リスコフの置換原則
@override

後半は、パターンが解決したかった「もの」が多かったので、デザインパターンを知っていないと理解しにくいかもしない。逆に知っていればさらっと入ってくる。

増補改訂版Java言語で学ぶデザインパターン入門
結城浩
ソフトバンククリエイティブ / ￥ 3,990 ()
在庫あり。

17032010 macbook

Software Design 総集編をmacbookに突っ込んだ

macbookのHDDを交換したのでSoftware Design 総集編のpdfを入れてみた。

Spotlightで検索できるようになって便利。

Software Design 総集編【2000~2009】(DVD付)

技術評論社 / ￥ 2,079 ()
在庫あり。

16032010 macbook

macbookのHDDを交換した

結局半日かかった。

そろそろmacbookのHDDが一杯なので、交換しようと思い立ち、amazonでドライバ,ネジ、SATAケースを注文。ドライバは近所のホームセンターに売ってなかったのでめんどくさくなってamazon使ったけど、ダイソーとかにも売ってるらしい。

SANWA SUPPLY TK-002 ドライバーセット

サンワサプライ / ￥ 819 ()
在庫あり。

WESTERN DIGITAL 2.5インチ内蔵HDD Serial-ATA 5400rpm 500GB 8MB WD5000BEVT

WESTERNDIGITAL / ()
在庫あり。

昨日ケース以外が届いたので、TimeMachineから復元すればいいかなぁと昼から交換作業を開始した。HDD交換してDVDインストールに2時間くらい、そのあとTimeMachineからの復元に5時間くらいかかった。

PLANEX 高速USB2.0接続 2.5インチシリアルATA対応ポータブルHDDキット PL-25STU

プラネックス / ￥ 1,980 (2008-04-10)
在庫あり。

ケースはwindowsで管理していた写真をmacbookに移すために必要だったので、これが届いたら写真のデータをmacbookに移してwindowsからの以降が完全に完了する。

追記 100316

この方法だとXcodeは入れなおさないといけない。

16032010 Python

whoのアウトプットを時間順にソート

mixiにあったはずなのに消えてた。

皆さんこんにちは。Linuxのwhoコマンドのアウトプットを時間昇降順にソート(qsort()を使って)したいと思っています。

pyutmpを使って。

#!/usr/bin/env python
# -*- encoding: utf-8 -*-

from pyutmp import UtmpFile
from time import ctime
utmps = [utmp for utmp in UtmpFile()]

for utmp in sorted(utmps,cmp=lambda x,y: cmp(ctime(x.ut_time),ctime(y.ut_time))):
    print '%s %s %s' % (utmp.ut_user, utmp.ut_line, ctime(utmp.ut_time))