単にIDをキーにしてsdf呼び出すだけだったらKVSで良くね？と思ったところ、そういえばTokyoCabinetのPythonバインディングがあることを思い出したので、ちょっと試してみた。

データはこの時に落としておいたsdf

import pybel
import pytc

sdffile = "pc_sample.sdf"
db = pytc.HDB('compounds.db', pytc.HDBOWRITER | pytc.HDBOCREAT)
mols = pybel.readfile("mol",sdffile)

for mol in mols:
    title = mol.OBMol.GetTitle() 
    db[title] = mol.write("mol")

100万化合物くらいなら全部メモリに載せられそうな感じ。そしたら速いよねー、CouchDBも気になってきた。

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