18 03 2010 chemoinformatics Python Tweet
ほとんど化合物情報をTokyo Cabinetで管理してみると同じノリで出し入れできそう。
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 | #!/usr/bin/env python # -*- encoding:utf-8 -*- import pybel import couchdb sdffile = "pc_sample.sdf" couch = couchdb.Server() db = couch.create('pubchem') mols = pybel.readfile("mol",sdffile) for mol in mols: title = mol.OBMol.GetTitle() molstring = mol.write("mol") db[title] = {"mol":molstring} |
化合物情報みたいな、RDBで管理しやすいようなデータよりは、in vivoの薬理試験とか動態試験みたいな、プロトコル間で比較があまりなくて、かつ所見とかの文章データが重要なもののほうが向いているのかもしれんなぁと思った。PKデータなんてIDで探して、時点と個体のデータがJSONで引っ張ってこれるようにしとけばナイスすぎる!
javascriptからRの関数呼べんかな?そうすればJSONでデータ受け取ってPKfitとか使えんのにな。それかbrewとか
書籍もいくつか出てるけど、日本語ないなぁ。そのうち出るんかな?