ROHFで。
! File created by the GAMESS Input Deck Generator Plugin for Avogadro $BASIS GBASIS=STO NGAUSS=3 $END $CONTRL SCFTYP=ROHF RUNTYP=OPTIMIZE MULT=2 $END $STATPT OPTTOL=0.0001 NSTEP=20 $END $DATA Title C1 C 6.0 -1.60293 -0.39674 -0.00000 H 1.0 -0.53293 -0.39674 -0.00000 H 1.0 -1.97337 -0.92091 0.85611 H 1.0 -1.95466 -0.89443 -0.87948 $END
平面になった。
TODO: pythonのGAMESSラッパーをPyPIに登録する
18062011 chemoinformatics Python
clone的なメソッド用意されてないのね。
この前は、こんな感じでコピーするようにしたけど、
def clone(mol): new_mol = ob.OBMol() for atom in ob.OBMolAtomIter(mol): new_mol.AddAtom(atom) for bond in ob.OBMolBondIter(mol): new_mol.AddBond(bond) return new_mol
適当なフォーマットに書きだして再読込でもいいそうなのでそうした。
def clone(mol): obc = ob.OBConversion() obc.SetInAndOutFormats("mol", "mol") molstring = obc.WriteString(mol) new_mol = ob.OBMol() obc.ReadString(new_mol,molstring) return new_mol
16062011 work
相づちのタイミングと表現、またはオウム返しの大切さのみを説いて200ページ超え。
コーチングの本読むとサラッと書いてあることが多いだけのパートに全てを割いているのである意味すごい。
ちょうど今日、職場のパーティーっぽい催しがあったので上記を心がけて臨んだらなかなか楽しい会話が出来たのでいいねと思った。
一方で、ちょっと変わった人がいて（僕が嫌われてるのかもしれないけど）、向こうから近づいてきたから話しかけたんだけど、あからさまに無視すんのね。なんか昔悪いこといったのかなぁと思ったんだけど心当たりもないし。ただ、あの態度は不快だし反面教師にしとくかと思った。
あと、その席で、職場の上司的だった同僚(先輩という表現がいいのか？)に丸くなったと言われた。一緒に話してた同僚に「なんで？子どもが出来たからか？」とか言われたので、「野菜を育てるようになったからだ」と答えておいた。
というか大学を卒業して以来、丸くなったと言われ続けているので、どんだけ真円に近づいてんのかなぁと思ったが、個人的には真円よりは深淵を極めたい。
本当は怒るとか正論で相手を打ち負かすというのはエネルギーを使うしコスト的にもペイしないというのを学んだのかなぁと思う。それから駄目なやつにダメって言ったところで自分の能力が上がるわけじゃないしなーと。
「馬鹿に向かってバカと言ってなにが悪い！」と思っている方はここらへんの書籍もあわせて読むといいかもしれません。
もう一点は、元の上司から、「自分でプロアクティブに動かないと大したコミットメントできないぞ」と言われた。
それはその通りなんだけど、そうだったら、今の上司なんていらないし、現上司に調整力がないとか折衝力が弱いとか言われたくないよ（僕よりもっとないじゃん）と思った。と書いてて、こういう考え方は後ろ向きかなーと思った反面、そうしないと上がっていけない職場の構造ってどうなのかなぁと思った。
まぁ、自分のキャリアを第一に考えるしかないよなぁという無難な結論付けで。
15062011 家庭菜園
ナスもシシトウもピーマンも成長が悪い。連作障害かなぁ。ピーマン処分して里芋に変更しようかと悩み中
一方、ズッキーニはぐんぐん育っている。
グングンといえばモロッコインゲンのデカさに驚いた。双葉の時点で20cm位ある。
そして、コンパニオンプランツとしてポット育苗していたマリーゴールドが開花するという不思議。植えるひまがない。
Flaskにはjsonifyって関数があるから、いま作ってるサービスをRESTにしようと思ったんだけど細かいところでうまい実装が思いつかなかったり、そもそもきちんと理解してないことも発覚してRESTful Webサービスを読み直している。
とりあえずJSON用のRESTを実装して、クライアントとしてのwebはそっちをアクセスするようにしたほうがいいのかなぁと。
ただ、そうするとURIがぶつかるからJSON用のAPIのほうは/v1/をpathの先頭につけたけど。
あと、FlaskのjsonifyってSqlalchemyの結果をそのまま渡すと駄目で、dictionaryを組み立てて渡さないとあかんのね。これがちょっとめんどくさい
7章のブックマークサービスをRoRで実装する章をFlaskで再実装するという修行をしないとあかんのかなぁ、、、
14062011 富士 javascript
ピーク(関数とオブジェクト)は過ぎたので、割と軽めの内容になってると思う。
こんなふうにif-elseで振り分けるのと
@app.route('/some_path', methods=['GET,POST']) def some_method(): if request.method == 'POST': // POST用の処理 else: // GET用の処理
こんな風に明示的に分けるの
@app.route('/some_path', methods=['GET']) def get_some_path(): // GET用の処理 @app.route('/some_path', methods=['POST']) def post_some_path(): // POST用の処理
前者はインデントが深くなっちゃうので後者のほうが読みやすいと思うんだけど。
MLのアーカイブにあった
13062011 chemoinformatics Python
代謝部位を見積もるためには水素原子のBDE(結合解離エネルギー)を計算してラジカルになりやすい位置を探せばよいが、化合物毎に全ての水素の引き抜きエネルギーを求めるので計算用のインプットを作成するのに手間がかかる。
それをopenbabelでやってみたという話。これにGamessラッパーを組み合わせれば計算できそうな感じ。ケミストが使えるようにwebのサービスにすんにはまだまだ色々やらないといけないけど。
CYPの代謝予測っていうのは、分子認識+触媒メカニズムをきちんと理解しないといけない。後者は上で書いたような話で、前者はドッキングシミュレーションとかそういう話。触媒反応を理解しないでドッキングシミュレーションにばっか頼ると擬陽性が多くなるし、反応論に傾倒すると偽陰性が増えるので組み合わせが重要ってことで。
逆にそこら辺をきちんと抑えていると、単に代謝サイトをブロックするだけじゃなくて全然違うところから分子認識に干渉するために小さい置換基を導入して代謝ブロックしたりとか、おーメディシナルケミストやー！的な感動があったりする(他社だけどな)。
12062011 work
成長力より面白かった。持続的なモチベーションのためには金銭的なインセンティブよりも、承認欲求に訴えるほうが効果があるってのはモチベーション3.0でも触れられていたとおり。あっちは自分で自分をマネジメントする系だけど、こちらの本は外からどう与えるかという視点で書いてある。
7章の「つき合いにくいひととつき合う」という章が勉強になった。
イエスマンが好きな上司が多い。彼らは近視眼的人間で、たぶんあまり出世はできない
部下に反論されるのを嫌がるような上司は、マンネリにおちいり成功できない。
会社の仕組みや労組的な年功序列マインド的には受け皿としての中間管理職が必要悪として存在するけど、確かに能力的に残念度が高いのが多い。「対人力」の中ではそういう人達とうまくやっていくことを奨励しているのだが、果たしてそれでいいのだろうか？とも思っている。
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