プログラミングRuby―達人プログラマーガイド
デビット トーマス
ピアソンエデュケーション / ?円 ( 2001-09 )

買ったけど読む暇がない

早速0.9.3にあげて描画じゃ。

irb(main):001:0> require 'RMagick'
=> true
irb(main):002:0> require 'chem'
=> true
irb(main):003:0> mol = Chem.open_mol("diene.mol")
...
irb(main):004:0> mol.save("rbtest.png")
=> [rbtest.png PNG 370x370 DirectClass 16-bit 8kb]

ヘテロも出るが枠もでる(140x140にリサイズした)。

あと、SDF読み込みのときに

irb(main):005:0> sdf = Chem.open_mol("test.sdf")
=> #<Chem::MDL::SdfParser:0xbf189a24 @input=#<File:test.sdf>>

あんま、エラー報告ばっかりしてもあらーんな感じなので、もうちょいまともな報告がでしたいなぁと。と、突然rubyも勉強しようと思い立って、近所の本屋に走ってrubyの本を買ってきたゾ（でもコレしかなかった）。

Ruby プログラミング基礎講座
広瀬 雄二
技術評論社 / 2079円 ( 2006-01-13 )

ルビイストへの半歩くらいを踏み出したかな?

週末かけてこの本は大体読んじゃったけど、これ以降は何を読んで勉強するのがいいのでしょうか?

ココのエントリでの構造描画は流れ的にChemrubyで描くべきなんだけど。

そもそも画像描画のステップには

1. 2次元座標を保持したオブジェクトの生成
2. 画像描画

が必要で、smilesのような座標情報のない形での構造情報は、何かで構造立ち上げしないといけない。chemrubyは立ち上げ処理できないらしいので、この作業は他の何かに任せるわけだ。 ちなみに、perlmolは芳香環が含まれない場合には、座標のついた形でmol形式に保存してくれるんだが、座標があったりなかったりとかはかなり使いにくいし、普通芳香環のない構造扱うことってあんまないでしょ？

な感じなので、CDKを使うのがデフォルト。

で、CDKで"OC=C-C=C"をmol形式にするとこうなる

  CDK

5  4  0  0  0  0  0  0  0  0999 V2000
    0.0000    0.0000    0.0000 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    1.2990   -0.7500    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    2.5981   -0.0000    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    3.8971   -0.7500    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    5.1962   -0.0000    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  2  1  1  0  0  0  0 
  3  2  2  0  0  0  0 
  4  3  1  0  0  0  0 
  5  4  2  0  0  0  0 
M  END

うまく座標が割り当てられてますな。これをchemrubyを使ってpngに変換するとこうなる

irb(main):001:0> require 'RMagick' => true irb(main):002:0> require 'chem' => true irb(main):003:0> mol = Chem.open_mol("diene.mol") irb(main):004:0> mol.save("rbtest.png")

水酸基の情報が落ちてしまったヨ。

Chemruby web siteに初心者てのが出来てたので、初心者らしくRMagickを使ったテストをしてみたぞ。

をを～　pngで出力されるようになっとる !

早速、視覚化のサンプルもpngで落としてみることに

require 'RMagick' require 'chem' mol = Chem.open_mol("mol/C00019.mol") query = Chem.open_mol("mol/C00147.mol") m = mol.match_by_ullmann(query) matched_nodes = m.inject([]){|ret, i| ret.push(mol.nodes[i])} mol.edges.each do |bond, atom1, atom2| bond.color = [1, 0, 0] if matched_nodes.include?(atom1) and matched_nodes.include?(atom2) end mol.nodes.each{|node| node.visible = true unless node.element == :C} mol.save("chemrubytest.png") mol.save("chemrubytest.pdf")