Drkcore

22032008 chemoinformatics

Sigma-Aldrich ToolBar

ふむ。でもあんまり便利感がないなー。っだって、長い番号打ち込まないといけないんでしょ？

構造式のgooglesuggestみたいなのがあればいいんだけどね。

18032008 chemoinformatics perl bioinformatics

論文からdoiを抜き出すperlのサンプル

文献はpdfを自作のイントラソーシャルブックマークサービスっぽいのを使って管理しているのだけど、pubmedにのるよりもペーパーの方が早かったりすることのほうが多く、pmidをつけることが出来なくてもどかしい思いをしてばかりいる。

use strict;
use warnings;
use CAM::PDF;

my $pdfname = $ARGV[0];
my $pdf = CAM::PDF->new($pdfname);
my $page1 = $pdf->getPageContent(1);
my ($result) = $page1 =~ m!\d+\.\d+\/.+?(?=\))!gx;
print $result if $result;

抽出したdoiをeutilsに問い合わせて、あとは適度な塩加減を加えつつゴニョルとよさげ。

で、そのソーシャルブックマークサービスはpmidをプライマリキーにしてるもんだから始末に負えない、というかそのうち、匠的にリフォームする気概で、今日もだましだまし使った。

09012008 chemoinformatics

マルチパラダイム SBDD

SBDD(Structure-Based Drug Design)って、結局モデルの精度にあわせてMDとかMOとか視点を変えなきゃいけないからマルチパラダイムだよなと思った。

あとそろそろ単なるMO計算も飽きてきたので、今年はMO計算とQSARをうまいこと組み合わせた手法とか編み出してみたい。あと、ケミストの合成ロジックをエミュレートするような無限ストリーム(仮)を実装したい。

あーでも、他のことに興味がいっちゃうんだよなー。

15122007 chemoinformatics perl MAWP

MAWP 10章はGeometric Algorithm

さわりだけなので、さらっとしている。

Mastering Algorithms With Perl
Jon Orwant,Jarkko Hietaniemi,John MacDonald
Oreilly & Associates Inc / ￥ 4,054 (1999-07)
通常3～5週間以内に発送

ちゃんと学びたければC++とかの本を探したほうがよいのかな？pymolとかAvogadroのソースを読むのがいいのかもしれんなぁ。

ドッキングシミュレーションとか色々気に入らない部分があるので、手を加えたい部分があったりとか、Caverみたいなの自分で書いてみたかったりするんだけどそういう書籍はないもんかな。

06122007 chemoinformatics perl MAWP

MAWP 8章はグラフ

Graphなどを使ってグラフ

Mastering Algorithms With Perl
Jon Orwant
Oreilly & Associates Inc / 2960円 ( 1999-07 )

Kruskal's minimum spanning tree
Prim's minimum spanning tree
Dijkstra's SSSP

なんかをコードを追いながら理解することができた。Primはこっちの説明が分かりやすくてお奨め。

Pythonだとnetworkxがあってこっちは視覚化できてよさげ。

chemoinformaticsでグラフは化合物の構造表現なんかでよく使う。というか、売り物ツールが勝手にやってくれるのであまりちゃんと理解してなかったんだけど、アルゴリズムしらないで理解しないで使うと痛い目見たりとか、中身がよく分からんので痒いところに手が届かない感じが嫌だなと思うことがあったので、MAWP読んで基本的なところをちょっと押さえた気になった。

そういえば、gSpanなんかで、部分構造いじってみたいと思ってたんだけど、放ってあるなぁ。

04122007 Catalyst chemoinformatics perl bioinformatics