06 12 2007 chemoinformatics perl MAWP Tweet
Graphなどを使ってグラフ
Mastering Algorithms With Perl- Kruskal's minimum spanning tree
- Prim's minimum spanning tree
- Dijkstra's SSSP
なんかをコードを追いながら理解することができた。Primはこっちの説明が分かりやすくてお奨め。
Pythonだとnetworkxがあってこっちは視覚化できてよさげ。
chemoinformaticsでグラフは化合物の構造表現なんかでよく使う。というか、売り物ツールが勝手にやってくれるのであまりちゃんと理解してなかったんだけど、アルゴリズムしらないで理解しないで使うと痛い目見たりとか、中身がよく分からんので痒いところに手が届かない感じが嫌だなと思うことがあったので、MAWP読んで基本的なところをちょっと押さえた気になった。
そういえば、gSpanなんかで、部分構造いじってみたいと思ってたんだけど、放ってあるなぁ。