15122007 chemoinformatics perl MAWP
さわりだけなので、さらっとしている。
Mastering Algorithms With Perlちゃんと学びたければC++とかの本を探したほうがよいのかな？pymolとかAvogadroのソースを読むのがいいのかもしれんなぁ。
ドッキングシミュレーションとか色々気に入らない部分があるので、手を加えたい部分があったりとか、Caverみたいなの自分で書いてみたかったりするんだけどそういう書籍はないもんかな。
06122007 chemoinformatics perl MAWP
Graphなどを使ってグラフ
なんかをコードを追いながら理解することができた。Primはこっちの説明が分かりやすくてお奨め。
Pythonだとnetworkxがあってこっちは視覚化できてよさげ。
chemoinformaticsでグラフは化合物の構造表現なんかでよく使う。というか、売り物ツールが勝手にやってくれるのであまりちゃんと理解してなかったんだけど、アルゴリズムしらないで理解しないで使うと痛い目見たりとか、中身がよく分からんので痒いところに手が届かない感じが嫌だなと思うことがあったので、MAWP読んで基本的なところをちょっと押さえた気になった。
そういえば、gSpanなんかで、部分構造いじってみたいと思ってたんだけど、放ってあるなぁ。
04122007 Catalyst chemoinformatics perl bioinformatics
Catalyst + Open Flash Chart: Fancy graphs with minimal fuss
こんなのが10分程度で作れてすごいいい感じ。昔作った遺伝子発現のやつをこっちにかえるといいかもしれん。
ちょっとしたもの作るにはChart::OFCもいいですな。
03122007 chemoinformatics
20112007 chemoinformatics plagger
リンク切れのとこを消して、Chemical blogspaceとChemSpider Blogを追加した。
が、ちょっとインフォマティクスと関係なさげなのが混じってるようなのであとで調整するかもしれん。あと全文とってこなあかんな。
latest postは全文じゃないのと、ケミカルなのではずした。ケモインフォっぽいフィードを選んで追加することにした。
17112007 chemoinformatics
InChiのGoogle TechTalksが出てたので週末にでもとためておいて今日見た。
InChIはちょっとめんどくさそうな表記法で大体SMILESと似たような情報量(座標が欠損する)なのに、大きい分子だとすぐ文字数が大きくなって困るので、SMILESでいいんじゃないかなと敬遠してたけど。あと、特に名前の一意性にこだわる大きな理由がなかったってのもある。
でも、プレゼンの中で語られてたInChiKeyっていう25文字のハッシュで構造をあらわすのはいいかも。RESTfulなサービス作る場合に便利じゃんと思ったら、既にDepth-Firstでふれられてた
17112007 chemoinformatics
主にparser,writerを実装するヒト向けのオープンなドキュメント作成のプロジェクトが立ち上がったようだ。素晴らしい。
HOP読んでて、なんか適当なParser書いてみたかったのでそのうちやってみようかな。
Daylight proposed, and OpenEye actually implemented, an extension that specifies bonds to external R-groups. An external R-group is specified using ampersand '&' followed by a ring-closure specification (either a digit, or % and two digits). However, unlike ring-closures, the bond is to an external, unspecified R-group. Example: "n1c(&1)c(&2)cccc1" - 2,3-substituted pyridine.
これは知らなかった(やるなOpenEye)。
PerlMolに組み込んだら便利だろうな
16102007 chemoinformatics music
なんかもう色々疲れたなぁと。
そしたら僕らはもう空を飛ばなくていいのフレーズが浮かんだ。
この3曲は素晴らしい。
08102007 chemoinformatics Meadow bioinformatics HOP
Mastering Algorithms With Perl
J
Emacs 辞典 (DESKTOP REFERENCE)