Catalyst + Open Flash Chart: Fancy graphs with minimal fuss

こんなのが10分程度で作れてすごいいい感じ。昔作った遺伝子発現のやつをこっちにかえるといいかもしれん。

ちょっとしたもの作るにはChart::OFCもいいですな。

Gamessのアウトプットを解析するGUIのツールらしい

GaussSum

あとで試してみよう。

距離のみで水素結合判断って駄目すぎだろ。

HBPLUSとかLIGPLOTみたいなツールのオープンソース版はないのかなぁと探してみたけど見つからなかった。

リンク切れのとこを消して、Chemical blogspaceとChemSpider Blogを追加した。

が、ちょっとインフォマティクスと関係なさげなのが混じってるようなのであとで調整するかもしれん。あと全文とってこなあかんな。

07.11.20 追記

latest postは全文じゃないのと、ケミカルなのではずした。ケモインフォっぽいフィードを選んで追加することにした。

InChiのGoogle TechTalksが出てたので週末にでもとためておいて今日見た。

• An Update on the Open Source InChI Project
• IUPAC InChI

InChIはちょっとめんどくさそうな表記法で大体SMILESと似たような情報量(座標が欠損する)なのに、大きい分子だとすぐ文字数が大きくなって困るので、SMILESでいいんじゃないかなと敬遠してたけど。あと、特に名前の一意性にこだわる大きな理由がなかったってのもある。

でも、プレゼンの中で語られてたInChiKeyっていう25文字のハッシュで構造をあらわすのはいいかも。RESTfulなサービス作る場合に便利じゃんと思ったら、既にDepth-Firstでふれられてた

主にparser,writerを実装するヒト向けのオープンなドキュメント作成のプロジェクトが立ち上がったようだ。素晴らしい。

HOP読んでて、なんか適当なParser書いてみたかったのでそのうちやってみようかな。

6.1 External R-Groups

Daylight proposed, and OpenEye actually implemented, an extension that specifies bonds to external R-groups. An external R-group is specified using ampersand '&' followed by a ring-closure specification (either a digit, or % and two digits). However, unlike ring-closures, the bond is to an external, unspecified R-group. Example: "n1c(&1)c(&2)cccc1" - 2,3-substituted pyridine.

これは知らなかった(やるなOpenEye)。

PerlMolに組み込んだら便利だろうな

なんかもう色々疲れたなぁと。

そしたら僕らはもう空を飛ばなくていいのフレーズが浮かんだ。

J
RATN(Riow Arai+Tujiko Noriko)
disque corde / ?円 ( 2005-08-20 )

• あともう一回だけ
• 僕らはもう空を飛ばなくていい
• わらうだけ

この3曲は素晴らしい。

Higher-order Perl 8章: Parser

HOPの8.2はatomとかsymbolがでてくる。これはlispで探すとわかりやすい説明がでてくるかなとググってみたら、

pdb.elっていうPDBのフォーマットを編集するEmacsのモードがヒットした。

Atom(原子)にシンボルか、確かに、、、、と妙に納得した。

Emacs 辞典 (DESKTOP REFERENCE)
佐藤 竜一
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elispはEmacs辞典が簡単にまとまっていてわかりやすい。S式とかAtomとか読み返したらちょっとわかった気がした。

chemoinformaticsっていうよりはChemistryに関わるデータとか情報をどうしていくかという話

Open Chemistry

まぁそうなるんだろうナァというような気はするけど。E-labnoteとかWikiとかそういう用途で使うのは力不足な気がするし、プロプライエタリなシステム作って専用クライアントでアクセスさせるビジネスモデルのところがやっても、なんか中途半端なもんになるよな普通。

ChemistryとかDrugDiscoveryに特化したWikiが欲しいと思う。

• 仙庭 - 「モテようとしてTaverna使っている男がいたんですよ～」
• 小野 - 「な～にぃ～?やっちまったな!!」
• 仙庭 - 「男は黙って」
• 小野 - 「シェルスクリプト！」
• 仙庭 - 「男は黙って」
• 小野 - 「シェルスクリプト！」
• 仙庭 - 「何時の時代だよ～」
• 小野 - 「次！」