chemoinformaticsにも使えそうなので色々読んでみている。

• Gaussian processes define a distribution over functions
• Dirichlet processes define a distribution over distributions

ぼんやりとした入門のそのまた入門の入り口ぐらいには立ったかなって感じ。CRPで遺伝子発現のクラスタリングをやっている論文があったので読む。

• Dirichlet Processes: Tutorial and Practical Course
• mots quotidiens.
• Ghahramani の UAI'05のスライド
• Dirichlet Process を用いた クラスタリング
• Clustering microarray gene expression data using weighted Chinese restaurant process
• Automated Discovery of Functional Generality of Human Gene Expression Programs

ディリクレ分布に関してはこの本見た。

パターン認識と機械学習 上 - ベイズ理論による統計的予測
C. M. ビショップ
シュプリンガー・ジャパン株式会社 / ￥ 6,825 ()
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今の仕事で、data preparationのための効率的な仕組み(インタラクティブなサービス)が必要だろうなぁと感じているので、8章のサービスのデザインが参考になった。

インタラクションデザインの教科書 (DESIGN IT! BOOKS)
Dan Saffer
毎日コミュニケーションズ / ￥ 2,940 ()
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• テスラーの複雑性保存の法則
  • プロセスにはそれ以上単純化できない「臨界点」があり、それ以降は本来備わっている複雑性を移動できるだけだ
• フィードフォワード
  • ”フィードフォワード制御”は、”フィードバック制御”とは異なり信号の流れが閉ループになっていない
• サファーの法則
  • サービスの中にコンテンツをつくるよりもデジタルサービスの形を作るほうが簡単である
• スパイム
  • space + time
  • 状況認識し、セルフモニタリングしつつ自動的にドキュメント化

デザイニング・インターフェースも併せて読むとおもしろい。

デザイニング・インターフェース ―パターンによる実践的インタラクションデザイン
Jenifer Tidwell
オライリー・ジャパン / ￥ 3,990 ()
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GFPは結晶構造がいくつか取られている。

RCSBのニュースレターで2003年のMolecule of the monthにあるよって出てたので。

アミノ酸だけで蛍光発色するってのが凄いよな（ポルフィリンとか遷移金属系のリガンドが入ってないってのが）

そういやkaedeも面白いよなぁ。

「サイエンス・ビジネスの挑戦 バイオ産業の失敗の本質を検証する」の読書メモをみたら気になったので読んだ。

サイエンス・ビジネスの挑戦 バイオ産業の失敗の本質を検証する
ゲイリー・P・ピサノ
日経BP社 / ￥ 2,310 ()
通常24時間以内に発送

• 人体を一つのシステム、医薬品をそのシステムを構成する部品と考えてみよう。人間の生物学的仕組みは、極めて複雑な上に、インテグラル型の性格が非常に強い。しかも、そのシステムはすべてあらかじめ決まっている。新薬開発に関わる科学者に、このシステムをモジュラー型に変える力はない。

• (コンビケムへの期待に対して)生理活性をもつ化合物の構造上の特性に関する化学者の知識が新薬開発のプロセスに欠かせないことが改めて明らかになった

情報の非対称性

情報の非対称性とは、売り手と買い手の間に情報量の格差が存在することである。このギャップが大きいほど知的財産の価値などについて双方が合意に達するのが難しい。

特に情報の非対称性に関してはレイヤーや業種に関わらず常につきまとう問題ですな。他には製薬が学際領域(且つビジネス)という業界なので現場にしか分からない感覚っていう部分において本書の主張とちょっと違うよなぁという部分があった。特にモジュラー、インテグラルに関していえば、技術はもっとインテグラルよりだ。つまり、技術は選択肢の一つに過ぎないし、やりたい実験に適合するかどうかで柔軟に選択しているので技術そのものに過度な期待をするわけではない（そこらはアナリストとは違ったところかと）

午前中はちょっと時間が空いてたのでなんか軽い本でもと、適当に読んでない本のなかからすぐ読めそうなものを引っ張りだしてきた。

iPS細胞ができた!―ひろがる人類の夢
山中 伸弥,畑中 正一
集英社 / ￥ 1,155 ()
通常24時間以内に発送

いわゆる対談。言葉使いとかみると、わりとそのままの発言を文にしたのかな?。わかるひとじゃないとわからない対話が盛り込まれてるわりには、注釈があまりついてないのでそう感じたけど、読み物として単純に面白い。

が、俗っぽい名前だけじゃなくて、オフィシャルシンボルとかRefseqとかへのなんらかの参照は用意すべきだろう。遺伝子関連シノニム多すぎ。といっても、一意なシンボル振る取り組みも難しいんだろうなー（よくわかります）

• SOX2
• Oct3/4
• Klf4

教えてgooにもあった

個々の遺伝子のそれっぽい機能（の文字表現）と表現系（の文字表現）をつなぐためには層化して組み上げていく方向が正しいいのかなぁ?なんてことを考えた時期も僕にもありました。だってデータベース集めても表現型との間には隔たりがありすぎじゃん。 と思う一方、遺伝子発現解析やったりとか、ドッキングシミュレーションとかやってると、生体はなんてよく制御されているだ！と感心させられることもあり、時間軸さえうまくとれば、モデル化なんか結構うまくいくんじゃないの？なんて思うこともあるわけで、、、、、

状態の巻き戻りが継続っぽい仕組みだったら面白かろうと思った。状態をもとの方向に辿るってのは結構大変だからなぁ。

あと、内容とは全然関係ないけど、トカゲはシッポ切ると骨は再生されないがイモリは手を切ったら骨まで生えるというまめ知識を得た。

PNEのバックナンバーが探せるってのが便利。早速自分の書いたやつを検索して「おーあるじゃん」とかやってみたり。

あと、OpenIDサーバーが立っていてなんじゃ?と思ってたら、研究開発創作日誌に書いてあった。

でも、IDの使い回し以外に他にもなんか考えているんだろうか？気になる。

AnnoCPANの論文版みたいなのできたらええかもしれんなぁといつも思うけど、OpenIDとか組み合わせるともっと面白いかもしれんなぁ。

YAPCのトーク聴いとけばよかったなぁ。

というわけでいまからニコニコで見る。

追記 08.06.03

AnnoCPANはCPANのPODにアノテーションつけられるサービスです。

論文もああいう風にパラグラフとかのもっと細かい単位でアノテーションつけたりできればよいんではなかろうかと思ってます。

IFは雑誌のおおざっぱな指標にしかならなくて、個々の記事の質はやっぱまちまちだからなーなんて思ったりしてるので、なんか適当にアイデンティティを保証さえできれば、どういう論文にどういうアノテーションをつけてるかとかで(アノテーター自体の)クオリティとか把握しやすいと思うんですよね。

あと、そういう場合にpagerank的なやり方でなんかファクター作れんのかなぁとかそういうことに興味があったりとか。

情報の可視化 - Ben Fry プレゼンテーションというエントリを見て、週末にプレゼン見てたのだけど、NatureのHAPMAPの号の表紙はBen Fryだったと知った。

chemoinformaticsでかっちょいい視覚化とかやりたい。

Visualizing Data
Ben Fry
Oreilly & Associates Inc / 3446円 ( 2007-12 )

Processing: A Programming Handbook for Visual Designers and Artists
Casey Reas
The MIT Press / 4950円 ( 2007-08-17 )

ずいぶん前に加速度センサでPyMolを動かしてみたことがあるんだけど、案の定、

細かい制御が出来ないから使えねーよな、プレゼンだったら別にいいんだけどよ

みたいなコメントが入っていて、やっぱワイヤレスなセンサーバーが欲しいなあと買ってしまった。

Wii用ワイヤレスセンサーバー『ワイヤレスセンサーバーW』

ゲームテック / ?円 ( 2007-07-31 )

これで、PyMolいじりだ。今回使用したMoleculeはMolecule of the MonthにのっていたAdrenergic Receptorsだ。ちなみに、僕はTopoisomerasesとかが気に入っているが。

IRセンサーのほうが位置を決めやすいので動かすのがやっぱ楽チン。

IRセンサーと加速度センサーの入力を取りたいだけだったらbluetoothでやりとりできるWiiコントローラのほうがGainerよりも楽だな。

PDBWikiというのが立ち上がったらしい。どういうアノテーションが溜まっていくのか興味あり。

とか書いてたら、MDとかMOとかのアノテーションがついた結晶構造のデータベースがあってもいいじゃないかと思った。PDBのデータを見ていて思うのはインタラクションに関するデータがないのがアレかなと思ってたりするので。リガンドとたんぱく質の相互作用に関する知識を深めていけるような何かがあればいいなぁ。

PDB-631Gプロジェクトとかそんなかんじの。

またはMolecule of the Month みたいな感じで、Interaction of the Monthとか。

えと、僕とボットしかいない職場のircですが、それだけだとさびしいので、smilesを打ち込んだらInchiを返す人口無能でもいれたろかと思ったがそれはあまりにも孤独すぎだろうと思いとどまった。むしろ、黒い独り言を垂れ流して、負のオーラで仲間をひきつけるチャンネルを作ろうとか（謎）

というより、頻度の高いニュースサイトなんかを流すと、にぎわっているようでよいのではないかと。というわけで、ちょっと前に見つけたnikkei_btjをircに流してみた、plaggerで。

plaggerの設定はirc.yamlを参考に書き換えるだけだった、お手軽！そしてnikkei_btj調子いいっす。感謝！