26102008 chemoinformatics work bioinformatics
今の仕事で、data preparationのための効率的な仕組み(インタラクティブなサービス)が必要だろうなぁと感じているので、8章のサービスのデザインが参考になった。
デザイニング・インターフェースも併せて読むとおもしろい。
16102008 bioinformatics
GFPは結晶構造がいくつか取られている。
RCSBのニュースレターで2003年のMolecule of the monthにあるよって出てたので。
アミノ酸だけで蛍光発色するってのが凄いよな（ポルフィリンとか遷移金属系のリガンドが入ってないってのが）
そういやkaedeも面白いよなぁ。
14102008 chemoinformatics bioinformatics
「サイエンス・ビジネスの挑戦 バイオ産業の失敗の本質を検証する」の読書メモをみたら気になったので読んだ。
人体を一つのシステム、医薬品をそのシステムを構成する部品と考えてみよう。人間の生物学的仕組みは、極めて複雑な上に、インテグラル型の性格が非常に強い。しかも、そのシステムはすべてあらかじめ決まっている。新薬開発に関わる科学者に、このシステムをモジュラー型に変える力はない。
(コンビケムへの期待に対して)生理活性をもつ化合物の構造上の特性に関する化学者の知識が新薬開発のプロセスに欠かせないことが改めて明らかになった
情報の非対称性とは、売り手と買い手の間に情報量の格差が存在することである。このギャップが大きいほど知的財産の価値などについて双方が合意に達するのが難しい。
特に情報の非対称性に関してはレイヤーや業種に関わらず常につきまとう問題ですな。他には製薬が学際領域(且つビジネス)という業界なので現場にしか分からない感覚っていう部分において本書の主張とちょっと違うよなぁという部分があった。特にモジュラー、インテグラルに関していえば、技術はもっとインテグラルよりだ。つまり、技術は選択肢の一つに過ぎないし、やりたい実験に適合するかどうかで柔軟に選択しているので技術そのものに過度な期待をするわけではない（そこらはアナリストとは違ったところかと）
23092008 bioinformatics
午前中はちょっと時間が空いてたのでなんか軽い本でもと、適当に読んでない本のなかからすぐ読めそうなものを引っ張りだしてきた。
いわゆる対談。言葉使いとかみると、わりとそのままの発言を文にしたのかな?。わかるひとじゃないとわからない対話が盛り込まれてるわりには、注釈があまりついてないのでそう感じたけど、読み物として単純に面白い。
が、俗っぽい名前だけじゃなくて、オフィシャルシンボルとかRefseqとかへのなんらかの参照は用意すべきだろう。遺伝子関連シノニム多すぎ。といっても、一意なシンボル振る取り組みも難しいんだろうなー（よくわかります）
個々の遺伝子のそれっぽい機能（の文字表現）と表現系（の文字表現）をつなぐためには層化して組み上げていく方向が正しいいのかなぁ?なんてことを考えた時期も僕にもありました。だってデータベース集めても表現型との間には隔たりがありすぎじゃん。 と思う一方、遺伝子発現解析やったりとか、ドッキングシミュレーションとかやってると、生体はなんてよく制御されているだ！と感心させられることもあり、時間軸さえうまくとれば、モデル化なんか結構うまくいくんじゃないの？なんて思うこともあるわけで、、、、、
状態の巻き戻りが継続っぽい仕組みだったら面白かろうと思った。状態をもとの方向に辿るってのは結構大変だからなぁ。
あと、内容とは全然関係ないけど、トカゲはシッポ切ると骨は再生されないがイモリは手を切ったら骨まで生えるというまめ知識を得た。
03062008 bioinformatics
PNEのバックナンバーが探せるってのが便利。早速自分の書いたやつを検索して「おーあるじゃん」とかやってみたり。
あと、OpenIDサーバーが立っていてなんじゃ?と思ってたら、研究開発創作日誌に書いてあった。
でも、IDの使い回し以外に他にもなんか考えているんだろうか？気になる。
AnnoCPANの論文版みたいなのできたらええかもしれんなぁといつも思うけど、OpenIDとか組み合わせるともっと面白いかもしれんなぁ。
YAPCのトーク聴いとけばよかったなぁ。
というわけでいまからニコニコで見る。
AnnoCPANはCPANのPODにアノテーションつけられるサービスです。
論文もああいう風にパラグラフとかのもっと細かい単位でアノテーションつけたりできればよいんではなかろうかと思ってます。
IFは雑誌のおおざっぱな指標にしかならなくて、個々の記事の質はやっぱまちまちだからなーなんて思ったりしてるので、なんか適当にアイデンティティを保証さえできれば、どういう論文にどういうアノテーションをつけてるかとかで(アノテーター自体の)クオリティとか把握しやすいと思うんですよね。
あと、そういう場合にpagerank的なやり方でなんかファクター作れんのかなぁとかそういうことに興味があったりとか。
26042008 bioinformatics
情報の可視化 - Ben Fry プレゼンテーションというエントリを見て、週末にプレゼン見てたのだけど、NatureのHAPMAPの号の表紙はBen Fryだったと知った。
chemoinformaticsでかっちょいい視覚化とかやりたい。
Processing: A Programming Handbook for Visual Designers and Artists13042008 chemoinformatics bioinformatics wii
ずいぶん前に加速度センサでPyMolを動かしてみたことがあるんだけど、案の定、
細かい制御が出来ないから使えねーよな、プレゼンだったら別にいいんだけどよ
みたいなコメントが入っていて、やっぱワイヤレスなセンサーバーが欲しいなあと買ってしまった。
これで、PyMolいじりだ。今回使用したMoleculeはMolecule of the MonthにのっていたAdrenergic Receptorsだ。ちなみに、僕はTopoisomerasesとかが気に入っているが。
IRセンサーのほうが位置を決めやすいので動かすのがやっぱ楽チン。
IRセンサーと加速度センサーの入力を取りたいだけだったらbluetoothでやりとりできるWiiコントローラのほうがGainerよりも楽だな。
08042008 chemoinformatics bioinformatics
PDBWikiというのが立ち上がったらしい。どういうアノテーションが溜まっていくのか興味あり。
とか書いてたら、MDとかMOとかのアノテーションがついた結晶構造のデータベースがあってもいいじゃないかと思った。PDBのデータを見ていて思うのはインタラクションに関するデータがないのがアレかなと思ってたりするので。リガンドとたんぱく質の相互作用に関する知識を深めていけるような何かがあればいいなぁ。
PDB-631Gプロジェクトとかそんなかんじの。
またはMolecule of the Month みたいな感じで、Interaction of the Monthとか。
02042008 bioinformatics plagger
えと、僕とボットしかいない職場のircですが、それだけだとさびしいので、smilesを打ち込んだらInchiを返す人口無能でもいれたろかと思ったがそれはあまりにも孤独すぎだろうと思いとどまった。むしろ、黒い独り言を垂れ流して、負のオーラで仲間をひきつけるチャンネルを作ろうとか（謎）
というより、頻度の高いニュースサイトなんかを流すと、にぎわっているようでよいのではないかと。というわけで、ちょっと前に見つけたnikkei_btjをircに流してみた、plaggerで。
plaggerの設定はirc.yamlを参考に書き換えるだけだった、お手軽！そしてnikkei_btj調子いいっす。感謝！
18032008 chemoinformatics perl bioinformatics
文献はpdfを自作のイントラソーシャルブックマークサービスっぽいのを使って管理しているのだけど、pubmedにのるよりもペーパーの方が早かったりすることのほうが多く、pmidをつけることが出来なくてもどかしい思いをしてばかりいる。
インタラクションデザインの教科書 (DESIGN IT! BOOKS)
デザイニング・インターフェース ―パターンによる実践的インタラクションデザイン
サイエンス・ビジネスの挑戦 バイオ産業の失敗の本質を検証する
iPS細胞ができた!―ひろがる人類の夢
Visualizing Data
Wii用ワイヤレスセンサーバー『ワイヤレスセンサーバーW』use strict;
use warnings;
use CAM::PDF;
my $pdfname = $ARGV[0];
my $pdf = CAM::PDF->new($pdfname);
my $page1 = $pdf->getPageContent(1);
my ($result) = $page1 =~ m!\d+\.\d+\/.+?(?=\))!gx;
print $result if $result;
抽出したdoiをeutilsに問い合わせて、あとは適度な塩加減を加えつつゴニョルとよさげ。
で、そのソーシャルブックマークサービスはpmidをプライマリキーにしてるもんだから始末に負えない、というかそのうち、匠的にリフォームする気概で、今日もだましだまし使った。