バイオインフォだけだと片手落ちの気がする。表紙はケクレ構造にちなんで亀でお願いしたい。

バイオインフォマティクスのためのPerl入門
水島 洋
オライリー・ジャパン / ￥ 5,040 ()

実践 バイオインフォマティクス -ゲノム研究のためのコンピュータスキル-
Cynthia Gibas,Per Jambeck
オライリー・ジャパン / ￥ 4,410 ()

今のCPUとかmemoryの状況でLLで量子化学とか、かなりアリだと思うんだけどなぁ。pyquanteとかやばいでしょう。

ドッキングシミュレーション関係の本だろうか。

タンパク質計算科学 ―基礎と創薬への応用― [CD-ROM付]
神谷 成敏
共立出版 / 5040円 ( 2009-08-25 )

あとGaussian

Gaussianプログラムによる量子化学計算マニュアル 計算入力法から実験値との比較まで

丸善 / 3675円 ( 2009-07-24 )

Gaussianは使ってないのでこっちはあまり興味をそそられないが。

trunk(Rev: 3829)をDLしてきてコンパイル

svn co https://pymol.svn.sourceforge.net/svnroot/pymol/trunk pymol

freetypeがらみのヘッダーがないとかいうエラーがでてきたので

cd /usr/X11R6/include
sudo ln -s freetype2/freetype freetype

とsymbolic link張って解決

Bioinformatics Programming Using Python
Mitchell L. Model
Oreilly & Associates Inc / 5075円 ( 2009-12-23 )

コマンドラインでタンパク質のポケットを探索してくれる。

fpocket

論文によるとVoronoi tesselationをつかってalpha sphere detectionをやるみたい。

1R39に対して試してみた。

実行は

fpocket -f 1R39.pdb

と叩けば、ディレクトリが出来てPyMol,VMD用のファイルが出力される。

意外に家でBLASTかけないなぁ。 でもmacbookにも入れておこうと思った。そうすることでATGCの管理もできる？

sudo port install ncbi_tools
sudo port install EMBOSS

Structural Bioinformatics

Wiley–Blackwell / ￥ 10,215 ()
通常9～12日以内に発送

オープンソースで学ぶバイオインフォマティクス

東京電機大学出版局 / ￥ 4,095 ()
在庫あり。

Chemistry::RECAPをGitHubに置けばいいんじゃないか、なんて思いユーザー登録した。

macbookで作業していて、

$ ssh git@github.com
Hi kzfm! You've successfully authenticated, but GitHub does not provide shell access.

と出るのだけど、実際にpushしてみると

$ git push origin master
Repository not found. If you've just created it, please try again in a few seconds.
fatal: The remote end hung up unexpectedly

と言われて全然先にすすまない。あーだこーだと2時間くらい格闘していて、いい加減嫌になってきた。

試しにfedora8の入ったlinuxからだとgit pushがあっさり通った。あーなにがいけないんだろうか？macbookからpushできないと困るなぁ。

あと、bioperlのMoose版プロジェクトを発見。bioperlのwikiにもあった。

あとでチェックする。

献本していただいた。

これも欲しいかも

Building Bioinformatics Solutions: With Perl, R and Mysql
Conrad Bessant
Oxford Univ Pr (Txt) / 5352円 ( 2009-02-28 )

cranebirdの日記で知った。

Principles of Biomedical Informatics
Ira J. Kalet PhD
Academic Press / 8335円 ( 2008-10-15 )

bioinformaticsじゃなくてbiomedical、しかもlispなのがそそる。すごく欲しい

chemoinformaticsにも使えそうなので色々読んでみている。

• Gaussian processes define a distribution over functions
• Dirichlet processes define a distribution over distributions

ぼんやりとした入門のそのまた入門の入り口ぐらいには立ったかなって感じ。CRPで遺伝子発現のクラスタリングをやっている論文があったので読む。

• Dirichlet Processes: Tutorial and Practical Course
• mots quotidiens.
• Ghahramani の UAI'05のスライド
• Dirichlet Process を用いた クラスタリング
• Clustering microarray gene expression data using weighted Chinese restaurant process
• Automated Discovery of Functional Generality of Human Gene Expression Programs

ディリクレ分布に関してはこの本見た。

パターン認識と機械学習 上 - ベイズ理論による統計的予測
C. M. ビショップ
シュプリンガー・ジャパン株式会社 / ￥ 6,825 ()
通常24時間以内に発送