NARのWeb Server issueを眺めてたらBioNMFというサービスをみつけた(SOAPでアクセスもできるようだ)。

Nonnegative matrix factorization(NMF)に関しては集合知プログラミングに書いてあるし、コード量も多くないので自分で書いたほうが自由に使えて良いような気もするが。

集合知プログラミング
Toby Segaran
オライリージャパン / ￥ 3,570 ()
在庫あり。

ところで、参考にあったpdfによると、ユークリッド距離の他にKullback-Leibler divergenceでの求めかたも書いてあったんだけど、これってどういう場合に使うといいのかいまいちわからん。

なんか具体的な適用事例はないのかなぁ。

バイオインフォだけだと片手落ちの気がする。表紙はケクレ構造にちなんで亀でお願いしたい。

バイオインフォマティクスのためのPerl入門
水島 洋
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実践 バイオインフォマティクス -ゲノム研究のためのコンピュータスキル-
Cynthia Gibas,Per Jambeck
オライリー・ジャパン / ￥ 4,410 ()

今のCPUとかmemoryの状況でLLで量子化学とか、かなりアリだと思うんだけどなぁ。pyquanteとかやばいでしょう。

ドッキングシミュレーション関係の本だろうか。

タンパク質計算科学 ―基礎と創薬への応用― [CD-ROM付]
神谷 成敏
共立出版 / 5040円 ( 2009-08-25 )

あとGaussian

Gaussianプログラムによる量子化学計算マニュアル 計算入力法から実験値との比較まで

丸善 / 3675円 ( 2009-07-24 )

Gaussianは使ってないのでこっちはあまり興味をそそられないが。

trunk(Rev: 3829)をDLしてきてコンパイル

svn co https://pymol.svn.sourceforge.net/svnroot/pymol/trunk pymol

freetypeがらみのヘッダーがないとかいうエラーがでてきたので

cd /usr/X11R6/include
sudo ln -s freetype2/freetype freetype

とsymbolic link張って解決

Bioinformatics Programming Using Python
Mitchell L. Model
Oreilly & Associates Inc / 5075円 ( 2009-12-23 )

コマンドラインでタンパク質のポケットを探索してくれる。

fpocket

論文によるとVoronoi tesselationをつかってalpha sphere detectionをやるみたい。

1R39に対して試してみた。

実行は

fpocket -f 1R39.pdb

と叩けば、ディレクトリが出来てPyMol,VMD用のファイルが出力される。

意外に家でBLASTかけないなぁ。 でもmacbookにも入れておこうと思った。そうすることでATGCの管理もできる？

sudo port install ncbi_tools
sudo port install EMBOSS

Structural Bioinformatics

Wiley–Blackwell / ￥ 10,215 ()
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オープンソースで学ぶバイオインフォマティクス

東京電機大学出版局 / ￥ 4,095 ()
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Chemistry::RECAPをGitHubに置けばいいんじゃないか、なんて思いユーザー登録した。

macbookで作業していて、

$ ssh git@github.com
Hi kzfm! You've successfully authenticated, but GitHub does not provide shell access.

と出るのだけど、実際にpushしてみると

$ git push origin master
Repository not found. If you've just created it, please try again in a few seconds.
fatal: The remote end hung up unexpectedly

と言われて全然先にすすまない。あーだこーだと2時間くらい格闘していて、いい加減嫌になってきた。

試しにfedora8の入ったlinuxからだとgit pushがあっさり通った。あーなにがいけないんだろうか？macbookからpushできないと困るなぁ。

あと、bioperlのMoose版プロジェクトを発見。bioperlのwikiにもあった。

あとでチェックする。

献本していただいた。

これも欲しいかも

Building Bioinformatics Solutions: With Perl, R and Mysql
Conrad Bessant
Oxford Univ Pr (Txt) / 5352円 ( 2009-02-28 )

cranebirdの日記で知った。

Principles of Biomedical Informatics
Ira J. Kalet PhD
Academic Press / 8335円 ( 2008-10-15 )

bioinformaticsじゃなくてbiomedical、しかもlispなのがそそる。すごく欲しい