Drkcore

01062016 Linux

Fastladder入れてる仮想環境のHDDの容量が足りなくなったので拡張した

もともと10GのHDDで仮想環境(KVM)作ったけど溢れてしまったので拡張した。

ほぼまるごと「KVMでVMにHDD追加」を参考にした

あとは色々調べるのはvgscan, lvscan, pvscanとscan系のコマンドを使えばいい。最近(4,5年前)のFedoraはデフォルトがLVMなので容量追加とか簡単で助かる。

01062016 chemoinformatics deeplearning

PyData2016で Deep Learning for QSARという発表があった

slideもあったけど肝心な部分が抜けているので動画を見たほうが面白いです。

10分ぐらい

部分構造の高次表現としてpharmacophoreとして記述されるみたいな感じのスライドがあったけどpharmacophoreは特徴間の距離が非常に重要なのでBoW的な特徴ベクトルでは表現出来ないと思う。n-gram的な考え方を取り入れないと難しいと思っている。でもそれって5-10word離れている単語の関係を評価していくってことだからコスト高なんだよね

22分くらい

chemoinformaticsで目玉焼き

深いニューラルネットワークで特徴抽出っていうのが、chemoinformaticsの文脈だと「フラグメントからファーマコフフォア構築」というのはその通りだと思うんだけど、それがBoW的なECFP4みたいなフィンガープリントでいいのだろうか？pharmacophoreとかCoMFA,CoMSIAみたいな表現に向かうような記述子で出発しないといけないんじゃないかなーと思う。

あとタンパク質とリガンドの相互作用、特に電荷の移動という特徴を持たせられないのも今の記述子の問題ではあると思う。

画像認識と分子認識は色々違うからね。

29052016 chemoinformatics bioinformatics

Mishima.syk #8やりました

発表者のみなさん、参加者のみなさんお疲れ様でした。そして急遽幹事を引き受けてくださった@no85jさんありがとうございました。

今回は日程決定後に僕の都合が悪くなってしまったり、前日にハンズオンの発表者が入院したりとバタバタでしたがｗ次回はハンズオンの続きをやる予定です。

懇親会はバルイベントに。もともとのサイトが失効して怪しいサイトになってたり、バルといいつつ、チケットで下着(74)とかサンダル(67)が買えたりと「パンツを肴に飲めっていう深いメッセージか？」みたいなごちゃごちゃ感のあるバルだったけど。かなり楽しめたので良しとしよう。

途中ご当地アイドルとそれに群がるファンみたいなのが居て、ほうこれがヲタ芸ってやつかと感心していたら、あれは動きが全然足らないからヲタ芸未満だと詳しいヒトがバッサリ切り捨てていた。ご当地ヲタ芸が認められるようにヲタの人達もっと頑張ってくださいと思った（余談）。

参加したお店

一軒目　とりう(69)

とり天とビール。美味しかった

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二軒目　Vanzo

なかなか洒落た店内。ワインと肉

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三軒目　半蔵２

白隠ハイボールと海豚ベーコン。海豚は本当に癖のある匂いだった。これは好き嫌い激しいと思う。海豚刺しはもっと強烈に臭いらしい。二次会のネタになったので良しとしよう。もう一回食べるかと言われたら遠慮する。

みりん干しとかちゃんと匂い消しをしたものは美味しいらしいです。三島に住んでた頃はスーパーによく並んでたけど、富士の方ではみかけないなぁ。

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二次会はうさぎの木

一次会の感想戦とか色々楽しくおしゃべり出来て満足。

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ここでも肉とかアヒージョを堪能した。

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肉の流れで反省会は鈴木屋に決定しましたｗ

29052016 Python

TDnet? 強いよね…

TDnet? 強いよね…右クリック禁止,jsでHTML組み立て、iframeつかいまくり、button要素でクリック阻止とすきがないね。でも俺は負けないよ。どm、DOMたちが躍動する俺のseleniumを皆さんに見せたいね

というわけで東証のサービスをスクレイピングしたい案件が発生したのだけど、あのサイトあれだった。一応個人でRSS化しているヒトはいたのだけど、今回は色々あって自分で頑張ってみた。

input要素ではなくbutton要素でクリックしてsubmitする感じになっていたのでsend_keys(Keys.RETURN)
iframeの内部には普通にはアクセス出来ないのでswitch_to_frameで移動する必要がある

コードを一部抜粋

def access(self, code):
    url = "https://www.release.tdnet.info/index.html"
    self.driver.get(url)
    iframe = self.driver.find_element_by_tag_name("iframe")
    self.driver.switch_to_frame(iframe)
    self.driver.find_element_by_name("q").send_keys("{}0".format(code))
    self.driver.find_element_by_name("q").send_keys(Keys.RETURN)
    time.sleep(2)
    results = []
    try:                                                                                                                                                          
        result_frame = self.driver.find_element_by_name("mainlist")
        self.driver.switch_to_frame(result_frame)
        main_table = self.driver.find_element_by_id("maintable")
        for tr in main_table.find_elements_by_tag_name("tr"):
            company_name = tr.find_element_by_class_name("companyname").text
            published = tr.find_element_by_class_name("time").text
            t = tr.find_element_by_class_name("title")
            title = t.find_element_by_tag_name("a").text
            url = t.find_element_by_tag_name("a").get_attribute("href")
            results.append({"company_name": company_name,
                            "published": published,
                            "title": title,
                            "url": url})
        return results
    except WebDriverException:
        logging.debug("{} not found".format(code))
        return results