肉まんの具に新たなアイデアを取り入れたいと思い読んでみた。

中華系の饅頭はイーストでの発酵で膨らますのに対しおやきはベーキングパウダーか（もしくは入れない）という感じらしい。

具材にナスはそそられる。あとリンゴとクリームチーズとか。あとはアンコとバナナ

信州おやき巡り
小出 陽子 編著
川辺書林 / 1620円 ( 2013-03-08 )

松本に行ったら寄りたい店があった。

いつもMemoryしか使ってないんだけど、dump, load使ってみたら便利だったので次回からはこっち使う。

例えばpickleを使って永続化する場合

import pickle
test_dict = {"one": 1, "two": 2, "three": 3}

with open("test.dump2", mode='wb') as f:
    pickle.dump(test_dict, f)

with open("test.dump2", mode='rb') as f:
    print pickle.load(f)

と書かなきゃいけないところをjoblibだと

import joblib
test_dict = {"one": 1, "two": 2, "three": 3}

joblib.dump(test_dict, "test.dump")
print joblib.load("test.dump")

と書けるわけです。素敵。

起動する度に出るのは嫌なので、探ったらここと一緒の部分だった。

多分このmacbookに「バッテリーの交換修理」という警告が出ているせいだろう…

そろそろ4年目だし、買い替えたいなぁ。でも新モデルまだでないんだよねー

職場のLinuxはzsh使っているんだけど、家のmacはbashを使っている。そしてこんな感じの設定をして快適に使っていたがEl Capitanにアップグレードしたらhistoryが効かなくなった（相当前のことだけど）

最近まであまりコード書いてなかったから不便はあってもイラつくことはなかったけど、コード書き始めるとこれが気になって気になって仕方ないｗ

• Bash History Not Preserved Between Terminal Sessions on Mac

ホームディレクトリに.bash_sessions_disableっていうファイルを作ればいいらしい。

つまり

touch ~/.bash_sessions_disable

って打つだけ。あとはターミナルを新規に開けばOK

なんじゃそりゃ

虫垂炎を薬で散らそうとしてるけど、微熱は続いてるし無理かも。

• フロモックス
• ムコスタ
• ロキソニン

おくすり110番だとよくわからん部分が多いので添付文書

• フロモックス
• ムコスタ
• ロキソニン

requests+pyqueryで文字列の扱いに悩まされるのは主に二箇所ある。そしてその組み合わせのエラーが出るので悩ましい。

一点目はrequestsでの文字化け

requestsでcontentとtextの違いはtextはr.encodingでdecodeされたunicode文字列だということだ。なので正しくデコードされたunicode文字列を推定できればrequestsでの文字化け問題は解決する

だが常にunicode文字列をpyqueryに渡せばOKかというとそうでもない。

Unicode文字列をpyqueryに渡すと起きるエラー(Unicode strings with encoding declaration are not supported.)

常にUnicode文字列を渡すようにすると Unicode strings with encoding declaration are not supported. というエラーが散見されるようになる。これはpyqueryが内部的に使っているlxmlがヘッダーにエンコーディングが指定しているHTMLを渡すとそれにあわせてデコードしようとするらしく、既にユニコード文字列化されたHTMLもその作法にしたがってエラーになるというものだ。

というわけでこの場合はもとのstr文字列を渡さないといけないらしい。

これが結構面倒くさい。requestsでヘッダーにエンコーディングが指定されているかどうか知るオプションあるんかね？

なったというか現在進行形だが。

金曜日の深夜に痛みで起きてからほとんど眠れなかった。次の日の朝に診察してもらったけど、初期の虫垂炎だった。初期であの痛みってことは進行したらどんだけキツイんだろうか？

医者には切除を薦められたけどとりあえず薬で散らす方向で様子を見ることにした。

治らないようだったら入院だろうから、読書用の小説とかたくさん買っておこうかなぁと。

「僕だけがいない街」のさわりが知りたくて1巻を買って読んだらいつの間にか全巻揃えていてしかも読みきっていたという…

Kindle恐るべし

僕だけがいない街(1)<僕だけがいない街> (角川コミックス・エース)
三部 けい
KADOKAWA / 角川書店 / ?円 ( 2013-05-18 )

僕だけがいない街(2)<僕だけがいない街> (角川コミックス・エース)
三部 けい
KADOKAWA / 角川書店 / ?円 ( 2013-07-10 )

僕だけがいない街(3)<僕だけがいない街> (角川コミックス・エース)
三部 けい
KADOKAWA / 角川書店 / ?円 ( 2014-01-04 )

僕だけがいない街(4)<僕だけがいない街> (角川コミックス・エース)
三部 けい
KADOKAWA / 角川書店 / ?円 ( 2014-06-04 )

僕だけがいない街(5)<僕だけがいない街> (角川コミックス・エース)
三部 けい
KADOKAWA / 角川書店 / ?円 ( 2014-12-29 )

僕だけがいない街(6)<僕だけがいない街> (角川コミックス・エース)
三部 けい
KADOKAWA / 角川書店 / ?円 ( 2015-07-04 )

僕だけがいない街(7)<僕だけがいない街> (角川コミックス・エース)
三部 けい
KADOKAWA / 角川書店 / ?円 ( 2015-12-26 )

僕だけがいない街(8)<僕だけがいない街> (角川コミックス・エース)
三部 けい
KADOKAWA / 角川書店 / ?円 ( 2016-04-27 )

行ったら同級生が一人しかいなかったというｗ

お昼は丸太町の花ももですだち蕎麦。これは美味しかった。お酒も飲みたいくらいｗ

夜はつくね製作所で。日本酒から入ったんだけど、懇親会で飲んでたからあまり入らなかった。

二枚目の写真が酒の肴としては最高だったがちょっと濃かった

次の日は今回の旅のメインの鯖寿司を求めてぐるっと一周

お昼はひさしぶりにますたにで。

家に帰ってから鯖寿司三種食べ比べ。鱧寿司も買うべきだったんだろうけど、予算オーバーｗ ボーナス出たら季凛さんに鱧コース食べに行こうっとｗ

• 八瀬大岩 出町店
• いづ重
• 伊豫又

お酒はKIDスパークリング（父の日だったからｗ）

先日Deep Learning創薬の駄文をのせてみたが、

深いニューラルネットワークで特徴抽出っていうのが、chemoinformaticsの文脈だと「フラグメントからファーマコフフォア構築」というのはその通りだと思うんだけど、それがBoW的なECFP4みたいなフィンガープリントでいいのだろうか？pharmacophoreとかCoMFA,CoMSIAみたいな表現に向かうような記述子で出発しないといけないんじゃないかなーと思う

以前@iwatobipenが触れていたNeuralFingerPrintもECFPの特徴抽出プロセスと類似の方法で距離を考慮してないからファーマコフォアにはいたらないと思う。精度がいいのは分散表現のところではないかなぁと思っている（つまり以下の説明）。

Standard fingerprints encode each possible fragment completely distinctly, with no notion of similarity between fragments. In contrast, each feature of a neural graph fingerprint can be activated by similar but distinct molecular fragments, making the feature representation more meaningful.

実際溶解性みたいな分子全体の特徴が重要な場合の予測は非常に改善されているが、薬理活性みたいな分子認識が重要なファクターになっているものはあんまり改善してないように思う。GitHubに実装があるし、精度もいいから予測モデル作る場合にはこれを使うけどね。

ここらへんも似た感じだと思う。如何にもトキシコフォアとかファーマコフォアが学習されるようなFigureが載ってるけど、Catalystとか使ってファーマコフォアモデルを組み立てたり、ドッキングシミュレーションをやりまくった経験からはこれは誤解されそうな説明だなぁと思った。

• Toxicity Prediction using Deep Learning
• Deep Learning as an Opportunity in Virtual Screening

で本題。最近Molecular Graph Convolutions: Moving Beyond Fingerprintsという意欲作を読んで感動した。

ここまで書いたら中身の説明を書くのに疲れちゃったので興味のある方は是非読みましょう。著者もGoogleとStanfordの人だし、pubmedで出てこなかったらノーマークだったわ。

化合物(グラフとしての)の不変性を獲得するようなCNNのやり方参考になったがプーリングがsumっていうのがそれでいいのかなぁと思った。

f is a learned linear operator with a rectified linear activation function and g is a sum.

ファーマコフォアが記述できるようなDNNの方法ができれば、精度上がるだろうから、測定データさえ増やせるのなら有望じゃないかと思う。

さらにその結果からドッキングシミュレーションの評価関数を作れるだろうから、それを使ってリードホッピングにトライしてもいいから夢が広がる。

ドッキングの精度が高ければモデルでFMO実行してもそれなりに正しそうな結果が出るだろうから、結晶に頼らなくてもモデリングでいけそうだしな。

• これだっけ？

企業のプレスリリースをテキストマイニングしようと思うと色々大変なわけだ。そもそもプレスリリースの媒体がpdfを想定されているために、タイトルのみ本文無しという潔いRSSが多いしそういうのは購読しても嬉しくない。

というわけでプレスリリース一覧のページからpdfのURLを抜き出してpdfminerかましてデータ抽出やらないといけないしそっちのほうが逆に構造化されていてスクレイプしやすかったりする。

で、PyQueryを使ってガリガリやっていたのだが、何故かスクレイプできないサイトがあった。BeautifulSoupではちゃんとスクレイピング出来たのでエラーの原因が気になって調べてみたのでメモっておく

普通にrequestsでHTMLを取ってきてPyQueryに渡してやると :::sh >>> from pyquery import PyQuery as pq >>> import requests >>> tgpr = "http://www.transgenic.co.jp/pressrelease/" >>> d1 = pq(requests.get(tgpr).content) >>> d1 [<{http://www.w3.org/1999/xhtml}html>] >>> d1("a") []

aタグが一件も見つからない。しかし、urlオプションに直接サイトのURLを指定するときちんとparseされている

>>> pq(url="http://www.transgenic.co.jp/pressrelease/")
[<html>]
>>> d2 = pq(url="http://www.transgenic.co.jp/pressrelease/")
>>> len(d2("a"))
71

なんだこれは？となったのでドキュメントを漁ったらxmlパーサーでパースしてみてだめだったらhtmlパーサー使うぜって書いてあったので強引にxmlパーサーでparseさせてみた。

>>> d3 = pq(url="http://www.transgenic.co.jp/pressrelease/", parser="xml")
>>> d3
[<{http://www.w3.org/1999/xhtml}html>]
>>> len(d3("a"))
0

というわけで文字列を渡すときにはなぜかhtmlのパーサーでparseされていないっぽい。これはコードを追うべきですな。

67行目のetree.XMLSyntaxErrorという例外が投げられてないのではないかということになった。

まぁ別にわざわざrequests使う必要もないのでurlオプションにURL渡せばいいんだけどね。