27 11 2016 chemoinformatics tensorflow Tweet
次回のMishima.sykまで2週間を切りました。そろそろハンズオンの準備を開始しています。
尚、ハンズオンでは作業環境を揃えるために事前準備が必要なのでよろしくお願いします。一応cloud9でもいけるように用意しているそうなのでネットに繋げさえすればOKみたいですが。
さて、ハンズオンのためにサンプルデータを選ばなきゃいけないんだけど、ChEMBLからアッセイ系選んで含まれている全ての化合物情報をsdfでダウンロードしたけど属性に活性値が付いてなかった。
アレレのレですよ。
なんかやり方あると思うんだけど、とりあえずはpychembldbで活性値付きのsdfを出力するようなものを作った。しかも自分の中で最近ブームが来まくり100％中の100%なclickを使ってコマンドにしてみた。
from rdkit import Chem from pychembldb import * import click @click.command() @click.argument("chembl_id") def chemblid2sdf(chembl_id): assay = chembldb.query(Assay).filter_by(chembl_id=chembl_id).first() w = Chem.SDWriter("{}.sdf".format(chembl_id)) for activity in assay.activities: m = Chem.MolFromMolBlock(activity.compound.molecule.structure.molfile) act = activity.standard_value m.SetProp("ACTIVITY", str(act)) w.write(m) if __name__ == '__main__': chemblid2sdf()
尚、幽遊白書コラボでモンストに戻ってみたけど、持てる（無料）オーブの全てをつぎ込んだけど、ガチャは飛影しか出ないし戸愚呂100%中の100%は3ステージくらいまでしか進めないしで心が折れた。
心が折れたといえば、ポケモンGoも寒すぎて歩く気力も削がれた上にレベル31で飽きが来た。メタモンは取ったけど…