CGIwithRで十分なような気もするが、こういったものも試す必要があるかな？WEBアプリだとSOAPでいいんでないとか思うが。

Rserve - TCP/IP interface to R - RoSuDa - Lehrstuhl f

Rserve is a TCP/IP server which allows other programs to use facilities of R (see www.r-project.org) from various languages without the need to initialize R or link against R library. Every connection has a separate workspace and working directory. Client-side implementations are available for popular languages such as C/C++ and Java. Rserve supports remote connection, authentication and file transfer. Typical use is to integrate R backend for computation of statstical models, plots etc. in other applications.

dW : Linux : データ解析言語Rによる統計的プログラミング: 第2回　機能プログラミングとデータ操作

Rは無料ソフトとしてリリースされている、機能豊富な統計環境 です。この記事ではDavidとBradが3回シリーズの第2回として、このRの紹介を続けます。前回の記事でデータが整ったので、今回はこの言語の機能に入り込みます。

本になっていたのね。 九天はRネタ多いような気がするが気のせい？

The R tips―データ解析環境Rの基本技・グラフィックス活用集
	舟尾 暢男 九天社 2005-02 売り上げランキング : 3,960 おすすめ平均 Ｒ入門書の決定版 Amazonで詳しく見る by G-Tools

Ajaxに関する分かりやすい説明。

Ajax: Web アプリケーション開発の新しいアプローチ

Ajax は技術そのものではない。それは、それぞれに繁栄している様々な技術を、新しいやり方で強力に組み合わせることなのだ。Ajax は次の技術の組み合わせである。

* XHTML と CSS を用いた、Web 標準に基づくプレゼンテーション
* Document Object Model によるダイナミックな表示と相互作用
* XML と XSLT による、データの変換や操作
* XMLHttpRequest による、データの非同期的な取得
* それらを JavaScript によって結びつける</blockquote>

バイオインフォとかケモインフォにとっても凄く有用でしょう。

実装が貧弱で、こんな遅いのアリ？みたいなアプリは結構あるしな（しかもいい値段ついてるし、、、）

Wema絡みで、Markdown記法をよく使うようになったんだが、pukiwikiはなかなか覚えない（っつーか覚える気がない）のはなんでだろか？とか思ってたら、まぁこういう事なのかナァと納得してみたり。

てくのーと

結局ブレークするというのは乱暴に言うと「猫も杓子も使いだす」ということだ（ブレイクした、と言われるブログ界隈を見れば一目瞭然）。そして、この猫とか杓子とかは「もっともさ」には余り興味がなくて、「なんか面白そうな事」を「ゆる〜く」出来れば満足なのである。一見双子のように似ていながら、その思想背景がWiki文法とMarkdownで対照的なのは、Markdownが元々MovableTypeの記述用プラグインとして開発されたという出自を考えるとさもありなんと思える。Markdownは「情報を余計な装飾無く書き留める」記法なのではなくて、「楽にブログのエントリーを書くため」の記法なのだ。

もともと、viでHTML書くことには慣れているので、新しい文法覚えるほうが苦痛だったり。というわけで、痒いところに手が届く程度の拡張みたいなもんのほうが嬉しいんで、markdownはワタクシのニーズにマッチしたのでしょう。というわけで、blosxomにも入れておいた。

さて、ワタクシ、付箋紙ソフト大好きで、仕事リストだとか、（他人の）仕事させリストだとか、定期報告用にファイル開いたり(cron代わり)という用途で、ずっとシン覚え書きを使っていますが、もっとネット寄りの付箋紙ソフトとしてwemaが定着しつつあります。

今、一番頻度が高いのがiTunesでネットラジオをかけながら「おっ」と思ったものをG-toolsつかってHTML出力して、コメントいれて貼っておく事だヨ。

ちなみにmy一番人気はnetmusiqueのJAZZMUSIQUEだ。

• http://stella.cocolog-nifty.com/starchartlog/2004/08/markdown.html
• http://hail2u.net/blog/software/markdown.html
• http://daringfireball.net/projects/markdown/

やっぱ、「暗黙知の共有」が一番おもろいよね～と思うことしばしば。

ってことで、ごく限られたチームの中で hubmedとか使えないかナァと思ったり。 これとblosxomを組み合わせて適当にプラグイン入れれば何かがokな感じもするので、やってみようかなぁと思ったりするわけだヨ。

てくのーと

そんなわけで実装もドキュメントも進まず。まあ実装の方は今月はバグ取りとmod_ruby,WEBrick対応くらいだなあ。

で、小ネタを一つ。Wikiばなではやりそこねんだけど、実はwemaにはTrackBack受信機能がプラグインとして(試験的に)実装されてます。

my wemaにトラックバックしてみたらイイ感じ。

wemaでトラバをして、面白いのは画面の位置に意味がある場合かなぁ。例えば、縦軸にdark-light,横軸にnegative-positiveをとって、位置を指定して音ねたをトラバ出来るとか。まぁこれはlivedoormapみたいな思想か。

でもマップ自体は、地図じゃなくても、みんなの意識を相対的にクリップできるものであればなんでもいいからなぁ。そうすっと、wemaの背景は、ページ内の位置とか距離に意味をもたせることの何かになるのかな。

というわけで、ページごとに背景の切り替えなんか出来たらうれしいと思ってみたり。

amazonの購入したいCDリストなんかもはっつけておこうかと思ってます。買いたいものはいっぱいあって、お小遣いの少ないワタクシとしては、どのタイミングでアイテムをゲットするかというポートフォリオが重要なんだ。

• http://trying.lomo.jp/archives/000345.html
• http://www.ringolab.com/note/daiya/archives/001914.html

wema2.0.1

気になる変更点

• Ajaxを使った付箋の位置自動保存と編集プレビュー
• wema1記法でhttpsのリンクと、画像表示を可能に

後で入れて試してみよう。

サーバーに入れているRのバージョンを2.0.0にあげてみた。さらに、R上からコマンド打ってCGIに対応させておく。

install.packages("CGIwithR")

と同時にR NewsにThe Value of R for Preclinical Statisticiansっていう記事があったので眺めていたら、Molcular Modelingっていう章があって、なんじゃ？と思って読んだら、active inactiveの予測の話だった。

で、RでQSAR用のパッケージあんのかなと思ってpackage QSAR Rで調べたら、なかなか面白そうなサイトが引っかかった。

blastからfastaを出力するプログラム欲しいってことで自分で書いてみた。

最初はGetoptモジュール使ってちゃんとやろうと思ったんだが、blastallってオプション多すぎていちいち面倒なんで、ARGV適当につなげて、オプションのチェックはblastallにまかせた。

普通にblastallのオプションが使えて

# bl2fasta -p blastp -i top2.seq -d pdbaa >gi|4929914|pdb|1BJT| Topoisomerase Ii Residues 409 - 1201 ENALKKSDGTRKSRITNYPKLEDANKAGTKEGYKCTLVLTEGDSALSLAVAGLAVVGRDYYGCYPLRGKMLNVREASADQ ILKNAEIQAIKKIMGLQHRKKYEDTKSLRYGHLMIMTDQDHDGSHIKGLIINFLESSFLGLLDIQGFLLEFITPIIKVSI TKPTKNTIAFYNMPDYEKWREEESHKFTWKQKYYKGLGTSLAQEVREYFSNLDRHLKIFHSLQGNDKDYIDLAFSKKKAD DRKEWLRQYEPGTVLDPTLKEIPISDFINKELILFSLADNIRSIPNVLDGFKPGQRKVLYGCFKKNLKSELKVAQLAPYV SECTAYHHGEQSLAQTIIGLAQNFVGSNNIYLLLPNGAFGTRATGGKDAAAARYIYTELNKLTRKIFHPADDPLYKYIQE DEKTVEPEWYLPILPMILVNGAEGIGTGWSTYIPPFNPLEIIKNIRHLMNDEELEQMHPWFRGWTGTIEEIEPLRYRMYG RIEQIGDNVLEITELPARTWTSTIKEYLLLGLSGNDKIKPWIKDMEEQHDDNIKFIITLSPEEMAKTRKIGFYERFKLIS PISLMNMVAFDPHGKIKKYNSVNEILSEFYYVRLEYYQKRKDHMSERLQWEVEKYSFQVKFIKMIIEKELTVTNKPRNAI IQELENLGFPRFNKEGKPYYGSPNDEIAEQINDVKGATSDEEDEESSHEDTENVINGPEELYGTYEYLLGMRIWSLTKER YQKLLKQKQEKETELENLLKLSAKDIWNTDLKAFEVGYQEFLQRDAEARGGNVPNKGSKTKGKGKRKLVDDED >gi|3891992|pdb|1AB4| 59kda Fragment Of Gyrase A From E. Coli VGRALPDVRDGLKPVHRRVLYAMNVLGNDWNKAYKKSARVVGDVIGKYHPHGDSAVYDTIVRMAQPFSLRYMLVDGQGNF GSIDGDSAAAMRYTEIRLAKIAHELMADLEKETVDFVDNYDGTEKIPDVMPTKIPNLLVNGSSGIAVGMATNIPPHNLTE VINGCLAYIDDEDISIEGLMEHIPGPDFPTAAIINGRRGIEEAYRTGRGKVYIRARAEVEVETIIVHEIPYQVNKARLIE KIAELVKEKRVEGISALRDESDKDGMRIVIEGEVVLNNLYSQTQLQVSFGINMVALHHGQPKIMNLKDIIAAFVRHRREV VTRRTIFELRKARDRAHILEALAVALANIDPIIELIRHAPTPAEAKTALVANPWQLGNVAAMLEDAARPEWLEPEFGVRD GLYYLTEQQAQAILDLRLQKLTGLEHEKLLDEYKELLDQIAELLRILGSADRLMEVIREELELVREQFGDKRRTEIT >gi|66361362|pdb|1Z84|B Chain B, X-Ray Structure Of Galt-Like Protein From Arabidopsis Thaliana At5g18200

または、パイプでつなげて

# bl2fasta -p blastp -i top2.seq -d pdbaa | blastclust May 30, 2005 8:59 PM Start clustering of 6 queries 52696130 66361362 4929914 3891992 18159024 15826535

みたいにも使える。

使い道？

• ホモロジーモデリングの際blast->clustalwをかける際に無駄に重複する配列を除く
• SNPのデータベースに当てたとき、冗長な配列を除く

とか、お手軽に違いない。まぁ、30分で書いたからバグだらけと思うが、バグったらゴメンヨ。