SOAPな環境も出来たので、外のサーバーにSOAPでクエリを送ってみることに、わりと近めの遺伝研チュートリアルをみながら。

楽勝!! スクリプトがスッキリしててなんか気持ちいい

#!/usr/bin/perl #SOAP Lite のインクルード use SOAP::Lite; #WSDLの指定 $service = SOAP::Lite -> service('http://xml.nig.ac.jp/wsdl/GetEntry.wsdl'); #WEBサービスの呼び出し $result = $service->getXML_DDBJEntry("AB000003"); print $result;

この勢いで、E-Utilities Web Serviceにチャレンジしたが、どうもうまくいかない。パラメータの辺りなんだけど、、、

SOAPでpubmed検索してみたかったんだが、、、、

家にも、量子化学計算ソフトを入れといて、思いついたときに低分子の計算できるようにしておこう的ナことを”思いついて”gamessのサイトからWingamessをダウンロードしてきて、ダブルクリックでインストール。

GAMESS-US version 27th of July 2005 compiled with CygWin gcc 3.4.4.

さて、中身を見てみるとbatmakerなるバッチ作成ツールがついていて、インプットを指定するとうまい事バッチを作ってくれるので後は出来たバッチファイルをダブルクリックで実行すればよい。

また、Utilities/fmo/sampleにfragmentMO法のサンプルが入っていたので、Gly四量体のサンプル(gly-4.inp)を流してみたら3分くらいで終了。結構速いかも。

蛋白質のFMO計算はインプットファイルの作成が面倒なんだけど、fmoutilだとイマイチ小回りというか痒いところに手が届かないので、自前のperlモジュール使ってます。bioperlのパーザー使って、FMO用のオブジェクト作るようになっているので、アミノ酸ごとにチャージ変えられたり、リガンド好きなように分割できたりしてます。 特にSBDDのアプローチでFMOやる場合には水素生やす位置変えたりとか、チャージ割り当てたり結合情報保持出来ないとあかんよねってことで、実はbioperlのパーザーもperlmolのパーザーも気にいらなかったりする。

• bioperlのパーザーって結合情報parseしないし
• perlmolのパーザーって超分子の対応悪いよな

結局pdb形式を通ってFMOに行くのがそもそもあかん気がしてる。特にリガンドがね、おかしいことになるからな。じゃぁナニヨ？とか言われるとちょっとつらいが、、、、、、

ツールで地道に構造いじって、mol2からparseしてFMO用のインプット吐けばいいんじゃない

と思っているが、手動かす気力がない。

ヤマボク帰りは大抵ココ。

天ざる注文。

戸隠そばなので、ぼっち盛りで出てきます。盛り付けにも意味があるんだろうか？ 蕎麦は結構長くて、喉越しがいい。ただし、もうチョイ水を切って欲しかったかも。天麩羅もさくっとしていてうまかった。

最近perlのモジュールチェックしたり、ソースを眺めたりすることが多い僕は、しょっちゅうMFPMを使うので、CISCO同様firefox用の検索フォームを作りましたゾ。

MFPM Search

こんな感じで、Firefoxの検索フォームに追加されるヨ。

それにしても、Perl暦10年って、、、無駄に年だけとった感じがスルナァ。実際3,4年ってとこか。

Duppy Man のピクチャー盤をゲット。

ダークなベースライン+グイ～ングイ～ンと引っ張られる感じのテックステップにラガをのっけてテックラガ！

テックラガ？

ナにそれ？、とか思ったがテックラガと言われればテックラガな気がする。ちゅうことは、ダークコアでラガったらダークラガなのか？

MCカッチョエエ！

サーバー(FC1)にR-2.1.0を入れて使っているが、

バッチ書くよりもスクリプトから書いたほうがエエナァ

RSOAPなんかは入れてあるけど、ちょっとしたスクリプト書くのにSOAPはないよなぁなんて思って、Statistics::Rを入れることにした。

make test すると

ERROR: unknown GUI none

なんていうエラーが出てとまるけど、v2.1.0から--gui=TYPEオプションをやめたせいらしい。(でもR --helpで使えるってでてくるけどな)

というわけで、/Statistics-R-0.02/lib/Statistics/R/Bridge/Linux.pmの--gui=noの部分を削ってインストールすれば動きますゾ。

Rubricは登録のコンファームをメールで行なうからちょっとてなことを書いたが、やっぱ気になるのでソースを眺めたら、

usersテーブルのverification_codeをSQL文からnullにすればいけそう

なことに気がついた。そしてその勢いでソースを読み続けたら、

rubric.ymlでskip_newuser_verificationをtrueにしとけばいい

ってことが、Config に書いてあった。

というわけで、設定をちゃんとしたら、verificationしなくても使えるようになった。ただし、確認メール送ったよみたいな表示は出るし、そのためのE-Mail入力をしないといけない（嘘アドレスでいいが）

あと、日本語がうまく入らないのでdescriptionに一言書きにくいのがちょっと不便。ここらへんはヴァージョン若いから仕方ないけど。

RubricのYAML関連のモジュールの使い方とかCGI::Applicationとかは読んでて勉強になった。そして、Catalystの勉強も兼ねて、おんなじことCatalystでやってみようかな、とか思ったり。

ついでに、Pubmed管理用のモジュールも欲しいナァ。

レコード取り込みするようになった きっかけにもなった、Future Prophecies てCD出てんの最近知ったので早速購入。

ちなみに、DreadlockとThunder & Lightningは彼らのサイトからダウンロードできる。

Warlords RisingとMagneticがなかなか。

トラックバックが強制逆リンクなんでSEOとか云々でいろいろあるようだけど（ゴッゴルとか）、逆リンならではの使い方もあるはずハズ？

夏くらいにみた覚えがあるんだけどすっかり忘れていた、地図へのトラックバックですが実際使ってみると、その強力さに魅せられた。

ライブドアマップ

とはいえ、マイプレースとかはナ～～～ンニも無かった。燃やせTB魂って感じか？

マップへのTBが増えたら、トラックバックにメタ情報（ラーメンとかペット情報とか）つけて、欲しい情報をフィルタリングできるとさらに嬉しいかもしれんね。

今までは、Yahoo地図情報にリンクを張ってたけど、これからはライブドアに張ろう。

bioperlがWIKIになっとる!。MediaWikiが流行なのかな？

というより、モジュールリファレンスとかbioperl courseはどこだ？