18012006 chemruby
ChemRubyのサイトで、MoSS - Molecular Substructure Minerというものがあることを知ったので、早速論文読んでみた。(Triposがかんでるのか、、、)
MoSSにヒストグラムくっつければClassPharmerになっちゃうんじゃないのん？みたいな認識でよいのか？あとベンチマークが速いのか遅いのか今ひとつわからんかった。他に興味あることは、グラフから部分構造あるなしのフィンガープリントつくれたりするんだろうか？とか。
今度、実際に動かしてみよう。
18012006
僕も小さい頃からポテトチップスは箸で食べてました。理由は手が汚れるのがいやだから。ちなみに、いまだと菜箸を使います。
ポテトチップスを箸で食べるのは基本です。 今でも当たり前のように箸で食べてます。
昔、ポテトチップスを箸で食べるのなんて変とか言われてたし、まわりに見かけなかっただけにちょっと嬉しかったり。
18012006 meadow
をを～、こんな便利なものがあったとはニャァ。早速入れて使ってみようっと。
Emacs に必ず入れてるのが、増井俊之さん作 dmacro.el。 同じキー操作を2回やったら、 あとはキー（私はC-tに割り当ててあります）を押すたびに それを繰り返してくれます。
Emacs ユーザーの方に質問です。これは便利! と思える elisp プログラムを教えてください。ってのも、色々出てきててすごいイイ!。
17012006 perlmol
さて、ここで、ケミッチョという言葉を定義しよう（なんつって）。
ケミッチョとは、「それなりに生物学的等価性とか、(できれば)化学反応論に沿った形での合成化合物アイデアをたたき出す何か(でもいわゆる知的ではない)」と定義します。
そして、ケミッチョのperlでの実装をchemichoとしてみた。つまり、図のように、まろやかに変異させていきつつ、中間状態をいくつか保持しておいて、サイクルをまわすようなコードを書くと。ちなみに、図はperlmolで反応を記述しやすいように部分構造検索が反応のトリガーになるようにしてます。
変異の重みは適当に制御できるようにYAMLかXMLかなんかのコンフィグレーションファイル形式にすればいいでしょう。ってことで、暇を見てはコード書き書きしてます。
一応、創薬的な偉さのイメージは↓な感じになると思う。
ケミッチョ(ランダム) << (メディシナル)ケミスト << 偉い仔(いわゆる神がかりな)
とりあえず、ランダムにアイデア生成する人工無能っぽいモノをつくってみたい（ネーミングも含めて) そして、グーグル界でオンリーワンを狙え！みたいなノリで、思いついたのが半年以上前のこと。で、エントリ書くのサボっているうちにグーグルでのオンリーワンはもろくも崩れさった模様。
あと独りブレストにはやっぱwemaがいい！図はwemaで書いてます。
17012006 はな
昨日、手術に出したうちの飼い犬の「はな」が無事に戻ってきた。思ったよりも元気で安心。いつものように走り回ってます（ジャンプに高さが出ないようだがそれは手術のせい）。
U隊長は心配で心配で、ついに悪夢まで見たらしいが、僕はまぁ、ぐっすり寝てた。
そして帰ってきたはなは、風邪ひいた仔みたいな大事にされっぷりだ。いつもはドライフードなのに、特別にウェットフードまで買ってきてあるらしいゾ。薬を混ぜやすいってのもあるんだけど、ちょっと過保護過ぎはしないか？
という意見は通りにくげな雰囲気。
そのわりには、おかっぱ腹だとか言って喜んでた。顔書いたろかな？
それにしても綺麗に剃るもんだ。
16012006 横浜
新年会と称して、横浜中華街にお粥を食べに。みなとみらいの出口からはわりと近いがいつも行列が絶えない謝甜記に行列覚悟で。
ちょうど回転のタイミングで、あまり待たなくても入れた（ラッキー）
モツ粥と鶏のから揚げ（梅肉風味ソース付き）を注文。
揚げパンをセットで頼むとイイヨみたいなことを聞いていたが、から揚げ頼んだのでやめといた。
出てきたお粥はほんのり塩味がついている。そして、揚げパンスライスがのってて、これがまた粥に合っていてうまい。葱と香菜がかけてあったが、香菜の独特な香りとお粥がいい感じで合うのがたまらん。モツも柔らかくて旨いし、、
あとから揚げのソースが甘酸っぱくて、粥のアクセントとしては申し分ない。
揚げパンも頼んでおけばよかった。
R4でコード書いていたら、以下のエラーが。
Weak references are not implemented in the version of perl at /usr/local/share/perl/5.8.4/Chemistry/Atom.pm line 51
どうも、Scalar::Utilのweakenが駄目みたいで、perlのバージョンのせいっぽい感じ。
なんで、Perlのバージョンあげるか落とすかしないといけないんだけど、apt-getいまいち把握していないから、いじるの怖い。
と、思ったら、
colinuxだからイメージファイルコピーして、バックアップとっておけば、やりたい放題なことに気づく。
これから、ソースから5.8.7入れます。
15012006 静岡
風邪ひいてから、ずっとおとなしくしてたが、年末に出来たというラーメン屋に行ってみることにした。三島チャレンジショップとかいう、空いた店舗の有効活用が云々とかいう話だったので、てっきり広小路の方かナァなんて思っていたら、大社の近くだった。駐車場もちょっと離れたところにあるので、車で行く場合は注意だ。
地鶏と魚介の醤油味は鶏、豚、アゴ、エトセエトセで出汁とってるとか、薀蓄な張り紙は張ってあるが、それを読みながら待つ。
出てきた支那そばは、チャーシュー、メンマ、葱、海苔というシンプルなトッピング。スープのバランスが素晴らしくいいのと、塩加減も控えめであっさりしていてうまい。麺は細めんストレートっぽいが、全粒粉が入っているのか、麺に粒々が見える、なかなかおもしろい麺だ。店内に製麺機みたいなのが置いてあったから自家製麺かな？
10012006
風邪が治らん、だるい、ツライ、咳が苦しい。そんな状況でも、ただ寝ているだけはつらいので、起きてコード書いたり、ザラ場チェックしたりとか、セカセカ動くだけは動いている。
と、突然メタモでオロナウォッカとかオロナジン売ってたの思い出した。要するにウォッカとジンのオロナミンＣ割りね。
そういえば昨日リゲイン大量に買ったわ。
早速、近所のコンビニにひとっ走り、黒霧島ゲットだ。（もちろんいつも飲む焼酎はもったいないので使いませんヨ。）
そしてこれが、リゲイン M酎ダ！
本格焼酎に真っ向から対峙するケミカル臭真っ盛リゲインの酸味と甘みが程よく混ざり合い調和というよりは点描画のような味わい。疲れて、味覚がおかしくなってるときには癖になるかも～な感じの佐々倉溜も真っ青のカクテルだヨ。
バーテンダーはナカナカおもろい(いまんとこPLUTOの次くらい)。
10012006 chemruby
Chemrubyうまくいかないとか書いたが、視覚化の通りにopen_molしたらすんなりいけた。
バーテンダー 1 (ジャンプ・コミックスデラックス)
require 'chem'
molecule = Chem.open_mol("mol/C01455.mol")
molecule.save("test.smi")
うーん、open_molとparseの違いがわからん。perlだったらdumpしてやればいいんだが、rubyではどうやるんだろうか？
ついでに、色付けもやってみた。
require 'chem'
mol = Chem.open_mol("mol/C00019.mol")
query = Chem.open_mol("mol/C00147.mol")
m = mol.match_by_ullmann(query)
matched_nodes = m.inject([]){|ret, i| ret.push(mol.nodes[i])}
mol.edges.each do |bond, atom1, atom2|
bond.color = [1, 0, 0] if matched_nodes.include?(atom1)
and matched_nodes.include?(atom2)
end
mol.nodes.each{|node| node.visible = true unless node.element == :C}
mol.save("hello.pdf")
test2.rbで保存して、ruby test2.rbで実行。出来たのがhello.pdf
ダブルボンドとかはリングの内側に入って欲しいが、ナカナカ良い。
で、RMagickも入れたから、pngの出力を試そうとpngtest.rbというスクリプトを書いて
require 'chem'
mol = Chem.open_mol("mol/C00019.mol")
mol.save("hello.png")
ruby pngtest.rbで実行したところエラー。
ruby pngtest.rb
/usr/local/lib/ruby/site_ruby/1.8/chem/writer.rb:41:
in `save': NotImplementedError (NotImplementedError)
from pngtest.rb:4
pngに限らず、smiとかpdbでも同じエラーが出る。