ftpサイトの選択がいまいちだったりとかした場合に設定ファイルを強引にrmする以外にも初期化する方法があった。

perl -MCPAN -e shell CPAN>o conf init

poderosaがローカルのCygwinシェルをサポートしたのでCygwin入れてみたが、すぐに使う必要はなかったり。むしろActiveStateのperlを使う頻度が高いような気がする。

当初、CMLからSVGに変換するのはxsltでも用意すればと考えていた。だが、xsltイマイチ分からん、というより覚えるのがだるい。というわけで、「だらだら流れる(逐次処理する)んだったらSAXでも使おうかナァ」なんてノリでとりかかってみた。 しかし、bondのatomRefがatomidで、座標をatomエレメントから呼んでこないといけないので、やっぱSAXもメンドイかなってことで最終的にDOMりましたヨ。

perlのXML::DOMとSVGモジュール使用。

とりあえず出来たSVGをconvertでpngにしてみた。

SVGはココだが一回セーブしてからでないとビューアーがうまく立ち上がらないような。

あとは、アトムラベルのとことかダブルトリプルボンドの処理とかだけど、丁寧に書いていけばよいな。それから、スケーリングもちゃんと書かないといけないなぁ。もうちょっと、ましなスクリプトになったら落とせるようにしておくヨ。

しかし、重要な問題が残っている（まぁコレに気付いてやる気レス化したため、プログラム書くのが延び延びになったんだが、、、）

それは、

openbabelもPerlMolも座標を自動で発生してくれない!

ということだ。ちゅうわけで、SMILESからCMLにすると泣く。まぁ座標の問題はそのうち対応するみたいなんで期待してる。

PoderosaだけだとどうもプログラミングしにくいのでMeadowをWindowsXPにインストール。

ネットインストール用のEXEファイルを使えばよいが、

UCSのパッケージをインストールするのを忘れないこと

もともとWindows2000で使っていた.emacsファイルをコピーしてきて、ファイル編集環境も整ったヨ。

音ログだと別にひとつコントローラー立ち上げなあかんのと、アマゾンにアルバムないとつながらないという理由から最Audioscrobblerばかり使っているんだが、広告にguhroovy.comがあって、クリックると、サイケアウツゴーストのCDが売ってた。

ZETTAI-MU通ったクチなら即買いだ！

送料が1Kとちとお高めだが、ほかにハピハコのCDを何枚か衝動買いしたのでまぁ許容。

時計仕掛けなネタからはいってですな、激ブレークビーツに大満足。最近車ではコレとロイクソップの新譜をかけてばかりだ。

wall of soundっていえば、ウォームだけど芯のところでは尖がってて、ジャズフレーバーが随所に感じられて、AKASHAみたいな、カッチョ気なとこが気に入っている。

ジ・アンダースタンディング(CCCD)
	ロイクソップ おすすめ平均 待ちに待ってた人も、初見の方もこぞって聴いて下さい 北欧あなどりがたし！ ２１世紀のポップ・ミュージックの一つの理想形。コールドプレイにも負けていない。 ４年間まったかいがあった！ Amazonで詳しく見る by G-Tools

一曲目のピアノチューンなTriumphantとカスレ気味のボーカルがいい味出している、アップテンポなCircuit Breakerがお気に入りです。買った輸入版がCCCDだったのは気に入らないけどな。

フジロックも出るんだよねぇ～

いいなぁ、いきたいなぁ。

blosxomで使っている画像はPerlMagickを使ってアップロードしてリサイズするCGIを使っているので画像の角をついでに丸めるようにスクリプトを書き換えた。コマンドラインからでも、コマンドラインからのグラフィックス操作 第2回 にあるように、角丸め用の画像を用意しなければいけないので、Gimpをつかって、10px X 10pxの画像を用意した。

あとはPerlMagickリファレンス をみながら、スクリプトを修正。

# 角丸め用の画像を読み込む $rne = Image::Magick->new; $rne->Read("/var/www/html/images/rne.png"); $rnw = Image::Magick->new; $rnw->Read("/var/www/html/images/rnw.png"); $rse = Image::Magick->new; $rse->Read("/var/www/html/images/rse.png"); $rsw = Image::Magick->new; $rsw->Read("/var/www/html/images/rsw.png"); #　画像をリサイズしつつ角を丸めて書き出す $i = Image::Magick->new; $i->Read("$Temp/$filename"); $i->Scale(width=>160, height=>120); $i->Composite(gravity=>NorthEast,image=>$rne); $i->Composite(gravity=>SouthEast,image=>$rse); $i->Composite(gravity=>NorthWest,image=>$rnw); $i->Composite(gravity=>SouthWest,image=>$rsw); $i->Write("$IMGDIR/$newimg");

という感じで、リサイズしつつ、縁を丸めてアップロードするスクリプトの出来上がり。ちなみに角丸め用の画像はココからダウンロードできます。

道の駅あらいのひだなんの天蕎麦でテスト。ちょっとは見栄えがするようになったかも。あとは、そのうち綺麗な影でも落とそうかと思っている。

SOAP::Liteをインストールすると、もれなくSOAPsh.plがついてくることをいまさら知った。

webmonkeyのSOAPを使ってスッキリサッパリの乱数生成サンプルを対話的に処理してみると

$ SOAPsh.pl http://localhost/cgi-bin/random.cgi http://localhost/Random Usage: method[(parameters)] > choose() --- SOAP RESULT --- '1'

こんな感じで、対話的に処理できるようになるのでデバッグとか便利。あとはシェルからちょこっと叩きたいときか。

IDとかの手で打てるぐらい短い文字列を入力にして、ちょっとした数字とか文字が帰ってくるようなツールだったらなんでも便利に使えそうな気がする。

物性の予測とかSOAPにしてあるので、smilesなげてやると結果が戻ってきたりとか。rule of 5とかrule of 3戻したりでもいいなぁ。

習うより慣れろ、そして先人に倣え的な勢いで、Catalystを習得中。

サンプル幾つかトレースしたので、メモ

• use Catalyst qw(初挑戦);
• CDBIは使わず、TTは使ってる。ページの移動を行なうサンプル
• わかりやすいので、最初はこれをトレースしてちょっと掴んだ
• Perl の MVC フレームワーク Catalyst に入門してみた
• TinyURL っぽいもの
• mysqlとTTを使った例。テーブルが単純なのでわかりやすいし、説明が詳しくてフムフムなんとなくわかってきたぞ的な
• taskpad.jp みたいなのを Catalyst で作ってみる
• mysqlでtaskpadを
• 認証まわりが参考になった
• でも、ちょっと躓いた
• 出来上がりは結構うれしい。
• Shibuya Perl Mongers
• mysqlでwikiを作るサンプル
• 発表用資料なので、DB作成のSQL文がないのとsave.ttという空のファイルを作っとかないとエラー吐いた。
• Catalyst の翻訳
• DBにSQLiteを使い、prototype.jsによるAjaxをつかったMiniMojoサンプル
• 動くと結構感動
• Shibuya Perl Mongersのはてなの伊藤さんの資料も参考になる
• クイック＆ダーティなCatalystチュートリアル
• Catalystを使って、XMLRPC
• エンベロープのnameでこけてしまいうまくいかなかった
• 原因もいまいちつかめず

Catalyst+Ajaxの組み合わせなんかは楽しかったのとSQLiteはちょっとしたもの作るには結構便利だと気づいた

SOAPな環境も出来たので、外のサーバーにSOAPでクエリを送ってみることに、わりと近めの遺伝研チュートリアルをみながら。

楽勝!! スクリプトがスッキリしててなんか気持ちいい

#!/usr/bin/perl #SOAP Lite のインクルード use SOAP::Lite; #WSDLの指定 $service = SOAP::Lite -> service('http://xml.nig.ac.jp/wsdl/GetEntry.wsdl'); #WEBサービスの呼び出し $result = $service->getXML_DDBJEntry("AB000003"); print $result;

この勢いで、E-Utilities Web Serviceにチャレンジしたが、どうもうまくいかない。パラメータの辺りなんだけど、、、

SOAPでpubmed検索してみたかったんだが、、、、

家にも、量子化学計算ソフトを入れといて、思いついたときに低分子の計算できるようにしておこう的ナことを”思いついて”gamessのサイトからWingamessをダウンロードしてきて、ダブルクリックでインストール。

GAMESS-US version 27th of July 2005 compiled with CygWin gcc 3.4.4.

さて、中身を見てみるとbatmakerなるバッチ作成ツールがついていて、インプットを指定するとうまい事バッチを作ってくれるので後は出来たバッチファイルをダブルクリックで実行すればよい。

また、Utilities/fmo/sampleにfragmentMO法のサンプルが入っていたので、Gly四量体のサンプル(gly-4.inp)を流してみたら3分くらいで終了。結構速いかも。

蛋白質のFMO計算はインプットファイルの作成が面倒なんだけど、fmoutilだとイマイチ小回りというか痒いところに手が届かないので、自前のperlモジュール使ってます。bioperlのパーザー使って、FMO用のオブジェクト作るようになっているので、アミノ酸ごとにチャージ変えられたり、リガンド好きなように分割できたりしてます。 特にSBDDのアプローチでFMOやる場合には水素生やす位置変えたりとか、チャージ割り当てたり結合情報保持出来ないとあかんよねってことで、実はbioperlのパーザーもperlmolのパーザーも気にいらなかったりする。

• bioperlのパーザーって結合情報parseしないし
• perlmolのパーザーって超分子の対応悪いよな

結局pdb形式を通ってFMOに行くのがそもそもあかん気がしてる。特にリガンドがね、おかしいことになるからな。じゃぁナニヨ？とか言われるとちょっとつらいが、、、、、、

ツールで地道に構造いじって、mol2からparseしてFMO用のインプット吐けばいいんじゃない

と思っているが、手動かす気力がない。