にんともかんとも駐車場がわかりにくいので、ちょっとはずれの有料駐車場に停めてしまうが、二度目なのに毎度な支那そば家にいってきたヨ。

塩な潮を注文。定休日が月火になったのと一部メニューの値段が変更で肩ロースのチャーシューが一枚100円に替わってた。

麺は旨い。が、潮味よりも醤油のほうが好きかも。塩だとちょっとインパクト薄めになっちゃうかも。

あの麺を、せいろみたいに、醤油味のスープで蕎麦みたいにすすったらうまいかな

ささやかすぎる願望だヨ。

ChemDBはDBMSにポスグレつかってるらしい。他のDBとの比較があったので眺めたが、アノテーションの多さが売りのデータベースって感じかな。

ちなみに、マシンラーニング用のデータセット が遊ぶにはいい感じ。なんかいい記述子発生ソフトとかあればR使っていじってみたいところだが、オープンソースのdescriptorプロジェクトってあんのかな？ないのかな？サブストラクチャーベースのヤツだったらありそうな気もするけど。

あと、ChemDBで使われているOEChemのpythonライブラリが非常に気になったりしたヨ。そしてChEBIにはChemAxonの影が。

気になるといえば、第３回オープンバイオ研究会の「ビジュアライズの技法」というパネルセッションも気になる(さすがにいけないけど)。スライドとか公開されんのかな？

RjpWikiにRの基本パッケージ中の古典的検定関数一覧ってのができてて、しかもそれぞれに簡単な説明とRのサンプルが超訳として書かれてるので便利。

あとで、全部トレースしておこう。

Catalyst+CDBIでinsertはcreateメソッド呼び出すから、更新はupdateメソッドだろって勘違いしててデータ更新だけがうまくうごかないプログラムができてしまい、

キャッシュか？キャッシュなのか？もしや。

なんつって、しばらく悩んだ。

で、Shibuya Perl Mongersの Wiki作りの資料見ててやっとぼけてたことに気づく。

sub save : Global { my ( $self, $c ) = @_; my $title = $c->req->params->{'title'}; my $contents = $c->req->params->{'contents'}; unless(my $wiki = MyWiki::M::CDBI::Wiki->retrieve(title => $title)){ MyWiki::M::CDBI::Wiki->create({title => $title, contents => $contents}); }else{ $wiki->contents($contents); } $c->res->redirect($c->config->{base} . '?' . $title); }

O/Rマッピングで、オブジェクトとして扱ってんだから更新はセットすればいいだけじゃん。

いま思うと、そりゃそうだろうって感じだが。CDBIちゃんと理解しておかないといけなさげだな。

GoogleのPageRankをモジッてGeneRank。もちろんアルゴリズムを参考にしてます。PageRankはここみるとなんとなくわかるかも。

多分5年くらい前だと思うが、アレイのブームあたりで、どっかのベンチャーがGoogleのアルゴリズムを取り入れたいとか言っていたことを思い出したヨ。

さて、大雑把なGeneRankの式は

ランク = (1-d) x 発現変動率 + d x 結合度

みたいな感じ。PageRankだと左の項は（飽きて）他のページにいっちゃう項で、右項がリンクをたどる項か。要するに右の項は束縛なんだろうと思う。というわけで、GeneRankは発現変動率を、GOとか他のネットワークの情報である程度補正するイメージになるかな。程度はdで決める。

ちなみにPageRankはd=0.85らしい。が、そんなに大きい確率でリンク辿るか？ブログが多くなってくるとあんまりリンクを辿るという行為をしなくなるよな。

GeneRankでは、これをGOのネットワークとかで補正をかけて評価してます。が、あんま改善されてないっぽい。転写の制御被制御をGOで補正しようというところに無理があるのかな？と思ってみたりする。

同じシスエレメント持っているとかのネットワークを使ったほうがうまくいくのかも知れない。がそれって作るの大変ダヨナァ。というか、ネットワークをどう表現するかで、ランキングが改良されるかどうか決まるっぽいんだが。文献からNLPで作った、ネットワークは使えないんだろうかね。

ホモロジーモデリングをするとき、一番気を使うのはテンプレートとなる結晶構造の選択と、それへの配列のアライメントではないかと思う。

というわけで、テンプレートの選択と配列アライメントのためには、類縁の遺伝子の機能とかモチーフとか進化的な素因とかきちんと理解したり、さらには立体構造アライメントによる、類似構造の機能と構造の相関とか地道に押さえることがいいモデル作成の秘訣だったりするため、トライアンドエラーは当たり前。

PSI-BLASTとcd-hitを組み合わせたPSI-BLAST-ISSを使えばここら辺の作業の効率化と迅速化がはかれるっぽいので、これってイイかもなんて思ったりする

読んだ論文は別のblosxomメモッとことか思ってたが、最近pubmed版のdel.icio.usみたいなほうが調子いいのかもなんて思ってる。

ブックマークレット+一行コメントでお手軽だしね

これはそのうち作ってみよう。

あとは、文献のエントリもタグくっつけておけば、すぐに検索できるし、こっちのblosxomで一緒に管理しても困らんかもとか思ったのでそうしよう。

Catalystでものづくりな日々が続いてますが、モジュールとかのファイルを更新するたびに、Catalystのテストサーバ再起動すんの

キャッタリーーース

と、面倒くさがっていたら、

-r オプションつけて起動しとけば、自動的に再起動されるということを知った。

Lost-Season: CatalystのTestServerが自動再起動の機能を実装

catalyst.pl Demo で、プロジェクト作成 cd Demo script/demo_server.pl -r

というように、-r オプションを付けると自動再起動モードになります。 一秒ごとにチェックして、編集されたファイルがあると テストサーバが再起動されます。

ナイス、Catalyst。 素敵デス。