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02 02 2006 perlmol CML SVG Tweet

CML2SVG(Perl)

当初、CMLからSVGに変換するのはxsltでも用意すればと考えていた。だが、xsltイマイチ分からん、というより覚えるのがだるい。というわけで、「だらだら流れる(逐次処理する)んだったらSAXでも使おうかナァ」なんてノリでとりかかってみた。 しかし、bondのatomRefがatomidで、座標をatomエレメントから呼んでこないといけないので、やっぱSAXもメンドイかなってことで最終的にDOMりましたヨ。

perlのXML::DOMとSVGモジュール使用。

とりあえず出来たSVGをconvertでpngにしてみた。

SVGはココだが一回セーブしてからでないとビューアーがうまく立ち上がらないような。

あとは、アトムラベルのとことかダブルトリプルボンドの処理とかだけど、丁寧に書いていけばよいな。それから、スケーリングもちゃんと書かないといけないなぁ。もうちょっと、ましなスクリプトになったら落とせるようにしておくヨ。

しかし、重要な問題が残っている(まぁコレに気付いてやる気レス化したため、プログラム書くのが延び延びになったんだが、、、)

それは、

openbabelもPerlMolも座標を自動で発生してくれない!

ということだ。ちゅうわけで、SMILESからCMLにすると泣く。まぁ座標の問題はそのうち対応するみたいなんで期待してる。

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