前回の出張できたやまに行った。

ちょっとつまんで飲んだ。サイコー

漬物うまし

シュトウクリームチーズという謎のツマミ

先週末は吉原祇園祭だけど、今時のキッズは携帯ゲームメインですｗ

日曜はadoboを作った。日本語に訳すと豚の酢醤油煮といったところですね。冷蔵庫に大根が余っていたのでじゃがいもと一緒に投入した。

月桂樹と胡椒がいい感じですね。日本風だとこれらの代わりに味醂とか日本酒とか砂糖になるんだろうけど。

フィリピン料理だとお酒とか入れるんだろうか？

深層生成モデルとかでSMILESをいじってそれっぽい構造を発生させるのが流行っているようですが。

そもそも構造を自動生成しようとする試みは、かなり昔からあって、SBDD的なアプローチ（レイチェルだっけ？開発者が娘の名前を付けたって言ってたのは覚えているが）したり、生物学的等価性やSMARTSを使った方法とか、ちょっと前だとMMPを使った置換ルールを自動アプライする方法とかまぁ普通にあるわけです。特にMMPを使った方法は自社のデータベースから置換ルールを抽出してくるのでメドケム知識の再利用としても意味があると思う。

しかし、これらの方法論は

• 明らかに合成できない構造を提示してくる
• ドラッグライクでない構造が多すぎて、マニュアルフィルタリングが大変すぎる

という問題があることが知られている。深層生成モデルとかでSMILESをいじる方法もおそらく一緒で、じゃぁ何が優れているんだ？という疑問から今までスルーしていた。画像生成は夢があるけど、SMILES生成は「ふーん、で？」っていう気持ち。あとはSMILESいじりはケミストリー的な文脈を読まないのでマジックメチル等の構造変化要因みたいな部分を全く考慮できないから、メディシナルケミストの代わりになんかなれないなと思っている。

それから、そもそも提案した化合物をどうやって作るんだ？という大きな問題がある。分子設計やっていて一番めんどくさいのがこの部分だからね。逆に言うとこの部分なんとかなるなら生成モデルはちょっと魅力はあると思っている。

というわけで、次回のMishima.sykでは「SMILES生成モデルを使ってみた」的な発表をしてみようかなと思っているけど、MBAでトレーニングしたら唸りをあげる割には全然学習が進まないので凹んでいる。

ChEMBL 23がリリースされたのでMBAに入れておこうかなとしたら、psqlがreadline絡みのエラーで壊れていたのでpostgresを再インストールした。それからchemblのダンプファイルのrestoreのやり方がちょっと変更になっていたので備忘録

postgresqlをbrewで入れ直す

最後の三行は適当。--forceで警告が出たから打ってみた。

brew uninstall postgres
brew install postgres
brew link postgres --force
brew unlink postgresql
brew link --overwrite postgresql

ChEMBL23をpostgresに入れる

ダンプファイルをダウンロードしたら解凍して

createdb chembl_23
psql -l
pg_restore -d chembl_23 chembl_23_postgresql.dmp

こんな感じで更新できた。

We Are Virtual
Xilent
Audioporn Records / ?円 ( 2015-10-16 )

次回の日程は7/8(sat)に決定しました。参加登録は以下からお願いします。

• Mishima.syk #10
• Mishima.syk #10 懇親会

２回程ハンズオンが続いたので、今回は発表メインでいこうかと思います。思う存分ネタをぶっ込んで下さい。

僕はpymol関連の話かpygamessをRDKitに対応させた話とかそんなのを出来ればいいなと思っているけど、どっちもまだ実装途中なんだよなぁ。

やるかどうかはわからんけど。ターゲットユーザーは息子と娘ですｗ

Splatoon 2 (スプラトゥーン2)

任天堂 / 6458円 ( 2017-07-21 )

microSDも用意しておいたほうがいいんだろうか

【Amazon.co.jp限定】Transcend microSDXCカード 64GB Class10 UHS-I対応 無期限保証 Nintendo Switch 動作確認済 TS64GUSDU1PE (FFP)

トランセンド・ジャパン / 3980円 ( 2015-10-06 )

Amazonのサイト見てたのでついでに機械学習の本もポチってしまった

Pythonではじめる機械学習 ―scikit-learnで学ぶ特徴量エンジニアリングと機械学習の基礎
Andreas C. Muller
オライリージャパン / 3672円 ( 2017-05-25 )

最近自分でやっている勉強会にしか参加してなかったので、久しぶり。

そしてなにげにredmine.tokyoは初めてでした。

色々参考になったけど、個人的に気になったのは

• mroongaで検索するってことはチケットに知識が溜まっているからだと思うんだけど、それってstack overflowクローンみたいなシステムに落とさないのかな？
• backlogsプラグイン使っているとチケットにコメント入れないと思うんだけどそういう場合どこに知識を貯めるんだろうか？

ってあたりでした。redmineってあんまりスクラム開発には向いてないよねーって思いました。

次の日はカーンケバブビリヤニですよ。ビリヤニの美味しさはわかっているので今回ニハリにしてみた。

レモンの酸味は慣れが必要だと思った。あと量が多いので今回はちょっと油断した。

次回はビリヤニを堪能する予定。

なお、グミマロのブランドが終了していた。

久々にやごみで。

真鯛とホタルイカ

ネギトロ

尚、次回の勉強会は7/8(sat)の予定です。会場押さえてconpassの用意が出来たらまたアナウンスします。 今回はテーマは特に決まってないので好きなことを喋る会になるかもしれません。

今年のGWはMBAも壊れてたし車も足回りが調子悪かったりして遠出する気が全くおきなかった。そのうえ、娘がヒッキーのネット三昧という堕落生活を希望したので後半はなんか酒飲んでたら次の日になっているというループを繰り返してよかった。

まぁ働きすぎで疲れていたのでいいリフレッシュにはなったかな。GWあたりの活動ログ

富士宮の買い物に行ったついでに富士宮の蕎麦屋に行った。ちょっと名前を失念したけど美味しかった。 オススメ。名前は忘れたけどｗ

連休明け朝一に会議が入ったため、急遽1,2に出勤することになり、やさぐれた面子で焼肉に癒やしをというか燻しを求めにいった。まぁあそこですｗ 尚、爆裂に食したというか飲んだというかマジ～でという金額だった。若さやばい。

で3日は電車に乗って沼津からの昼タップルームでまったり。メニューが懐かしのアイテム揃いでよかった。

早くあの頃のメニューにもどってくんないかなー。ビール美味しいのに安居酒屋みたいなメニューは勘弁みたいな感じに なってしまっていて、久しぶりにフード頼んだんじゃないかなぁ。

4日は西の方に旅立った。朝ラー行けるかなーと思ったけど無理っぽかった（13時閉店の店が多い）ので 静岡で途中下車して中村屋で親子丼食べてからブラブラと島田へ

五和の駅内カオスだったわ。尚、五和の居酒屋っていったら一軒しかないけど、SL見られるし、お酒も超ウマイので 16時の開店で凸して18時くらいの電車で帰ると普通に帰ってこれます。大井川鉄道の電車の本数ないから注意しないとヤバイことになるけど。

6日は冷蔵庫に大根があったので、大根、ネギ、油揚げでカレーを作った。鶏肉と見栄えの悪いトマトも消費したかったのでヨーグルトに漬けておいて後から投入した。

根菜はカレーに合うのでマジオススメですね。じゃがいもなんてグズグズになってドロっとするから不要。

よくある人参、玉ねぎじゃがいも云々のレシピはステレオタイプすぎると思うので、もっと自由にカレーを作れるようになると楽しいというか冷蔵庫の整理に役立ちますな。

最終日はシュウマイ作ったけど、いつも通りなので写真はなし。

それから、ぬか床をメンテし始めたのが去年のGWでちょうど１年続いたので自分を褒めたい。最近キュウリがでてきて楽しいですね。そろそろズッキーニとかそら豆なんかも漬けられるので楽しみが増えた。

3週間くらい前にMBAが故障したので、ノートなし生活を送っていたのだけど、流石に耐えられないのでMBAを買いました。

不慮の事故でMBAが亡くなったのですがmacbookとエアーどちらがいいんでしょう？

— kzfm (@fmkz___) 2017年4月18日

SSDを換装したときの要領でSSDを取り出して、新しい方のMBAにデータを移行できたので復旧作業は簡単だった。これが心理的なハードルだったので安心した。

もともとのSSD(256GB)用にUSB変換アダプターがほしいんだけどMBA2012専用じゃないと駄目っぽいのでちょうどいいのがなくて困っている。trancendのケースだけ売ってないかな

秋葉館でしか見つけられなかったけど256のSSDの体裁を整えるために5Kはコスパ的にどうなんだろう？

知識管理システムを導入するだけで全て上手くいくと思っているヒトが多いなぁと。そういうヒト達は「自分たちにはITスキルがないからソフトの導入が出来ない」と言い訳するのもステレオタイプな気がする。

そもそも真の課題は「システムの助けを借りて知識管理する文化を醸成したい」というのが正しい認識だと思うのだが、上記の人達は文化醸成のための努力をする気が全く無いので、ソフトの導入がゴールになってしまい結局うまくいかないのかなぁと思う。

で、うまくいかないのをソフトのせいにして、別のソフトを導入すれば今度こそうまくいくかもとまた夢をみてしまうという負の連鎖が起きているのではないだろうか？