Drkcore

12092006 music d'n'b

Dub Dread 2

ダブっていうか、ジャングルよりな気が。ラガな感じの、she's goneとかShout Ballout (Ray Keith Remix)なんかが気持ちヨサゲ。

Dub Dread 2
Ray Keith
Dread / 1594円 ( 2007-07-10 )

Blade Runnerの曲も古き良きっていうか、loving youなんかはアートコア目が強くて好き。なんといってもアートコアは浮遊感がね。あと1.5Kってのもお買い得感が高め。

11092006 静岡

抜天

抜天で送別会。2階が個室で畳の円卓になっているので、子連れもOK。しかも美味い。
子供OKの店ってあまり知らないので重宝する。

前菜4種盛りは、椎茸の含煮と砂肝が美味しかった。そしてふかひれスープも。

チキンと鮑の炒め物。鮑は柔らかく、メンバーの中でも好評だった。

なんかの揚げ物（忘れた）と海老のチリソース。

あと、炒め物がもう一品と、チャンポンと杏仁豆腐がデザートで。

紹興酒も一本空けて、満足。というわけで、また行きたい。

11092006 R rpy Python

rpy

Statistics::RもRSPerlもイマイチ感が強かったので、rpyを使い始めているが、こんなに便利とは思わなかった。

というわけで、rpyで主成分分析を行い、できたモデルで新しいデータの主成分を求めてみるというサンプルを。　今回はrpyのテストなのでデータはrnormで作った。普通バイオインフォとかケモインフォなパターンだと、遺伝子の発現レベルとか、化合物のディスクリプターを使うけど。

>>> from rpy import *
>>> r.library('stats')
>>> a = r.matrix(r.rnorm(15),5)
>>> b = r.matrix(r.rnorm(15),5)
>>> model = with_mode(NO_CONVERSION,r.prcomp)(a)
>>> model
<Robj object at 0xb7f9f1c0>
>>> r.predict(model,b)
array([[ 0.28817526, -2.20038126,  0.42937523],
      [ 0.76682094, -1.38050702,  0.24898564],
      [-0.28308137, -0.51609132,  0.12062971],
      [-0.68531169,  1.42599763,  0.03987597],
      [-1.35685327,  0.02394946, -1.03868517]])

と数行ほどで、予測したいデータセットの主成分がpythonのarray型で返ってくるので、このあとの処理が凄く楽チンになる。

rpyはデータのコンバージョンのやり方だけきちっと押さえておけばあとはRと一緒に扱えるのだが、コンバージョンのモードが色々あって、初めのほうは悩まされることが多かった。特にモデルをRで適用する場合、python形式にコンバートしてしまうとRで扱えなくなってしまうのでNO_CONVERSIONモードにしないといけない。

10092006 Python meadow

Meadowにpython-mode

最近pythonに真面目に取り組んでいるので、Meadowにもpython-modeを入れた。

Emacs/Meadow2 - 2.00pre1

;;;Add python mode (setq auto-mode-alist (cons '("\.py$" . python-mode) auto-mode-alist)) (setq interpreter-mode-alist (cons '("python" . python-mode) interpreter-mode-alist)) (autoload 'python-mode "python-mode" "Python editing mode" t)

07092006 chemoinformatics openbabel

obfitのソースを眺めてみた

openbabelの分子重ね合わせツールのobfitをperlのモジュールにできんもんかな？とソース(C++)を眺めていたら、QTRFIT というアルゴリズム（実装はC++)を使っているようだ。

結局最大の重ねあわせを求めるのを固有値問題に落とし込んでるようだ。

QTRFIT

The eigenvector associated with the largest eigenvalue gives the desired quaternion. To generate a rotation matrix we consider the effects of the quaternion on the cartesian unit vectors

で、それをJacobi法で解いていると。感覚的にはそうなんだろなぁと思うが、ここら辺の理解度はちょっとあやしい。

07092006 R

RSOAP

Rをネットワークで使うには、CGIwithRで十分だろうと考えていたが、まぁいろいろあって（単にSOAPいじりたくなっただけともいう）RSOAPを入れてみることにした。

正直なところがパイソンいじったことがないので、ちょっと避けてたのもあるヨ。

用意するものは結構多い

fpconst-0.7.2.tar.gz
PyXML-0.8.4.tar.gz
logging-0.4.9.5.tar.gz
R-2.1.0.tar.gz
session_1.0.1.tar.gz
rpy-0.4.2.1.tar.gz
SOAPpy-0.11.6.tar.gz
RSOAP-1.1.3.tar.gz

まずRはrpyのために--enable-R-shlibオプションをつけてインストールしなければならない。ということで勢いtarボールから。

#./configure --enable-R-shlib #make #make install

いやー、Rのコンパイルは長い。RH4xあたりでのカーネルコンパイルくらい（古い？）こんなにかかるとは思わず、昨晩makeしたら、U隊長に大不評（僕のマシンは寝室においてあるので排気音とガリガリ音がうるさい）。で朝起きてからセッションいれとく。

#R CMD INSTALL session_1.0.1.tar.gz

tar xvfz して、パイソン関係のモジュールを順番に入れます。

#python setup.py build #su #python setup.py install

rpy だけちょっとメンドイ。まず、libR.soへのパスを通す。READMEだとbinに通してるけどlibでしょ。

#su #vi /etc/ld.so.conf ## /usr/local/lib/R/lib を記述 #ldconfig

ちなみに、setup.py も適当に書き換えないといけなかったりする場合もあるよ。-lR が見つからんぜよみたいなエラーの場合は、setup.py中の記述のbinをlibに変えるといい（まぁすぐわかる）。あとRのライブラリもtar xvfzする。僕の場合はR-2.1.0なので、

#tar xvfz R-2.1.0.tar.gz R-2.1.0/src/include #su #python setup.py install

最後にRSOAPのインストールは、普通

#python setup.py build #su #python setup.py install

ローカルでテストしたかったら、SimpleExample.pyというのを探してきて、ホスト名をlocalhostに書き換えておく。

#su #RSOAPManager

で、サーバーを立ち上げといて、別の端末から

#python SimpleExample.py

結果が戻ってくればOK

TCP/IPでやりたければ

#su #RSOAPManager　--tcp-ip

ここまではうまくいったヨ。今朝、作業したわりには記憶が曖昧なので順番が前後してるかもしれん。

06092006 perl bioinformatics Python bioperl

BiopythonはbioperlよりもPDBファイルの処理が速かった

みんなのpythonも読んだし、フレームワークでも試してみるかと、djangoとかTurbogearsに手をだしたら、火傷した。

djangoは一通りサンプル動作をさせることができたけど、Turbogearsはコントローラのあたりからさっぱりわからん。
いきなりフレームワークは無謀すぎたかなということで、Biopythonでも入れて、もう少しpython慣れすることに。

easy_install numpy

wget http://www.egenix.com/files/python/egenix-mx-base-2.0.6.tar.gz
python setup.py install

svn co http://www.reportlab.co.uk/svn/public/reportlab/trunk
python setup.py install

wget http://biopython.org/DIST/biopython-1.42.tar.gz
python setup.py install

easy_installはperlでいうところのcpanコマンドみたいで楽チンです（ちゃんと動けば）。動かないのは地味にダウンロード、展開、setup.pyを行なった。

さて、インストールも無事に終了したところで、bioperlと比べてみた。比較したのはpdbファイルの処理。というのは、FMO用のインプット作るときに使っているPDBパーザーつまりBio::Structure::IOがやたらと遅く、不満だったからというありがちな理由。

コードはこんな感じで、1fatっていうpdbファイル読み込んでCalphaを出力してみた。

python

from Bio.PDB.PDBParser import PDBParser

parser=PDBParser(PERMISSIVE=1)
structure=parser.get_structure("1fat", "1fat.pdb")
for model in structure.get_list():
    for chain in model.get_list():
        for residue in chain.get_list():
            if residue.has_id("CA"):
                ca_atom=residue["CA"]
                print ca_atom.get_coord()

perl

use strict;
use Bio::Structure::IO;

my $pdb_file = "1fat.pdb";
my $structio =  Bio::Structure::IO->new(-file => "$pdb_file",
                            -format => 'PDB');

my $struc = $structio->next_structure;
for my $chain ($struc->get_chains) {
    for my $res ($struc->get_residues($chain)) {
        for my $atom ($struc->get_atoms($res)) {
            print join " ",$atom->xyz,"\n" if $atom->pdb_atomname eq " CA ";        
        }
    }
}

で、ベンチマーク

$ time python test.py
real    0m1.161s
user    0m0.996s
sys     0m0.116s

$ time perl pdbtest.pl
real    0m3.183s
user    0m3.056s
sys     0m0.044s

平均とってないけど、何回か実行してみてもpythonのほうがbioperlよりも3倍くらい速かった。bioperlのコードってなんだかなと思うことがままある。pdb_atomnameなんかも4文字で前後にスペース入ってるし。というわけで、SBDD周りのプログラミングはbiopythonのほうが扱いやすい感じがしてる。

みんなのPython
柴田淳
ソフトバンククリエイティブ / ?円 ( 2006-08-22 )

余談だが、Turbogears普通に触れる程度までpython覚えてやる（意地でも）とか思ったので、Dive Into Pythonも読み中。

05092006 ups

UPS(無停電電源装置)を導入した

雷の多い今日この頃。そろそろ台風までバンバンやってくるわけで、subversion使ってin houseでコードのバージョン管理してたり、davでデータのやり取りしている今の状況では、自宅サーバーが落ちるのはかなり困る。

というわけで、家にもUPSを導入することにした。

とりあえず、家庭の財布に優しく10Kぐらいには押さえたい（制約というよりは規約と言っときたい）わけで、おのずと候補はAPC ES 500かOMRON BZ50T のどちらかに絞られた。

まず、最初の選択肢は職場でも使ってるAPC社のES 500。フリーのUPS管理ソフトのapcupsdなんかはインストール慣れしてるし。でもES 500ってバッテリ交換も回収ないらしい、何でじゃ？バッテリの処分は結構面倒なので、うーん困る。

対するBZ50Tは約3kgと軽めだが（重いほうが心理的な安心感がある）、バッテリの交換にも対応している。ただし、Linux用のシャットダウンソフトがないのがちょっとな。ドライバなんか用意すればいいのにとか思ったりするが、SOHO向けなのかな？

結局

瞬停対策がメインなので、自動シャットダウンがかからなくても我慢できる。
バッテリ交換、回収してもらわんとかなり困る。

という理由により、BZ50Tを購入

OMRON BZ50T UPS(無停電電源装置)

オムロン / ?円 ( 2004-05-29 )

04092006 apache

バーチャルホストの設定状況を調べる

tracとかwiki用に新しいホスト名が欲しくてバーチャルホストを導入することにした。

apachectlだと、構文が正しいかどうかだけしかわからないが、

httpd -S

で、VirtualHostの設定状況を調べることができる。

興味ベースだけならpoundとかも触ってみたい気もするが。

04092006 perl

eijiro.pl

plaggerとeijiro.plのソース眺めててFindBinとFile::Specの使い方を学んだ。

use FindBin;
use File::Spec;
use lib File::Spec->catdir($FindBin::Bin, '..', 'lib');

$FindBin::Binで実行されたスクリプトのpathを取得しておいて、File::SpecでOSに依存しないようにパスの組み立てをする。

確かに、use libと組み合わせて使うとスマートだ。

ちなみに、このスペックのマシンで、eijiro.pl用の内部データを作成するのに8時間ほどかかったが、コマンドラインでも辞書引けると何かと便利。

もう5年目(wishlistありマス♡)
最近はPythonとDeepLearning
日本酒自粛中
ドラムンベースからミニマルまで
ポケモンGOゆるめ